Quantitative und automatisierte Hochdurchsatz-genomweiten RNAi-Screens in C elegans</em

Das Protokoll, wie unten beschrieben, wird in Schritten an fünf aufeinanderfolgenden Tagen (Abb. 1) unterteilt. Wie bereits erwähnt, können bestimmte Schritte an unterschiedlichen Tagen durchgeführt werden. Die Dauer der einzelnen Schritte, sowie die Menge an Material erforderlich (zB Würmer, Bakterien, Bilder) werden von der Anzahl der Platten mit 96 Vertiefungen pro Versuch der behandelt wird. Tag 1 1. Herstellung der 96-Well-Platten NGM RNAi Das folgende Protokoll wird aus dem Standard-Verfahren zur Herstellung Wurm Kultur Platten 10, die Details der Sterilisation Techniken für die verschiedenen Lösungen umfasst angepasst. Für 10-12 96-well Platten, Herstellung von 100 ml Nematodenwachstum Media (NGM) in deionisiertem H 2 O: 1,7 g Bactoagar, 0,29 g NaCl, 0,25 g Pepton, 100 ul Cholesterin (5 mg / ml in EtOH). Autoclave NGM (5 min bei 121 ° C für 100 ml; 30 min bei 121 ° C für 4 L) und abkühlen lassen, bis sie bei etwa 50 ° C (nur cool eno istugh zu halten). Es ist wichtig, dass die NGM warm genug, so dass es sich nicht verfestigt bleibt. Fügen Sie für 100 ml: 2,5 ml Phosphat-Puffer pH 6 (1M), 100 &mgr; l MgSO 4 (1M), 100 &mgr; l CaCl 2 (1M), 400 ul IPTG (1M), 100 ul Ampicillin (100 mg / ml), 100 &mgr; l Tetracyclin (12,5 mg / ml in EtOH). Verteilen Sie 75 &mgr; l der NGM in jede Vertiefung einer 96-Well Platte mit flachem Boden. Um Verfestigung des Mediums zu vermeiden, muss sie sich schnell abgegeben werden, es ist zweckmäßig, eine sich wiederholende Spender (zB Repeatman, Eppendorf) zu verwenden. Achten Sie darauf, dass sich keine Luftblasen in den Vertiefungen. Lagern Sie die Platten sofort in einer feuchten Kammer (z. B. eine Tupperware-Box mit feuchten Papiertüchern an der Unterseite) bei 4 ° C Hinweis: Platten bis zu einer Woche im Voraus hergestellt und bei 4 ° C geeignet, kann die Organisation der nachfolgenden Schritte zu erleichtern. 2. Automatische Herstellung der 96-LB-Platten DeepWell <li> Vorbereitung und Verteilung von 1,5 ml LB mit Ampicillin und Tetracyclin 100μg/mL 12,5 ug / ml in jede Vertiefung einer 96-Deepwell-Platte, die eine maximale Kapazität von 2 ml / Vertiefung hat. Der Vertrieb wird optimiert mit Hilfe eines Roboter-Liquid-Handling-System (zB TECAN) kann aber auch manuell bei Bedarf ausgeführt werden. Fügen Sie einen Deckel auf jeder Platte und lagern bei 4 ° C. Um jede Platte mit 96 Vertiefungen zu verfolgen, sollte eine eindeutige Markierung oder Barcode hinzugefügt, zu diesem Zeitpunkt oder danach werden. Hinweis: Die Platten können unter 2 bis 3 Tage im Voraus erfolgen und bei 4 ° C; Das kann die Organisation der nachfolgenden Schritte leichter. 3. Wachsen die RNAi bakterielle Klone in den 96-DeepWell LB-Platten (Nacht-Kultur) Für die anschließende einfache Handhabung, wenn die ursprünglichen RNAi-Bibliothek Klone in einem 384-Well-Format, erste verteilen die Klone werden in etikettierte oder Standard-Barcodes versehen 96-Well-Platten mit LB mit 100 ug / ml Amp und 12,5 pg / mL Tet ergänzt mit Glycerin (10% Endkonzentration). Wenn der ursprüngliche 384-Well-Platten nicht Klone in alle Wells, wie es der Fall für die am häufigsten verwendeten "Ahringer" Bibliothek, gibt es mehrere Optionen für die Organisation der Tochterplatten. Klone werden kann, so dass es keine leeren Brunnen in den Tochter-Platten neu verteilt. Dies minimiert die Anzahl der Platten bis zum Bildschirm. Im Idealfall jedoch während der Replikation, sollte ein paar Brunnen auf jeder Platte Tochter leer gelassen werden, so dass diese anschließend kann mit Standard-Steuerung Klone (positiv und negativ), die über-Platte Vergleiche zu erleichtern gefüllt werden. Diese 96-Loch-Tochter Platten werden dann verwendet, um die Samen 96-DeepWell LB-Platten für eine Übernachtung (ON) Kultur. Alle Liquid-Handling-Schritte werden am besten mit einem Roboter-Liquid-Handling-System (zB Tecan) geschehen, sondern kann manuell durchgeführt werden unter Verwendung von zum Beispiel eine 96-polige Replikator. Wenn die RNAi-Bibliothek Klone bereits in einer 96-Well-Format gehen auf 3,5 fort. <ol Start = "2"> Inkubieren der 96-Well-RNAi Tochter-Platten bei 37 ° C unter Rühren (200 UpM) für 14-15 Stunden. Stellen Sie sicher, dass die Bakterien richtig gewachsen und Klone zu identifizieren, die nicht wachsen wollte. Diese werden von späteren Analysen ausgeschlossen werden. Idealerweise wird die OD 600 in jeder Vertiefung gemessen, dieses kann durch einfache Inspektion durchgeführt werden. Lagern Sie die 96-Well-Platten RNAi-Tochter bei -80 ° C vor dem Gebrauch. Tauen Sie die 96-Well-Platten, die das RNAi-Klone bei Raumtemperatur. Die Platten können dann bei 4 ° C bis zur Verwendung aufbewahrt werden. Verteilen Sie 3 ul jeder Bakterien-Klon aus einer 96-Well-Platte zu replizieren, um die 96 Löcher des entsprechend beschrifteten / Strichcode 96-DeepWell LB-Platte mit 1,5 ml LB mit 100 ug / ml Amp und 12,5 pg / mL Tet. Bakterienklone RNAi Effizienz, wie gfp (RNAi) Klon in dem vorliegenden Beispiel, und negative Kontrollen, kann manuell in jedem verfügbaren leeren Vertiefung aufzunehmen. Decken Sie die 96-DeepWell pkorreliert mit einer Klebefolie (zB AeraSeal Zellkultur Film aus Dutscher). Ersetzen Sie die verbrauchte 96-Well-Platte replizieren bei -80 ° C Die 96-DeepWell markierten Platten werden dann ON bei 37 ° C unter Rühren (200 UpM für 14-15 Stunden). Tag 2 4. Seed die RNAi Bakterienklonen auf die 96-Well-Platten NGM RNAi Dieser Schritt sollte in der Früh nach dem auf die Kultur getan werden. Nehmen Sie die 96-Well-Platten NGM von 4 ° C und lassen Sie sie aufzuwärmen und für 5-15 min unter einer sterilen Laminar Flow Kabinett trocken. Lassen Sie die Platten zu lange unter der Haube (max. 30 min), da sonst der NGM kann in der Folge zu knacken. Fügen Sie den entsprechenden Etiketten / Barcode auf jeder Platte. Rufen Sie die 96-DeepWell auf Kulturplatten von 37 ° C. Zeichnen Sie die Positionen von allen leeren Brunnen (ein leerer Brunnen ist komplett durchsichtig), diese werden von weiteren Analysen ausgeschlossen werden. Zentrifugieren 96DeepWell-Platten 5 min bei 4000 Umdrehungen pro Minute. Tipp aus dem Überstand durch Drehen der Platte scharf auf den Kopf und trocknen Sie die Kanten der Platte schnell auf ein Papiertuch. Da die Kulturen von rekombinanten Bakterien sind, muss der Überstand, in Übereinstimmung mit den örtlichen Vorschriften (zB autoklaviert) behandelt werden. Resuspendieren des bakteriellen Pellets in der Restflüssigkeit (etwa 50 ml) durch Vortexen, idealerweise unter Verwendung eines dedizierten Rührwerk (zB Tecan), so daß jede Platte genau die gleiche Behandlung erhält. Es ist möglich, die OD 600 von jeder Vertiefung genau die bakteriellen Inokulum für den nachfolgenden Schritt zu standardisieren zu messen, aber dies ist nicht unbedingt erforderlich, und wir nicht, eine solche Prüfung durchzuführen. Übertragen Sie 5 ul der resuspendierten Bakterien auf den 96-Well-Platten NGM mit einem 8 oder 12-Kanal-Multi-Pipette. Seien Sie vorsichtig, nicht zu berühren oder durchdringen die NGM. Dieser Schritt wird manuell durchgeführt, kann aber unter Verwendung eines optimierten Roboter wie zum Beispiel der Liquidator96 (Rainin) werden, die ermöglicht dieVerteilung von 96 RNAi Klone in einem Schritt. Lassen Sie sich die Bakterien trocken unter einer sterilen Laminar Flow Kabinett, regelmäßig zu kontrollieren, um zu vermeiden das NGM zu trocken. Dieser Schritt dauert etwa 2 Stunden. Inkubieren Sie die 96-Loch-RNAi-NGM-Platten bei 37 ° C auf in einer feuchten Kammer. 5. Bereiten Sie einen synchronisierten Population von Würmern Für diesen Schritt verwenden wir transgene Würmer Tragen des Reporter-Gen (e) von Interesse (zB eine Infektion induzierbare p NLP-29 :: GFP-Konstrukt und als interne Kontrolle, konstruieren ein konstitutives p col-12 :: dsRed Transgen) . Aufgrund der beobachteten Abnahme der Transgenexpression mit der Zeit, tauen wir frische Chargen von Würmern alle 6 Wochen. Wir Kultur Würmer für mindestens 2 Generationen vor dem Gebrauch, und sicherzustellen, dass die Würmer noch nie vor dem Test verhungert. Wenn Tag 2 des Protokolls ist Dienstag, bereiten wir am Freitag, Würmer, indem man 30 junge erwachsene Würmer auf einem 9 cm NGM Platte mit OP50 Bakterien verbreitenbei 20 ° C, sie werden bereit sein, Bleiche am Dienstag (siehe Tabelle 1). Bleach Würmer nach dem Standardprotokoll 10. Lassen Sie die Eier brüten in M9 bei 25 ° C auf unter Rühren zu einer synchronisierten Population von L1-Larven zu bekommen. Tag 3 6. Verteilen Sie die Würmer auf den 96-Loch-RNAi-NGM Platten für die Fütterung und RNAi Dieser Schritt sollte morgens erfolgen. L1-Phase synchronisiert Würmer werden auf jeden 96-Loch-Bakterien-Klon für die Fütterung und RNAi verteilt. Rufen Sie die 96-Loch-RNAi-NGM-Platten von 37 ° C und lassen sie bei Raumtemperatur abkühlen lassen. Rufen Sie die gebleichten Würmer von 25 ° C. Schätzen Sie die Anzahl der Würmer pro 2 ul und stellen Sie mit M9 auf rund 100 bis 120 Würmer pro 2 ul (ungefähr ein einziger Tropfen) haben. Verteilen Sie manuell 2 ul der L1-Phase Würmer in jede Vertiefung mit einem sich wiederholenden Spender. Überprüfen Sie jede gut für Würmer (Würmer, sollten Sie schwimmen in Flüssigkeit zu sehen). Lassen Sie die Platten trocken unter einer sterilen Laminar-Flow-Schrank (max. 1 Stunde). Überprüfen Sie die Platten regelmäßig; die Würmer kriechen muss und nicht schwimmen. Achten Sie darauf, die NGM darf nicht austrocknen zu viel, sonst wird es zu knacken. Legen Sie die Platten bei 25 ° C in einer feuchten Kammer. 7. Testen Sie die Drechmeria coniospora Sporen für eine effektive Infektion Dieser Schritt ist spezifisch für das vorliegende Bild. Es besteht in der Prüfung verschiedener Chargen von Sporen zu hoch infektiöse diejenigen auszuwählen. Daher sollte so nah wie möglich vor dem Tag 4, Tag der Infektion durchgeführt werden. Es ist notwendig, um eine ausreichende L3-L4 Würmer im Voraus vorbereiten für diese Tests (Tabelle 1). Die Einzelheiten der Verfahren für D. erforderlich coniospora Kultur wurden an anderer Stelle 11 beschrieben. <ol> Sammeln von Sporen aus einer Probe jeder Pilzkultur in einem kleinen Volumen von M9. Geben Sie einen Tropfen jeder Sporensuspension auf einer 35 mm Platte mit NGM OP50 ausgesät, und trocknen lassen. In 30-40 L3-L4 Würmer Tragen des Reporter-Gen von Interesse (z. B. p NLP-29 :: GFP). Legen Sie die infizierten Platten bei 25 ° C auf. Am nächsten Tag, überprüfen Sie die Würmer für GFP Induktion und wählen Sie die Partie von Pilz, der die hellste, breiteste und homogenen Induktion der grünen Fluoreszenz gibt. Tag 4 8. Infizieren die RNAi-exponierten Würmer mit D. coniospora Sporen Dieser Schritt wird 30 Stunden nach RNAi-Zuführung, wenn Würmer haben die L3-L4 Stadium erreicht durchgeführt. Bestimmen Sie das Volumen der Sporen zu verwenden, um 4 ul pro Well zu verteilen. Sammeln Sie frische D. coniospora Sporen aus dem gewählten Ansatz mit M9-Puffer. Verwenden Sie 8-10 ml M9 für ein 9 cm Platte von Sporen. <li> Verteilen 4 ul Sporen in jede Vertiefung mit einer sich wiederholenden Spender. Überprüfen Sie jede gut für Sporen (Sie können die Würmer schwimmen in Flüssigkeit zu sehen). Lassen Sie die Platten trocken unter einer sterilen Laminar-Flow-Schrank (~ 1 Stunde). Überprüfen Sie regelmäßig die Platten, bis die Würmer krabbeln beginnen. Achten Sie darauf, die NGM darf nicht austrocknen zu viel, sonst wird es zu knacken. Legen Sie die infizierten Platten bei 25 ° C in einer feuchten Kammer. Tag 5 9. Beobachtung und Speicherung der Platten vor der maschinellen quantitative Analyse Dieser Schritt beginnt 18 Stunden nach der Infektion und wird während Tag 5 durchgeführt. Worms wird erwartet, dass junge Erwachsene beginnen, Eier zu legen sein. Während dieses Schritts wird der Phänotyp visuell bewertet: entweder Würmern fluoreszieren Grün, das mit einer normalen Situation nach der Infektion entspricht, oder die Induktion der GFP in einem gegebenen auch geändert, was bedeutet, dass die stillgelegte Gen verändert die Reaktion auf eine Infektion. <li> Schnell beachten Sie die Platten unter dem Fluoreszenz-Mikroskop seziert. Wenn die Platten eine gute allgemeine GFP-Induktion zeigen dann mit dem nächsten Schritt fortfahren, sonst bis zum Nachmittag warten, für eine bessere Induktion, solange es noch Futter für die Würmer verlassen. Optisch punkten jede Platte und achten Sie auch mit einer deutlichen Phänotyp (z. B. keine Expression von GFP). Durch die Überprüfung der Ergebnisse mit allen Steuerung RNAi-Klone, die zugesetzt wurden, darf erhalten haben, gibt dieser erste vorläufige Analyse einen Hinweis, ob das Experiment erfolgreich war. Mit einem 8 oder 12-Kanal Pipette Multi Transfer die Würmer mit 100 ul 50 mM NaCl-Triton 0,05%, um ein neues entsprechend beschrifteten / Strichcode 96-Well-Rundboden-Platte. Frieren Sie die Platten bei -80 ° C bis zur Analyse. Am Tag der Analyse, tauen die Platten bei Raumtemperatur und fahren Sie mit der automatisierten Analyse unter Verwendung des COPAS Biosort. Der Sorter analysiert eine einzelne Platte in 22 Minuten. Die Platten sollten nichtlinks bei Raumtemperatur für mehr als eine Stunde vor der Analyse, und sie können nicht wieder eingefroren werden. Die Informationen aus dem COPAS Biosort erhalten werden, in eine Excel-Datei für oberflächliche Überprüfung der Datenqualität transkribiert. Die Rohdaten mit den verschiedenen Parametern, die der COPAS Biosort (optische Dichte (Extinktion), axiale Länge (time of flight), Fluoreszenz-Emissionen, gleichzeitig drei verschiedene Detektoren) gemessen werden dann in einem eigenen Paket LIMS (MBio LIMS, gelagert Modul- Bio) für die nachfolgende detaillierte quantitative Analysen. 10. Repräsentative Ergebnisse Wenn die Mengen an Würmern und Bakterien oben angegebenen, am Ende des Experiments, in den meisten Vertiefungen, sollte die Tiere alle bis zum Erwachsenenalter entwickelt und es noch immer einige Lebensmittel in allen Vertiefungen verbleiben. Unter diesen Bedingungen sollten die meisten Brunnen enthalten auch Eier. Es sollte eine ausreichende Anzahl von Erwachsenen in jeder Vertiefung, so dass Daten Biosort f erhalten werdenoder mindestens 50 einzelnen Würmer. Auf der anderen Seite, wenn der RNAi ist effizient, wird eine große Anzahl von RNAi Klone provozieren sichtbaren Phänotyp. Zum Beispiel können Würmer sein, unkoordiniert, oder mehr offensichtlich, steril, oder verhaftet in ihrer Entwicklung. Dies sollte häufig auftreten, so daß im allgemeinen mindestens eine Vertiefung pro 96-Well-Platte Schnecken mit einem offensichtlichen RNAi Phänotyp enthält. Wenn der Phänotyp von Interesse die Expression eines GFP-Reporter-Gen ist, bereitzustellen Vertiefungen mit einem GFP-(RNAi) Klon eine robuste Steuerung (Abb. 2). Andere Phänotypen, wie eine Änderung der Größe leicht mit dem Biosort (3A) gemessen werden. Wir beobachteten, dass Würmer könnten auf benachbarte Brunnen bei sehr niedrigen Frequenzen (<1%, BS, unveröffentlichte Ergebnisse) migrieren, wenn das Essen in einem gut ausgehen wollte. Der Zuschlag die Funktion der verschiedenen Klassen von Genen beeinflussen können Transgene Expression in C. elegans. Einige sind nicht spezifisch für Transgene Expression 12 erforderlich. Andere, wieals Gewebe-spezifische Transkriptionsfaktoren, z. B. die epidermale GATA-3-Faktor ELT 13 wird insbesondere auf Teilmengen von Zellen erforderlich ist. Dies ist einer der Gründe für die Aufnahme von einem nicht verwandten und konstitutive epidermale Transgen-Reporter-Konstrukt (p col-12 :: dsRed) in dem Stamm für die aktuelle Protokoll verwendet. Dies ermöglicht solche Gene aus den ausdrücklich in der Gen-regulatorischen Verfahren untersucht (3B und C) beteiligt zu unterscheiden. Das Transgen wird in allen Larvenstadien exprimiert. Wenn ein Test ein Erfassen Genexpression in Embryonen eine andere Kontroll-Reporter-Gen erforderlich wäre. Eine der Neuerungen dieses Protokolls ist die Verwendung von Gefrierplatten, ihre Analyse zu verschieben. Einfrieren erlaubt Platten gelagert werden bis zu zwei Wochen ohne wesentliche Veränderung der Ergebnisse. Obwohl die absoluten Werte der gemessenen Fluoreszenz kann geändert werden, bleiben ihre relativen Verhältnisse ähnlich (Abb. 4). Auf der OTihre Hand, ist RNAi eine eigensichere variablen experimentellen Verfahren 14. Um robuste Ergebnisse zu erzielen und die Beseitigung der vielen möglichen False Positives, müssen RNAi-Screens, die repliziert, mindestens einmal werden. Wenn die Versuche erfolgreich durchgeführt werden, sollte es eine vernünftige Korrelation zwischen den Ergebnissen von einer Platte auf verschiedenen Tagen getestet werden. Insbesondere sollten die Gene, die eine starke Wirkung haben eindeutig identifizierbar sein, auch wenn ihre genaue quantitative Wirkung nicht identisch ist zwischen doppelten Platten (Abb. 5). Abbildung 1. Gesamtkonzept für ein typisches Experiment. Abbildung 2. Control-RNAi-Targeting mit einem Klon GFP-Expression. Transgene Würmer expressing konstitutiv p col-12 :: dsRed Reporter und ein induzierbarer p nlp 29 :: GFP-Reporter auf festem Medium in einer 96-Well-Platte visualisiert unter Verwendung eines GFP Präpariermikroskop mit einem Filterset die gleichzeitige Beobachtung der roten und grünen Fluoreszenz. Die Würmer wurden ausgesetzt steuern (obere Felder) oder ein GFP RNAi-Klon (untere Felder) für 48 h. Die Platten auf der linken Seite sind nicht infizierten Würmer, die auf der rechten Würmer 18 Stunden nach der Infektion mit D. coniospora. Der Maßstab beträgt 1 mm. Abbildung 3. Die quantitative Analyse einer 96-Well-Platte. Die COPAS Biosort erzeugt numerische Daten für jeden Wurm analysiert. Die Kurven zeigen den Durchschnitt und die Standardabweichung für die Flugzeit (TOF, A), die der Größe der Würmer 15, rote Fluoreszenz (B) und das Verhältnis (X100) der grünen Fluoreszenz der TOF (C) von transgenen r entsprichtrms exprimieren konstitutiv p col-12 :: dsRed Reporter und ein induzierbarer p nlp 29 :: GFP-Reporter, die auf festen Medium in einer 96-Well-Platte kultiviert war mit unterschiedlichen RNAi Klone für 48 h, 18 h nach der Infektion mit D. coniospora. Bestimmte Klone, wie mit dem Pfeil in (A), wirken zu provozieren Wachstumsstörungen und / oder die Expression von P col-12 :: dsRed hervorgehoben. Andere, spezifisch die GFP-Expression, wie durch den Pfeil in (C) markiert. Diese besondere Klon richtet das Gen NSY 1, die zuvor bereits für die Regulierung der NLP 29 13 wichtig. Grüne, rote Fluoreszenz und TOF sind in beliebiger konstanter Einheiten gemessen. Abbildung 4. CompArison von Daten mit Live-und gefrorenen Proben aus dem gleichen Experiment erhalten. Platten von L4 Würmer Durchführung p NLP-29 :: GFP und p col-12 :: dsRed Transgene wurden entweder mit D. infiziert coniospora oder nicht. Nach 18h, wurde jede Platte in etwa 2 geteilt, die Hälfte wurde sofort analysiert Hälfte bei -80 ° C für 24 Stunden eingefroren, vor dem Auftauen und Analyse. Die Werte für die durchschnittliche TOF (Größe der Würmer), EXT (optische Dichte) und grüne und rote Fluoreszenz wurden für jede Probe berechnet. Die Grafik zeigt das Verhältnis des Durchschnitts infiziert geteilt durch nicht-infizierten Proben, für die Frost-und Lebendfutter Proben (n = 7638 und 5096, 8634 und 3850 und Würmer, jeweils). Abbildung 5. Vergleichende Analyse von doppelten Platten mit 96 Vertiefungen. Die normalisierte Fluoreszenz-Verhältnis (die mittlere Fluoreszenz-Ratio (hier, 100 * grün / TOF) für jeden gut aufgeteiltdie getrimmt (25. bis 75. Perzentil) bedeuten für jede Platte) für jeden gut aus zweifache Untersuchungen von einer repräsentativen 96-Well Platte. Material Experimentelle Timeline IPTG: ~ 1,4 mL Ampicillin: ~ 5 ml Tetracyclin: ~ 5 ml LB: 5 L 96-Well-Flachboden-Platten: 30 für NGM 96-Loch-Runde Platten: 30 zum Einfrieren (Analyse) 96-DeepWell-Platten: 30 für die auf die Kultur Kultur Film: 30 Tipp-Box: 30 für Bakterien Aussaat 9 cm OP50 Platten: ~ 17 Worms: 1 frisch aufgetauten cyrovial pro Monat Sporen: ~ 2 Platten NaCl-50mm + 0,05% Triton: ~ 300 ml Donnerstag Bereiten Sie die NGM-RNAi-96-well Platten (~ 1h + Autoklav) Freitag Bereiten Sie die 96-DeepWell LB-Platten (~ 4h) Bereiten Würmer (14 Platten mit 30 jungen erwachsenen Würmer bei 20 ° C + 1 Platte bei 25 ° C) Montag Übertragen von Würmern Platte bei 25 ° C auf neue Platte Verteilen Bakterien in LB-Platten (~ 7h) Auf die Kultur um 6 Uhr Dienstag Verteilen Bakterien auf NGM-Platten in der Früh (~ 3h+ ~ 2h Trocknung) Bleach Würmer aus Platten bei 20 ° C Mittwoch Verteilen Würmer um 10 Uhr (~ 1h + ~ 1h Trocknung) Test-Sporen mit Würmern aus der Platte bei 25 ° C Donnerstag Infect Würmer bei 3.00 (~ 1h + ~ 1h Trocknung) Freitag Transfer in neue 96-well Platten + einfrieren (~ 2h) Tabelle 1. Beispiel für eine ein-Cycle-Experiment mit 30 Platten. Hier wird das Material für eine ein-Cycle-Experiment von 30 Platten und einer Zeitleiste für ein Experiment von Stufe 1 bis 12 auf 9 Tage organisiert Schritt benötigt vorgestellt. Nematodenwachstum Media (NGM), 100 ml: 0.3 g NaCl 0,25 g Bactopepton 2 g Bactoagar 100 ul 5 mg / ml Cholesterin in EtOH In entionisiertem Wasser auf 100 ml Autoklaven für 5 Minuten bei 121 ° C und abkühlen lassen, dann zufügen: 100 ul 1 M MgSO 4 100 ul 1 M CaCl 2 2,5 ml 1 M KPO 4 pH 6,0 NGM für RNAi-Behandlung in 96-Well-Platte wurden 100 ml: 0,29 g NaCl 0,25 g Bactopepton 1,7 g Bactoagar 100 ul 5 mg / ml Cholesterin in EtOH In de ionisiertes Wasser auf 100 ml Autoklaven für 5 Minuten bei 121 ° C und abkühlen lassen, dann zufügen: 100 ul 1 M MgSO 4 100 ul 1 M CaCl 2 2,5 ml 1 M KPO 4 pH 6,0 400 ul 1 M IPTG 100 ul 100 mg / ml Ampicillin 100 ul 12,5 mg / ml Tetracyclin Bleichmittel-Lösung, 5 ml: 2,5 ml H 2 O 2,3 ml Bleach 0,2 ml NaOH 50% NaOH 50%, 100 ml: 50 g NaOH In entionisiertem Wasser auf 100 ml NaCl 50 mM-Triton 0,05%, 400 ml: 4 ml 5 M NaCl 1 ml 20% Triton In entionisiertem Wasser auf 400 ml TEP "> Triton 20%, 10 ml: 2 ml Triton X-100 8 ml VE-Wasser M9-Puffer, 1L 6 g Na 2 HPO 4 (MG: 178) 3 g KH 2 PO 4 (MG: 136) 5 g NaCl In deionisiertem Wasser auf 1 L Autoklavieren 1 ml 1 M MgSO 4 Luria Broth (LB), 1L: 10 g Bactotrypton 20 g Hefe-Extrakt 10 g NaCl In deionisiertem Wasser auf 1 L Autoklavieren 1 M MgSO 4, 300 ml: 73,95 g MgSO 4 In entionisiertem Wasser auf 300 ml Autoklavieren und bei Raumtemperatur lagern 5 mg / ml Cholesterin, 200 ml: 1 g Cholesterin Fügen Sie 100% EtOH und 200 ml Filtern sterilisieren und bei Raumtemperatur lagern 1 M CaCl 2, 500 ml: 27.75 g CaCl 2 In entionisiertem Wasser auf 500 ml Filtern sterilisieren und bei Raumtemperatur lagern 1 M KPO 4, pH 6,0, 4 L: 517 g KH 2 PO 4 (MG: 136) 207 g K 2 HPO 4 (MG: 174) In entionisiertem Wasser zu 4 l 100 mg / ml Ampicillin (Amp), 10 ml: 1 g Ampicillin In entionisiertem Wasser auf 10 ml Lagerung bei -20 ° C 1 M Isopropyl β-D-thiogalactopyranosid (IPTG), 10 ml: 2,38 g IPTG In entionisiertem Wasser auf 10 ml Lagerung bei -20 ° C 12,5 mg / ml Tetracyclin, 100 ml 1,25 g Tetracyclin Fügen Sie 100% EtOH und 100 ml Tabelle 2. Solutions.