Mitokondriyal temas bölgeleri, mitokondriyal iç ve dış zar proteinleri ile etkileşime giren protein kompleksleridir. Bu bölgeler, mitokondriyal membranlar arasındaki ve dolayısıyla sitozol ile mitokondriyal matris arasındaki iletişim için gereklidir. Burada, bu spesifik protein sınıfına uygun adayları belirlemek için bir yöntem açıklıyoruz.
Mitokondri hemen hemen tüm ökaryotik hücrelerde bulunur ve enerji üretiminin çok ötesine geçen temel işlevleri yerine getirir, örneğin demir-kükürt kümelerinin, lipitlerin veya proteinlerin sentezi,Ca2+ tamponlama ve apoptozun indüksiyonu. Benzer şekilde, mitokondriyal disfonksiyon kanser, diyabet ve nörodejenerasyon gibi ciddi insan hastalıklarına neden olur. Bu işlevleri yerine getirmek için mitokondri, iki zardan oluşan zarfları boyunca hücrenin geri kalanıyla iletişim kurmak zorundadır. Bu nedenle, bu iki zar sürekli etkileşim halinde olmak zorundadır. Mitokondriyal iç ve dış zarlar arasındaki proteinli temas bölgeleri bu açıdan gereklidir. Şimdiye kadar, birkaç temas yeri tespit edildi. Burada açıklanan yöntemde, Saccharomyces cerevisiae mitokondri, temas bölgelerini izole etmek ve böylece temas bölgesi proteinleri için uygun adayları belirlemek için kullanılır. Bu yöntemi, mayadan insanlara kadar korunan mitokondriyal iç zardaki ana temas bölgesi oluşturan komplekslerden biri olan mitokondriyal temas bölgesini ve cristae organizasyon sistemi (MICOS) kompleksini tanımlamak için kullandık. Son zamanlarda, Cqd1 ve Por1-Om14 kompleksinden oluşan yeni bir temas bölgesini tanımlamak için bu yöntemi daha da geliştirdik.
Mitokondri, ökaryotlarda çeşitli farklı işlevleri yerine getirir, en bilineni oksidatif fosforilasyon yoluyla ATP üretimidir. Diğer işlevler arasında demir-kükürt kümelerinin üretimi, lipid sentezi ve daha yüksek ökaryotlardaCa2+ sinyali ve apoptoz 1,2,3,4’ün indüksiyonu yer alır. Bu işlevler, karmaşık üst yapılarıyla ayrılmaz bir şekilde bağlantılıdır.
Mitokondriyal üst yapı ilk olarak elektron mikroskobu5 ile tanımlanmıştır. Mitokondrinin iki zardan oluşan oldukça karmaşık organeller olduğu gösterilmiştir: mitokondriyal dış zar ve mitokondriyal iç zar. Böylece, bu membranlar tarafından iki sulu bölme oluşturulur: zarlar arası boşluk ve matris. Mitokondriyal iç zar daha da farklı bölümlere ayrılabilir. İç sınır zarı, dış zara yakın durur ve cristae istilalar oluşturur. Crista bağlantıları, iç sınır zarını ve cristae’yi birbirine bağlar (Şekil 1). Ayrıca, ozmotik olarak küçülmüş mitokondrinin elektron mikrografları, mitokondriyal zarların sıkıca bağlandığı bölgelerin var olduğunu ortaya koymaktadır 6,7. Bu sözde temas bölgeleri, iki zarı kapsayan protein kompleksleri tarafından oluşturulur (Şekil 1). Bu etkileşim bölgelerinin, mitokondriyal dinamiklerin ve kalıtımın düzenlenmesinin yanı sıra sitozol ve matris8 arasındaki metabolitlerin ve sinyallerin transferi için önemleri nedeniyle hücre canlılığı için gerekli olduğu düşünülmektedir.
Mitokondriyal iç zardaki MICOS kompleksi, muhtemelen en iyi karakterize edilen ve en çok yönlü temas bölgesi oluşturan komplekstir. MICOS 2011 yılında mayada tanımlanmıştır ve altı alt birimdenoluşur 9,10,1 1: Mic60, Mic27, Mic26, Mic19, Mic12 ve Mic10. Bunlar, 9,10,11 crista kavşaklarına lokalize olan yaklaşık 1.5 MDa’lık bir kompleks oluşturur. Çekirdek alt birimin, Mic10 veya Mic60’ın silinmesi, bu karmaşık 9,11’in yokluğuna yol açar, yani bu iki alt birim MICOS’un kararlılığı için gereklidir. İlginç bir şekilde, MICOS çeşitli mitokondriyal dış zar proteinleri ve kompleksleri ile sadece bir değil, birden fazla temas bölgesi oluşturur: TOM kompleksi 11,12, TOB / SAM kompleksi 9,12,13,14,15,16, Fzo1-Ugo1 kompleksi9, Por1 10, OM45 10 ve Miro 17. Bu, MICOS kompleksinin protein ithalatı, fosfolipid metabolizması ve mitokondriyal ultrayapının18 oluşumu gibi çeşitli mitokondriyal süreçlerde yer aldığını güçlü bir şekilde gösterir. MIC10 veya MIC60’ın silinmesiyle indüklenen MICOS kompleksinin yokluğu, neredeyse tamamen düzenli kristadan yoksun anormal bir mitokondriyal üst yapıya yol açtığından, ikinci işlev muhtemelen MICOS’un ana işlevidir. Bunun yerine, iç sınır zarına bağlantısı olmayan iç zar vezikülleri19, 20 biriktirir. Daha da önemlisi, MICOS mayadan insana kadar form ve işlev bakımından korunur21. MICOS alt birimlerindeki mutasyonların ciddi insan hastalıkları ile ilişkisi, daha yüksek ökaryotlar için önemini de vurgulamaktadır22,23. MICOS çok yönlü olmasına rağmen, ek temas siteleri mevcut olmalıdır (yayınlanmamış gözlemlerimize dayanarak). Gerçekten de, mitokondriyal spesifik fosfolipid kardiyolipin27’nin biyosentezinde yer alan mitokondriyal füzyon makineleri Mgm1-Ugo1 / Fzo124,25,26 veya Mdm31-Por1 gibi birkaç başka temas bölgesi tanımlanmıştır. Son zamanlarda, dış membran kompleksi Por1-Om1428 ile oluşturulan yeni bir temas bölgesinin parçası olarak Cqd1’i tanımlamak için bizi MICOS’un tanımlanmasına götüren yöntemi geliştirdik. İlginç bir şekilde, bu temas bölgesi aynı zamanda mitokondriyal membran homeostazı, fosfolipid metabolizması ve koenzim Q28,29’un dağılımı gibi çoklu süreçlerde yer alıyor gibi görünmektedir.
Burada, daha önce tarif edilen mitokondrifraksiyonunun bir varyasyonunu kullandık 9,30,31,32,33. Mitokondrinin ozmotik tedavisi, mitokondriyal dış zarın bozulmasına ve matris boşluğunun büzülmesine yol açar ve iki zarı sadece temas bölgelerinde yakın mesafede bırakır. Bu, yalnızca mitokondriyal dış zardan veya mitokondriyal iç zardan oluşan veziküllerin üretilmesine veya hafif sonikasyon yoluyla her iki zarın temas bölgelerini içermesine izin verir. Mitokondriyal iç zarın çok daha yüksek protein-lipit oranına sahip olması nedeniyle, mitokondriyal iç zar vezikülleri, mitokondriyal dış zar veziküllerine kıyasla daha yüksek bir yoğunluk sergiler. Yoğunluk farkı, sükroz yüzdürme yoğunluğu gradyan santrifüjlemesi yoluyla membran veziküllerini ayırmak için kullanılabilir. Böylece, mitokondriyal dış zar vezikülleri düşük sükroz konsantrasyonlarında birikirken, mitokondriyal iç zar vezikülleri yüksek sükroz konsantrasyonlarında zenginleşir. Temas bölgelerini içeren veziküller, ara sükroz konsantrasyonlarında yoğunlaşır (Şekil 2). Aşağıdaki protokol, daha önce kurduğumuz32 yönteme kıyasla daha az özel ekipman, zaman ve enerji gerektiren bu geliştirilmiş yöntemi ayrıntılı olarak açıklamakta ve olası temas bölgesi proteinlerinin tanımlanması için yararlı bir araç sağlamaktadır.
Mitokondriyal alt fraksiyonlama, oldukça karmaşık birkaç adımdan oluşan karmaşık bir deneydir. Bu nedenle, yerleşik yöntemimizi daha da geliştirmeyi ve bir dereceye kadar basitleştirmeyi amaçladık32. Buradaki zorluklar, genellikle bireysel yapılar olan karmaşık ve son derece özel ekipman gereksinimi ve muazzam zaman ve enerji tüketimiydi. Bu amaçla, doğrusal gradyanı dökmek ve hasat etmek için kullanılan pompaları ve münferit yapıları kaldırmaya çalıştık ve kademe…
The authors have nothing to disclose.
M.E.H., 413985647 numaralı proje olan Deutsche Forschungsgemeinschaft’a (DFG) mali destek için teşekkür eder. Yazarlar, Münih Ludwig-Maximilians Üniversitesi’nden Dr. Michael Kiebler’e cömert ve kapsamlı desteği için teşekkür eder. Walter Neupert’e bilimsel katkıları, faydalı tartışmaları ve devam eden ilhamı için minnettarız. J.F., Münih Yaşam Bilimleri Enstitüsü’ne (LSM) desteği için teşekkür eder.
13.2 mL, Open-Top Thinwall Ultra-Clear Tube, 14 x 89mm | Beckman Instruments, Germany | 344059 | |
50 mL, Open-Top Thickwall Polycarbonate Open-Top Tube, 29 x 104mm | Beckman Instruments, Germany | 363647 | |
A-25.50 Fixed-Angle Rotor- Aluminum, 8 x 50 mL, 25,000 rpm, 75,600 x g | Beckman Instruments, Germany | 363055 | |
Abbe refractometer | Zeiss, Germany | discontinued, any pipet controller will suffice |
|
accu-jet pro Pipet Controller | Brandtech, USA | BR26320 | discontinued, any pipet controller will suffice |
Beaker 1000 mL | DWK Life Science, Germany | C118.1 | |
Branson Digital Sonifier W-250 D | Branson Ultrasonics, USA | FIS15-338-125 | |
Branson Ultrasonic 3mm TAPERED MICROTIP | Branson Ultrasonics, USA | 101-148-062 | |
Branson Ultrasonics 200- and 400-Watt Sonifiers: Rosette Cooling Cell | Branson Ultrasonics, USA | 15-338-70 | |
Centrifuge Avanti JXN-26 | Beckman Instruments, Germany | B37912 | |
Centrifuge Optima XPN-100 ultra | Beckman Instruments, Germany | 8043-30-0031 | |
cOmplete Proteaseinhibtor-Cocktail | Roche, Switzerland | 11697498001 | |
D-Sorbit | Roth, Germany | 6213 | |
EDTA (Ethylendiamin-tetraacetic acid disodium salt dihydrate) | Roth, Germany | 8043 | |
Erlenmeyer flask, 100 mL | Roth, Germany | X747.1 | |
graduated pipette, Kl. B, 25:0, 0.1 | Hirschmann, Germany | 1180170 | |
graduated pipette, Kl. B, 5:0, 0.05 | Hirschmann, Germany | 1180153 | |
ice bath | neoLab, Germany | S12651 | |
Magnetic stirrer RCT basic | IKA-Werke GmbH, Germany | Z645060GB-1EA | |
MOPS (3-(N-Morpholino)propanesulphonic acid) | Gerbu, Germany | 1081 | |
MyPipetman Select P1000 | Gilson, USA | FP10006S | |
MyPipetman Select P20 | Gilson, USA | FP10003S | |
MyPipetman Select P200 | Gilson, USA | FP10005S | |
Omnifix 1 mL | Braun, Germany | 4022495251879 | |
Phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) | Serva, Germany | 32395.03 | |
STERICAN cannula 21 Gx4 4/5 0.8×120 mm | Braun, Germany | 4022495052414 | |
stirring bar, 15 mm | VWR, USA | 442-0366 | |
Sucrose | Merck, Germany | S8501 | |
SW 41 Ti Swinging-Bucket Rotor | Beckman Instruments, Germany | 331362 | |
Test tubes | Eppendorf, Germany | 3810X | |
Tissue grinders, Potter-Elvehjem type, 2 mL glass vessel | VWR, USA | 432-0200 | |
Tissue grinders, Potter-Elvehjem type, 2 mL plunger with serrated tip | VWR, USA | 432-0212 | |
Trichloroacetic acid (TCA) | Sigma Aldrich, Germany | 33731 | discontinued, any TCA will suffice (CAS: 73-03-9) |
TRIS | Roth, Germany | 4855 |