Todos os procedimentos de manuseio e injeção de animais foram aprovados pelo Comitê de Cuidados com Animais do NINDS. Todos os procedimentos com animais foram conduzidos em conformidade com as diretrizes de cuidados e uso de animais do NINDS. 1. Preparação pré-injeção Preparação da dose de AAVDetermine o peso médio dos camundongos que serão injetados. Calcular o volume máximo permitido de injetar de acordo com as orientações da instituição em matéria de cuidados com os animais, conforme indicado na equação (1). O volume máximo injetado é normalmente um valor de volume (μL)/peso do rato (g) (por exemplo, 10 μL/g.).Volume máximo de injeção (μL)/camundongo= [volume máximo de injeção (μL/g)) × [peso médio do camundongo (g)) (1)NOTA: Cálculo de amostra: Volume máximo de injeção / camundongo = 10 μL / g × 20 g / mouse = 200 μL / mouse Defina a dose do genoma do vetor AAV (vg) a ser administrada por camundongo.NOTA: Este pode ser o mesmo valor absoluto em diferentes mouses (por exemplo, todos os mouses recebem 1,5 × 1012 vg, independentemente de quanto cada mouse pesa). Ou a dose pode ser em vg/kg, pelo que o vg total a injetar por ratinho deve ser calculado para cada ratinho de acordo com o peso desse ratinho no dia da injeção.Se a dose for em vg/kg, pesar cada ratinho no dia da injeção antes da preparação da dose. Calcular os genomas vectoriais a entregar a cada ratinho de acordo com o seu peso, utilizando a equação (2):Genomas vectoriais a serem entregues num ratinho específico (vg) = valor pré-especificado de vg/kg (vg/kg) × (2)NOTA: Usar vg / kg como unidade de dose em vez de vg / camundongo pode ser mais apropriado em certos estudos pré-clínicos para garantir comparações válidas entre as doses injetadas. Isso se deve às diferenças de peso entre camundongos machos e fêmeas da mesma idade ou possivelmente entre camundongos do mesmo sexo. Utilizar o volume máximo de injecção e a dose de AAV (vg) para calcular os volumes de AAV de reserva e de solução salina estéril tamponada com fosfato (PBS) necessários para preparar a dose necessária (ver equações (3-6)). Certifique-se de que o volume a ser injetado seja igual ou menor que o volume máximo de injeção permitido. Sempre prepare um volume injetado que seja pelo menos 15 μL maior que o volume que será injetado para levar em conta os erros de pipetagem e o espaço morto da seringa.Concentração de injetado (vg/μL) = (3)Total de genomas de vetores AAV a adicionar para preparar o injectado (vg) = Concentração de injectado (vg/μL) × volume a preparar (μL) (4)Volume de estoque de AAV a ser adicionado para preparar o injetado) (μL) = (5)Volume de PBS a adicionar para preparar o injectado (μL) = Volume a preparar (μL) – Volume de stock de AAV a adicionar para preparar o injectado (μL) (6)NOTA: Exemplo de cálculo:6 × 1013 vg/kg (a dose) será administrada em 200 μL/camundongo (o volume a ser injetado) em um camundongo que pesa 25 g. O título de estoque de AAV é de 3,0 × 1013 (vg/mL)Genomas vetoriais a serem entregues neste camundongo específico (vg) = 6 × 1013 (vg/kg) × = 1,5 × 1012 vg para este camundongoConcentração de injectado = = 7,5 × 109 (vg/μL)Total de genomas vetoriais AAV a serem adicionados para preparar o injetado = 7,5 × 109 (vg/μL) × (200 (μL) + 15 (μL)) = 1,6125 × 1012 (vg)Volume de estoque de AAV a ser adicionado para preparar o injetado = = 53,75 (μL)Volume de PBS a ser adicionado para preparar o injetado = 215 (μL) – 53,75 (μL) = 161,25 (μL) Procedimento de preparação da dose de AAVNOTA: Seguindo as diretrizes de biossegurança e EPI da instituição para manuseio de AAV, em um tubo de microcentrífuga autoclavado estéril sem RNase e sem DNase de 1,7 mL, prepare o AAV injetado usando o estoque de AAV e PBS estéril de acordo com os cálculos da etapa 1.1.3.3. Sempre mantenha o estoque AAV e AAV injetado no gelo. Use micropipetas limpas e novas caixas de ponteiras de micropipeta para garantir a esterilidade. Descarte as pontas de micropipeta contaminadas com AAV de acordo com as diretrizes de gerenciamento de resíduos da instituição.Descongele o estoque AAV no gelo.NOTA: Evite descongelar e recongelar o estoque AAV. Encomende ou prepare o estoque de AAV em alíquotas de 100-200 μL para evitar excesso de AAV após a preparação da dose que precisará ser recongelada. Preparação da estação de injeçãoLimpezaLimpe a área de trabalho com etanol 70% (EtOH). Desinfete a área de trabalho usando um reagente bactericida, fungicida e virucida. Limpe o limitador do tubo do mouse com água e sabão. Configuração de ferramentas de estaçãoColoque um tubo cônico limpo e vazio de 15 mL em um suporte/rack de tubo. Configure uma plataforma elevada na qual o limitador do tubo do mouse será colocado (Figura 1A,B). Coloque o limitador do tubo do mouse limpo na área de trabalho. Se injetar camundongos muito menores do que o limitador de tubo de camundongo disponível, use um cone de cone de contenção de roedores de plástico para fazer uma luva de contenção. Consulte as etapas 2.1.3-4. Coloque as seringas que serão usadas para injeções na área de trabalho. Use seringas de insulina de 0,3 mL com agulhas de 29 G. Coloque o recipiente de resíduos o mais próximo possível da estação de injeção para permitir o descarte imediato de ferramentas contaminadas com AAV. Puxe e empurre o êmbolo de cada seringa várias vezes para garantir que o êmbolo se mova suavemente para que não haja resistência causada pela seringa durante a injeção. Se o êmbolo não se mover suavemente, descarte esta seringa e substitua-a por uma nova. Tenha uma balança de rato e uma mini centrífuga disponíveis ao lado da área de injeção. Tenha o AAV preparado no gelo pronto na área de injeção. Prepare água morna (38-40 °C). Tome cuidado para que a temperatura da água não exceda 40 °C para evitar queimaduras na cauda do rato. 2. Procedimento de injeção Restrição de mousePesar cada ratinho para calcular a dose em vg/kg, se necessário. Certifique-se de que o mouse esteja totalmente contido e não possa se mover.NOTA: Se o mouse não estiver totalmente contido, ele pode se mover durante a administração intravenosa, resultando no deslocamento da agulha. Isso pode fazer com que a agulha saia da veia e/ou machuque o mouse. Para o limitador do tubo:Lave o aparelho de retenção com água morna e sabão entre os mouses para limpar e aquecer o suporte. Segure o mouse pela cauda. Insira a cauda do mouse na abertura superior do tubo; Em seguida, puxe lentamente o mouse para dentro do limitador de tubos. Se o tamanho do limitador do tubo for adequado para o tamanho do mouse, coloque o plugue à frente do mouse para evitar que o mouse escape.NOTA: O plugue deve estar próximo o suficiente do mouse para evitar que o mouse se mova ou gire dentro do tubo, mas o plugue não deve obstruir o nariz do mouse para permitir que o mouse respire livremente. Se o mouse for menor que o tamanho do limitador do tubo, use um cone de retenção descartável flexível além do limitador do tubo, conforme descrito abaixo na etapa 2.1.4. Para os cones de retenção descartáveis flexíveis, se necessário (para fazer uma manga de contenção para ratos menores):Faça um corte na extremidade do nariz do cone para garantir que o nariz do mouse não esteja obstruído e que o mouse tenha espaço suficiente para respirar. Corte a parte de trás do cone para que o cone tenha quase o mesmo comprimento do mouse (para que o cone caiba dentro do tubo) (Figura 1A, B). Coloque o mouse no limitador de tubo conforme descrito acima nas etapas 2.1.3. Enquanto segura a cauda do mouse, insira o cone de retenção com o lado de abertura mais largo primeiro no tubo. Enquanto segura a cauda do rato, deixe o rato entrar no cone; Em seguida, deslize o resto do cone para dentro do tubo. Certifique-se de que a cauda do mouse esteja totalmente fora da parte de trás do tubo e que o mouse tenha espaço para respirar dentro do cone. Prenda o plugue do tubo imediatamente na frente da abertura do nariz do cone, certificando-se de que o mouse esteja totalmente preso e tenha espaço suficiente para respirar. Injetando o mouseEncha o tubo cônico de 15 mL com água morna. Coloque o limitador do tubo com o mouse dentro dele na plataforma elevada (Figura 1B). Mergulhe o máximo possível da cauda do camundongo contido na água morna por pelo menos 1 min até que as nervuras laterais estejam claramente dilatadas e visíveis (Figura 1B). Durante a etapa de aquecimento da cauda, carregue a dose de AAV na seringa.Coloque o tubo de microcentrífuga de 1.7 mL contendo AAV sem tampa em um suporte de tubos. Insira a agulha verticalmente no tubo com a mão dominante. Assim que a agulha estiver dentro do tubo, segure o tubo com a mão não dominante.NOTA: A inserção vertical da agulha evita danos à agulha que podem ser causados pelo toque na parede do tubo. Outros métodos alternativos de carregamento de seringas podem ser usados, mas a segurança do experimentador e do camundongo injetado deve ser garantida. Segurar o tubo com a mão não dominante protege contra ferimentos acidentais por punção da agulha se a agulha for inserida enquanto segura o tubo. Com a agulha dentro do tubo, levante o tubo e a seringa simultaneamente ao nível dos olhos, certificando-se de que a agulha não toque na parede do tubo. Descanse os dois braços sobre a mesa para estabilizá-los. Puxe lentamente a dose para a seringa.NOTA: A aspiração lenta evita que bolhas de ar finas se fixem nas laterais do corpo da seringa. Expulse as bolhas de ar da seringa. Se injetar AAV, certifique-se de que as bolhas de ar sejam expelidas da seringa sobre uma almofada absorvente descartável que será descartada em uma caixa de risco biológico. Segure o injetado por pelo menos 40 s para aquecê-lo.NOTA: Certifique-se sempre de que o injetado está quente antes da injeção. Se for administrado injetado frio, a injeção pode não fluir através da veia, exceto os primeiros μL. Verifique as veias da cauda a cada minuto.NOTA: As veias devem estar MUITO visíveis até o local da injeção (adicione o tempo de aquecimento da cauda e substitua por água morna fresca conforme necessário até que a veia esteja claramente visível, mas não exceda o tempo de contenção do camundongo permitido pelo protocolo de manejo animal da instituição). Depois de garantir que as veias estejam claramente visíveis, remova o limitador do tubo do topo da plataforma elevada e coloque o limitador do tubo diretamente sobre a mesa. Posicione o mouse no limitador com os pés para baixo e não para o lado para facilitar o manuseio da cauda.NOTA: O mouse não deve ficar de lado ou de costas dentro do retentor. O mouse deve estar totalmente contido e incapaz de se mover ou girar dentro do limitador ou mover/puxar sua cauda. Limpe rapidamente a cauda com uma gaze para secar a cauda; Limpe a cauda com um cotonete embebido em álcool e, em seguida, seque-a com uma gaze seca.NOTA: Use gaze seca para deixar a cauda seca o suficiente para permitir uma pegada segura da cauda, mas não completamente seca. Pode ser mais difícil ver a veia quando a cauda está completamente seca. Gire a cauda aproximadamente 90° para a esquerda ou para a direita para que uma das duas veias laterais fique voltada para cima. Localize um local de injeção adequado no terço médio da cauda. Inicie a injeção inicial distalmente (mais perto da ponta da cauda) e mova-se proximalmente se forem necessárias injeções adicionais devido a tentativas fracassadas ou exigidas pelo projeto experimental.NOTA: Não tente injetar distal a um local de injeção anterior, pois o injetado pode vazar para fora desse local de injeção anterior. Opcional: use o polegar e o indicador da mão não dominante para aplicar pressão proximal (a montante/mais próximo do corpo do camundongo) ao local da injeção por 10 s. Os dedos atuam como torniquetes para dilatar ainda mais a veia no local da injeção. Imediatamente após o torniquete de 10 s, solte os dedos do torniquete e certifique-se de que uma das duas veias laterais esteja voltada para cima e claramente visível. Segure a cauda com a mão não dominante usando o polegar e o indicador imediatamente distais ao local da injeção. Dobre a cauda sobre o dedo indicador para que o local da injeção fique plano no dedo indicador. Puxe a cauda para trás para que a cauda fique esticada e o local da injeção fique completamente horizontal (a 0°) (paralelo à mesa horizontal) (Figura 1C). Segure a seringa usando os dedos indicador e médio da mão dominante em ambos os lados do flange do cilindro da seringa, mantendo o polegar pronto no êmbolo.NOTA: Isso tornará mais fácil não mover o polegar ou a agulha quando a agulha estiver dentro da veia (Figura 1C). Descanse as duas mãos sobre a mesa para estabilizá-las e coloque a agulha diretamente sobre e paralelamente à cauda e à veia com o chanfro voltado para cima. Mantenha o local da injeção próximo ao dedo indicador segurando a cauda para melhorar o controle e a estabilidade do local da injeção.NOTA: O limitador do tubo deve ser profundo o suficiente na mesa para que ambas as mãos fiquem apoiadas na mesa. Enquanto mantém a agulha paralela à veia da cauda e aplica pressão para baixo na agulha, deslize a agulha para a frente na veia.NOTA: A pressão para baixo deve ser suficiente para inserir a agulha no ângulo correto na veia. A veia é extremamente rasa, então a agulha deve ser o mais plana possível ao tentar entrar na veia. Injete lentamente a solução na veia. Após a administração da dose, retire lentamente a agulha e aplique imediatamente pressão com uma gaze no local da injeção por pelo menos 10 s para parar o sangramento.NOTA: Aplique a pressão pelo tempo necessário até que o sangramento pare completamente para evitar a perda potencial do reagente injetado. Uma gota de sangue geralmente aparece após a retirada da agulha, indicando que a agulha penetrou na veia. Ocasionalmente, a gota de sangue não aparece mesmo com uma injeção bem-sucedida. A gota de sangue não indica injeção bem-sucedida; indica apenas que a agulha penetrou na veia. O indicador confiável de injeção bem-sucedida é a completa ausência de resistência do êmbolo durante a injeção. Se a agulha estiver dentro da veia, não deve haver resistência no êmbolo da agulha durante a injeção do injetado, e a veia proximal ao local da injeção parecerá momentaneamente de cor ligeiramente mais clara (branqueados) (o branqueamento da veia pode não ser muito claro em algumas cepas de camundongos). Se houver resistência e/ou começar a aparecer uma protuberância no local da injeção, a agulha não está corretamente colocada dentro da veia. Se isso ocorrer, remova completamente a agulha da cauda e tente injetar a veia em um novo local de injeção próximo ao local da injeção com falha (mais próximo do corpo do camundongo). Descarte as seringas e tubos contaminados com AAV de acordo com as diretrizes de gerenciamento de resíduos da instituição. Liberte o mouse das restrições e coloque-o de volta em uma nova gaiola separada dos camundongos não injetados. Monitore os camundongos por 10 minutos para garantir os níveis normais de atividade após a injeção.NOTA: Isso evita a transmissão potencial de agentes injetados para camundongos não injetados se agentes transmissíveis forem administrados. Desinfete a área de trabalho usando reagente(s) bactericida, fungicida e virucida e EtOH a 70%. Limpe o limitador do tubo do mouse com água e sabão. 3. Dissecção e coleta e fixação de tecidos27 Preparação da estação de coleta de tecidosLimpe a estação de trabalho com um reagente de degradação de DNA de acordo com as instruções do fabricante para degradar o DNA contaminante que possa estar presente na área de trabalho. Coloque o metilbutano em um recipiente de metal. Coloque o recipiente de metal de metilbutano dentro de uma caixa de isopor; Em seguida, envolva o recipiente de metal com gelo seco de modo que o nível de gelo seco ao redor do recipiente seja maior do que o nível de metilbutano dentro do recipiente. Rotule e coloque os tubos vazios de armazenamento de tecido de microcentrífuga de 2 mL no gelo seco. Deixe o metilbutano e os tubos de armazenamento de tecidos esfriarem em gelo seco por pelo menos 20 minutos antes de começar a congelar os tecidos. Coloque a pinça de transferência de tecido em gelo seco. Rotule e encha outro conjunto de tubos de armazenamento de tecido de microcentrífuga de 2 mL com paraformaldeído fresco a 4% (PFA) e mantenha-os em temperatura ambiente. Adicione 4% de PFA suficiente a cada tubo para submergir completamente os tecidos que serão colocados no tubo. Coleta e fixação de tecidosEutanasiar o camundongo de acordo com as diretrizes de cuidados com os animais da instituição.NOTA: Aqui, os camundongos foram sacrificados usando luxação cervical. Pulverize totalmente o mouse com 70% de EtOH. Colete os tecidos necessários.NOTA: O protocolo de coleta e fixação aqui descrito foi testado nos músculos esqueléticos e no fígado. Para tecidos que serão usados para extração de DNA:Coloque o tecido em metilbutano pré-resfriado em gelo seco e deixe o tecido em metilbutano por pelo menos 1 min. Use a pinça de transferência pré-resfriada para transferir os tecidos congelados do metilbutano para os tubos vazios de armazenamento de tecido de microcentrífuga de 2 mL pré-resfriados. Conservar o tecido a -80 °C.NOTA: Opcional: O tecido pode ser cortado em pedaços de 20 mg antes de cair em metilbutano para estar pronto para ser usado na etapa 4.1.4. Para tecidos que serão usados para análise histológica e para preservar a fluorescência das proteínas repórteres:Usando uma pinça designada por PFA mantida em temperatura ambiente, coloque os tecidos em seu respectivo tubo de microcentrífuga que contém 4% de PFA (mantido em temperatura ambiente), certificando-se de que o tecido esteja completamente submerso na solução de PFA a 4%.NOTA: A contaminação por PFA pode afetar negativamente diferentes ensaios moleculares a jusante. Use apenas pinças designadas por PFA ao manusear PFA para evitar a contaminação por PFA de outros tecidos ou ferramentas. Coloque os tubos da microcentrífuga em um rack e cubra o rack com papel alumínio para manter os tubos no escuro. Incube a grelha coberta a 4 °C em um shaker com agitação suave durante a noite. Após a incubação durante a noite, prepare 5% de sacarose (% p / v) em 1x PBS dissolvendo 5,0 g. de sacarose em 70 mL de 1x PBS por agitação vigorosa. Adicione 1x PBS suficiente a um volume total final de 100 mL para obter uma solução de sacarose a 5% (% p / v). Esterilize a solução de sacarose a 5% usando o filtro de seringa de 0,22 μm. Rotule e encha os tubos de microcentrífuga de 2,0 mL com sacarose a 5% recém-preparada. Transfira os tecidos de PFA a 4% para o respectivo tubo de microcentrífuga que contenha sacarose a 5% (mantido em temperatura ambiente), certificando-se de que o tecido esteja completamente submerso na solução de sacarose a 5%. Coloque os tubos da microcentrífuga em um rack e cubra o rack com papel alumínio para manter os tubos no escuro. Incube a grelha coberta a 4 °C em um shaker com agitação suave durante a noite. Após a incubação durante a noite, prepare 20% de sacarose (% p / v) em 1x PBS dissolvendo 20,0 g. de sacarose em 70 mL de 1x PBS por agitação vigorosa. Adicione 1x PBS suficiente a um volume total final de 100 mL para obter uma solução de sacarose a 20% (% p / v). Esterilize a solução de sacarose a 20% usando um filtro de seringa de 0,22 μm. Rotule e encha os tubos de microcentrífuga de 2,0 mL com sacarose a 20% recém-preparada. Transfira os tecidos de sacarose a 5% para seu respectivo tubo de microcentrífuga que contenha 20% de sacarose (mantido em temperatura ambiente), certificando-se de que o tecido esteja completamente submerso na solução de sacarose a 20%. Coloque os tubos da microcentrífuga em um rack e cubra o rack com papel alumínio para manter os tubos no escuro. Incube a grelha coberta a 4 °C em um shaker com agitação suave durante a noite. Após a incubação durante a noite, coloque o metilbutano em um recipiente de metal e coloque o recipiente de metal de metilbutano dentro de uma caixa de isopor. Cerque o recipiente de metal com gelo seco de forma que o nível de gelo seco ao redor do recipiente seja maior do que o nível de metilbutano dentro do recipiente. Rotule e coloque os tubos vazios de armazenamento de tecido de microcentrífuga de 2 mL em gelo seco. Deixe o metilbutano e os tubos de armazenamento de tecidos esfriarem em gelo seco por pelo menos 20 minutos antes de começar a congelar os tecidos. Coloque a pinça de transferência no gelo seco. Seque rapidamente os lenços usando lenços de precisão para remover qualquer excesso de sacarose a 20%. Coloque o tecido em metilbutano pré-resfriado em gelo seco. Deixe o tecido em metilbutano por pelo menos 1 min. Use a pinça de transferência pré-resfriada para transferir os tecidos congelados do metilbutano para os tubos vazios de armazenamento de tecido de microcentrífuga de 2 mL pré-resfriados. Conservar o tecido a -80 °C. 4. dPCR para quantificação de vg/dg Extração de DNA de tecidos e digestão inicial de RNANOTA: O manual do kit de extração de DNA listado na Tabela de Materiais foi usado para derivar este protocolo de extração de DNA. Sempre mantenha os tubos contendo os pedaços de tecido congelados em gelo seco.Prepare um balde de gelo. Para cada amostra de DNA, rotule um tubo de grânulo de lise de 1,5 mL e dois tubos de microcentrífuga vazios de 1,7 mL sem RNase e sem DNase. Adicione 180 μL do primeiro tampão do kit de extração de DNA a cada tubo de esfera. Tara o primeiro tubo de cordão contendo tampão.NOTA: Se os tecidos não foram pré-cortados na etapa 3.2.4.1, use uma lâmina de barbear pré-resfriada em gelo seco para cortar o tecido em pedaços de 20 mg. Esta etapa deve ser feita dentro de um criostato limpo mantido a -20 °C ou mais. Adicione um pedaço de tecido no tubo; pesar e registrar o peso do tecido (para ser ~ 20 mg.). Coloque imediatamente o tubo do cordão de lise com o tecido no gelo. O tampão pode cristalizar. Repita as etapas anteriores para cada amostra de tecido. Transfira os tubos para o misturador de tubos de esferas de lise e deixe funcionar por 1 min na velocidade máxima (velocidade 10) a 4 °C. Coloque as amostras no gelo para transferi-las para a centrífuga. Centrifugue por 1 min a 20.000 × g a 4 °C. Durante a etapa de centrifugação, adicione 20 μL de proteinase K à primeira série de tubos de microcentrífuga de 1,7 mL. Após a etapa de centrifugação, transferir o sobrenadante dos homogeneizados para os tubos de 1,7 ml contendo a proteinase K e homogeneizar bem. Incubar a 56 °C durante 15 min, com mistura de 500 RPM. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Incube em temperatura ambiente por 2 min. Adicione 4 μL de RNase A e misture por vórtice de pulso breve. Incube em temperatura ambiente por 2 min. Vórtice de pulso por 15 s. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Adicione 200 μL do segundo tampão do kit de extração de DNA. Vórtice de pulso por 15 s. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Adicione 200 μL de 100% de EtOH. Vórtice de pulso por 15 s. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Transferir os lisados para a coluna de rotação de extracção de ADN. Gire a 6.000 × g por 1 min. Coloque a coluna giratória em um novo tubo de coleta. Adicione 500 μL do terceiro tampão do kit de extração de DNA à coluna de rotação. Gire a 6.000 × g por 1 min. Coloque a coluna giratória em um novo tubo de coleta. Adicione 500 μL do quarto tampão do kit de extração de DNA à coluna de rotação. Gire a 20.000 × g por 3 min. Coloque a coluna giratória em um novo tubo de microcentrífuga de 1,7 mL. Adicione 100 μL de água de grau molecular à coluna de rotação. Incube em temperatura ambiente por 1 min. Gire a 6.000 × g por 1 min em temperatura ambiente. Meça a concentração de DNA, se necessário. Armazene a 4 °C para armazenamento de curto prazo ou -20 °C para armazenamento de longo prazo. Extração de DNA de células classificadas por FACSNOTA: O manual do kit de extração de DNA listado na Tabela de Materiais foi usado para derivar este protocolo de extração de DNA.Depois de separar as células, centrifugue as amostras a 300 × g por 5 s para coletar todas as gotas nas laterais e na tampa. Certifique-se de que todos os drops sejam coletados.NOTA: Se o volume da amostra for inferior a 1,5 mL, prossiga diretamente para a próxima etapa. Se o volume da amostra for superior a 1,5 mL, remova e descarte cuidadosamente a parte superior do sobrenadante usando uma micropipeta, deixando 1-1,5 mL da amostra. Misture a amostra pipetando para cima e para baixo várias vezes e transfira a amostra para um tubo de microcentrífuga de 1,7 mL. Centrifugue a 515 × g por 1 min em temperatura ambiente. Rejeitar o sobrenadante, excepto os últimos 50 μl. Ressuspender o sedimento em 50 μl do primeiro tampão do kit de extracção de ADN para um volume final de 100 μl. Siga o protocolo do fabricante para o isolamento de DNA genômico de pequenos volumes de sangue (consulte a Tabela de Materiais).Adicione 10 μL de proteinase K e 100 μL de tampão do segundo kit de extração de DNA; misturar por vórtice de pulso por 15 s. Incubar as amostras a 56 °C durante 10 minutos com mistura de 300 RPM. Misturar as amostras duas vezes por inversão suave durante este período de incubação. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Adicione 50 μL de 100% de EtOH e misture por vórtice de pulso por 15 s. Incubar as amostras à temperatura ambiente durante 5 min. Colete as gotas das paredes e da tampa do tubo centrifugando o tubo por 1-2 s usando uma mini centrífuga. Transfira as amostras para a coluna de extração de DNA (a coluna está em um tubo de coleta de 2 mL) sem molhar a borda. Centrifugue a 6.000 × g por 1 min. Depois de colocar a coluna em um tubo de coleta limpo de 2 mL, descarte o tubo de coleta que contém o fluxo. Adicione 500 μL do terceiro tampão do kit de extração de DNA à coluna sem molhar a borda e centrifugue a 6.000 × g por 1 min. Novamente, depois de colocar a coluna em um tubo de coleta limpo de 2 mL, descarte o tubo de coleta que contém o fluxo. Adicione 500 μL do quarto tampão do kit de extração de DNA à coluna sem molhar a borda e centrifugue a 6.000 × g por 1 min. Coloque a coluna em um tubo de coleta limpo de 2 mL e descarte o tubo de coleta contendo fluxo. Centrifugue a 20.000 × g por 3 min. Coloque a coluna em um tubo de microcentrífuga limpo de 1.7 mL e descarte o tubo de coleta contendo fluxo. Adicionar 20 μL de água de grau molecular ao centro da membrana da coluna para eluição; Feche a tampa e incube as amostras com a água de grau molecular à temperatura ambiente por 5 min. Centrifugue a 20.000 × g por 1 min. Armazenar o ADN eluído a 4 °C para armazenamento a curto prazo ou a -20 °C para armazenamento a longo prazo. Digestão e limpeza de RNANOTA: O manual do kit de extração de DNA listado na Tabela de Materiais foi usado para derivar este protocolo de limpeza de DNA. Dependendo das condições de dPCR, reagentes e designs de primer e sonda, pode ser necessário garantir a ausência completa de RNA na amostra de DNA antes de prosseguir para a quantificação de dPCR vg/dg. A contaminação por RNA pode resultar em vários graus de valores vg/dg imprecisos sob certas condições de dPCR.Em um tubo de PCR de 0,2 mL ou um tubo de microcentrífuga de 1,7 mL, adicione no máximo 20 μL da amostra de DNA extraída e 1,5 μL da RNase livre de DNase a cada amostra de DNA. Se o volume da mistura DNA/RNase for inferior a 21,5 μL, adicione água de grau molecular suficiente a um volume final de 21,5 μL e misture 25x invertendo os tubos. Incubar a 37 °C durante 30 min com mistura periódica de 10 em 10 min, invertendo os tubos.NOTA: A quantidade total de ácidos nucléicos adicionados ao tubo deve estar entre 175 ng e 700 ng. Modificações podem ser necessárias se as amostras de DNA contiverem volumes ou quantidades de ácido nucleico fora dessa faixa ou se as amostras de DNA forem isoladas de forma diferente. Coloque no gelo por 2 min. Adicione água de grau molecular suficiente a cada mistura de DNA / RNase até um volume final de 100 μL.NOTA: A RNase listada aqui é recomendada, pois digere o RNA contaminante sem afetar negativamente o DNA alvo ou os ensaios de PCR a jusante. Siga o protocolo do fabricante para limpeza de DNA genômico (consulte Tabela de Materiais).Adicione 10 μL do primeiro tampão do kit de extração de DNA e 250 μL do segundo tampão do kit de extração de DNA. Misture por vórtice de pulso por 10 s. Transferir as amostras para a coluna de extracção de ADN num tubo de recolha de 2 ml sem molhar a borda. Centrifugue a 6.000 × g por 1 min. Depois de colocar a coluna em um tubo de coleta limpo de 2 mL, descarte o tubo de coleta que contém o fluxo. Adicione 500 μL do segundo tampão do kit de extração de DNA à coluna sem molhar a borda. Centrifugue a 6.000 × g por 1 min. Coloque a coluna em um tubo de coleta limpo de 2 mL e descarte o tubo de coleta contendo fluxo. Centrifugue a 20.000 × g por 6 min. Coloque a coluna em um tubo de microcentrífuga limpo de 1,7 mL e descarte o tubo de coleta que contém o fluxo. Adicione 20 μL de água de grau molecular ao centro da membrana da coluna para eluição, feche a tampa e incube as amostras com a água de grau molecular à temperatura ambiente por 5 min. Centrifugue a 20.000 × g por 1 min. Armazene a 4 °C para armazenamento de curto prazo ou -20 °C para armazenamento de longo prazo. Confirme a ausência de contaminação por RNA na amostra digerida por RNase com PCR de endpoint ou dPCR ou PCR quantitativo (qPCR) usando um par de primers de PCR que amplificaria uma região de mRNA que abrange vários éxons e não apenas um único éxon.NOTA: O alvo de mRNA deve ser de um gene altamente expresso no tipo de tecido/célula alvo para garantir que a contaminação por mRNA seja identificada corretamente, se presente. Amplicons que abrangem vários éxons diferenciam entre bandas resultantes da contaminação do mRNA versus DNA genômico. Sempre tenha uma amostra de DNA digerido não RNase como controle positivo para a reação de PCR para garantir que a contaminação por mRNA seja detectada, se presente. PCR digital (dPCR)PCR de ponto final para verificar a especificidade dos primers e as condições ideais de PCR (opcional)Projete pares de primers e sondas de dPCR para o genoma do vetor e pares de primers e sondas de dPCR para o gene de referência do camundongo que serão usados para quantificar os genomas diplóides na amostra.NOTA: Apontar para o tamanho do amplicon entre 60 bp e 150 bp. O gene de referência do camundongo deve ser um gene que tenha um número constante de cópias do gene por genoma diplóide. Para os cálculos listados aqui, o gene de referência (Polr2a) tem duas cópias por genoma diplóide. Para uma reação de PCR de ponto final de 10 μL, prepare a mistura de PCR usando os reagentes e as concentrações finais a serem usadas posteriormente para a reação de dPCR. Adicione a amostra de DNA modelo digerida por RNase (faixa de quantidade de ácidos nucleicos 56-223 ng) a uma concentração final de 1x master mix de dPCR que contém a DNA polimerase e dNTPs, 0,8 μM de cada primer direto, 0,8 μM de cada primer reverso, 0,4 μM de cada sonda e 0,025 U/μL de enzima de restrição (a concentração final da enzima de restrição depende da enzima de restrição e da marca usada). Adicione água de grau molecular para atingir um volume final de 10 μL.NOTA: Deve haver pelo menos dois pares de primers e duas sondas na mistura de PCR: um par de primers e uma sonda para detectar o genoma do vetor e um par de primers e uma sonda para detectar o genoma do camundongo. Condições de ciclagem térmica de PCR: Etapa inicial de ativação de calor a 95 °C por 2 min, seguida por 35-45 ciclos de uma etapa de desnaturação a 95 °C por 25 s e uma etapa combinada de recozimento/extensão a 58-62 °C por 1 min.NOTA: A temperatura ideal de recozimento deve ser determinada para cada par de amplicon e primer. O número de ciclos pode ser ajustado de acordo com a quantidade de DNA molde na amostra. Visualize o produto de PCR em um gel de agarose usando eletroforese em gel para determinar a presença das bandas de amplicon alvo e quaisquer possíveis bandas de amplificação não específicas. Prossiga para a próxima etapa de dPCR após confirmar que os pares de primers e as condições de ciclagem resultam em amplificação específica das sequências alvo. reação de dPCRPara uma reação de dPCR de 40 μL, adicione até 4 μL da amostra de DNA modelo digerida por RNase (faixa de quantidade de ácidos nucleicos de 50-330 ng) a uma concentração final de 1x mistura principal de dPCR que contém a DNA polimerase e dNTPs, 0,8 μM de cada primer direto, 0,8 μM de cada primer reverso, 0,4 μM de cada sonda, e 0,025 U/μL de enzima de restrição (a concentração final da enzima de restrição depende da enzima de restrição e da marca usada). Adicione água de grau molecular para atingir um volume final de 40 μL. Condições de ciclagem térmica de dPCR: Etapa inicial de ativação de calor a 95 °C por 2 min, seguida por 40-50 ciclos de uma etapa de desnaturação a 95 °C por 25 s e uma etapa combinada de recozimento/extensão a 58-62 °C por 1 min.NOTA: A temperatura ideal de recozimento deve ser determinada para cada par de amplicon e primer. O número de ciclos pode ser ajustado de acordo com a quantidade do DNA molde na amostra. Os volumes, concentrações e condições listados aqui são otimizados para placas, reagentes e dispositivos de dPCR listados na Tabela de Materiais. Essas condições reduzem o efeito de quaisquer inibidores potenciais de dPCR que podem reduzir a precisão da reação. Depois de executar a reação de dPCR e obter os valores absolutos para os genomas do vetor e o gene de referência do camundongo, calcule vg/dg na amostra usando equações (7-8).Para genes de referência com duas cópias de genes/genoma diplóide:Valor absoluto dos genomas diplóides (dg) = (7)vg/dg = (8) Verifique o gráfico de dispersão 1D da reação de dPCR para confirmar a validade do ensaio e quantificação (Figura 3A, C). Para que o ensaio seja válido, confirme se o gráfico de dispersão 1D satisfaz todos os seguintes critérios: presença de partições positivas e negativas; separação clara entre as partições positiva e negativa para permitir a determinação precisa do limiar; e a presença de gotículas entre as partições positiva e negativa (também conhecidas como chuva), o que pode reduzir a precisão da quantificação da dPCR.