Facilitar a Análise de Dados com Visual imunológicos Técnicas Analíticas
Summary
Visual analytics (VA) é uma nova abordagem de análise de dados de forma interativa. Neste vídeo, discutimos o problema de sobrecarga de dados causada por high-throughput experimentos biológicos, e propor VA como uma solução para esse problema. O vídeo demonstra a análise dentro e entre os conjuntos de dados imunológicos usando uma ferramenta chamada Tableau VA.
Abstract
Visual analytics (VA) tem emergido como uma nova forma de analisar grande volume de dados através de display visual interativo. Demonstramos a utilidade ea flexibilidade de uma abordagem VA na análise de conjuntos de dados biológicos. Exemplos destes conjuntos de dados em imunologia incluem citometria de fluxo, dados Luminex e genotipagem (por exemplo, o polimorfismo de nucleotídeo único) de dados. Contrariamente à abordagem tradicional de visualização de informação, VA restaura o poder de análise nas mãos do analista, permitindo que o analista se engajar em tempo real processo de exploração de dados. Nós selecionamos o software chamado VA Tableau após avaliar várias ferramentas VA. Dois tipos de tarefas de análise de análise dentro e entre os conjuntos de dados foram demonstrados na apresentação de vídeo utilizando uma abordagem chamada análise pareada. Análise pareada, conforme definido no VA, é uma abordagem de análise em que um especialista ferramenta VA trabalha lado a lado com um especialista de domínio durante a análise. O especialista de domínio é aquele que entende o significado dos dados, e faz as perguntas que os dados coletados possam endereço. O especialista ferramenta cria visualizações para ajudar a encontrar padrões nos dados que possam responder a estas perguntas. O curto intervalo de tempo entre a geração de hipóteses ea exibição rápida visual dos dados é a principal vantagem de uma abordagem VA.
Protocol
Discussion
O advento da tecnologia de alto rendimento na pesquisa biomédica moderna conduziu a uma explosão de dados de pesquisa que requer uma maneira mais eficiente de análise. Visual analytics (VA) é a ciência do raciocínio analítico facilitada pela interativo interfaces visuais (1). A abordagem VA restaura o poder analítico nas mãos do analista humano, ao contrário da abordagem tradicional para detectar padrões por computador. Visual analytics tem sido aplicada à pesquisa em vários campos, tais como a defesa de pe…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Gostaríamos de agradecer aos membros do Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) para oferecer comentários e sugestões para o projeto. Em particular, gostaríamos de agradecer a John Dill, Brian Fisher, e David Darvill. Gostaríamos também de agradecer aos membros do laboratório Kollmann pelo apoio e discussões úteis. Este trabalho foi financiado em parte pelo Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas, Instituto Nacional de Saúde Grant N01 AI50023; Grants Allergen NCE 07-07-A1A e B2B, eo Michael Smith Fundação para a Pesquisa em Saúde. TRK é suportado, em parte, por um Prémio Carreira na Ciência Biomédica da ad Burroughs Wellcome Fund por um Canadian Institutes for Health Research Grant Formação em Canadian Criança Programa de Saúde Clínico Scientist, em parceria com Doente-Kids Foundation, Criança e Família (Instituto de Pesquisa British Columbia), Saúde da Mulher e da Criança Research Institute (Alberta), e Manitoba Institute of Child Health.
References
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- Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).
