Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Hanneke Okkenhaug; Laetitia Chauve; Fatemeh Masoudzadeh; Lars Okkenhaug; Olivia Casanueva

doi:10.3791/61136

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Alinee y Worm_CP, dos tuberías de código abierto para el enderezamiento y cuantificación de datos de imagen de fluorescencia obtenidos de Caenorhabditis elegans

JoVE Journal
Biologia

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Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

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Alinee y Worm_CP, dos tuberías de código abierto para el enderezamiento y cuantificación de datos de imagen de fluorescencia obtenidos de Caenorhabditis elegans

DOI:

10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

Hanneke Okkenhaug, Laetitia Chauve, Fatemeh Masoudzadeh, Lars Okkenhaug, Olivia Casanueva

¹Babraham Institute

Capítulos

00:05Introduction
00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
09:50Conclusion

Summary

Tadução automática

Worm-align/Worm_CP es un flujo de trabajo simple de FIJI/CellProfiler que se puede utilizar para enderezar y alinear muestras de Caenorhabditis elegans y para puntuar ensayos basados en imágenes de gusano entero sin necesidad de pasos de entrenamiento previos. Hemos aplicado Worm-align/Worm_CP a la cuantificación de la expresión inducida por choque térmico en animales vivos o gotas de lípidos en muestras fijas.

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