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Sequenciamento de nova geração de RNA e um fluxo de análise de bioinformática para identificar expressão de LINE-1s a nível locus-específico
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RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

Sequenciamento de nova geração de RNA e um fluxo de análise de bioinformática para identificar expressão de LINE-1s a nível locus-específico

DOI:
10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

, , , , ,
1Tulane Cancer Center,Tulane University, 2Department of Pathology,Tulane University, 3Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, 4Department of Epidemiology,Tulane University

Capítulos

  • 00:04Título
  • 00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
  • 02:48Manual Curation
  • 07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
  • 08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
  • 10:01Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Aqui, apresentamos uma abordagem Bioinformatica e análises para identificar a expressão da linha 1 no nível específico do locus.

Tags

RNA-sequencingNext-generation SequencingBioinformatics PipelineLINE-1Mobile ElementsGenetic InstabilityL1 TranscriptsCytoplasmic RNAPolyadenylated TranscriptsAlignment StrategyStrand SeparationRead CountsL1 Loci

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