近年来，星形胶质细胞功能以及它们如何与神经元回路相互作用的知识急剧增加。星形胶质细胞可以影响可塑性^1，2，帮助神经元损伤后恢复^3，4，甚至诱导 从头 神经元增强，最近的研究表明星形胶质细胞在记忆获取和奖励中的重要性，以前被认为是纯粹的神经元功能^5，6，7.星形胶质细胞研究中特别感兴趣的一个特征是细胞的空间排列，其在海马体和其他大脑结构中保持独特的空间组织^8，9，10。与在细胞体瘤之间交织的神经元树突不同，海马星形胶质细胞栖息在视觉上可区分的区域，其过程之间略有重叠，形成不同的结构域^{8，11，12，13}。支持星形胶质细胞参与神经元回路的证据并不支持缺乏对这些群体及其结构域中的神经元的详细解剖学描述¹⁴。

病毒载体转导程序以及转基因动物（TG）已被推广为研究大脑结构，功能和细胞相互作用的工具集^15，16。利用不同的启动子允许根据其遗传特性，激活水平^17，18或投射靶标靶向特定细胞。不同的病毒可以在不同的人群中表达不同颜色的荧光基团。病毒可以与TG中荧光团的内源性表达相结合，或者TG动物可以在不需要病毒的情况下使用。这些技术被广泛用于神经元标记，一些实验室已经开始使用它们，并专门用于靶向其他细胞类型（如星形胶质细胞^5，9，19）进行修改。

CLARITY技术于2013^年20，21年首次描述，通过使整个大脑透明，同时保持微观结构完整，能够研究厚厚的脑切片。通过结合两种方法 – 病毒载体转导和组织清除 – 现在可以选择检查不同细胞类型群体之间的空间相互作用。大多数星形胶质细胞 – 神经元相互作用研究是在薄脑切片上进行的，由于其大结构域导致不完全星形胶质细胞的图像，从而从根本上限制了分析细胞的数量。使用CLARITY技术可以同时对大规模体积的细胞群进行单细胞分辨率表征。对清晰大脑中荧光标记的细胞群进行成像并不能提供突触分辨率，但可以彻底表征星形胶质细胞与各种神经元细胞类型之间的空间相互作用。

出于这个原因，我们利用这些最先进的技术来研究整个背侧CA1星形胶质细胞的特性，对所有层层（层状镭骨，锥体层和地层Oriens）进行成像。我们测量了数以万计的星形胶质细胞（病毒外显率为>96%⁵），从而分析了CA1周围整个星形细胞群体的信息。通过神经元标志物的有效外显率，我们可以记录整个CA1星形胶质细胞群与四种类型的神经元细胞之间的相互作用 – 小白蛋白（PV），生长抑素（SST），VIP抑制神经元和兴奋性锥体细胞⁹。

使用来自TG动物的荧光和不同颜色的病毒载体（所有抑制性细胞）的组合进行了几次实验，而其他（兴奋性）利用两种病毒载体在不同启动子下表达不同的荧光团⁹。本文提出了一个详细的方案，包括标记大脑中所需细胞，使用修改后的CLARITY程序使大脑透明，以及使用各种程序和软件成像和分析完整的大脑结构。