جيل من قاعدة بيانات شاملة للأورام الصدر -- أداة للبحوث بالحركة

1. بروتوكولات الجامعة للبحوث السريرية : وقد وضعت الجامعة بروتوكولين لأغراض هذه المبادرة. ويسمح البروتوكول الأول لشراء المحتملين من الأنسجة من سرطان الرئة ، وسرطان المريء ، ورم سرطاوي ، التوتة ، والمرضى ورم الظهارة المتوسطة. ويسمح أيضا لجمع الدم وسوائل الجسم الأخرى من المرضى للدراسات العلامات البيولوجية. بروتوكول يسمح للباحثين الحصول على المعلومات السريرية من مصدر هذه العينات من المرضى عن طريق التجريد والتخطيط لتخزين كل من العينات والبيانات السريرية في قاعدة بيانات محمية. البروتوكول الثاني مشابهة للأول إلا أنه يسمح للباحثين الوصول إلى الأنسجة المخزنة مسبقا والحصول على عينات أخرى من خلال تشخيص السرطان المريض والعلاج. المرضى الذين قد وافقت على الجراحة في جامعة شيكاغو ، والذين وقعوا هذا البروتوكول هم وحدهم المؤهلون. 2. السريرية بروتوكول جمع البيانات : شملت المرضى ينظر في جامعة شيكاغو المركز الطبي لتلقي العلاج من الأورام الخبيثة المذكورة في هذا البروتوكول. وقد تم تحديد المرضى المستحقين من قبل على علاج الاورام وكانت وافقت من قبل عضو فريق السريرية الذين تدربوا في البروتوكولين. وافق مرة واحدة ، وتم الحصول على معلومات المريض الطبية عبر التاريخ التجريد التخطيط وتم إدخالها في قاعدة البيانات عن طريق أحد أعضاء فريق الدعم السريري. 3. عينة كوكتيل البروتوكول : عينات الأنسجة وقد أدرجت الأنسجة التي تحتوي على الورم الخبيث يعرف أو يشتبه تم الحصول عليها خلال رعاية المريض السريرية القياسية عن طريق الخزعة أو الجراحة في هذا البروتوكول. لم يتم الحصول على الأنسجة إضافية ، خارج ما هو ضروري لworkup المريض التشخيص. بعد الاستئصال الجراحي للعينة اللازمة لإعداد أقسام دائمة ، وضعت الأنسجة المتبقية على الجليد. نقل المشتريات نسيج فني العينة المتبقية على الجليد لقسم علم الأمراض. وتم وزن الأنسجة المتبقية ، وتقاس ، ونقل إلى التخزين ، والمسمى ، وموثقة بشكل صحيح وفقا لإجراءات التشغيل القياسية. وتمت المحافظة على المدى الطويل تخزين العينات في الفريزر -80 درجة مئوية في قسم علم الأمراض. وكان من أجل الوصول إلى عينات من الانسجة من المرضى الذين خضعوا بالفعل لجراحة لخباثة الصدري ، المشار قوائم المرضى التي تحتفظ بها الجراحون وأطباء الأورام بالتعاون الإشعاع. بهذه الطريقة تم تحديد المرضى الذين يعانون من الفائدة. ويمكن استرجاع عينات من أنسجة الورم من قسم علم الأمراض إذا تم الحصول على الموافقة. عينات الدم وأشار خلال الدم سريريا تلفت ، وبروتوكول يسمح أيضا لأنابيب 05:58 إضافية من الدم في أنبوب الخضراء 5 مل (هيبارين) أعلى ، واحدة 10ML الأنبوب الأرجواني (EDTA germline DNA) وأحد كبار 10 مل حمراء (المصل) أنبوب من الدم. وقد أخذت عينات يصل إلى ستة في نقطة زمنية مختلفة ، مع تاريخ من الدم تعادل المشروح. وطرد عينات الدم على 2000 دورة في الدقيقة لمدة 10 دقيقة. والبلازما والمصل aliquoted مكونات في أنابيب cryovial في أجزاء مل 1. لجمع خلايا الدم البيضاء ، ومعلق في الجزء العلوي 1-2 مليلتر من واجهة / أحمر الكسر مع خلايا الدم 1-2 مل من المتوسط ​​الحفاظ الخلية (MEM EBS الإعلام + 10 ٪ الجنين كال المصل + 5 ٪ DMSO). وتم تجميد جميع العينات ببطء في علبة تجميد الآيزوبروبيل في 70-80 درجة مئوية لمدة 16-24 ساعة ثم نقل إلى -70 درجة مئوية إلى -80 درجة مئوية تخزين مربع. وصفت جميع العينات مع معرف فريد شريط تلوينها وتوثيقها بشكل مناسب في شكل نموذج الشراء بواسطة فني مختبر. سوائل الجسم الأخرى : ويمكن جمع السائل لا يتم جمعها للاستخدام السريري وتخزينها بموجب هذا البروتوكول. تم جمع عينات من البلغم وأرسلت للخلايا. تم تخزين عينات من البلغم على الجليد في 4 درجات مئوية أثناء نقله. ثم تم نقل عينات من البلغم الى 15 مل أنابيب فالكون وطرد في 1400 دورة في الدقيقة لمدة 10 دقيقة. وكان aliquoted وطاف في 4 أجزاء مل في cyrovials 6mL. وضعت في الفريزر Cyrovials ، على الثلج الجاف ، أو في علبة تجميد الآيزوبروبيل أن تكون مجمدة في وقت لاحق إلى -70 درجة مئوية إلى -80 درجة مئوية. بعد 16-24 ساعة ، ونقل العينات إلى -70 درجة مئوية إلى -80 درجة مئوية تخزين مربع. وصفت جميع العينات مع معرف فريد شريط تلوينها وتوثيقها بشكل مناسب في شكل نموذج الشراء بواسطة فني مختبر. 4. بناء البنية التحتية للمعلوماتية : بعد تقييم عدد من البرامج لإدارة قواعد البيانات ، وتحديد Microsoft Access ك البرنامج والبيانات السريرية منزل مختبر لأمراض الصدر فيcology مشروع قاعدة بيانات البرنامج على أساس تفعيله والقدرة على الربط بين مجموعات ذات الصلة من البيانات. وعقد فريق من الأطباء والباحثين في العلوم الأساسية ، والإحصاء الحيوي وزملائه أ ، وخبير في المعلوماتية الحيوية للتعرف على المتغيرات التي تهم التقاط داخل قاعدة البيانات. وحدد الفريق عناصر البيانات المتصلة الديموغرافية المريض ، وتوصيف السرطان ، والعوامل الوبائية ، والشرح العينة على أساس احتياجات الباحثين والأورام الصدرية في اشارة الى المعايير المحددة بشأن عناصر البيانات المشتركة (CDES) من قبل المعهد الوطني للسرطان. طور فريق نظام ترميز لجعل البيانات للتحليل لأغراض بحثية. عندما يكون ذلك ممكنا ، وترميز البيانات باستخدام المتغيرات الرقمية وذلك لتقليل كمية من النص خالية من إدخالها في قاعدة البيانات. تم تقسيم متغيرات الفائدة بين سبعة جداول مختلفة ضمن Microsoft Access لالتقاط جوانب متنوعة من المعلومات ذات الصلة. 5. تصميم محتويات كل جدول : تم إنشاء سبعة جداول رئيسية هي : 1) مرضى الجدول 2) نموذج بيانات الجدول 3) TMA الجدول 4) عينات الحمض النووي الجدول 5) الجدول الصدر مؤتمر الأورام ، 6) خلية الجدول الخط ، و 7 في) C. ايليجانس الجدول. وقد صمم الجدول المرضى والجدول فقط داخل قاعدة البيانات إلى منزل المعلومات ذات الصلة سريريا عن المرضى ، والسرطان ، وبطبيعة الحال السريرية ، عوامل خطر ، ونتائجها (الشكل 1). وكان القصد من هذا التصميم خاص للحد من التكرار في قاعدة البيانات. الارتباطات الجدول نموذج بيانات عينات مرضية إلى مصادرها المريض. وتعطى كل عينة عدد العينة الباثولوجيا ويرتبط هذا العدد إلى عدد المريض السجلات الطبية. ويمكن الحصول على عينات متعددة من كل فرد وذلك يتضمن الجدول أيضا معلومات عن تاريخ تم الحصول على العينة ونوع العينة التي تم جمعها : الورم الأولي ، ورم المتكررة ، أو عينة تشريح الجثة. وقد استخدم الجدول TMA حتى الآن لالتقاط البيانات بروتين تعبير عن 63 البروتينات فريدة من نوعها. ويمكن استخدام TMA لوصف توزيع البروتينات وأعرب تفاضلي في الأنسجة السرطانية وغير السرطانية ، عن طريق استخدام أجسام مضادة لتوطين البروتينات (الشكل 2). ويمثل التعبير البروتين بنتيجة 0 ، 1 ، 2 ، 3 أو على أساس الانطباع الطبيب الشرعي لشدة والنسبة المئوية للتلوين TMA. عندما يقاس تلطيخ في المئة ، على درجة من 0 يدل على عدم تلطيخ ، وتلطيخ 1 إلى أقل من 11 ٪ (2) ، يشير إلى تلطيخ أقل من 50 ٪ ، و 3 إلى تلطيخ أكبر من 50 ٪. عندما يتم قياس كثافة ، يتم تعيين نقاط على أساس كمية النسبية للتلوين ، وأيضا على مقياس من 0-3. في بعض الحالات ، كما يتم فحص شرائح IHC بدقة عالية وكثافة تلوين كميا بواسطة النظام الآلي التصوير الخلوية (ACIS) برامج التصوير بالتوازي مع الطبيب الشرعي في التهديف. ومع ذلك ، لكل من التقنيات وأعلى درجة أكبر يشير تعبير البروتين. بالإضافة إلى ذلك ، الجدول TMA annotates موقع لكمة TMA لتكون مرجعا في المستقبل. علاوة على ذلك ، تتضمن قاعدة البيانات المصدر من الأنسجة (عادية ، ورم العقدة الليمفاوية ، والأنسجة المتنقل) ، وموقع داخل العينة (في الوسط ، الحافة) ، والأنسجة من السرطان ، ورقم السجل الطبي للربط بين هذه المعلومات إلى والمرضى الجدول. الجدول عينات الحمض النووي DNA يسرد كافة المخزنة داخل المختبر. وترتبط عينات من الحمض النووي لمصدرها المريض عن طريق رقم المريض السجلات الطبية. يتم التقاط المعلومات الأساسية حول عينة لوصف مصدر العينة ، بما في ذلك الموقع والأنسجة من الورم. الغرض من هذا الجدول هو لوصف التعديلات الوراثية التي اتسمت ضمن العينة باستخدام بوليميريز سلسلة من ردود الفعل ، ومعيار تسلسل الحمض النووي ، والتحليلات طفرية. الجدول يلتقط أيضا المتغيرات مثل تغيرات الأحماض الأمينية ، والتغيرات النوكليوتيدات ، جود زيجوت متماثلة الألائل ، synonymity ، والجينات التي الطفرة حدث. أمثلة من الجينات التي خضعت للدراسة تشمل Paxillin ، cCbl ، EGFR ، البروتين p53 ، KRAS ، cMet وEphB4. يتم أيضا سرد المحقق الذي اتسم بها الطفرات. الجدول الخامس في غضون قاعدة البيانات هو مؤتمر الأورام جدول الصدر. مؤتمر الأورام الصدر هو الاجتماع الاسبوعي لعلم الأورام الطبية ، والجراحين الصدري ، الأطباء ، أطباء الأشعة ، علم الأورام من الإشعاع ، وغيرها من أعضاء فريق الأورام السريرية الصدري الذين يجتمعون لوضع خطط منسقة لمعالجة المرضى. الغرض من هذا الجدول الى قائمة المرضى الذين تم مناقشتها في هذا المؤتمر كجزء من مستواهم الرعاية. تم القبض أيضا على معلومات بشأن توافر العينات المرضية لكل مريض في هذا الجدول. الجدول السادس هو الجدول خطوط الخلية. هذا هو جدول قائمة بذاتها داخل قاعدة البيانات لأنه لم يتم ربطها إلى أي من الجداول الأخرى. فهو يصف خطوط الخلية التي تم استخدامهاد في المختبرات لأغراض البحث. الجدول يلتقط التغييرات من الأحماض الأمينية ، والتغيرات النوكليوتيدات وجود زيجوت متماثلة الألائل وsynonymity من الطفرات ، وموقع من الطفرات الحمض النووي داخل الخط الخلوي. الجدول السابع هو جيم ايليجانس الطاولة وإنما هو أيضا الجدول قائمة بذاتها. يسرد هذا الجدول كاينيسات التيروزين المستقبلة orthologous ويتضمن درجة الإبرة ، وهو مقياس التشابه مع بروتينات بشرية. 6. إنشاء العلاقات بين الجداول : يتم تعيين كل جدول مفتاح أساسي ، والتي هي بمثابة معرف فريد لكل إدخال داخل الجدول. بحكم التعريف ، لا يمكن قيمة معرف فريد لن يتكرر. على سبيل المثال ، في جدول المرضى ، والمفتاح الأساسي هو رقم السجل الطبي منذ MRN يمكن أن يعني سوى فرد واحد فريدة من نوعها. ضمن جدول عينة البيانات ، المفتاح الأساسي هو عينة الباثولوجيا (SP) الرقم. كما كان والدنا TMA عينات الجداول لم يكن لديهم معرفات فريدة من نوعها ، أنشأ عدد دمية كمفتاح أساسي. ثم تم ربط الجداول TMA والحمض النووي للجداول أخرى باستخدام MRN وأرقام ليرة سورية ، على التوالي. هذا يضمن أن يتم ربط كل لكمة TMA عينة الحمض النووي والعودة إلى معلومات محددة عن كل من العينة والمعلومات السريرية من المريض التبرع. في Microsoft Access ، ترتبط الجداول الفردية عبر مفاتيح أساسية لهم بحيث يتم تأسيس علاقات منطقية (الشكل 3). هذه العلاقات التي تكون ضرورية لتوليد الاستعلامات حيث يتم تجميع البيانات من جداول متعددة. 7. الاستعلام : أداء استعلام مجموعات من البيانات ذات الصلة هو بسيط نسبيا ضمن Microsoft Access. ويمكن تصميم الاستعلام عن طريق تحديد خيار "تصميم الاستعلام" تحت علامة التبويب إنشاء. يتم تحديد الجداول بما في ذلك المجالات ذات الاهتمام وعرضها. ويتم اختيار المتغيرات من جداول الفائدة ، وإذا لزم الأمر ، يمكن أن تتم تصفيته على أساس معايير الباحث الفائدة (الشكل رقم 4). ويمكن بعد ذلك الاستعلام يتم تشغيلها ، مما أدى إلى الحقول المطلوبة المذكورة في شكل جداول. 8. تصدير البيانات : بمجرد إنشاء استعلام ، يمكن تصدير البيانات. في حين أن معظم الباحثين ويفضل أن تكون البيانات في شكل جدول بيانات Microsoft Excel ، يمكن تصدير البيانات إلى عدد من البرامج الأخرى التي تستخدم في القائمة التصدير في إطار "البيانات الخارجية" التبويب. يمكن حفظ البيانات باستخدام ملحق الملف المناسب. عندما يتم تصدير البيانات للأغراض الإحصائية ، وترد على مجموعة محددة من المتغيرات في التصدير بحيث يمكن القيام بتحليل شامل للسيطرة على المتغيرات. 9. استيراد البيانات : استيراد البيانات يتطلب وجود تطابق كامل بين صيغة البيانات التي تم استيرادها وشكل الجدول في Access. يجب على متغيرات المصالح داخل الجدول إلى استيراد لديها أسماء نفس جدول Access. يجب أن يكون هجاء بالضبط ، وهناك لا يمكن أن تكون المسافات حيث لا توجد مساحات في جدول Access. حالما يتم تحقيق التماثل بين الجدولين ، المستخدم لديه القدرة على استخدام استعلام إلحاقي أو تحديث لاستيراد البيانات إلى Access. سوف استعلام إلحاقي تسمح للمستخدم إضافة صفوف جديدة من البيانات في قاعدة بيانات Access. على سبيل المثال ، إذا كانت المعلومات المتوفرة عن المرضى الذين لم يكونوا بالفعل في قاعدة البيانات ، يمكن أن تستخدم استعلام إلحاقي لإضافة هؤلاء المرضى. ومع ذلك ، إذا كانت البيانات الجديدة متاحة على المرضى أو العينات التي تحتاج إلى تعديل ، يجب إجراء استعلام تحديث على تلك القيود. 10. تحديث قاعدة بيانات : ويشرع أعضاء مشروع قاعدة بيانات الأدوار في ضمان أن يتم الاحتفاظ قاعدة البيانات الحالية. وكلف أحد الموظفين بدوام كامل مع ملء بانتظام وتحديث قاعدة البيانات مع المعلومات السريرية بناء على المرضى الذين وافقت في العيادة. واتهم آخر موظف بدوام كامل ، الذي يتولى منصب مدير البيانات ، مع الحصول على بيانات المختبر كما أن تصبح متوفرة ، وإدخال هذه المعلومات في قاعدة البيانات مع التحديث أو الاستعلام الإلحاقي. مساعدي البحوث الذين تدربوا في البروتوكول هي المسؤولة عن تنفيذ عملية التحديث المنتظم لقاعدة البيانات كل ستة أشهر للحصول على أحدث البيانات المتاحة. هذا مهم خصوصا بالنسبة للحقول حيوية مثل حالة وتاريخ آخر اتصال ، لأن هذه المجالات يكون لها تأثير مباشر على بقاء التحليلات التي أجريت على البيانات. 11. الوصول إلى قاعدة بيانات : قاعدة بيانات يمكن الوصول إليها إلا للأشخاص الذين HIPAA متوافقة وتدرج في إطار البروتوكول العائد المحلي. مزيد من الانخفاض الوصول إلى الأفراد المدربين في Microsoft Access والذين لديهم مسؤوليات مباشرة لتحديث أو تعديل البيانات. يمكن للباحثين الذين ساهموا في قاعدة بيانات طلب معلومات من قاعدة بيانات من إدارة البيانات ، ولكن هم أنفسهملا يسمح للوصول إلى البيانات مباشرة. مدير البيانات يوفر معلومات دي المحددة للباحثين الطالبة عن طريق إزالة المتغيرات مثل عدد السجلات الطبية واسم المريض عند إنشاء استعلام التصدير. 12. ممثل النتائج : ويجوز للباحث أن تكون مهتمة في معرفة أهمية سريرية التعبير المفرط للبروتين في Paxillin غير زنزانة صغيرة سرطان الرئة. حيث أن هذا الباحث قد ولدت قدرا كبيرا من البيانات TMA في قاعدة البيانات لPaxillin ، مدير بيانات يوافق على طلب الباحث من الحصول على المعلومات السريرية للربط مع البيانات المختبرية. مدير البيانات يدير الاستعلام حيث انه يجمع بين كل من المرضى والجدول جدول TMA. متغيرات الفائدة من الجدول المرضى تشمل تاريخ المريض من الولادة ، وعرقهم ، والأنسجة من السرطان ، ومرحلة السرطان ، تاريخ والتشخيص ، ومركزها الحيوي ، وتاريخ وفاتهم ، وتاريخ الاتصال الماضي. باستخدام هذه المتغيرات ، مثل العمر عند التشخيص ومرحلة ، ويمكن أن يعزى الإرباك والمهم بالنسبة للرقابة. من الجدول TMA ، يمكن من المعلومات الهامة مثل نوع الورم ويمكن التأكد بروتين تعبير. كما يتم ربط الجدولين عن طريق رقم السجل الطبي ومعلومات لمرضى الأورام من الأفراد الذين تم دراستها للتعبير Paxillin المضمنة في الإخراج. ويمكن تصفية النتائج بحيث يتم عرض المرضى فقط مع الخلايا غير الصغيرة سرطان الرئة. ويمكن لمزيد من الصقل النتائج على أساس احتياجات الباحث. يمكن تصدير هذه النتائج الأولية لتحليل البيانات والإحصاء الحيوي وزملائه من ثم يتم تقاسم النتائج مع الباحث. المشروع الصفحة الرئيسية : الوصول قالب قاعدة البيانات والإجراءات الموحدة التشغيل المتاحة على العنوان التالي : http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template الترخيص : متاحة بحرية للاستخدام الأكاديمي وغير ربحية. قيود على استخدامها من قبل الأكاديميين غير : المستخدمون التجارية تحتاج إلى ترخيص. عن الأسئلة المتعلقة الاستخدامات التجارية ، يرجى الاتصال الجامعة لمكتب شيكاغو للتكنولوجيا والملكية الفكرية (UChicagoTech) في (773) 702-1692 أو www.tech.uchicago.edu الشكل 1. لقطة من قاعدة بيانات الوصول إلى تصور جزء من جدول المرضى. الشكل 2. تخطيطي يصور ميكروأري الأنسجة (TMA) 2 الشكل 3. قطة تصور العلاقات الراسخة بين الجداول داخل قاعدة بيانات Access. ترتبط الجداول عبر المفاتيح الأساسية. الشكل 4. نموذج الاستعلام عن طفرة Paxillin ، TMA النتائج والمتغيرات السريرية.