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开发和测试针对物种的定量PCR检测环境DNA应用

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Development and Testing of Species-specific Quantitative PCR Assays for Environmental DNA Applications

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开发和测试针对物种的定量PCR检测环境DNA应用

DOI:

10.3791/61825-v

•

08:54 min

•

November 05, 2020

•

Katy E. Klymus*¹, Dannise V. Ruiz Ramos*¹, Nathan L. Thompson*¹, Catherine A. Richter*¹

¹Columbia Environmental Research Center,U.S. Geological Survey

Capítulos

00:04Introduction
01:18Generation of a Sequence Database of Mitochondrial DNA Sequences from Target and Non-target Species of Interest
02:03Assay Design
03:56Assay Screening and Optimization
06:21Results: A. ligamentina qPCR Assay
08:23Conclusion

Summary

Tadução automática

环境DNA检测需要严格的设计、测试、优化和验证，才能开始收集现场数据。在这里，我们提出一个协议，让用户完成设计特定物种、基于探针的 qPCR 检测和量化环境样本中目标物种 DNA 的每一步。

Tags

Keywords: Environmental DNA EDNA Quantitative PCR QPCR Species-specific Assay Assay Design Sequence Alignment NCBI Geneious MUSCLE Primer Design Probe Design Contamination Conservation Wildlife Management

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