The zebrafish is a powerful model system for developmental biology and human disease research due to their genetic similarity with higher vertebrates. This protocol describes a methodology to create haploid zebrafish embryos that can be utilized for forward screen strategies to identify recessive mutations in genes essential for early embryogenesis.
ゼブラフィッシュは、科学的な研究の多くの分野に関連する主流の脊椎動物のモデルとなっている。基本的な実体顕微鏡で原腸からの器官形成に至るまでのイベントの直接観察を可能にする形質の星座 – ゼブラフィッシュは、彼らの体外受精、胚の大きさ、急激な個体発生、および光学的透明性に起因する発達プロセスの前進遺伝子分析のために特に適しています。さらに、ゼブラフィッシュ胚は半数体の状態で数日間生存することができる。それは親(P)世代の突然変異誘発の後、第一世代に存在する劣性変異対立遺伝子(F1)女性のキャリアの識別を可能にするように、in vitroで半数体胚の生産は、突然変異分析するための強力なツールです。したがって、この手法は、還元に伴って、研究者の時間を節約し、複数世代変異体ファミリーの繁殖を含む( 等 F2、F3など)を上げる必要がなくなりゼブラフィッシュのコロニースペース、労働、飼育コストの必要性。ゼブラフィッシュは、過去数十年間の画面を前方に行うために使用されているが、トランスジェニックおよびゲノム編集ツールの着実な拡大があった。これらのツールは、ここでさらに、脊椎動物の個体発生をドライブする遺伝子調節ネットワークを分析するために使用することができ、次世代スクリーンのための微妙なアッセイを作成する方法の茄多を提供します。ここでは、半数体ゼブラフィッシュ胚を準備する方法について説明します。このプロトコルは、初期胚の段階で形成するプロセスや組織の広範な数の開発のメカニズムに対処するために、このようなエンハンサーとサプレッサーの画面のように、新たな未来の半数体スクリーンのために実装することができます。
脊椎動物の発生を編成基本的なプロセスは、大きく分けて1を保存されている。開発に重要な役割をする遺伝子を同定するための強力な方法は、対象となるプロセスにおける表現型の欠陥につながる遺伝変異を単離することである。ゼブラフィッシュ、 ゼブラフィッシュは 、過去数十年にわたり2脊椎動物の発生遺伝学のために広く使われているモデル生物となっているコイ科の魚のファミリーに属する小さな淡水硬骨魚種である。ゼブラフィッシュの卵は、受精3の開始から受精卵へのアクセスを許可する、外部で受精されています。さらに、初期胚は、簡単な立体顕微鏡3で開発の可視化を可能にする、光学的に透明である。ゼブラフィッシュ個体発生は、切断、原腸形成、および大部分の開発3の最初の日をかけて完成、心臓や腎臓など多くの構造、、の器官形成過程で、迅速である。 T彼が性的に成熟する幼虫の段階から時間が2〜3ヶ月かかり、大人が、長さが約3〜4センチ、非常に多くの魚が最小限のスペース2に維持することができる小型の脊椎動物である。また、ゼブラフィッシュ大人は週2当たり数百の胚を生成することができ、それぞれの魚で、高い繁殖力を持っている。これらの属性は、前進のためのゼブラフィッシュの扱い易さをレンダリングし、遺伝子スクリーニングを逆にしている。ゼブラフィッシュは、彼らの解剖学、細胞生物学、および哺乳類2,4など、より高度な脊椎動物種と生理中の高度の保存性を有する。実際、最近の配列分析は、ゼブラフィッシュゲノムは、ヒト遺伝子の約5〜70%の相同体を含有することを実証した。この保存は、胚および成体条件2,4の両方を含む多数のヒト疾患のモデルとしてゼブラフィッシュを使用するために研究者を可能にしました。まとめると、これらの要因は、ゼブラフィッシュ遺伝子を同定することを目的とスクリーンのための優れたシステムで行った通常の脊椎動物の個体発生に不可欠。
大型画面の数は、ゼブラフィッシュで行われており、発生遺伝子6-8に数千の変異を同定した。ゼブラフィッシュ成人男性は、変異導入に適しており、染色体変化は、化学変異原エチルニトロソ尿素(ENU)6,7またはレトロウイルス挿入突然変異9を使用して比較的高い周波数を生成することができる。現在までに、9,000以上の遺伝変異が作成され、胚発生の事実上すべての側面に影響を与える遺伝子が含まれています。ゼブラフィッシュのコミュニティは、世界中から約5000変異体およびトランスジェニック対立遺伝子を収集したゼブラフィッシュ国際リソースセンター(またはZIRC)10、これらの変異体を集中バンクを確立しています。これらの変異の多くは、分析的および生物学的分野にわたってニュメロを離れて悩ますするために使用されている貴重な情報を研究者に与えて、クローン化されているゼブラフィッシュの実験で、発信洞察を通して私たちの細胞および生理学的経路。
フォワードスクリーンは重要な遺伝子の印象的な数を特定しているが、多くのプロセスの無数を仲介する遺伝子制御ネットワークについて理解されるように至っていない。これまで行われ、多くの画面が飽和状態に達していないため、前進だけでなく、逆遺伝学的スクリーニングは、胚発生のメカニズムを特定し、分析するための基礎と推移している。任意の単一のゼブラフィッシュ変異体のラインから収集することができる驚異的な洞察力がありますが、フィールド内の主要な制限要因は、歴史的にポジショナルクローニングに必要な時間のかかる努力している。このため、多くの化学的に誘発突然変異の同一性は、謎のままである。しかし、迅速なクローニング11月14日を容易に全ゲノムシーケンシングアプローチの最近の出現で、遺伝的変異の信じられないほど効率的な同定は今Feであるasible。
ゼブラフィッシュにおけるプロトタイプの前進画面は3世代6,7( 図1、左の列)内の劣性変異を同定することができ、二倍体の画面です。この技術は、親(P)雄の生殖細胞に変異を生成し、次いで、野生型の雌とを交配するこの雄含む。この交配からの第一世代(F1)の子孫のそれぞれが、変異した父方のゲノムの染色体の貢献のために1つ以上のユニークな変異を保有します。 F1子孫を上げるとF2ファミリーを作成するために野生型と外部交配されています。 F2ファミリでは、兄弟は、野生型またはヘテロ接合性の担体のいずれかとなり、対象とする表現型について分析するクラッチF3(s)を生成するためにランダムにincrossedされる。ヘテロ接合キャリアのF3クラッチは25%、野生型、50%のヘテロ接合、および25%のホモ接合変異体の魚が含まれています。この多世代スクリーニングスキーマはしかし、このAに1大きな欠点効果的であるpproachは、画面の準備に必要な時間が含まれています。各世代が性的に成熟するために3カ月の周りに必要とするためだけでは魚の飼育の少なくとも1年は、関与している。二倍体の画面のこのタイプの他の制限は、仕事、スペース、住宅のコスト、これらの世代である。
半数体スクリーンは、同様の変異誘発ストラテジー15( 図1、右欄)を使用して劣性変異を同定し、続いて単離するために使用され得る一つの代替である。半数体ゼブラフィッシュ胚の生成は、最初の30年以上前に16に説明され、半数体の染色体倍数性との数日間を開発することは通常の二倍体ゼブラフィッシュの能力は、この時以来、多数の遺伝学的研究のために利用されている。半数体スクリーンの主な利点は、この方法が劣性突然変異対立をスクリーニングするために、F2の家族を高める関与しないということです。その代わりに、F1世代の雌を評価される半数体状態でのF2子孫( 図1、右欄)を調べることによって、対象プロセスにおける劣性変異のヘテロ接合。全体的に、半数体胚を調達するための手順は、( 図2)は比較的簡単である。腹から(または「スクイーズ」)卵を押し出すように精子を処理するために必要な溶液の調製後、卵を手動操作することによりF1世代雌から得られる。卵が得られると、それらは、紫外線(UV)不活性化精子への曝露によってインビトロで受精される。紫外線不活性化された精子は、短波長紫外線父方のDNAを架橋するという事実のために卵に対する実行可能なDNAに貢献することができない。しかし、精子はまだ卵の活動および接合体の開発に関連するイベントをトリガすることができる。代謝活性化されると、卵は減数分裂IIを完了し、各chromosoの唯一の母系堆積コピーを使用して開発を進める私。それが母性染色体上に存在する場合、このために1Nの倍数性、胚は、劣性変異対立遺伝子の発達の影響を受けます。母親が十分に浸透劣性対立遺伝子のヘテロ接合キャリアであればこのように、各F2一倍クラッチは、50%の野生型および50%変異胚が含まれます。胚の遺伝子型のこの分布は、関心のある変異体の表現型の存在のためにクラッチを評価するという点で比較的容易にできるようになります。このような表現型が検出された場合、F1世代の女性の創設者は、その後、より多くのヘテロ接合キャリアを作成し、高めるために、野生型雄のゼブラフィッシュに外部交配されています。それは、画面を実行するために複数の世代を調達する必要がないため、研究者はかなりの時間、労力、そして水槽の容量を節約するが、それでも検討F1雌の数に基づいて、ゲノムのかなりの数を調査する権限を持っていることができます。このように、半数体の画面がabsencに開始小さな研究室やプロジェクトのために特に実現可能である相当な資金調達のE。
しかし、半数体の使用にいくつかの制限と欠点があります。まず、半数体ゼブラフィッシュ胚は数日のために生きる、と一般的に3〜5日後に受精(DPF)15ダイ 。半数体ゼブラフィッシュ胚は何よりも彼らはそれにもかかわらず、体節のセグメント15,17の正常な数を持って短く、ずんぐりした体である中で、いくつかの特性に基づいて二倍体と区別することができる。現像が進行するにつれて、通常は2-3のdpfおよび浮腫15,17により血液プールに関連付けられた、脳示す、細胞死が増加し、循環が悪い。さらに、半数体は浮き袋15,17を膨らませることができない。にかかわらず、これらの形態学的な違いの、ほとんどの主要な臓器や組織は、心臓、目、および脊索15,17を含めて、形成されている。一つの特徴は、一倍体のクラッチについて述べたそれらが不完全胚&#の品種の観点から表現型の範囲を含むことである8212;ゼブラフィッシュ系統間で観測された特徴。組織(S)と目的の時点が、野生型の半数体株では合理的に正常な発育を示した場合このように、1は確認する必要があるため、画面やその他の研究プロジェクトにおける遺伝的欠陥のために評価される可能性がある。
これらの課題にもかかわらず、半数体の画面は、ゼブラフィッシュの初期の開発プロセスのために必要な遺伝子を同定するために成功裏に実施されてきた、と一倍プロトコルがよく、長年15〜19のためのコミュニティ内のリソースを確立されている。より最近では、半数体魚類胚を生成する処理は、メダカ20,21から一倍体胚性幹(ES)細胞培養物を作成するために研究者によって使用されている。 インビトロでメダカ半数体胚の製造後、胚を有する半数体細胞の純粋なクローンを生成するために、別の5-8週間、続いて約15週間継代した初代細胞培養物を得るために使用したES細胞の特性15〜19。魚半数体ES細胞株の生成は、脊椎動物の細胞系譜に劣性の表現型を解析するための幅広い将来性を秘めていますし、今後数年間で遺伝子分析のための新しいアプローチを示しています。このように、半数体の魚の胚の生成は、生物医学研究コミュニティでのアプリケーションの成長しています。このビデオの記事は、確立されたプロトコル15-19,22に基づくUV不活化精子を用いてインビトロで半数体ゼブラフィッシュ胚を生産して必要な手順を視覚的にデモを提供しています。
半数体スクリーニングは早期の発達段階のために必要な必須の遺伝子を発見するために有用な技術である。また、メダカから一倍体細胞の培養は、半数体細胞は、脊椎動物遺伝子研究20,21の他のタイプの貴重な将来の場を提供し得ることを実証し、数多くの研究用途および電位を有するES様細胞株を単離するために使用されている。このプロトコルは、UV不活性化された精子と体外受精によって半数体ゼブラフィッシュ胚の生産を行うに関わる方法のデモが用意されています。この方法論は、エンハンサー/サプレッサースクリーニングのための野生型、トランスジェニックまたは突然変異株を用いて作製することができる突然変異誘発されたF1の魚と前方半数体スクリーニングを行うために使用することができる。
半数体の戦略を用いたスクリーニングの時間が大幅に二倍体のスクリーニングに比べて短くなっていますが、それにもかかわらず、完了までに数ヶ月かかります。我々はdescriとして以前ベッド、発生事象の任意の数に関する現在の知識への新たな貢献をするのを助けることができるすべてが一倍スキーマを使用して画面を実行することによって、存在する多くの利点があります。半数体スクリーンの方法論は、時間、空間、そして必要とされている魚の数の減少に二倍体ベースの画面よりも劣性突然変異対立遺伝子を同定するための、より効率的である。しかし、半数体の画面には、いくつかの落とし穴があります。胚のみ半数体ゲノムと限られた時間のために生き残ることができるように一倍画面は、開発の最初の数日以内にアクティブである遺伝子に変異体を同定することができます。後で開発において発現される遺伝子は、二倍体スクリーンのような異なる方法によって同定される必要がある。また、一部の臓器は半数体生物において正常に発達しない。変異は半数体スクリーニング技術では見逃される可能性があり、解剖学的異常、または発生の遅延時間が、あるかもしれません。私Nさらに、魚のいくつかの株が一倍状態15においても発症しない。半数体胚軸の欠陥で胚を指定するためにほとんどの正常、Bはで、良い中間貧しい胚性機能のグレーディングシリーズ別に分類することができますが、明確な頭と尾、およびC / Dが認識できないとの胚を指定する特徴(卵黄球の上に細胞の塊)15,17。これらのカテゴリの中の胚の割合は、特定の遺伝的背景15,17でより普及してより良い品質の半数体数の増加とともに、ゼブラフィッシュ株によって異なります。これらの要因により、それが突然変異誘発およびその後の交雑を行うことがゼブラフィッシュの適切な菌株を見出すことが必要である。私たちの最近の経験では、野生型テュービンゲン株は、スクリーニングのための実行可能な半数体を生成し( 図3、図4に示すように)歴史的にゼブラフィッシュ研究者が一倍experimため、ABまたはAB *株を利用してきたのにentation 15。
これらの前述の課題に加えて、全てのプライマー処理された成体ゼブラフィッシュ雌圧搾法を行う際に、クラッチを生成する。たとえば、ENU-変異誘発さテュービンゲン株の雌での作業では、すべての女性の約半数が圧迫時にクラッチを生産しており、これらのいくつかの割合(通常は10から30までパーセントは)悪い胚の質だったか受精することができなかった。このように、半数体の画面を実行するために1はゲノムの希望数を(それぞれの女性が1ゲノムスクリーニングを表す)をスクリーニングするために、必要に応じて2倍以上多くの魚を調達することを計画しなければならない。アッセイは半数体の状態に適しているかどうにかかわらず、この対価の、大規模な動物施設なしでゲノムの多数をカバーするためのスクリーニングの半数体法の利点は確かに非常に重要である。しかしながら、半数体クラッチで同定された突然変異のさらなる研究(s)は正常αを上げる上で完全に依存していることにも留意すべきである女性の創業者からn個の交配。任意の画面と同様に、最初にスクリーニングプロセス中に識別 'ヒット'を二倍体の状態で再識別されなければならない。
半数体スクリーンを使用することの落とし穴にもかかわらず、それは科学的なフィールド15に洞察力に利益を徹底的に分析されている変異体を、特定するのに非常に成功したことが示されている。半数体スクリーンは、脊椎動物の発生の他のあまり理解のプロセスを調査するために実施することができる。エンハンサーとサプレッサースクリーンのため半数体を使用すると、活動や興味のある遺伝子の調節ネットワークへのより多くの洞察を得るための一つの方法である。半数体スクリーニング技術はまた、エンハンサーおよび既に化学的または挿入突然変異のような方法によって単離または逆遺伝学またはTILLING TALENS近づくようにされている変異体のサプレッサーを同定するために用いることができる。一言で言えば、以前に単離された変異はENUで突然変異誘発することができ、エンハンサーまたはSに関してスクリーニングオリジナルの変異体の表現型のuppressors。突然変異は、成人の段階に到達することができなければならないので、しかし遺伝子組換えにおける最近の進歩は、研究者は、この問題をスカートさせているが、この画面を実行するためにヘテロ接合性動物または弱いホモ変異魚を有することが必要である。開発に経路を操作する方法を学ぶことは疾患状態を治療するための経路を乱すの見通しなど、多くのエキサイティングな可能性につながることができます。
The authors have nothing to disclose.
この作品は、以下から生するための資金によってサポートされていました:NIHの助成金K01 DK083512、DP2 OD008470、およびR01 DK100237;ダイムバジルオコナースターター奨学生賞#5-FY12-75年の3月。科学と生物科学専攻のノートルダム大学の大学から資金を起動する。そしてギャラガー家族に代わってエリザベスとマイケル·ギャラガーからノートルダム大学に寛大な贈り物は、幹細胞研究育成する。資金提供者は、研究デザイン、データ収集と分析、公開することを決定、または原稿の準備に何の役割がありませんでした。私たちは、ゼブラフィッシュのコロニー·福祉での顕著な献身のために彼らのサポートのために生物科学の部門のスタッフに感謝し、ノートルダム寺院でのゼブラフィッシュ研究センター。我々は、図4に設けられた写真を撮るために、GFゲルラッハに感謝します。最後に、我々は彼らのコメント、議論やINSIGのための私達の研究室のすべてのメンバーに感謝この作品についてHTS。
Name of Reagent/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
Hank's Stock Solution #1 | 8.0 g NaCl, 0.4 g KCl in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #2 | 0.358 g Na2HPO4 anhydrous; 0.60 g K2H2PO4 in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #4 | 0.72 g CaCl2 in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #5 | 1.23 g MgSO4-7H2O in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Premix | Combine in the following order: (1) 10.0 ml HS#1, (2) 1.0 ml HS#2, (3) 1.0 ml HS#4, (4) 86 ml ddH2O, (5) 1.0 ml HS#5. Store all HS Solutions and Premix at 4 degrees Celcius. | ||
Hank's Stock Solution #6 | 0.35 g NaHCO3 in 10.0 mls ddH2O; make fresh on day of use. | ||
Hank's Final working solution | Combine 9.9 ml of Hank's Premix with 0.1 ml HS Stock #6 | ||
XX-Series UV Bench lamp | UVP | 95-0042-05 | Model XX-15S Bench Lamp |
XX Bench Stand (Adjustable) | UVP | 18-0062-01 | Model XX-15 Stand |
Embryo incubation dish | Falcon | 35-1005 | |
50 X E3 | 250 mM NaCl, 8.5 mM KCL, 16.5 mM CaCl2, 16.5 mM MgSO4 in distilled water. Supplement with methylene blue (1 x 10-5 M) (Sigma M9140) to inhibit contamination. | ||
1 X E3 | Dilute 50 X E3 in distilled water | ||
Stereomicroscope | Nikon | SMZ645; SMZ1000 |