Summary

Colorectal Cancer Cell oppervlakte-eiwit Profiling Met behulp van een antilichaam Microarray en fluorescentie Multiplexing

Published: September 25, 2011
doi:

Summary

Beschreven wij een procedure voor het uiteenvallen van colorectale kanker (CRC) levensvatbare enkele cellen, die vervolgens worden opgevangen op maat antilichaam microarrays herkennen van oppervlakte-antigenen (DotScan CRC microarray) te produceren. Subpopulaties van cellen gebonden aan de microarray kan worden geprofileerd door fluorescentie multiplexen behulp van monoklonale antilichamen gelabeld met een fluorescerende kleurstoffen.

Abstract

De huidige prognose en de classificatie van de CRC is gebaseerd op enscenering systemen die histopathologische en klinische bevindingen te integreren. Echter, in het merendeel van de CRC gevallen cel disfunctie is het resultaat van talrijke mutaties die eiwit-expressie en post-translationele modificatie 1 te wijzigen.

Een aantal van de cel-oppervlakte-antigenen, met inbegrip van clustervorming van differentiatie (CD) antigenen, zijn geïdentificeerd als potentiële prognostische of gemetastaseerde biomarkers in CRC. Deze antigenen zijn ideale biomarkers als hun uitdrukking vaak verandert met tumorprogressie of interacties met andere celtypen, zoals tumor-infiltrerende lymfocyten (TIL) en tumor-geassocieerde macrofagen (TAM).

Het gebruik van immunohistochemie (IHC) voor kanker sub-classificatie en prognose is goed vastgesteld voor bepaalde typen tumoren 2,3. Er is echter geen enkele 'marker' zien prognostische waarde groter is dan klinisch-pathologische staging of algemeen geaccepteerd voor gebruik in de routine pathologie rapportage van alle CRC gevallen.

Een meer recente benadering van de prognostische stratificatie van de ziekte fenotypes is gebaseerd op oppervlakte-eiwit profielen met behulp van meerdere 'markers'. Terwijl de expressie profilering van tumoren met behulp van proteomics technieken zoals iTRAQ is een krachtig hulpmiddel voor de ontdekking van biomarkers4, is het niet optimaal voor dagelijks gebruik in diagnostische laboratoria en kunnen niet verschillende celtypen te onderscheiden in een gemengde bevolking. Daarnaast worden grote hoeveelheden van het tumorweefsel nodig zijn voor de profilering van gezuiverde plasmamembraan glycoproteïnen van deze methoden.

In deze video beschreven we een eenvoudige methode voor oppervlakte-proteomics van levensvatbare cellen van uitgesplitste CRC monsters met behulp van een DotScan CRC antilichaam microarray. De 122-antilichaam microarray bestaat uit een standaard 82-antilichaam regio herkennen van een reeks van lijn-specifieke leukocyten markers, adhesie-moleculen, receptoren en merkers van inflammatie en immuunrespons 5, samen met een satelliet-regio voor de detectie van 40 potentieel prognostische markers voor CRC . Cellen zijn vastgelegd alleen op antilichamen voor die zij uitdragen de bijbehorende antigeen. De cel dichtheid per punt, bepaald door optische scanning, weerspiegelt het aandeel van de cellen die dat antigeen, het niveau van expressie van het antigeen en affiniteit van het antilichaam 6.

Voor CRC weefsel of normale darmslijmvlies, optische scans weerspiegelen de immunofenotype van gemengde populaties van cellen. Fluorescentie multiplexing kan vervolgens worden gebruikt om de geselecteerde sub-populaties van cellen van belang gevangen op de array profiel. Bijvoorbeeld, Alexa 647-anti-epitheliale cellen (EpCAM, CD326), is een pan-epitheliale differentiatie antigeen dat gebruikt werd om CRC cellen en ook de epitheliale cellen van de normale darmslijmvlies te detecteren, terwijl de phycoerythrine-anti-CD3, werd gebruikt op te sporen infiltrerende T-cellen 7. De DotScan CRC microarray moet het prototype voor een diagnostisch alternatief voor de anatomisch-based CRC staging systeem.

Protocol

Figuur 1. Workflow voor de bereiding van een suspensie van levende cellen van een chirurgische steekproef van CRC. 1. Klinische monster uitsplitsing Alle monsters werden verzameld uit de Royal Prince Alfred Hospital (Camperdown, NSW, Australië) en Concord Repatriëring Hospital (Concord West, NSW, Australië) met informed consent onder het Protocol nr. X08-164. Verz…

Discussion

In deze video laten we zien hoe de DotScan antilichaam microarray kan gebruikt worden in een eenvoudige, semi-kwantitatieve manier om de oppervlakte-antigeen profielen studie voor celpopulaties van CRC weefsel.

Het verkrijgen van een levensvatbare enkele celsuspensie van weefsel is cruciaal voor het succes van het experiment, omdat energie-afhankelijke processen (bijv., antigeen aftopping en / of pseudopodia vorming) lijken noodzakelijk voor een stevige binding van hele cellen om antilichame…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Wij danken personeel van de anatomische pathologie laboratoria van het Royal Prince Alfred en Concord Repatriëring ziekenhuizen voor het verzamelen van verse monsters van CRC en normale darmslijmvlies. Het werk werd gefinancierd door een Cancer Institute New South Wales Translational Program Grant.

Materials

Name of reagent or equipment Company Catalogue number Comments
Hanks’ balanced salt solution Sigma-Aldrich H6136-10X1L Buffered with 25 mM Hepes (Sigma #H3375)
Airpure biological safety cabinet class II Westinghouse 1687-2340/612  
Surgical blades Livingstone 090609 Pack of 100
RPMI 1640 with 2 mM Hepes Sigma-Aldrich R4130-10X1L  
Collagenase type 4 Worthington 4188  
Deoxyribonuclease 1 Sigma-Aldrich DN25-1G  
Terumo Syringe (10 mL) Terumo SS+10L Box of 100
Filcon filter (200 μm) BD Biosciences 340615  
Filcon filter (50 μm) Filcon filter (50 μm) Filcon filter (50 μm) Filcon filter (50 μm) 340603  
Fetal calf serum Gibco/Invitrogen 10099-141  
Centrifuge 5810 R Eppendorf 7017  
Dimethyl sulphoxide Sigma-Aldrich D2650  
Trypan blue Sigma-Aldrich T8154  
Hemocymeter Technocolor Neubar Hirschmann not available  
Light microscope Nikon Nikon TMS  
Cyrovial tubes Greiner bio-one 121278  
Cryo freezing contrainer Nalgene 5100-0001  
DotScan antibody microarray kit Medsaic not available  
DotScan microarray wash tray Medsaic not available  
KimWipes Kimberly-Clark 4103  
Formaldehyde 37% Sigma-Aldrich F1635-500ML  
DotReaderTM Medsaic not available  
Bovine serum albumin Sigma-Aldrich A9418-10G  
Heat-inactivated AB serum 2% Invitrogen 34005100  
Phycoerythrin-conjugated CD3 Beckman Coulter ET386  
AlexaFluor647-conjugated EpCAM BioLegend 324212  
Typhoon FLA 9000 GE Healthcare 28-9558-08 532 nm laser, 580 BP30 emission filter for PE. 633 nm laser and 670 BP30 emission filter for Alexa647
MultiExperiment Viewer v4.4 TM4 Microarray Software Suite Open – source software (Ref 11)  

References

  1. Steinert, R., Buschmann, T., vander Linden, M., Fels, L. M., Lippert, H., Reymond, M. A. The role of proteomics in the diagnosis and outcome prediction in colorectal cancer. Technol. Cancer. Res. Treat. 1, 297 (2002).
  2. Eifel, P., Axelson, J. A., Costa, J., Crowley, J., Curran, W. J., Deshler, A., Fulton, S., Hendricks, C. B., Kemeny, M., Kornblith, A. B., Louis, T. A., Markman, M., Mayer, R., Roter, D. National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: adjuvant therapy for breast cancer. J. Natl. Canc. Inst. 93, 979 (2001).
  3. Swerdlow, S. H., Campo, E., Harris, H. L., Jaffe, E. S., Pileri, S. A., Stein, H., Thiele, J., Vardiman, J. W. WHO classification of tumour of haematopoietic and lymphoid tissues. IARC WHO Classification of Tumours. 2, (2008).
  4. Xiao, G. G., Recker, R. R., Deng, H. W. Recent advances in proteomics and cancer biomarker discovery. Clin. Med. Oncol. , (2008).
  5. Belov, L., Mulligan, S. P., Barber, N., Woolfson, A., Scott, M., Stoner, K., Chrisp, J. S., Sewell, W. A., Bradstock, K. F., Bandall, L., Pascovici, D. S., Thomas, M., Erber, W., Huang, P., et al. Analysis of human leukaemias and lymphomas using extensive immunophenotypes from an antibody microarray. Br. J. Haematol. 135, 184 (2006).
  6. Belov, L., Huang, P., Barber, N., Mulligan, S. P., Christopherson, R. I. Identification of repertories of surface antigens on leukemias using an antibody microarray. Proteomics. 3, 2147 (2003).
  7. Zhou, J., Belov, L., Huang, P. Y., Shin, J., Solomon, M. J., Chapuis, P. H., Bokey, L., Chan, C., Clarke, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. Surface antigen profiling of colorectal cancer using antibody microarrays with fluorescence multiplexing. J. Immunol. Methods. 355 (1-2), 40-51 (2010).
  8. Ellmark, P., Belov, L., Huang, P., Lee, C. S., Solomon, M. J., Morgan, D. K., Christopherson, R. I. Multiplex detection of surface molecules on colorectal cancers. Proteomics. 6, 1791 (2006).
  9. Pearson, J. P., Allen, A., Hutton, D. A. Rheology of mucin. Methods Mol. Biol. 125, 99 (2000).
  10. Yang, Y. H., Dudoit, S., Luu, P., Lin, D. M., Peng, V., Ngai, J., Speed, T. P. Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation. Nucleic Acids Res. 30, 15 (2002).
  11. Al Saeed, ., et al. TMA: A free, open-source system for microarray data management and analysis. BioTechniques. 34, 374-378 (2003).

Play Video

Cite This Article
Zhou, J., Belov, L., Solomon, M. J., Chan, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing. J. Vis. Exp. (55), e3322, doi:10.3791/3322 (2011).

View Video