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환경 DNA 응용을 위한 종별 정량PCR 분석의 개발 및 시험

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Development and Testing of Species-specific Quantitative PCR Assays for Environmental DNA Applications

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환경 DNA 응용을 위한 종별 정량PCR 분석의 개발 및 시험

DOI:

10.3791/61825-v

•

08:54 min

•

November 05, 2020

•

Katy E. Klymus*¹, Dannise V. Ruiz Ramos*¹, Nathan L. Thompson*¹, Catherine A. Richter*¹

¹Columbia Environmental Research Center,U.S. Geological Survey

Capítulos

00:04Introduction
01:18Generation of a Sequence Database of Mitochondrial DNA Sequences from Target and Non-target Species of Interest
02:03Assay Design
03:56Assay Screening and Optimization
06:21Results: A. ligamentina qPCR Assay
08:23Conclusion

Summary

Tadução automática

환경 DNA 분석법은 현장 데이터 수집이 시작되기 전에 엄격한 설계, 테스트, 최적화 및 검증이 필요합니다. 여기서, 우리는 환경 샘플에서 표적 종 DNA의 검출 및 정량화를 위한 종별, 프로브 기반 qPCR 분석의 각 단계를 통해 사용자를 취할 프로토콜을 제시한다.

Tags

Keywords: Environmental DNA EDNA Quantitative PCR QPCR Species-specific Assay Assay Design Sequence Alignment NCBI Geneious MUSCLE Primer Design Probe Design Contamination Conservation Wildlife Management

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