This paper describes the cryo-electron microscopy methodology, which is used to obtain high quality microscopic images of macromolecules in their near-native state. The method yields images suitable for further computerized processing using the single particle approach, devised to generate the 3D reconstruction of a macromolecule.
Cryo-electron microscopy (cryoEM) entails flash-freezing a thin layer of sample on a support, and then visualizing the sample in its frozen hydrated state by transmission electron microscopy (TEM). This can be achieved with very low quantity of protein and in the buffer of choice, without the use of any stain, which is very useful to determine structure-function correlations of macromolecules. When combined with single-particle image processing, the technique has found widespread usefulness for 3D structural determination of purified macromolecules.
The protocol presented here explains how to perform cryoEM and examines the causes of most commonly encountered problems for rational troubleshooting; following all these steps should lead to acquisition of high quality cryoEM images. The technique requires access to the electron microscope instrument and to a vitrification device. Knowledge of the 3D reconstruction concepts and software is also needed for computerized image processing. Importantly, high quality results depend on finding the right purification conditions leading to a uniform population of structurally intact macromolecules.
The ability of cryoEM to visualize macromolecules combined with the versatility of single particle image processing has proven very successful for structural determination of large proteins and macromolecular machines in their near-native state, identification of their multiple components by 3D difference mapping, and creation of pseudo-atomic structures by docking of x-ray structures. The relentless development of cryoEM instrumentation and image processing techniques for the last 30 years has resulted in the possibility to generate de novo 3D reconstructions at atomic resolution level.
cryoEMの目標は、それらの天然の水和状態で巨大分子の電子顕微鏡像を得ることである。ガラス化した水に高分子の埋め込みによって、凍結、水和サンプルを直接TEM装置に導入し、可視化することができる。ガラス化は、凍結フラッシュ(10,000 Oの C /秒)によって達成、水の結晶化せずにサンプルを凍結し、凍結中の分子の再配列が重要であることを保証する。周囲のバッファについてのサンプルの電子散乱の過剰は、あらゆる汚れ1が存在しない場合に巨大分子を参照するには小さいながらも十分なコントラストを提供しています。コンピュータ化された画像処理は、その後、巨大分子の3次元構造を再作成するために使用することができる。 〜500 kDa-マルチMDA範囲の大きな高分子は、(電子顕微鏡データバンク(EMDB)エントリの80%以上に相当)cryoEMのための理想的なサンプルです。これらは、タンパク質、タンパク質複合体、タンパク質 – 核酸cを含むomplexes、および膜タンパク質は、脂質二重層に埋め込まれた。これらの高分子は、(PDBデータベースに2%未満のエントリで)結晶化しにくく、まだそれは、X線結晶学またはNMRによって解決小片がcryoEMによって作成された3Dエンベロープにドッキングすることができ、多くの場合そうである。一方、cryoEMによって解決最大の構造の一部が薄切片のTEM 2によって完全な細胞内で識別可能である。したがって、cryoEMが効果的に細胞内と原子構造間のサイズと解像度のギャップを埋める。
CryoEMは汚れ除外の領域が強く対比「負」の画像3を作成し、それによって巨大分子が脱水重金属汚れの層に囲まれてネガティブ染色のより古典的な方法(NS)、より優れた高分子の天然の構造を反映している。両方の場合において、電子ビームは、ここで、sは、粒子と呼ばれる、巨大分子の2次元投影画像を生成するHAPEは、電子ビームに対する巨大分子の配向に依存する。多くの粒子が、少なくとも〜1,000のない上限は、信号対雑音比(SNR)の平均も、信号を増加させるために、粒子の空間的配向パラメータを見つけるために「単粒子解析」(SPA)はソフトウェアをコンピュータ上で解析することができる逆投影4-7による巨大分子の3次元構造を再作成する必要がありました。 NSは、高いSNRで、予備試料の特徴付けのために使用され、 新規の三次元再構成を生成する。その解像度はめったに重金属粒の脱水とサイズによって課されている20オングストローム、超えない。一般に、cryoEM次元構造決定のために、低解像度の3D再構成は、最初NSから取得され、次いでcryoEMはさらに、その内部構造を見るために、その天然の水和状態で巨大分子を研究するために、この低解像度の最初のマップを改善するために使用されその解像度を向上させる。ノーTEそのNSモデルが歪んでいた(最も一般的な例は、脱水8起因する平坦化されている)とcryoEM粒子が低いSNR、その後歪みが低SNRで一般的なcryoEMモデル(モデルバイアスアーティファクト、に運ぶことができるがあった場合データセット9)。構造的なゆがみはNSとcryoEM原料粒子間及び生cryoEM粒子および平坦化方向に直交する3次元モデルの対応する突起間の不一致をもたらす。 3Dモデルは、連続した洗練サイクルを受けるなどのモデルバイアスはそれ自体で解決することがあります。その3Dモデルからの生cryoEM粒子と対応する突起間の対応関係の欠如が検出されるであろう、発生してはならないし、デノボモデルはcryoEMデータから構成されるべきである。良い方法は、可能な限り最高のcryoEMモデルを選択するいくつかの可能な3Dボリュームを生じ得る角度再構成アルゴリズム10を使用し、NS 3Dモデルを使用することができそれは、さらに洗練された11になります。より良い戦略は、(議論の専用セクションを参照してください)cryoEMデータセットのSNRを高めることである。
精製された巨大分子の生化学的品質は、最終的な結果で最大限の影響力を持っています。巨大分子、組織から精製されるか、または異種系において発現は、高純度を有し、構造的に無傷であることが必要である。これは、凝集体を形成するべきではないどちらもそれが分解しなければならない。特定のコンホメーションを定義するには、調製条件は、均一な立体配座状態を促進すべきである。複合体を研究するために、それはそうでなければ固定剤が正常より低い親和性相互作用12,13を安定化するために使用されており、それらのk Dは、nM範囲にあることが最適である。
未処理cryoEM画像は、寸法上の貴重な情報、概要、アグリゲーション/多量、均質性の状態、およびmacromolecuの内部構造をもたらすル。それにもかかわらず、技術の可能性を大幅に画像処理によって強化される。 3D構造は、巨大分子の全体的なアーキテクチャ、リガンド及びサブユニットの3D位置、立体構造変化を明らかにし、X線結晶学またはNMRによって決定原子構造のドッキングを可能にします。解像度が増加すると、3D再構成の情報量が段階的に増加させる。一般的に15〜20Åの分解能は原子構造の明確な結合を可能にする、9-10オングストロームのαヘリックスで5Åでそれを識別することが可能である、棒として表示されているβシート、及び3.5オングストロームより良いの解像度で、原子モデル14を構築することが可能である。
少なくとも0.05ミリグラム/ mlの3-5μlの一つTEMグリッドを調製するのに十分であるように、サンプルの比較的少量のSPAを使用して有益な画像と3次元再構成を得るための可能性は、cryoEM魅力的な手法にする。最低限のインストゥルメンタル要件cryoEMために自家製又は市販冷凍プランジャ、そのポンプステーション、グロー放電装置、及び蒸発器を有する超高真空、画像記録媒体及び低用量キット、クライオホルダー電子顕微鏡である。 TEMでの非必須しかしさらなる望ましい特徴(すべての近代のTEM内に存在する)は、CCDカメラまたは直接電子検出器、電界放射電子銃(FEG)、エネルギーフィルタリング、および高スループットのデータ収集ソフトウェアである。原則として、このソフトウェアは、しかし、増加したデータストレージの必要性及びそれに続く教師後処理時間が必要で考慮しなければ、単一cryoEMセッション15万の粒子の数千の収集を可能にする。コントラスト伝達関数(CTF)の補正と組み合わせFEGはαヘリックスを視覚化するのに十分な解像度に達したほとんどの3D再構成の基礎となる。その時点で、解像度のレベルはまた、サンプルに依存する:10Åの分解能に達すること、膜タンパク質のためのあまり一般的であるかのに対し、対称性の高い順序は、原子分解能がより実現可能である存在です。直接電子検出器の最近の開発は、低(4×)またはcryoEM電子密度マップの品質は、これらのX線回折データ16,17から導出一致しない対称性を有する巨大分子のための原子分解能を可能にした。
技術の機能を説明するための具体例としてはcryoEMが彼らの構造決定の継続チーフ役割を持っている巨大分子の4つの重要なタイプのためにここに提供されている。 60倍と忠実なと再現可能なアライメントを可能にする、その大きなサイズによって、データセットが増加し、その二十面体の対称性を有する(i)は、いくつかの正二十面体ウイルスの構造はSPA 18に続くcryoEM近く-原子分解能に解決されています。私たちは、cryoEMによる及びcryoEM / X線HYによるため、近接原子構造正二十面体ウイルス、アデノ随伴ウイルス(のAAV)、のクラスの例を示しているBRIDの方法は19,20存在する。 (II)らせん構造を持つ高分子は、微小管、フィラメントおよびウイルスが挙げられる。螺旋軸に沿ったそれらの繰り返し単位は、螺旋幾何21に適合SPAのより複雑なバージョンによって分析することができる。例では、タバコモザイクウイルス(TMV)、cryoEM 22により原子レベルの分解能に解決されたRNAウイルスを示す。 (iii)の大型の可溶性タンパク質が十分に研究されている。これらのうち、対称的な多量のシリンダを形成する巨大分子は、しばしば、サブナノメートルの分解能23,24で解か定期的なアーキテクチャを構成している。ここでは、KLH、ハイブリッド分子モデルがcryoEM / X線結晶学のハイブリッド法25から作成された無脊椎動物酸素運搬体の画像を示す。 (iv)の膜タンパク質は、タンパク質の重要なクラスである。これらは、ヒトゲノムによってコードされるタンパク質の約1/3を構成する、まだそれらは、trを伴う複雑に構造的に特徴付けることが困難である合わせた任意の構造技術によって解析された構造の1.5%未満を構成するansmembraneドメインの安定化26、。それらの構造決定におけるcryoEMと3D再構成の役割は、リアノジン受容体(RyRの)、筋収縮および脳シグナル伝達において重要な大きな真核細胞内Ca 2+チャネルを用いて例示されている。現在までの最高解像度cryoEM構造は、10Åの分解能で、二次構造27を明らかにする。
SPA続いTEMは、所与の巨大分子のために、低解像度の3D構造は、第higher-が続いてもよいNSデータから決定され、一般的に、ミッド2014年EMDBで2000エントリに近づいて、多くの巨大分子の3D構造が寄与してい解像度cryoEM 3D構造。最初の3D再構成を容易にNSによって提供分子境界の高コントラストが、後で、完全に水和した状態で巨大分子、およびより高い解像度を達成する可能性の内部構造をマッピングする能力でcryoEMによって精製される。 cryoEMの別の利点は、巨大分子の崩壊につながる可能性が脱水ストレスの排除である。また、可能な表面吸収の影響を排除し、高分子が溶液中で採用ホメーションを示すカーボン担体を省略できる可能性がある。クライオネガティブ染色、cryoEM及びNSの組み合わせは、完全にhydは高コントラストを与える染色自体が巨大分子31の完全性を妨害する可能性があるため、評価試料ともSPAを使用して3D再構成をもたらすことができるが、しかし、それはより少ない頻度で部分的には、10未満EMDBのエントリで、使用されてきた。 3D再構成を助長する他の二つのTEM技術は、2D電子線結晶学と電子線トモグラフィーである。 2次元電子線結晶学は、平面または管状の結晶が必要です。結晶の電子回折は、潜在的に、原子分解能32に至る3次元再構成のために使用される。ビトリファイドまたは伝統的に固定した標本の電子線トモグラフィーでは、高分子またはサブ細胞成分は、単数形のオブジェクトを再構築することができるという利点と、その後の断層復興33のためのTEMの内側に回転させられる。現状では、この技術は、40〜34,35〜20オングストロームの範囲の解像限界を有する。すべてのこれらの分子のTEM技術の中で、NSとcryoEMデータのSPAは最も広くなっている使用。プロトコルは、ここに示したSPAの分析に適しcryoEM画像を取得するに専用されている。それにもかかわらず、プロトコルのほとんどはまたcryoEM 2Dの結晶断層サンプルに適用可能である。
成功cryoEMセッションは多くの重要なステップの組み合わせの成功に依存します。心に共通cryoEMアーチファクトの説明を続けると、それらを回避する方法の重要な側面は、以下の段落に記載されている。このセクションでは、SPA法を用いた高品質の3D再構成を得るために、データ収集のガイドラインが記載されている。
氷の結晶質への移行は避けてください。中央の側面サンプルはTEM観察を通してクライオ急落の瞬間からガラス状態に滞在する必要があることです。したがって、液体エタン中に試料を急落した後、全ての後続ステップは、液体窒素(-196℃)又は液体ヘリウム(-269℃)の温度で行われる。 -135℃以上に加温することで硝子体に水を変換する結晶性の水;その後、巨大分子再配列が行われてもよいし、水の結晶が画像( 図3A)を支配する。サンプルは捨ててください。取り扱いピンセットが不十分前ならば偶然のサンプルウォームアップは、クライオプランジングは、TEMに(gridboxで保護されている場合でも)コンテナ、および/またはクライオホルダーの挿入の間に凍結されたグリッドの移動が遅すぎる場合に発生する、または可能性があり冷却された。クライオ転送時のTEMにおける重要な真空劣化(冷たいサンプルは暖かい入ってくる空気をトラップし)、サンプルを温めることがあります。最後に、過剰照射の試料は、結晶氷への移行につながる可能性があります。
氷の汚染を最小限に抑えます 。少量のサンプル(3-5μL)をTEMグリッドに適用さを考えると、蒸発が緩衝成分(塩、洗剤)を集中するため、多量体状態の損失を含む巨大分子整合性に影響を与える可能性があります。高い相対湿度(RH)の微小環境またはチャンバ回避sのこの問題。代わりクライオプランジングが十分に換気され 、環境低温室で行うことができます。クライオプランジRH後に自身がコールドトラップとして作用する低温グリッドとして、氷の汚染、または低温グリッド上の周囲の湿度の凝縮を防ぐために可能な限り低くすべきである。アイス汚染は高コントラスト、〜5 nmおよび妨害またはさえ完全に画像をブロック数ミクロンの間の範囲の大きさの無い部分構造を有する粒子で構成されています。空気転送時の低温グリッドに向けて/呼吸を話して、空気ドラフトを避け、周囲のRHを減らす。 (白懸濁粒子として見える)凝縮水とのオープン液体窒素容器も廃棄されるべきである。
巨大分子の向き/ビューを最大化します。サンプルのサポートについては、なされるべき選択は、真のホーリーグリッドとホーリーグリッド上に薄い炭素の間にある。これは、サンプルが炭素孔対炭素膜の上に広がる方法は、(i)、(ii)の利用可能なサンプルconceに依存ntration、裸の穴(約0.02〜2μM)から画像上の同様の粒子密度のために、炭素担体よりも100倍高い濃度を必要とすること、及び(iii)高分子の配向の分布がどのようにランダムである。炭素親水性となるようにグロー放電を、注意、すべての3つの面で重要な効果を有し、これは、サンプル依存すること。高解像度の3D再構成を改良する際再発ビューランダム円錐再建による初期構造決定のために望ましいが、巨大分子の配向については、高分子のビューのランダム性が望ましい。この例では、RyR1のは大好きな「4倍」ビュー( 図2D)と炭素と相互作用し、配向のランダム性と高い解像度36ホーリー·グリッドが必要です。
SNR。SNRを増加するための最良の戦略は、ノイズのバックグラウンド源を減少させることで最大化する 。過度の氷厚さ及び(存在する場合)をサポートし、タンパク質は、余分なノイズが追加さ埋め込むために必要とされるものを超えた炭素膜の厚さ。したがって、氷の厚さは、ブロッティング時間、圧力、相対湿度、およびフィルター紙の品質を制御することにより、必要最小限に低減されるべきである。カーボン担体の場合は、薄い(〜5 nm)のカーボン膜が厚く、穴あきカーボン膜上に積層されている:サンプルは薄いカーボンで覆われた穴の上に結像されている間厚いホーリー炭素は機械的な抵抗を提供する。一方で、その非常に薄い氷の点に注意して、および/ または炭素は、Web( 図3D)になることができます簡単に壊れてサポートすることがあります。 SNRを最大化するために、不要な緩衝液成分は避けるべきである。膜タンパク質のために、洗剤は対照的に大きな打撃を与えた( 図2D、右側のパネルを参照してください)かかり。表面張力を減少させることによりさらに界面活性剤は、サンプル支持体上に広がっている方法を変更します。いくつかの膜タンパク質は、detとに加えて、脂質の存在を必要とするさらにコントラストを低下させるergent、。これを克服するために、サンプルは、単に凍結急落37の前に低い界面活性剤濃度で脂質なしで緩衝液中に希釈することができる。新しい代替洗剤16および膜貫通ドメイン成分を安定化するナノディスク38の使用はcryoEMによる撮像膜タンパク質のための成功したアプローチであると思われる。
高品質の画像のために努力し、CTF補正のために準備する。ビトリファイド標本がなくはあり指していないもので、CTF、周波数に強度を関連付ける機能は、いくつかのゼロ遷移を持って十分な画像(位相)のコントラストを生成するために、高いデフォーカス値を必要とする情報。 CTF補正は、低解像度の3D再構成のために必要ではないが、より高い解像度を目指すとき、3Dオブジェクトの正確な表現を回復するために、異なるdefociの画像は、計算CTF補正を行うことができるように、収集される必要がある。CTFの決定及び補正は、主要なSPAソフトウェアパッケージ4-7に含まれています。詳細は別の場所で39見つけることができます。最適CTF補正のため、defociの範囲を使用。良い戦略は、3-4デフォーカス値の間で交互にある。値は、巨大分子のサイズに依存(大きいサイズが少なく、デフォーカスを必要とする)、氷/カーボンの厚さ(シンナーサンプルが少ないフォーカスを必要とする)、及び電圧(低電圧が少なく、デフォーカスが必要です)。 200 kVの場合、値の良い出発範囲は2.5、3、3.5と4μmのデフォーカスである。 CTFは、逆格子空間表現、パワースペクトルにおいて、高および低強度の環(トーンリング40)を交互として現れる。パワースペクトルを表示する解像度の可能性を明らかにする。最も広い可視のトーンリングの周波数は、達成可能な解像度の事前推定最も近い。パワースペクトルは、定期的にチェックし、乱視(非円形)のトーンリングされるべきである( 図3C)は、客観的なスティグマを修正する必要があります。トーンリングは、少なくとも所望の解像度まで表示されるはずです。
このプロトコルを使用して得られたcryoEMデータセットを直接3D再構成を生成するために、SPAによって処理することができる。でも、理想的なサンプルで、3D再構成の品質がTEM機器の性能仕様の、画像処理に依存するであろう。これらの両方の前線の継続的な改善をし、最近開発された直接の電子検出器への特別な言及に、より一貫して、原子分解能での3D再構成を得る可能性は、それが今までにあったより近いです。
The authors have nothing to disclose.
We thank the kind donations of AAV5 sample by Mavis Agbandje-McKenna and Antonette Bennett, and of TMV sample by Ruben Diaz. This work is supported by American Heart Association grant 14GRNT19660003 and VCU startup funds to MS.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
Ethane | Airgas | 371745 | 99.99% purity very important, impurities can lead to high-contrast contaminants on the grid. CAUTION: flammable |
Liquid nitrogen | Airgas | 27135 | 99% purity. CAUTION: handling liquid nitrogen in a cold room poses a serious asphyxia hazard since nitrogen displaces oxygen without any warning signs. |
Dumont no. 5 Antimagnetic tweezers | Ted Pella | 5326 | |
Mica sheets, 1 x 4 cm | Ted Pella | 54 | |
Graphite rods, presharpened size 1/8” dia x 2 ¼” long tip 0.039” dia neck type | Electron Microscopy Sciences | 70220-45 | |
350 ml cryo-dewars | Pope | 8600 | |
Cu 400 mesh holey grids Quantifoil | Quantifoil | Q10525 | |
Cu 400 mesh holey grids C-Flat | Protochips | CF-1.2/1.3-4C | |
Glow discharge device | Electron Microscopy Sciences | Model E7620 | |
Turbo pumping station | Gatan | Model 655 | |
Carbon evaporator | Denton Vaccum | Model 502B | |
Freeze plunger | FEI | Vitrobot Mark IV | |
Image Processing software CTFFIND3/CTFTILT | http://grigoriefflab.janelia.org/ctf | ||
Image Processing software EMAN | http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2 | ||
Image Processing software Spider | http://spider.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html | ||
Image Processing software Freealign | http://grigoriefflab.janelia.org/frealign | ||
3D visualization software Chimera | http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ | ||
Native Keyhole Limpet Hemocyanin | Biosyn |