표현 복제가 Grb2 신호 복합 단지를 공부하기 위해 높은 콘텐츠 이미징 워크 플로우

1. cDNA 표현 클론를 선택 cDNA 라이브러리는 96 – 웰 형식으로 글리세롤 주식의 단일 박테리아 클론으로 제공됩니다. Norgen CP7200의 선택기 메뉴에서 Rearray 명령을 사용하여 96 deepwell (1 ML 잘) 판의 1.5 ML의 LB / A로 소스 플레이트와 예방에서 박테리아 클론을 선택합니다. 가스 투과성의 밀폐와 deepwell 판을 봉쇄하고 흔드는에서 37 ° C에서 하루 아침에 품다. 2. cDNA 표현 도서관의 작성 테이블 탑 원심 분리기에 판 어댑터를 사용 20 분에 2,000 rpm으로 박테리아를 포함하는 deepwell 판을 봐. 박테리아 펠렛은 그대로두고, 우물에서 미디어를 대기음. 그림 2와 같이 실험실 자동화 워크 스테이션의 데크를 구성합니다. 플라스미드 준비 솔루션은 골짜기 1-5로 배포되고 deepwell 판은 갑판에 배치됩니다. 용출 솔루션 multiwell 트로프deepwell 판에 인접 배치됩니다. 팁은 팁 랙에로드됩니다. 진공 매니 폴드를 조립. 플라스미드 바인딩 플레이트는 매니 폴드 내부에 배치되어 있으며 플라스미드 필터 플레이트는 매니 폴드의 상단에 위치합니다. 아래로 pipetting과에 250 μl 솔루션 1 (Resuspension 버퍼)로 알약을 Resuspend. 250 μl 솔루션 2 (용해 버퍼)의 추가에 의해 박테리아를 Lyse. 플레이트는 봉인하고 완전한는 혼합 수 있도록 거꾸로되어 있습니다. 2 분 타이머를 시작합니다. 350 μl 솔루션 3 (Neutralisation 버퍼)를 추가합니다. 판을 봉쇄와 3 번 반전. 플라스미드 필터 플레이트에 세균 lysates을 전송합니다. 5 분에 진공을 적용합니다. 필터 플레이트를 제거하고 매니 폴드 상단에 구속력 판을 놓습니다. 1 분에 진공을 적용합니다. 추가 세척 (AW) 버퍼 500 μl를 추가합니다. 2 분에 진공을 적용합니다. 세탁 버퍼 해결 방법 4 900 μl를 추가합니다. 2 분에 진공을 적용합니다. 반복의2.14 tep. 추가 15 분에 진공을 적용합니다. 매니 폴드 내부의 DNA 수집 판을 놓습니다. 바인딩 플레이트에 용출 버퍼 100 μl를 추가하고 2 분에 품다. 10 분에 진공. Nanodrop 8000을 사용하여 수집 플레이트 및 측정 DNA 농도를 제거합니다. 일반적으로 ~의 수율은 100 NG / μl이 방법으로 예상 할 수 있습니다. 3. 셀 심는 HEK293 세포는 trypsinized 및 계산됩니다. 2 X 10 4 셀은 ThermoFisher 96 – 웰 multidrop을 사용하여 PerkinElmer의 Viewplate의 각도에 투여합니다. 세포는 37 하룻밤 incubated 아르 ° C 5 % CO 2. 4. Transfection 25 μl 혈청이없는 미디어의 당 잘 96 – 웰 플레이트 원형 바닥에 cDNA의 100 NG 100 NG GFP-Grb2 플라스미드 DNA의 믹스를 준비합니다. 물론 당 0.5 μl Transfectin를 포함하는 25 μl 혈청이없는 미디어를 추가 할 수 있습니다. 믹스 및 타이머 구경 시작R 30 분. 부드러운 분배 방법을 사용하여 셀에 Transfectin / cDNA 믹스의 50 μl를 전송합니다. 또는 transfection 믹스는 접시에 처음 투여 한 후 세포가 상단에 추가 할 수 있습니다 (역 transfection). 37 세포가 하루 아침에 길러 ° C 5 % CO 2. 5. 이미지 수집 오페라 소프트웨어를 시작합니다. 실험 설정의 화면 스냅 샷은 그림 3에 표시됩니다. "구성"탭을 선택하고 20x 객관적이고 정확한 판 유형을 선택합니다. "칼라"를 확인하는 것은 다른 판 유형 초점을 할 수 있도록 목적에 올바른 값으로 설정되어 있습니다. '현미경'탭을 선택합니다. 로 FITC (488 레이저) 및 노출 2로 노출 정의 1 UV (365 레이저). 두 노출에 UV 필터를 활성화 및 카메라 1과 카메라 2 노출 2 노출 1 지정할 수 있습니다. 노출 1, 노출이 40 밀리 초 800 밀리 초에 대한 노출 시간을 설정합니다. '현미경'탭을 선택합니다. 전자를 정의UV (365 레이저)로 FITC (488 레이저) 및 노출이 같은 xposure 1. 두 노출에 UV 필터를 활성화 및 카메라 1과 카메라 2 노출 2 노출 1 지정할 수 있습니다. 노출 1, 노출이 40 밀리 초 800 밀리 초에 대한 노출 시간을 설정합니다. 노출 1을 선택합니다. 높이 0 μm에 초점을 설정합니다. "포커스"를 선택하십시오. 일단 초점을 맞추고, 카메라 1 노출. 노출 비행기를 최적화하고 "촬영 높이"를 클릭하여 초점 높이를 조정합니다. ~ 3,000의 최대 픽셀 강도를 제공 노출 시간 및 레이저 파워를 변경합니다. 노출 매개 변수를 저장합니다. 노출 2 반복합니다. "실험 정의 '탭을 선택합니다. 레이아웃 및 sublayout을 만듭니다. 드래그 및 관련 레이아웃, 노출, 참조 이미지, skewcrop 파일과 sublayout을 놓습니다. 실험을 저장합니다. "자동 실험 '탭을 선택하고 이미지를 획득. 6. (ImageJ 1.46h 버전을 기반으로합니다.) 이미지 분석 를 사용하여 독점 PerkinElmer을 변환합니다. 플렉스 파일은 태그가 지정된 이미지 형식으로. TIF 파일Flex2Volocity 그럼 아카펠라 스크립트. 스택의 결과, 이미지 시퀀스로 ImageJ에서 이미지를 가져옵니다. Hyperstack 메뉴 항목에 이미지 / Hyperstack / 스택을 선택하여 2 채널 hyperstack에 스택을 변환합니다. 조각의 수는 수입 스택의 반으로 설정해야합니다. 이미지 / 중복 명령을 사용하여 GFP 채널을 중복 : 중복 hyperstack 확인란을 선택합니다 및 채널 지정 : 1-1하십시오. 향후 중복 스택을 사용합니다. 프로세스를 선택 / 0.01 % 포화 픽셀과 대비를 향상, 스택 히스토그램을 사용하고 Image/Type/8-bit와 8 비트를 변환합니다. 반대로 임계 값 (매개 변수 1) Q = 30으로 Bernsen 알고리즘을 사용하여 15 픽셀 반경 현지 적응 세분화를 정의합니다. 이미지 / 조정 / 자동 지역 임계 값 메뉴에서 검정색 배경 확인란에 흰색 개체을 선택합니다. 세분화 품질 관리 : 원본 이미지에 분할 객체 윤곽 오버레이를 생성합니다. Featu입자를 분석하여 추출 다시 : 측정 지역, 그리고 각 세포 기관의 총 강도. 결과 파일을 저장합니다. R의 기능에 결과 파일을 열고 막대 그래프를 생성합니다. 7. 대표 결과 정상 상태에서는 Grb2은 전체 셀에 걸쳐 현지화되어 있습니다. 성장 인자 수용체의 자극하면 그것은 플라즈마 막에 translocates 및도 4에 도시 된 바와 같이 이후 endosomes에 internalized 있습니다. 바인딩 Grb2 할 수있는 세포 표면 수용체의 표현이 translocation을 유발하기에 충분합니다. 전형적인 심사 실험에서 GFP-Grb2 현지화에 변화가 관찰되지 않습니다. 그러나, 단백질이 표현 될 때 하위 휴대 사이트에 모집의 Grb2는 형광 현미경으로 쉽게 시각화 할 수 있습니다 현지화에 변화가 있다는 것을. endosome과 같은 구조로 GFP-Grb2의 relocalization에서 EGFR 결과의 예를 들어, 표현 (그림4). 따라서, 게놈 전체 라이브러리를 적용 할 때, 그것은 소설 Grb2 바인딩 세포 표면 단백질을 식별 할 수있는 예상 할 수 있습니다. 이 방법은 세포 표면 단백질의 검출에 국한되지 않습니다. 예를 들어, Dynamin2는 GFP-Grb2는 endosome과 같은 모집합니다 (그림 5) 표시의 하위 세포의 현지화에 변화를 유도한다. Dynamin2는 Grb2의 C-터미널 SH3 도메인에 바인딩이 복잡한 9,10의 endocytosis에 관한 일을하고있다. 따라서, 이러한 방식은 일반적으로 단백질 바인딩 단지의 식별을 가능하게하고 SH2 도메인에 대한 상호 작용 파트너의 식별에 국한되지 않습니다. translocation 여러 가지 종류가 다른 세포질 기공을 갖는 구조 또는 핵에가 endosomes하는 등 플라즈마 막에 현지화로 예상 할 수 있습니다. 따라서,이 모든 이미지도 눈으로 검사를하는 것이 좋습니다. 그러나, 많은 세트를 검사 할 때하는 것은 자동을 cDNAs이미지 분석 알고리즘이 더 실용적입니다. 이 경우, 알고리즘의 조합은 세포 모양 변경을 식별 할 수 shuttling 핵 및 일반 형태학 알고리즘을 식별 할 수 endosomes, 세포질 / 핵 감지를 식별 할 장소 검색으로 바람직하다. 서로 다른 phenotypic 검출 방법의 사용은 다른 11 개 상세하게 설명되어 있습니다. 그림 1. 실험의 전체 구조. 실험 내용 cDNA 라이브러리의 증폭 및 준비, 무료 오픈 소프트웨어 IMAGEJ를 사용하여 cDNA 벡터 플러스 기자 구조, 이미지 수집 및 이미지 분석의 transfection으로 시작하는 완벽한 높은 콘텐츠를 검사 워크 플로우를. 에프Tecan 덱의 igure 2. 구성. (1) 왼쪽에 다섯 100 ML 골짜기는 버퍼 1 (40 ML), 2 (40 ML), 3 (50 ML), AW (60 ML)와 A4 (100 ML)로 가득해야합니다. 트로프의 A4는 절차를 수행하는 동안 한 번 다시 작성해야합니다. (2) 진공 매니 폴드는이 예에서 위치 14에 위치해 있습니다. (3) 세균 펠릿있는 deepwell 판은 25 ML의 용출 버퍼로 용출 버퍼 트로프 옆에 위치 30에 위치하고 있습니다. (4) 8 채널 머리에 일회용 팁 위치 40 작성해야하는 채널 머리를 왼쪽과 도움말에 팁 랙에로드해야합니다. 이 실험에 사용 된 Tecan FreedomEvo 액체 처리기는 500 μl 주사기가 구비되어 있습니다. 더 큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오 . 그림오페라 LX에 이미지 수집 3. 자동화. A) 구성 탭 (1)을 선택합니다. 실험 (2)에 필요한 레이저 라인을 활성화합니다. 이미지 획득 (3)의 카메라를 선택합니다. 실험 (4)의 플레이트 종류와 목적 렌즈를 선택합니다. B) 현미경 탭 (1)을 선택합니다. 광원 및 노출 1 (2,3)에 대한 노출 시간을 정의합니다. 물론 하나를 집중와 높이 (4) 걸릴. C) 실험 정의 탭 (1)을 선택합니다. 드래그 앤 노출, skewcrop, 참조, 레이아웃 및 sublayout 파일 (2) 놓습니다. 드래그하고 실험 파일 (3) 놓습니다. D) 자동 실험 (1)를 선택합니다. 드래그 앤 실험 파일 (2) 놓습니다. 해당 바코드 (3) 할당합니다. 시작 버튼 (4)을 클릭하여 이미지 획득을 시작합니다. 큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오 . <strocDNA 표현에 의한 것이다> 그림 4. GFP-Grb2의 translocation. GFP-Grb2의 transmembrane의 성장 인자 수용체의 overexpression시 endosome과 같은 구조에 지배적 인 세포질 현지화에서 relocates과 이후 endosomes에 물질이. 왼쪽에서 COS M6 세포의 현미경 이미지는 transiently GFP-Grb2 (상단) 또는 GFP-Grb2 플러스 EGFR (아래)와 transfected 않은 표시됩니다. endosome과 같은 구조로 GFP-Grb2의 이전에 EGFR 결과의 공동 표현. 그림 5. GFP-Grb2의 cDNA 유발 translocation의 예. Grb2로 인한 endocytosis에 관여하는 GTPase Dynamin2는 endosome과 같은 구조 (원)에 GFP-Grb2을 relocates. 이 실험에서 GFP-Grb2는 HEK293T 셀에 DNM2와 공동으로 transfected되었습니다. 24 H 및 이미지는 Ope에 인수 된 후 셀은 Hoechst 33342 물들되었습니다RA LX. 하나의 녹색 (GFP) 채널의 시야와 UV (파란색, Hoechst 33342)이 표시됩니다.