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代謝経路情報のGWAS解析のための経路関連研究ツール

JoVE Journal
Genética

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JoVE Journal Genética

A Pathway Association Study Tool for GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information

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代謝経路情報のGWAS解析のための経路関連研究ツール

DOI:

10.3791/61268-v

•

05:01 min

•

July 01, 2020

•

Adam Thrash, Marilyn L Warburton

¹Institute for Genomics, Biocomputing & Biotechnology,Mississippi State University, ²Corn Host Plant Resistance Research Unit,USDA-ARS

Capítulos

00:05Introduction
00:32Genome-Wide Association Study (GWAS) Data Loading
00:57Load Linkage Disequilibrium (LD) Data Loading
01:26Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assignment
01:56Significant Pathway Discovery
02:35Rugplot Visualization
03:21Results: Representative GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

シャイニーアプリケーションまたはRコンソールを通じて経路協会研究ツール(PAST)を実行することにより、研究者は関連する代謝経路を調査することによって、ゲノム全体の関連研究(GWAS)の結果の生物学的意味をより深く理解することができます。

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Keywords: GWAS Genome-wide Association Analysis Metabolic Pathway PAST Pathway Association Study Tool SNPs Linkage Disequilibrium Gene Annotation Pathway Analysis Rug Plots R Console Shiny

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