Beskrevet er en proteomics workflow for at identificere protein interaktion partnere fra en nuklear subcellulære fraktion ved hjælp af immun affinitet berigelse af et givet protein af interesse og label-fri massespektrometri. Arbejdsprocessen omfatter subcellulære fraktionering, immunopræcipitation, filter Aided prøveforberedelse, offline oprydning, massespektrometri, og en downstream Bioinformatik pipeline.