Описана упрощенная стандартная операционная процедура профилирования микробиома с использованием метагеномного секвенирования и анализа 16S rRNA с использованием свободно доступных инструментов. Этот протокол поможет исследователям, которые являются новыми для области микробиома, а также тех, кто требует обновления методов для достижения бактериального профилирования с более высоким разрешением.