Dans cet article, nous décrivons la procédure expérimentale complète de reconstruire, avec une haute résolution, le cerveau anatomie amende de cerveaux de souris marqués par fluorescence. Le protocole décrit comprend la préparation de l'échantillon et de la compensation, spécimen de montage pour l'imagerie, les données de post-traitement et de visualisation multi-échelle.
Comprendre l'architecture du cerveau des mammifères à seule cellule de résolution est l'un des principaux enjeux des neurosciences. Cependant, la cartographie de soma et projections neuronales tout au long de l'ensemble du cerveau est encore difficile pour les technologies d'imagerie et de gestion de données. En effet, les volumes macroscopiques doivent être reconstruits avec une haute résolution et un contraste dans un délai raisonnable, la production de jeux de données dans le domaine de TeraByte. Nous avons récemment démontré une méthode optique (microscopie confocale lumière de la feuille, CLSM) capable d'obtenir la reconstruction micrométrique de cerveaux de souris entières marquées par une meilleure protéine fluorescente verte (EGFP). La combinaison de l'éclairage de plaque d'éclairage et de détection confocale, CLSM permet l'imagerie profondément à l'intérieur des échantillons compensés macroscopiques avec un contraste élevé et la vitesse. Nous décrivons ici le pipeline expérimental complet pour obtenir des images complètes et lisibles de cerveaux de souris entières marquées par des protéines fluorescentes. La compensation et le montage pes procédures sont décrites, ainsi que les étapes à effectuer une tomographie optique sur l'ensemble de son volume par l'acquisition de plusieurs piles adjacentes parallèles. Nous avons montré l'utilisation d'outils logiciels sur mesure open-source permettant coutures des piles multiples et la navigation de données multi-résolution. Enfin, nous avons illustré quelques exemples de cartes cérébrales: le cervelet à partir d'une souris L7-GFP transgénique, dans laquelle toutes les cellules de Purkinje sont marqués de manière sélective, et l'ensemble du cerveau à partir d'un Thy1-GFP-M de souris, caractérisé par un marquage neuronal clairsemée aléatoire.
Par rapport à notre compréhension de la fonction cérébrale sous-jacente des mécanismes moléculaires et cellulaires, notre connaissance de l'amende neuroanatomie ressemble encore à ses balbutiements 1. En fait, il nous manque encore des cartes détaillées de la position du corps cellulaire des neurones ou des projections à long terme dans le cerveau. En fait, de nombreux efforts technologiques sont consacrées à reconstruire le cerveau de la souris à la résolution microscopique. Méthodes optiques basés sur des coupes sériées des échantillons de résine intégré, comme couteau microscopie à balayage (KESM) 2, tomographie sectionnement Micro-optique (MOST) 3 et la fluorescence-MOST (IME) 4, peut fournir sub-micronique résolution en trois dimensions imagerie de cerveaux de souris entières. Toutefois, le temps total nécessaire pour la préparation et l'imagerie d'un seul échantillon est de l'ordre de plusieurs semaines, limitant l'application pratique de ces méthodes. Une autre technique basée sur des coupes sériées (mais sans enrobage de résine), de série à deuxTomographie (STP) 5, permet une résolution en trois dimensions de haute imagerie. Cependant, cette technique a été démontrée dans le cerveau entier de souris seulement avec un échantillonnage très clairsemée, la collecte de 1 article tous les 50 um 5, et à notre connaissance STP n'ont pas encore produit une reconstruction complète d'échantillonnage d'un cerveau de souris.
Une méthode optique de pointe pour reconstruire spécimens entiers en trois dimensions à haute vitesse est la microscopie de nappe de lumière 6. Dans ce schéma optique de l'échantillon est éclairé par une feuille mince de la lumière et de l'émission de fluorescence est collectée selon un axe perpendiculaire au plan d'illumination. De cette façon seulement fluorophores en-focus sont excités et il est possible de réaliser le sectionnement optique en configuration grand champ, garantissant des cadences élevées. Lorsqu'il est couplé à la compensation des protocoles basés sur la substitution de l'eau avec un liquide de réfraction d'adaptation d'indice 7, la microscopie à lumière feuille a été appliquée àspécimens macroscopiques, comme les cerveaux de souris entiers 8. Cependant, l'échantillon induite par diffusion de la lumière, ce qui affecte spécimens encore défrichées, dégrade la nappe de lumière menant à l'excitation des fluorophores hors-focus qui ajoute un ensemble flou sur les images acquises.
Pour collecter sélectivement seulement photons dans-focus, nous avons récemment couplé éclairage de plaque d'éclairage à un système de détection confocale 9. En microscopie confocale nappe de lumière (CLSM), out-of-focus et photons diffusés sont rejetés par un filtre spatial linéaire (fente) avant la détection (figure 1). Pour obtenir un fonctionnement à foyer commun dans une architecture de nappe de lumière, l'éclairage est produit au moyen d'une ligne de balayage, et un système de balayage dans le chemin de détection crée une image statique de la ligne de balayage d'excitation à l'emplacement de la fente. Un troisième système de balayage reconstitue une image en deux dimensions sur le capteur de la caméra. CLSM offre une amélioration du contraste de 100% chez la souris dégagécerveau par rapport à la microscopie conventionnelle feuille de lumière, tout en maintenant un taux de 10 Hz cadre. Avec CLSM il est possible de reconstruire les cerveaux de souris entières avec une résolution de 2 um en XY et Z 9 um, et avec un contraste suffisant pour discerner les neurones marqués par fluorescence unique.
Dans le présent article, nous décrivons la conduite expérimentale de reconstruire un cerveau de souris avec CLSM. cerveaux de souris aldéhyde fixe sont déshydratés dans une série graduée de tétrahydrofuranne sans peroxyde et ensuite autorisé dans dibenzyléther sans peroxyde (figure 2), suivant le protocole développé par Becker et al. 10 Le spécimen dégagé est ensuite monté avec soin sur un tipped plaque et positionné dans la chambre de l'imagerie confocale d'une feuille microscope optique sur-mesure. L'échantillon peut être monté directement en le plongeant sur une extrémité de la plaque (figure 3a), ou alternativement, il peut être collé sur un disque de gel d'agarose autorisé (Figure3b) ou placé dans la cavité d'un bêcher en gel d'agarose dégagé (figure 3c). Une tomographie optique de l'ensemble du cerveau est alors effectué, autant de piles adjacentes parallèles sont acquises afin de couvrir la totalité du volume du cerveau (figure 4). Un échantillon de pré-tomographie, qui produit une carte approximative de la position de l'échantillon et de la forme, qui garantit la formation d'image est exécutée uniquement dans le volume occupé par l'échantillon. Les piles de tomographie sont ensuite cousues ensemble avec un logiciel sur mesure et enregistrées dans un système multi-résolution hiérarchique 11. Cerveau de souris peuvent éventuellement être explorées avec le logiciel multi-résolution visualisation Google Maps comme prototypique. Ces deux instruments logiciels sont intégrés en tant que plugins dans la plate-forme open-source Vaa3D 12.
Nous montrons enfin des images représentatives de cerveaux de souris pour démontrer les capacités du gazoduc expérimental décrit dans l'étude amende neuroanatom muriny.
CLSM couplé avec compensation chimique représentent un outil puissant pour étudier la neuroanatomie de cerveaux de souris entières marquées avec des sondes fluorescentes, des protéines ou des colorants synthétiques. Depuis la lumière émise en dehors du plan focal est bloqué par un filtre spatial physique, l'imagerie à haut contraste est également possible de spécimens épais, tout en maintenant le taux de rafraîchissement élevés typiques de l'architecture de nappe de lumière.
Le principal problème à régler lors de l'utilisation des méthodes décrites est la maximisation du contraste. En fait, le signal disponible est réduite à la fois par des facteurs chimiques et optiques. Du point de vue chimique, les procédures de compensation sur la base de solvant organique peuvent étancher émission de protéines fluorescentes et autres colorants fluorescents 7. La filtration du solvant pour éliminer les peroxydes, comme décrit par Becker et al. 10, permet de maintenir un bon niveau de fluorescence aussi dans les tissus de solvant dégagé. Publiered méthodes de compensation à base d'eau 14 ne réduisent pas l'efficacité de la fluorescence, mais se traduisent par moins bonne transparence lorsqu'il s'agit de cerveaux entiers de souris, au moins avec les techniques optiques linéaires.
D'autre part, pour le moment il n'ya pas d'objectifs commerciaux à longue distance de travail corrigées de l'indice de réfraction élevé (n ≈ 1,56) dégager des solutions utilisées. Ainsi, la non-concordance d'indice de réfraction entre le milieu dans lequel l'échantillon est immergé et la conception de l'objectif une donne lieu à de fortes aberrations sphériques. Outre la réduction de la résolution du microscope, telles aberrations se traduisent par une baisse de l'intensité de l'image et le contraste, car la lumière est répartie sur une zone plus grande. Solutions possibles à ce problème comprennent l'utilisation de l'optique adaptative 15 et / ou des correcteurs asphériques statiques.
Toute amélioration de contraste de l'image et de l'intensité affecte également la vitesse facilement imagerie, depuis une plus courtetemps intégration par image peut être choisi. En ce moment, CLSM peut se permettre une vitesse de formation d'image d'environ 10 um 6 3 / sec, avec un temps d'exposition de la caméra de 100 msec 9. A cette vitesse il faut de 1-3 jours à l'image d'un cerveau de souris ensemble, en fonction de la taille de l'échantillon. Même si aucune dégradation significative de la qualité de l'image est observée tout au long de cette longue séance d'imagerie, principalement en raison de la faible photoblanchiment intrinsèque de la feuille éclairage lumière 6, le temps nécessaire à l'image d'un cerveau de souris unique pourrait aboutir à réduire l'applicabilité de CLSM. Une augmentation de 10 fois de l'efficacité du système, couplé avec l'utilisation d'une caméra à haute vitesse pour la détection, serait de réduire le temps d'imagerie à plusieurs heures, ce qui permet une utilisation de routine du protocole décrit.
Malgré toutes les limites ci-dessus, CLSM imagerie couplé à la compensation chimique des tissus permet de reconstruire des cerveaux de souris entières avec une résolution micrométrique en moins d'unesemaines. D'autres méthodes optiques pour l'imagerie du cerveau entier offrent une résolution plus élevée que CLSM, mais au prix d'une préparation plus longue et / ou le temps d'imagerie 2-4, ou d'un z clairsemée échantillonnage 5.
Les méthodes décrites dans cet article peuvent être utilisés en combinaison avec des stratégies différentes pour le marquage fluorescent: animaux transgéniques exprimant des protéines fluorescentes dans certains sous-ensembles de neurones, la transfection virale, l'injection de colorant intraparenchymateuse, etc Dans la pratique, toutes les stratégies de coloration précédentes sacrifices d'animaux sont compatibles avec CLSM . En fait, post-mortem étiquetage fluorescent de cerveaux de souris entières n'a pas été démontré jusqu'à présent, de toute façon, si un tel genre de coloration serait possible dans un proche avenir, le nombre de spécimens qui pourraient être reconstruites avec CLSM deviendra beaucoup plus grande, peuvent éventuellement inclure des tissus cérébraux humains.
En conclusion, la microscopie confocale à nappe de lumière utilisé en combinaison avec tissue de compensation et de gestion des données multi-résolution peuvent permettre aux chercheurs de reconstituer et d'analyser des échantillons macroscopiques de la résolution dans l'échelle du micron, avec des efforts technologiques qui sont bien de la main de la plupart des laboratoires. Les applications potentielles de CLSM sont bien sûr pas limitée aux neurosciences, mais s'étend à tous les domaines de recherche dans lesquels la feuille de microscopie optique a déjà été utilisé, comme l'embryogenèse 16,17 et l'anatomie des petits animaux 18.
The authors have nothing to disclose.
Les recherches menant aux présents résultats ont bénéficié du financement du septième programme-cadre de l'Union européenne (FP7/2007-2013) en vertu de conventions de subvention n. 228334 et 241526. Ce projet de recherche a également été soutenu par la subvention de recherche Human Frontier Science Program (RGP0027/2009), et par le ministère italien de l'éducation, Université et de la Recherche dans le cadre du projet phare Nanomax et par le ministère italien de la Santé dans le cadre de la "Les cellules souches Appel à propositions". Cette recherche a été réalisée dans le cadre des activités de recherche de la fondation de ICON soutenus par "Ente Cassa di Risparmio di Firenze".
Name of Reagent/Material | Company | Catalog Number | Comments |
Phosphate Buffered Saline Tablets | Sigma-Aldrich | P4417_100TAB | |
Paraformaldehyde | Agar Scientific | R1018 | |
Peroxide-free Tetrahydrofuran | Sigma-Aldrich | 186562 | |
Aluminum oxide activated, basic, Brockmann I | Sigma-Aldrich | 199443 | |
Dibenzyl ether | Sigma-Aldrich | 108014 | |
Butylated hydroxytoluene | Sigma-Aldrich | W218405 | |
Agarose Type III-A, High EEO | Sigma-Aldrich | A9793 | |
Acrylic glue | Bostik | D2498 | |
Vaa3D software | open source | freely downloadable from http://www.vaa3d.org/ |