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分子可視化フリーウェアを用いた酵素活性部位のモデリング

JoVE Journal
Bioquímica
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JoVE Journal Bioquímica

Modeling an Enzyme Active Site using Molecular Visualization Freeware

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分子可視化フリーウェアを用いた酵素活性部位のモデリング

DOI:

10.3791/63170-v

•

14:37 min

•

December 25, 2021

•

Kristen Procko, Sandy Bakheet, Josh T. Beckham, Margaret A. Franzen, Henry Jakubowski, Walter R. P. Novak

¹The University of Texas at Austin, ²Mount Mary University, ³College of St. Benedict/St. John’s University, ⁴Wabash College

Capítulos

00:05Introduction
01:42Protocol: UCSF ChimeraX
03:14Results: UCSF ChimeraX
03:33iCN3D Protocol
06:38Results: iCN3D
07:02Protocol: Jmol
09:47Results: Jmol
10:08Protocol: PyMOL
12:56Results: PyMOL
14:01Conclusion

Summary

Tadução automática

生体分子モデリングの重要なスキルは、タンパク質中の活性部位の表示とコメント付けです。この技術は、高分子視覚化のための4つの一般的なフリープログラムを使用して実証されています: iCn3D, Jmol, PyMOL, および UCSF ChimeraX.

Tags

Keywords: Molecular Visualization Enzyme Active Site Glucokinase PDBID 3FGU Ligands Substrate Analog Catalytic Complex Binding Interactions UCSF ChimeraX Molecular Modeling Biological Macromolecules Visualization Software

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