As janelas cranianas tornaram-se uma técnica cirúrgica onipresente para permitir imagens intravitais em camundongos transgênicos. Este protocolo descreve o uso de um robô cirúrgico que realiza perfuração óssea semi-automatizada de janelas cranianas e pode ajudar a reduzir a variabilidade cirurgião-cirurgião e mitigar parcialmente os danos da barreira térmica hematoencefálica.