组织特异性转录因子有助于哺乳动物的多种细胞功能。例如，β珠蛋白的基因是血红蛋白的主要成分，存在于身体的所有细胞中。然而，它仅在红细胞中表达，因为可以与β珠蛋白基因的启动子序列结合的转录因子仅在这些细胞中表达。组织特异性转录因子还确保这些因子中的突变可能仅损害某些组织或身体部位的功能而不影响整个生物体。
在真核生物中发挥着组合控制作用，增加了一个复杂的转录因子。这意味着由多个转录因子提供的输入可以同步调节单个基因的表达。多个转录激活因子和抑制因子的结合使得一个基因能够被不同的调节并适应各种环境变化，而不需要额外的基因。
