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신진 대사 경로 정보의 GWAS 분석을 위한 통로 협회 연구 도구

JoVE Journal
Genética

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JoVE Journal Genética

A Pathway Association Study Tool for GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information

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신진 대사 경로 정보의 GWAS 분석을 위한 통로 협회 연구 도구

DOI:

10.3791/61268-v

•

05:01 min

•

July 01, 2020

•

Adam Thrash, Marilyn L Warburton

¹Institute for Genomics, Biocomputing & Biotechnology,Mississippi State University, ²Corn Host Plant Resistance Research Unit,USDA-ARS

Capítulos

00:05Introduction
00:32Genome-Wide Association Study (GWAS) Data Loading
00:57Load Linkage Disequilibrium (LD) Data Loading
01:26Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assignment
01:56Significant Pathway Discovery
02:35Rugplot Visualization
03:21Results: Representative GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

경로 협회 연구 도구 (과거)를 실행 하 여, 빛나는 응용 프로그램을 통해 또는 R 콘솔을 통해, 연구원은 그들의 게놈 전체 협회 연구의 생물학적 의미의 깊은 이해를 얻을 수 있습니다 (GWAS) 관련 된 신진 대사 경로 조사 하 여 결과.

Tags

Keywords: GWAS Genome-wide Association Analysis Metabolic Pathway PAST Pathway Association Study Tool SNPs Linkage Disequilibrium Gene Annotation Pathway Analysis Rug Plots R Console Shiny

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