Key steps of protein function, in particular backbone conformational changes and proton transfer reactions, often take place in the microsecond to millisecond time scale. These dynamical processes can be studied by time-resolved step-scan Fourier-transform infrared spectroscopy, in particular for proteins whose function is triggered by light.
Monitoraggio delle dinamiche di protonazione e proteine backbone cambiamenti di conformazione durante la funzione di una proteina è un passo essenziale verso la comprensione del suo meccanismo. Protonazione e conformazionali cambiamenti riguardano il modello di vibrazione di catene laterali di aminoacidi e del legame peptidico, rispettivamente, entrambi i quali possono essere controllato di spettroscopia infrarossa differenza (IR). Per le proteine la cui funzione può essere ripetutamente e riproducibile innescata dalla luce, è possibile avere spettri infrarossi differenza con (sub) risoluzione microsecondo in un range spettrale ampia utilizzando il passo scansione trasformata di Fourier tecnica dell'infrarosso. Con ~ 10 2 -10 3 ripetizioni del fotoreazione, il numero minimo per completare una scansione a ragionevole risoluzione spettrale e larghezza di banda, il livello di rumore negli spettri differenza di assorbimento può essere basso come ~ 10 – 4, sufficiente seguire le cinetiche di modifiche protonazione di un singolo amminoacido. Minorelivelli di rumore può essere realizzato da più media di dati e / o elaborazione matematica. La quantità di proteina necessaria per ottenere risultati ottimali è tra 5-100 mg, a seconda della tecnica di campionamento utilizzato. Sui requisiti aggiuntivi, la proteina deve essere prima concentrato in un buffer bassa forza ionica e quindi essiccato per formare una pellicola. Il film proteina è idratata prima dell'esperimento, sia con piccole goccioline di acqua o umidità atmosferica sotto controllo. Il livello di idratazione raggiunto (g di acqua / g di proteina) è misurato da uno spettro di assorbimento IR. Per mostrare la tecnica, abbiamo studiato la fotociclo del batteriorodopsina pompa protonica luce-driven nel suo ambiente nativo membrana viola, e della luce-dipendenti canale ionico channelrhodopsin-2 solubilizzati in detergente.
Per chiarire completamente come le proteine svolgono la loro funzione, è necessario misurare come funzionano, cioè lungo un percorso di reazione che spesso comporta una serie di intermedi e si estende diversi ordini di tempo. Passaggi chiave della funzione della proteina si svolgono spesso in microsecondo per millisecondo di tempo 1, in particolare dorsali cambiamenti conformazionali e trasferimenti protone reazioni in proteine di membrana. Cristallografia a raggi X, forse il pilastro della biologia strutturale, fornisce statiche (time-media) densità di elettroni da ben diffrazione cristalli proteici, notoriamente difficili da crescere con proteine di membrana 2. Un modello atomico 3D può essere costruito sulla base di densità elettronica, anche se raramente compresa la posizione degli atomi di idrogeno. Notevoli progressi in cristallografia a raggi X risolta nel tempo, basandosi sia su diffrazione Laue 3 oppure al femtosecondi impulsi di raggi X 4, aggiunge la dimensione temporale all'alta informazioni strutturali inherent di cristallografia a raggi X 5. Ma mettendo da parte le sfide tecniche e analitiche, il reticolo cristallino può compromettere la spina dorsale cambiamenti conformazionali e modificare la dinamica delle proteine, un difetto inevitabile di metodi basati sui cristalli proteici 5. Di conseguenza, gli aspetti dinamici di proteine sono ancora meglio coperti da metodi ottici, come sperimentato dal flash fotolisi 6,7, anche se con l'inconveniente generale della limitata comprensione strutturale.
Spettroscopia infrarossa trasformata di Fourier (FT-IR) combina la risoluzione temporale di spettroscopie ottiche con una preziosa sensibilità a struttura proteica, l'ultima caratteristica sfruttata in innumerevoli studi strutturali e funzionali statici sulle proteine di membrana 8-11. In particolare, la spettroscopia differenza FT-IR ha dimostrato di essere uno strumento ideale per studiare piccoli cambiamenti spettrali come transiti di proteine da uno stato metastabile ad un altro 12-19.
Studies sulla dinamica delle proteine, diverse a livello di singola molecola 20,21, richiedono un processo di attivazione per la sincronizzazione. Una reazione è convenientemente iniziata veloce e non invasivo utilizzando la luce come trigger, come fatto nello studio delle proteine con photoreactions ciclici. Una sfida maggiore associata a studi risolta nel tempo è il raggiungimento della risoluzione temporale sufficiente pur mantenendo una buona risoluzione spettrale e opportuno rapporto segnale-rumore. Anche essenziale è quello di coprire una gamma sufficientemente ampia spettrale e temporale. Step-scan-tempo risolto spettroscopia FT-IR eccelle in tutti questi aspetti 22, con esempi pubblicati coprono intervalli spettrali larga come 3,900-850 cm -1 e dinamica che si estende ~ 9 ordini di tempo, fino a 3,5 centimetri -1 spettrale e 30 risoluzione temporale nsec 23-28.
Spettrometri a trasformata di Fourier IR mostrano rumore ridotto e una maggiore accuratezza fotometrica su quelli dispersivi 29. Tuter, nella modalità di registrazione rapida scansione normale spettrometri FT-IR soffrono di una risoluzione temporale limitato a ≥ 5-10 msec come conseguenza del tempo minimo lo specchio mobile dell'interferometro richiede di completare una scansione. Con la tecnica step-scan, al contrario, la dipendenza dal tempo della manifestazione dinamica è disaccoppiato dalla durata della scansione dell'interferometro. In breve, lo specchio mobile si sposta a passi discreti anziché scansione continua per completare una scansione. In ciascuna di queste fasi del (mobile) Specchio è tenuto fisso e un transitorio viene registrato. Così, la risoluzione temporale è limitata dal tempo di salita del mercurio-cadmio-tellururo (MCT) rilevatore, che è tipicamente nell'intervallo di 10-100 nsec. In pratica, l'ampia gamma dinamica del interferogramma (contenente un intenso segnale nei segnali centerburst e piccoli nelle ali), è necessario per una corretta digitalizzazione un convertitore analogico / digitale (ADC) con ben 16-24 bit, portando a campionamento tariffe non superiori a ~ 200 kHz(5 msec) 30. Nanosecondo risoluzione temporale può essere realizzato misurando solo le variazioni del interferogramma, per cui un bit ADC 8-12 è sufficiente 23,31-33. Aspetti tecnici 30,34,35 e applicazioni 36-38 di step-scan risolta nel tempo sono state discusse in dettaglio altrove.
Lo scopo del contributo è di fornire un protocollo che descrive le pratiche di passo-scan spettroscopia FT-IR risolta nel tempo sulle proteine di membrana fotosensibili. Qui, le prestazioni della tecnica sono presentati due metodi di campionamento: trasmissione e riflessione totale attenuata (ATR). L'uso di ATR permette di lavorare in presenza di acqua in eccesso, che non solo assicura la completa idratazione condizioni per la proteina ma permette anche il controllo acuta del campione pH e forza ionica 49,50. Esperimenti di Step-scansione sono illustrati su due sistemi selezionati: batteriorodopsina e channelrhodopsin-2.
<p class="jove_content"> Il batteriorodopsina pompa protonica luce-driven (Br) è stata oggetto di numerosi studi biofisici per oltre 40 anni 39,40, il che rende la proteina di membrana più capito finora. Tra le numerose tecniche applicate allo studio di funzionalità bR spettroscopia FT-IR ha probabilmente esercitato uno dei più grandi impatti. Vale a dire, spettroscopia FT-IR è stata la chiave per risolvere i gruppi coinvolti nel trasferimento di protoni attraverso la membrana come rappresentato altrove 13,41,51.Channelrhodopsin (CHR) è il primo canale ionico-luce gated trovano in natura 42,43. Eccitazione luce di ChR conduce all'apertura transitoria di un canale ionico. La sua scoperta risolto la strada allo sviluppo di optogenetics, dove processi molecolari sono controllati dalla luce 44,45. ChR appartiene, come Br, alla famiglia di rhodopsins microbiche, ma a differenza di BR, molto meno si sa circa il suo meccanismo funzionale 52. ChR2 combina la sua funzione come iocanale n con l'attività protone-pompaggio 46,47. Recentemente, abbiamo applicato step-scan spettroscopia FT-IR risolta in tempo per risolvere reazioni di trasferimento di protoni intra-proteine e la dinamica delle proteine backbone cambiamenti di conformazione a ChR2 48.
Uno dei primi aspetti cui occorre tener conto quando si esegue passo-scansione FT-IR esperimenti risolta nel tempo su una proteina è la preparazione di un campione in una forma adatta per spettroscopia IR. L'assorbimento IR da sostanze diverse dalla proteina di interesse deve essere ridotta, in particolare che dall'acqua. L'approccio più comune è per evaporare l'acqua bulk del campione per formare una pellicola. Il film può essere reidratato o aggiungendo alcune gocce di una soluzione acquosa o esponendo il film un'atmosfera di umidità controllata. Abbiamo mostrato come in entrambi i casi è possibile stimare il livello di idratazione ottenuto mediante spettroscopia di assorbimento IR (vedere Figura 3 e Figura 5). Anche se i livelli di idratazione ottenuti possono apparire bassi rispetto a quelli in soluzione, in realtà sono vicini a quelli trovati in cellule viventi 70, rendendo lo studio dei film idrati di proteine funzionalmente rilevanti. Oltre all'acqua,è anche importante conoscere e controllare la quantità di lipidi o detersivo nel campione. Entrambi devono essere sufficientemente bassa per avere un impatto ridotto spettroscopica in assorbimento IR, ma abbastanza alto per preservare l'integrità e la funzionalità della proteina di interesse.
Spettroscopia step-scan-Time risolto è solo semplicemente applicabile alle proteine che mostrano reazioni reversibili che possono essere attivati in modo riproducibile dalla luce (ma vedi progressi accoppiamento step-scan con scambio rapido buffer) 71. Nel passo-scan la reazione deve essere riproducibile per almeno ~ 500x, il numero minimo per completare un interferogramma copre il 1,800-850 cm -1 regione a 8 cm -1 risoluzione. In pratica, tuttavia, ulteriori dati media è generalmente richiesta per spingere il livello di rumore basso. Per la 200 posizione co-additions/mirror (10 5 ripetizioni della reazione) uno spettro 6,25 risoluzione psec differenza di assorbanza può visualizzare una stazione di rumoredeviazione ndard tra 2 x 10 -5 e 2 x 10 -4 per un ATR e tra 5 x 10 -6 e 3 x 10 -5 per un esperimento di trasmissione (Figura 15). Grazie alla sua maggiore produttività fotone, la trasmissione permette di ~ 7 livelli di rumore inferiori rispetto ATR, un aspetto fondamentale per studiare con successo i campioni che danno cambiamenti deboli di assorbimento come ChR2. D'altra parte, ATR richiede da 5 a 25 volte inferiore di campione di un esperimento di trasmissione.
L'applicazione di step-scan spettroscopia FT-IR risolta nel tempo è problematico per proteine visualizzazione photocycles lente: registrando un interferogramma passo-scansione può diventare poco pratico lungo. Alcune soluzioni sono state presentate per risolvere tali casi 72,73, spesso basati sull'utilizzo di campioni multipli scambiabili per accelerare misurazioni a costo di un aumento del consumo di proteine e complessità sperimentale 27,74. In alcuni casi è possibile aggirare questo problema excitando l'esempio prima che il fotociclo è strettamente completata. Per ChR2, con un fotociclo richiede dopo fotoeccitazione 60 sec per 99% di recupero, il recupero a 4 sec è già del 80% 48. Con un rendimento del 10% di eccitazione per impulso laser, il 98% delle molecole ChR2 sono all'oscuro stato 4 sec dopo foto-eccitazione, rendendo possibile eseguire esperimenti cadenza di ripetizione laser a 0.25 Hz.
L'elaborazione dei dati è un aspetto tecnico finale necessaria per ottenere i migliori risultati possibili. Media logaritmica riduce il rumore e, altrettanto importante, riduce la dimensione dei dati senza distorsioni, una caratteristica essenziale per l'analisi dei dati posteriori mediante decomposizione in valori singolari o raccordo globale. Media logaritmica è, tuttavia, non molto successo in media le fluttuazioni nel tempo-tracce causate da oscillazioni nello specchio mobile e altre sorgenti di rumore 1 / f durante la misurazione (Figura 9). Queste fluttuazioni della linea di basepuò superare il rumore del millisecondo e corrotto la qualità dei dati. Singular Value Decomposition sfrutta la ridondanza dei dati per ridurre il rumore, e con alcune modifiche 57 può ridurre così fluttuazioni della linea di base.
Infine, la maggior parte più difficile e di un passo-scan esperimento FT-IR risolta nel tempo in termini di tempo corrisponde alla assegnazione di bande e per l'interpretazione spettrale e cinetica dei dati. Per batteriorodopsina molte delle band che compaiono negli spettri differenza IR sono stati assegnati o interpretate grazie al lavoro accumulato di molti gruppi di ricercatori nel corso di decenni. Per una proteina molto meno studiato, come channelrhodopsin-2, gli esperimenti IR risolta nel tempo sopra presentati devono essere accompagnati da esperimenti paralleli su mutanti sito-diretti e combinati con le informazioni tecniche complementari per raggiungere una interpretazione meccanicistica 48.
The authors have nothing to disclose.
This work was supported by grants from the Deutsche Forschungsgemeinschaft to J.H. (FOR-1279, SFB-1078, B3). We thank Tom Resler and Björk Süss for helpful comments.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
FT-IR spectrometer | Bruker | Vertex 80v | Equipped with photovoltaic-MCT detector, an external global, and an oil-free pump. Firmware 2.3. |
BaF2 windows | korth Kristalle | ||
diamond ATR accesory | Smiths detection | Nine-reflection DuraDisk | |
thermostatic bath | Julabo | F25 | |
vibration decoupled table | OPTA | ||
Pulsed Nd:YAG laser with a second harmonic generator | Continuum electro-Optics | Minilite | |
Optical parametric oscillator (OPO) | OPTA | BBO-355-VIS/IR S/N 1009 | |
Digital delay/pulse generator | Stanford Research Systems | DG535 | |
Pulsed Nd:YAG laser with a third harmonic generator | Spectra-Physics | Quanta-Ray | |
Various optical mirrors and lenses | ThorLabs | ||
OPUS 7.0 | Bruker | Software to control Vertex 80v spectrometer | |
Matlab run time | Mathworks | Used to run home-made executable programs to preprocess the data |