הייצור של התקן דו-שכבתי מבוסס פולידימתילסילוקסאן (PDMS) לייצור ספריות קומבינטוריות בתחליבים של מים בשמן (תקעים) מוצג כאן. החומרה והתוכנה הדרושים לאוטומציה של ייצור תקעים מפורטים בפרוטוקול, ומודגם גם ייצור ספרייה כמותית של תקעים פלואורסצנטיים.
מיקרופלואידיקה טיפתית היא כלי רב-תכליתי המאפשר ביצוע מספר רב של תגובות בתאי ננוליטר מובחנים מבחינה כימית. מערכות כאלה שימשו לתמצת מגוון תגובות ביוכימיות – מדגירה של תאים בודדים ועד יישום תגובות PCR, מגנומיקה לסינתזה כימית. צימוד התעלות המיקרופלואידיות עם שסתומי הבקרה מאפשר שליטה על פתיחתן וסגירתן, ובכך מאפשר ייצור מהיר של ספריות קומבינטוריות בקנה מידה גדול המורכבות מאוכלוסיית טיפות בעלות הרכבים ייחודיים. במאמר זה מוצגים פרוטוקולים לייצור ותפעול של התקן מיקרופלואידי דו-שכבתי מבוסס PDMS מונחה לחץ, שניתן להשתמש בו ליצירת ספריות קומבינטוריות של תחליבים של מים בשמן הנקראות תקעים. על ידי שילוב תוכנות וחומרה מיקרופלואידית, ניתן לשלוט ולתפעל את זרימת הנוזלים הרצויים במכשיר כדי ליצור ספריות תקע קומבינטוריות ולשלוט בהרכב ובכמות של אוכלוסיות התקעים המרכיבות. פרוטוקולים אלה יזרזו את תהליך יצירת המסכים הקומבינטוריים, במיוחד כדי לחקור תגובה תרופתית בתאים מביופסיות של חולי סרטן.
מיקרופלואידיקה מאפשרת מניפולציה של כמויות קטנות של נוזלים במיקרו-ערוצים1. היקף הפעולה של התקנים מיקרופלואידים טיפוסיים הוא עשרות עד מאות מיקרומטרים המאפשרים מזעור של תגובות כימיות וביולוגיות, ובכך מאפשרים לבצע תגובות כאלה עם כמויות קטנות יחסית של ריאגנטים. בתחילה, התקנים microfluidic היו מיוצרים עם חומרים כגון סיליקון2 וזכוכית3. למרות שהם עדיין בשימוש4, הם מציבים בעיות מסוימות, כגון תאימות ממס, עלות ייצור גבוהה, וקשיים בשילוב בקרות עבור זרימת נוזלים 5,6. מתודולוגיות ייצור מבוססות PDMS, המכונות ליתוגרפיה רכה, מציעות חלופה זולה לאב טיפוס מהיר של התקנים7 ודרך לייצר התקנים רב-שכבתיים מורכבים8. הוספת שסתומים ומשאבות להתקני PDMS מאפשרת את היכולת לשלוט בניתוב ובמהירות הנוזלים במכשירים 9,10. פותחו מספר שיטות לתכנון והפעלה של מיקרו-שסתומים באופן הפיך או בלתי הפיך – לדוגמה, שסתומים דו-מתכתיים העשויים סיליקון ואלומיניום, המופעלים תרמית11 או שימוש בגז שנוצר מתגובה אלקטרוכימית כדי להסיט קרום סיליקון ניטריד12. Gu et al. מדגימים את השימוש בפינים המכניים של צג ברייל כדי להפעיל לחץ על מיקרו-ערוצים כדי לווסת זרימה13. קבוצה אחת של מיקרו-שסתומים שצברה פופולריות היא השסתומים הפנאומטיים מבוססי PDMS שפותחה על ידי קבוצת סטיבן קווייק14. בדרך כלל, שסתומים כאלה מורכבים משני microchannels orthogonal – ערוץ זרימה ערוץ בקרה. עם הפעלת לחץ על תעלת הבקרה, קרום PDMS דק מסיט את תעלת הזרימה, סוגר אותה ובכך קוטע את זרימת הנוזל. לאחר הדיכאון, הממברנה נרגעת, ובכך פותחת את ערוץ הזרימה ומאפשרת את חידוש זרימת הנוזלים. שסתומי PDMS מאפשרים בכך ויסות זרימה בצורה חזקה והפיכה מכיוון שניתן ללחוץ על תעלת הבקרה ולהוריד אותה מספר פעמים15. בנוסף, מכיוון ששסתומים כאלה יכולים להיות מופעלים על ידי הפעלת לחץ, הם פותחים אפיקים לבקרה דיגיטלית ואוטומציה16. יתר על כן, מכיוון שהם מאותו חומר, ניתן לשלב אותם בצורה חלקה בייצור התקנים מבוססי PDMS באמצעות טכניקות ליתוגרפיה רכה 8,17,18. תכונות אלה הופכות את שסתומי PDMS לבחירה אטרקטיבית לוויסות זרימה בהתקנים מיקרופלואידים. תורסן ועמיתיו השתמשו בעיקרון של שסתומים כאלה כדי לתכנן מרבב זורם – מערך קומבינטורי של שסתומים פנאומטיים – כדי לטפל בכמעט אלף ערוצי זרימת קלט עם עשרים ערוצי בקרה19. עיקרון זה הורחב לניתוב סלקטיבי של נוזלים לכימוסטטים מיקרופלואידים בתוך שבב, כך שניתן לבצע תגובות ייחודיות בו זמנית בכל כור 20,21,22,23. עם זאת, מיקרו-ריאקטורים כאלה, בעוד שהם שימושיים באופטימיזציה של השימוש בריאגנטים מוגבלים, אינם יכולים להקביל תגובות מרובות ואינם מספיקים למחקרים בעלי תפוקה גבוהה.
מיקרופלואידיקה טיפתית היא תת-קטגוריה של מיקרופלואידיקה הכוללת ייצור טיפות באמצעות מניפולציה של זרימת נוזל רב-פאזית בלתי ניתנת לערבוב בהתקנים מיקרופלואידים24. היווצרות טיפות כרוכה בפירוק של נוזל רציף על ידי הכנסת נוזל בלתי ניתן להפרעה, וכתוצאה מכך צביטה עקב חוסר יציבות באנרגיה הבין-פנים ובהיווצרות תחליב25. חומרים פעילי שטח מסייעים ביצירת טיפות מעוגלות כאשר תחליבים עוזבים את המיקרו-ערוץ על ידי ייצוב האנרגיות הבין-פנים26. טיפות גדולות יותר, הנקראות תקעים, הן פחות יציבות וניתן לאסוף אותן בתא אחיזה (כגון אורך צינורות) כמערך של תאים מימיים המרווחים מכל צד על ידי נוזל אחד או יותר בלתי ניתנים לערבוב27. בנוסף למזעור ומידור, מיקרופלואידיקה טיפתית מציעה גם תפוקה מוגברת של תגובות ביולוגיות, שכן ניתן לייצר מספר רב של טיפות חד-פיזור – שכל אחת מהן משמשת כננו-ריאקטור28. טיפות, לאחר שנוצרו, יכולות גם להיות נתונות למניפולציות נוספות, כגון פיצול29,30, היתוך31,32, מיון33,34 והרכבה למבנים מסדר גבוה יותר35,36. מיקרופלואידיקה טיפתית חוללה מהפכה במספר תחומים וטכנולוגיות מדעיות – מ-PCR37 לשעתוק חד-תאי38, מגילוי תרופות39,40 לווירולוגיה41, מריצוף הדור הבא42 לסינתזה כימית43.
שילוב של ליתוגרפיה רכה מבוססת PDMS ומיקרו-שסתומים עם טכנולוגיית טיפות הוא שילוב רב עוצמה המאפשר ויסות זרימת נוזלים במיקרו-ערוצים ולאחר מכן שליטה על תכולת הטיפות. בהתאם לפתיחה וסגירה של תעלות, ניתן לייצר אוכלוסיות נפרדות של טיפות, כל אחת עם הרכב מסוים. פלטפורמה כזו יכולה למזער, למדר ולהקביל תגובות ביוכימיות ולכן להיות טכניקה שימושית לסינון קומבינטורי44. סינון קומבינטורי היא שיטה בעלת תפוקה גבוהה ליצירת עשרות אלפי שילובים של ריאגנטים נבחרים ליצירת ספריות המורכבות מאוכלוסיות בודדות של הרכב ידוע. בדיקות סקר קומבינטוריות שימשו לגילוי השפעות סינרגטיות בין תרופות ואנטיביוטיקה לעיכוב גדילה חיידקי45. בתחום הטיפול בסרטן נעשה שימוש בבדיקות סקר קומבינטוריות לבדיקת שילובים של תרופות אנטי סרטניות לחולה נתון ובכך לקדם טיפול מותאם אישית46,47. Mathur ואחרים בנו על טכנולוגיה זו על ידי שילוב גישת ברקוד DNA קומבינטורית להערכת שינויי שעתוק בבדיקת תרופות בתפוקה גבוהה48. לפיכך, סינון קומבינטורי הוא טכנולוגיה רבת עוצמה אך מתהווה, ויש צורך בפיתוח טכנולוגיות מיקרופלואידיות מגוונות כדי לבצע ולהקל על הליכי סינון כאלה.
מטרתו של כתב יד זה היא להציג מערכת שלמה של פרוטוקולים לייצור התקן מיקרופלואידי דו-שכבתי המסוגל ליצור ספרייה קומבינטורית של תקעי מים בשמן ולתאר את החומרה והתוכנה הדרושות להפעלת מכשיר כזה. זרימת הנוזל מווסתת באמצעות שסתומים פניאומטיים מבוססי PDMS מבוקרי לחץ, אשר בתורם נשלטים על ידי תוכנית LabVIEW מותאמת אישית. זרימת ריאגנטים במכשיר מושגת באמצעות משאבות לחץ זמינות מסחרית. מוצג אב טיפוס בעל שמונה כניסות שבו נוצר תקע על ידי תכולתם של שלושה כניסות, שכל אחת מהן מכילה מגיב מימי. הפאזה המימית פוגשת פאזת שמן רציפה, ותקעים מיוצרים בצומת T בתדר של 0.33 הרץ. תפקוד המערכת מודגם על ידי הפקת ספרייה כמותית המכילה שלוש אוכלוסיות שונות של תקעים פלואורסצנטיים. טכנולוגיה זו ומערכת פרוטוקולים תסייע לזרז את הייצור של ספריות קומבינטוריות למטרות סינון בתפוקה גבוהה.
במאמר זה הוצגה סדרה של פרוטוקולים לייצור ותפעול של התקן מיקרופלואידי מבוסס PDMS לייצור אוטומטי של ספריות קומבינטוריות בתאי מים בשמן הנקראים תקעים. השילוב של מיקרופלואידיקה עם טכנולוגיית טיפות מספק טכניקה רבת עוצמה לתמצת כמות קטנה של ריאגנטים במספר רב של תאים, ובכך פותח אפיקים לסינון קומבינטורי בקנה מידה גדול.
בעבר, תוארו מספר טכנולוגיות ליצירת תאים מובחנים מבחינה כימית באמצעות מיקרופלואידיקה, כל אחת עם היתרונות והמגבלות שלה. Kulesa et al.50, תיארו אסטרטגיה לתמצת תאים עם ברקודים בטיפות באמצעות לוחות microtiter ומיזוג טיפות אלה באמצעות שדה חשמלי כדי ליצור ספרייה קומבינטורית. בעוד גישה כזו יכולה ליצור הרבה שילובים של טיפות, היא מוגבלת על ידי הצורך בשלבי טיפול ידניים בזרימת העבודה. Tomasi et al.51 פיתחו פלטפורמה מיקרופלואידית כדי למזג טיפה המכילה ספרואיד (צברי תאים צפים חופשיים) עם טיפת גירוי, ובכך לאפשר מניפולציה של מיקרו-סביבה ספרואידית. שיטה זו מאפשרת לחקור תופעות חשובות כגון אינטראקציות תא-תא והשפעת תרופות, אך היא בעלת תפוקה נמוכה יחסית. Eduati et al.46 ו- Utharala et al.47 פיתחו פלטפורמה מבוססת שסתומים מיקרופלואידים שיכולה ליצור ספריות קומבינטוריות בעלות תפוקה גבוהה באופן אוטומטי. עם זאת, במחקרים אלה, השסתומים מופעלים באמצעות התקן ברייל, מה שמחייב שלבי יישור מסורבלים בין המיקרו-שסתום לבין השבב המיקרופלואידי. תכונה מרכזית של המערכת המתוארת במאמר זה היא יישום של שסתומי PDMS פנאומטיים כדי לווסת את זרימת הנוזל בתעלות הקלט. מכיוון ששסתומים אלה מבוססים על PDMS, ניתן לשלב אותם בצורה חלקה למדי בשלבי הייצור של השבב המיקרופלואידי. בנוסף, הם אפשרות פשוטה יחסית לשלוט על זרימת הנוזלים בתעלות הכניסה, שכן הם יכולים להיות מופעלים על ידי הפעלת לחץ דרך מקור גז חיצוני. לבסוף, ניתן לתכנת את משך ורצף הלחץ והדיכאון של שסתומים אלה, ובכך להפוך את הייצור של אוכלוסיות נפרדות של תקעים לאוטומטי באופן בתפוקה גבוהה. תכונה חשובה נוספת היא השימוש במשטרי לחץ קבועים להזרקת ריאגנטים דרך המפרצון, המאפשר לבטל את הסכמתך לשלב תעלות פסולת כדי להקל על כל הצטברות לחץ המתעוררת במשטר קצב זרימה קבוע. זה מפשט את תכנון המכשיר, מפחית את הצורך בשסתומים וחומרה נוספים כדי לשלוט בשסתומים של ערוץ הפסולת, וממזער בזבוז מגיבים.
בעוד הייצור של מכשירים עם PDMS הוא יחסית לא מסובך, יישום של התקנים כאלה דורש שימוש באביזרי חומרה נרחבים כגון שסתומי סולנואיד פנאומטיים (כדי לשלוט על ההפעלה של שסתומי PDMS), משאבות לחץ (כדי לשלוט על זרימת ריאגנטים כניסה ושמן) ותוכנות (כדי לווסת את שסתומי הסולנואידים). למרות שהם מייצגים השקעה משמעותית, התקנה כזו מספקת עקביות ואמינות לפעולה מוצלחת של המכשיר. בנוסף, רכיבי החומרה והארכיטקטורה המתוארים בפרוטוקול זה מוגדרים באופן מודולרי. לכן, ניתן להשתמש בחלופות עבור מודולים מסוימים כדי להפחית עלויות או להתאים אותם לצורך ספציפי. לדוגמה, קיים מגוון משאבות שניתן להשתמש בהן על בסיס שירות, תקציב, זמינות ונוחות 52,53,54. ניתן לשלב רכיבים נוספים כגון מאגרי נוזלים ומווסתי טמפרטורה עבור ריאגנטים רגישיםלכניסה 23. יתר על כן, ניתן להגדיל או להקטין עיצוב זה כדי לענות על צרכים מדעיים ספציפיים. לדוגמה, במאמר זה מתואר אב טיפוס בעל שמונה כניסות המאפשר לשלב שמונה ריאגנטים ייחודיים ליצירת תקעים. ניתן לשדרג זאת להתקן בעל 16 כניסות המאפשר מספר גדול יותר של כניסות ושילובים גדולים יותר שלהן. כתוצאה מכך, הוא יזדקק לתעלות בקרה נוספות ושסתומי סולנואיד כדי לטפל בפתחים, אך אב טיפוס כזה מאפשר ליצור ספריות קומבינטוריות גדולות ומגוונות יותר. לבסוף, במאמר זה, כל אוכלוסיית תקע נוצרת על ידי פתיחה של שלושה מתוך שמונת הפתחים המימיים של המכשיר המיקרופלואידי. נצפה כי עבור תצורה כזו, לחץ של כ 200 mbar עבור ריאגנטים שמן ו 400 mbar עבור ריאגנטים מימיים תואם משטר של ייצור תקע, אשר מונע אך ורק על ידי הפעלת שסתום. כאשר הופעלו לחצים גבוהים יותר על השמן, נצפתה התפרקות של תקעים, והפעלת לחצים נמוכים יותר הובילה לאיחוי של תקעים. משטר הלחץ האופטימלי לייצור תקע תלוי במגוון רחב של גורמים, כגון מספר הכניסות התורמות להיווצרות תקע, אופי וצמיגות הנוזלים ומידות התעלות, ויש לייעל אותו בעת הצורך.
אחד החסרונות של פעולה במשטר לחץ קבוע הוא שלנוזלים בעלי צמיגות שונה יש קצבי זרימה שונים תחת לחץ קבוע. לכן, יש לוודא כי ריאגנטים מימיים הזורמים דרך המפרצונים הם בעלי צמיגות דומה. השימוש בנוזלים בעלי צמיגויות שונות ישפיע לא רק על זרימת הנוזלים בתעלות הכניסה אלא גם על היווצרות התקע בצומת T, ובכך יפגע בהרכב אוכלוסיות התקעים. חסרון נוסף הוא זיהום אוכלוסיית תקע מגיבים שיוריים בצומת T. כאשר המכשיר עובר בין ייצור של אוכלוסיות תקע שונות, התקע הראשון/האחרון ברצף של כל אוכלוסייה נוטה להיות מזוהם על ידי האוכלוסייה הקודמת או הבאה. ניתן להתגבר על כך על ידי ייצור עותקים משוכפלים נוספים של כל אוכלוסייה והנחת התקע המזוהם במהלך הניתוח. לבסוף, קיים גם פוטנציאל לשונות בין מכשירים בודדים הנובעת מחוסר עקביות בייצור ו / או במקורות חיצוניים (תנודות לחץ). ניתן להקל על בעיה זו על ידי שימוש חוזר בשבב מיקרופלואידי יחיד מספר פעמים והבטחת הפעלה מלאה של ספריה קומבינטורית על שבב יחיד כדי למזער את ההשפעה של חוסר עקביות אלה.
המכשיר המיקרופלואידי והמערך הנלווה של פרוטוקולים תפעוליים המוצגים במאמר זה שימשו להדגמת הייצור של ספרייה קומבינטורית כמותית של תקעים. פלטפורמה זו יכולה, אם כן, ליצור במהירות ספריות קומבינטוריות של אוכלוסיות תקע נפרדות באופן בתפוקה גבוהה. כתוצאה מכך, טכנולוגיות כאלה יכולות לשמש למגוון מטרות הקרנה, כולל, אך לא רק, סינון תרופתי קומבינטורי על דגימות ביופסיה של מטופל – לפיו מספר קטן של תאים שנשלפו מביופסיה יכולים להיות מופצים במספר רב של טיפות ומטופלים בשילוב גדול של התרופה האנטי סרטנית כדי לייעל את הטיפול הפרטני בדגימת חולה נתונה – ולכן להאיץ טיפול מותאם אישית בסרטן46, 48,55.
The authors have nothing to disclose.
ברצוננו להודות לסטייסי מרטינה מ-NanoLab TuE על עזרתה בתצהיר אדי HMDS. מחקר זה מומן על ידי המכון למערכות מולקולריות מורכבות (ICMS) ב- TU/e ועל ידי הארגון ההולנדי למחקר מדעי (NWO) תוכנית הכבידה IMAGINE! (פרויקט מספר 24.005.009).
1,1,3,3 tetramethyldisiloxane | Merck Life Science NV | MFCD00008256 | |
4 channel digital input/output module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-504 | |
Acetone | Boom Labs | BOOMSKEUZW3 | |
Analysis Software | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE | |
AZ 40XT 11D | Merck Life Science NV | 212299 | Positive photoresist |
AZ 726 MIF developer | Merck Life Science NV | 10055824960 | Developer for positive photoresist |
Biopsy Punch, Rapid Core | World Precision Instruments Germany, GMBH | 504529 | 0.75 mm ID, W/Plunge |
Blue food dye | PME | FC1036 | |
Controller end module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-600 | |
Ethernet Controller | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-881 | |
FC-40 | Merck Millipore | F9755-100ML | |
Fluigent flow unit | Fluigent | FLU-S-D | |
Fluigent pressure system | Fluigent | MFCS-EZ | 0 – 2 bar |
Fluorescein | Merck Life Science NV | MFCD00005050 | |
Hot plate | Torrey Pines Scientific | HP61 | |
Inverted microscope | Nikon Instruments | Eclipse Ti-E | |
Isopropanol | Boom Labs | BOOMSKEUZE3 | |
LabVIEW (Software Version 20) | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/tree/main/LabVIEW_8_inlet_device_ VERSION_1 |
All files have been saved for LabVIEW version 20. It is advised to use this version or higher to open the files. |
Luer stubs | Instech Laboratories, Inc. | LS23 | 23 ga, 0.5" |
Male Luer to barb connectors | Cole Parmer | 45505-32 | 3/32" ID |
MasterFlex PTFE tubing | Avator/VWR | 48634 | |
Microscope Slides | VWR | 470150-480 | |
Microscope slides, Plain | Corning | 2947-75X50 | |
Mineral Oil | Merck Millipore | 330760-1L | |
mr DEV 600 | Micro resist Technology | R815100 | Developer for negative photoresist |
Oven | Thermo Scientific | Heraeus T6P 50045757 | |
Oxygen plasma asher | Quorum Technologies | K1050X | |
Photomask | CAD/Art Services, Inc. | ||
Photomask Design | Eindhoven University of Technology (Adapted from Merten Lab, EPFL) | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/blob/main/8_inlet_JoVE_device_design.dwg | |
Pneumatic valve array | FESTO | 1x 8 valve array, Normally closed valves | |
Silicon Wafers | Silicon Materials | <1-0-0>, 100 mm diameter, 525 μm thickness | |
Single edge blades | GEM Scientific | ||
Soft tubing | Fluigent | 1 mm ID, 3 mm OD | |
Spin coater | Laurell Technologies Corporation | WS-650MZ-23NPPB | |
Stereo microscope | Olympus Corporation | SZ61 | |
SU-8 3050 | Kayakli Advanced Materials | Y311075 1000L1GL | Negative photoresist |
Sylgard 184 Silicone Elastomer Kit (PDMS) | Dow | 1317318 | |
Syringe | B Braun Injekt – F Fine Dosage Syringe | 10303002 | |
UV-LED exposure system | Idonus | UV-EXP150S-SYS | |
Vacuum pump | Vacuumbrand GmbH | MD1C | |
Weighing scales | Sartorius | M-prove |