Het vergemakkelijken van de Analyse van de immunologische gegevens met Visual analytische technieken
Summary
Visuele analyses (VA) is een nieuwe benadering van het analyseren van gegevens interactief. In deze video bespreken we de data overload probleem veroorzaakt door high-throughput biologische experimenten, en stellen VA als een oplossing voor dergelijke problemen. De video toont analyse binnen en tussen de immunologische datasets met behulp van een tool genaamd VA Tableau.
Abstract
Visuele analyses (VA) is ontstaan als een nieuwe manier om grote dataset te analyseren door middel van interactieve visuele weergave. We hebben laten zien het nut en de flexibiliteit van een VA aanpak in de analyse van biologische datasets. Voorbeelden van deze datasets in de immunologie zijn flowcytometrie, Luminex gegevens, en genotypering (bv, single nucleotide polymorfisme) gegevens. In tegenstelling tot de traditionele informatie visualisatie aanpak, VA herstelt de analyse macht in de handen van analist doordat de analist om deel te nemen in real-time data exploratie verwerken. We hebben gekozen voor de VA software genaamd Tableau na evaluatie van verschillende VA tools. Twee soorten analyses taken analyse binnen en tussen de datasets werden aangetoond in de video-presentatie met behulp van een aanpak genaamd gekoppeld analyse. Gepaarde analyse, zoals gedefinieerd in VA, is een analyse benadering waarbij een VA hulpmiddel expert side-by-side werkt met een domein expert tijdens de analyse. Het domein expert is degene die begrijpt de betekenis van de gegevens, en verzoekt de vragen die de verzamelde gegevens zou kunnen pakken. De tool expert maakt vervolgens visualisaties te helpen bij het vinden van patronen in de gegevens die zouden kunnen deze vragen beantwoorden. De korte lag-tijd tussen de hypothese generatie en de snelle visuele weergave van de gegevens is het belangrijkste voordeel van een VA aanpak.
Protocol
Discussion
De komst van high-throughput technologie in moderne biomedisch onderzoek leidde tot een explosie van het onderzoek gegevens die een meer efficiënte manier van analyse vereist. Visuele analyses (VA) is de wetenschap van het analytisch denken vergemakkelijkt door interactieve visuele interfaces (1). De VA aanpak herstelt de analytische macht in de handen van de menselijke analist, in tegenstelling tot de traditionele aanpak om patronen te ontdekken via de computer. Visuele analyses is toegepast voor onderzoek op verschil…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We willen graag de leden van Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) bedanken voor het aanbieden van commentaar en advies voor het project. In het bijzonder, willen we John Dill, Brian Fisher, en David Darvill bedanken. Wij zouden ook graag de leden van de Kollmann lab bedanken voor hun steun en nuttige discussies. Dit werk werd mede ondersteund door de Nationale Instituut voor Allergie en Infectieziekten, National Institute of Health Grant N01 AI50023; allergenen NVU Subsidies 07-A1A en 07-B2B, en de Michael Smith Foundation for Health Research. TRK wordt gedeeltelijk ondersteund door een Career Award in de Biomedische Wetenschappen van de Burroughs Wellcome Fund advertentie door een Canadese Institutes for Health Research Training Grant in de Canadese Child Health Clinician Scientist Program, in samenwerking met Sick-Kids Foundation, Kind en Gezin Research Institute ( British Columbia), vrouwen en kinderen's Health Research Institute (Alberta), en Manitoba Institute of Child Health.
References
- Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , (2005).
- Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).
- Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).
- Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).
