Summary

Immunoprécipitation de la chromatine du tissu racinaire ganglions dorsaux suivants lésions axonales

Published: July 20, 2011
doi:

Summary

Nous présentons une méthode pour immunoprécipitation de la chromatine du tissu racinaire ganglions dorsaux après une lésion axonale. L'approche peut être utilisée pour identifier des sites spécifiques facteur de transcription liant et la modification épigénétique de l'importance des histones et l'ADN pour la régénération des axones lésés à la fois dans le système nerveux central et périphérique.

Abstract

Axones dans le système nerveux central (SNC) ne se régénèrent pas, tandis que ceux du système nerveux périphérique (SNP) ne régénère dans une certaine mesure après une blessure (Teng et al., 2006). Il est reconnu que les programmes de transcription essentiels à la croissance des neurites et axonales sont réactivés lors d'une lésion au niveau du SNP (Makwana et al., 2005). Toutefois, les outils disponibles pour analyser la régulation des gènes in vivo des neurones sont limitées et souvent difficiles.

Les ganglions de la racine dorsale (DRG) offrent un système de blessures, car les deux excellents modèle de SNC et du SNP sont innervés par un axone bifurqué provenant du soma mêmes. Les ganglions représentent une collection discrète de corps cellulaires où tous les événements transcriptionnels se produire, et fournir ainsi une région clairement définie de l'activité transcriptionnelle qui peuvent être facilement et de façon reproductible retiré de l'animal. Blessure de fibres nerveuses au niveau du SNP (nerf sciatique par exemple), où la régénération axonale ne se produisent, devraient révéler un ensemble de programmes transcriptionnels qui sont distincts de ceux répondant à une blessure similaire dans le SNC, où la régénération n'a pas lieu (par exemple, la moelle épinière ). Sites pour le facteur de transcription liant, histones et modification de l'ADN résultant d'une blessure à l'autre SNP ou SNC peuvent être caractérisés en utilisant immunoprécipitation de la chromatine (ChIP).

Ici, nous décrivons un protocole puce en utilisant les tissus fixés DRG la souris après une lésion axonale. Cette puissante combinaison fournit un moyen pour caractériser l'environnement chromatine pro-régénération nécessaire pour favoriser la régénération axonale.

Protocol

1. Sciatique et une lésion du nerf dorsal colonne L'animal est placé sur une serviette en chirurgie et en dessous une thermopad est présent pendant toute la procédure garder la température du corps de la souris à 37 ° C. Tous les animaux sont anesthésiés à la chirurgie avec une constante isoflurane / O 2 de l'administration. Les instruments chirurgicaux sont autoclavés avant la procédure. Pour les dommages sciatique, deux membres postérieurs sont soigneusement rasé, …

Discussion

Ce protocole fournit une méthode pour poser directement sur l'environnement chromatine lors de la régénération axonale dans le système nerveux adulte après une lésion axonale. Il intègre le modèle de blessures avec des DRG immunoprécipitation de la chromatine à sonder l'environnement et épigénétiques de la transcription à la suite de blessures ni à la SNP ou SNC. Il est particulièrement utile pour les enquêteurs qui voudraient caractériser les sites putatifs de liaison pour le facteur de trans…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Nous tenons à remercier Andrea Tedeschi pour les aider à mettre les expériences de ChIP initiales en laboratoire et Ricco Lindner pour sa contribution à affiner les conditions de ChIP. Ce travail a été soutenu par la Fondation Hertie, la subvention de Fortune, Université de Tübingen, et la DFG DI subventions 1497/1-1 (tous accordés à Simone Di Giovanni).

Materials

Reagent Company Catalogue number
10x ChIP Buffer Cell Signaling 7008
2x ChIP Elution Buffer Cell Signaling 7009
ChIP Grade Protein G Magnetic Beads Cell Signaling 9006
Magna Grip Rack (8 well) Millipore 20-400
Chloroform MERCK UN 1888
37% Formaldehyde ROTH CP10.1
10x Glycine Solution Cell Signaling 7005
Glycogen Sigma G1767
10x HBSS Gibco 14185
Histone H3 antibody (rabbit) Cell Signaling 2650
Normal Rabbit IgG Cell Signaling 2729
Phenol/Chloroform/Isoamyl Alcohol ROTH A156.1
Protease Inhibitors Cocktail Tablets Roche 04 693 116 001
Proteinase K (20 mg/ml) Cell Signaling 10012
SDS Lysis Buffer Upstate 20-163
Equipment needed
Sonicator
Micropestle
Microcentrifuge
Thermomixer

References

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  7. Makwana, . Molecular mechanisms in successful peripheral regeneration. Febs J. 272, 2628-2638 (2005).
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  9. Teng, F. Y. Axonal regeneration in adult CNS neurons–signaling molecules and pathways. J Neurochem. 96, 1501-1508 (2006).

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Cite This Article
Floriddia, E., Nguyen, T., Di Giovanni, S. Chromatin Immunoprecipitation from Dorsal Root Ganglia Tissue following Axonal Injury. J. Vis. Exp. (53), e2803, doi:10.3791/2803 (2011).

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