Journal
/
Imunologia e Infecção
/
Transkriptomanalys med hög genomströmning för att undersöka värdpatogeninteraktioner
JoVE Journal
Imunologia e Infecção
Author Produced
É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo.  Faça login ou comece sua avaliação gratuita.
JoVE Journal Imunologia e Infecção
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Transkriptomanalys med hög genomströmning för att undersöka värdpatogeninteraktioner

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Capítulos

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Protokollet som presenteras här beskriver en komplett pipeline för att analysera RNA-sekvensering transkriptomdata från råa läsningar till funktionell analys, inklusive kvalitetskontroll och förbearbetning steg till avancerade statistiska analytiska metoder.

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Användning av en optisk fälla för studier av Host-patogen interaktioner för Dynamic levande cell imaging

Användning av EpiAirway modell för att karakterisera Långfristiga Värd-patogen interaktioner

High-throughput Detektion Metod för Influensa Virus-

Kvantitativ hög kapacitet encelliga cytotoxicitetsanalys för T-celler

En komparativ metod för att karakterisera Landskap av värdpatogen Protein-protein interaktioner

High-throughput screening för brett spektrum kemiska inhibitorer av RNA-virus

Hög genomströmning Gene taggning i<em> Trypanosoma brucei</em

En ny metod för kvalitativ Multi-skala Analys av bakteriell Biofilmer på rådiga svampkolonier Använda Confocal och elektronmikroskopi

Utvärdering av värd-patogen svaren och vaccinets effekt hos möss

Co-Culture-analyser med hög genomströmning för undersökning av mikrobiella interaktioner

Read Article