Préparation de l'ADN viral à partir des nucléocapsides

Les virus sont des parasites cellulaires, et donc l'étude de leur ADN nécessite un matériau isolant virale loin de contaminants de la cellule hôte et de l'ADN. Plusieurs applications en aval nécessitent de grandes quantités d'ADN viral pur, qui est prévue par le présent protocole. Ces applications comprennent le séquençage du génome viral, où la suppression de l'ADN hôte est cruciale pour optimiser la production de données pour les séquences virales, et la production de nouvelles souches virales recombinantes, où la co-transfection de plasmide purifié et linéaire d'ADN viral facilite la recombinaison. ^{1,2, 3}

Cette procédure utilise une combinaison d'extractions et de densité à base de centrifugation afin d'isoler l'ADN purifié herpèsvirus linéaire nucléocapside à partir de cellules infectées. ^4,5 Les premières étapes de purification pour but d'isoler capsides virales purifiées, qui contient et protège l'ADN viral au cours de l'extraction et les étapes de centrifugation qui éliminent les protéines cellulaires et l'ADN. Lyse des nucleocapsides libère alors l'ADN viral, et deux finales de phénol-chloroforme étapes éliminer les protéines restantes. L'ADN capturé finale de la solution est très concentré et pur, avec une moyenne DO _260/280 de 1,90. En fonction de la quantité de cellules infectées utilisées, les rendements de l'ADN viral gamme de 150 à 800 mg ou plus. La pureté de cet ADN, il est stable pendant un stockage prolongé à 4 ° C. Cet ADN est donc parfaitement adapté pour séquençage à haut débit, haute fidélité réactions PCR, et transfections.

Avant de commencer le protocole, il est important de connaître le nombre moyen de cellules par boîte (par exemple, une moyenne de 8 x 10 ⁶ cellules PK-15 confluentes dans un plat de 15 cm), et le titre du stock viral à utiliser ( par exemple 1 x 10 ⁸ unités formant des plages par ml). Ceux-ci sont nécessaires pour calculer la multiplicité appropriée d'infection (MOI) pour le protocole. ⁶ Par exemple, pour infecter une de 15 cm plat de cellules PK-15 avec le stock au-dessus virale, àune MOI de 5, vous pouvez utiliser 400 ul de stock viral et le diluer avec 3,6 ml de milieu (volume inoculation total de 4 ml pour une plaque de 15 cm).

Plusieurs préparations d'ADN viraux peuvent être préparés en même temps. Le nombre de préparations simultanées n'est limité que par le nombre de tubes détenus par le rotor ultracentrifugeuse (un par le virus; voir l'étape 3.9 ci-dessous). Nous décrivons ici la procédure comme si elle était faite pour un virus.