Die gewebespezifischen Transkriptionsfaktoren tragen zu verschiedenen zellulären Funktionen der Säugetiere bei. Das Gen für Beta-Globin, was ein Hauptbestandteil des Hämoglobins ist, findet man zum Beispiel in allen Zellen des Körpers aber es wird nur in roten Blutkörperchen exprimiert. Nur diese Zellen exprimieren Transkriptionsfaktoren, die an die Promotorsequenzen des Beta-Globin-Gens binden können. Gewebespezifische Transkriptionsfaktoren sorgen auch dafür, dass Mutationen in diesen Faktoren nur die Funktion des jeweiligen Gewebes oder Körperteils beeinträchtigen, ohne dass der gesamte Organismus beeinflusst wird.
Transkriptionsfaktoren der Eukaryoten, die eine sogenannte kombinatorische Kontrolle ausüben, steigern die Komplexität. Die kombinatorische Kontrolle ermöglicht, dass der Input mehrerer Transkriptionsfaktoren synchron die Expression eines einzelnen Gens reguliert. Die Kombination mehrerer Transkriptionsaktivatoren und Repressoren ermöglicht es, ein Gen gezielt zu steuern und sich somit an eine Vielzahl von Umweltveränderungen anzupassen, ohne dass zusätzliche Gene benötigt werden.
