Detta manuskript beskriver ett detaljerat protokoll för fenotypisk och kvantitativ analys av residenta makrofager från råttnjurar med flödescytometri. De resulterande färgade celler kan också användas för andra tillämpningar, inklusive cellsortering, genuttryck analys eller funktionella studier, vilket ökar den information som erhållits i den experimentella modellen.