Summary

Utilizando o aprimoramento da fluorescência induzida por proteínas resolvidas pelo tempo para identificar conformações locais estáveis Um monômero α-sinucleína de cada vez

Published: May 30, 2021
doi:

Summary

O aprimoramento da fluorescência induzida por proteínas de molécula única é um sensor de proximidade espectroscópico de fluorescência útil sensível às mudanças estruturais locais nas proteínas. Aqui mostramos que pode ser usado para descobrir conformações locais estáveis em α-Synuclein, que também é conhecida como globularmente desestruturada e instável quando medida usando a régua FRET de longo alcance.

Abstract

O uso de réguas espectroscópicas para rastrear múltiplas conformações de biomoléculas únicas e sua dinâmica revolucionou a compreensão da dinâmica estrutural e suas contribuições para a biologia. Enquanto a régua baseada em FRET relata distâncias inter-corantes na faixa de 3-10 nm, outras técnicas espectroscópicas, como o aprimoramento da fluorescência induzida por proteínas (PIFE), relatam a proximidade entre um corante e uma superfície proteica na faixa mais curta de 0-3 nm. Independentemente do método de escolha, seu uso na medição de biomoléculas livremente difusas uma de cada vez recupera histogramas do parâmetro experimental produzindo subpopulgãs separadas distribuídas centralmente de biomoléculas, onde cada subpopo representa uma única conformação que permaneceu inalterada dentro de milissegundos, ou múltiplas conformações que intervertem muito mais rápido do que milissegundos, e, portanto, uma subpopoização média. Em fret de molécula única, onde o parâmetro relatado em histogramas é a eficiência fret inter-tingitária, uma proteína intrinsecamente desordenada, como o monômero α-Synucleína em buffer, foi previamente relatado como exibindo uma única subpopução média de múltiplas conformações interconverting rapidamente. Embora esses achados passados dependam da faixa de 3-10 nm da régua baseada em FRET, procuramos colocar essa proteína à prova usando pife de molécula única, onde rastreamos a vida de fluorescência de proteínas de α-sinucleína rotuladas no local uma de cada vez. Curiosamente, usando este sensor de proximidade espectroscópica de curto alcance, α-Synuclein com a marca Synuclein, com uma gama de tamanhos largos, exibe várias subpoporas vitalícias com vidas médias distintas que interconvertem em 10-100 ms. Esses resultados mostram que, embora α-Sinucleína possa ser desordenada globalmente, ela atinge estruturas locais estáveis. Em resumo, neste trabalho destacamos a vantagem de usar diferentes sensores de proximidade espectroscópicas que rastreiam mudanças estruturais locais ou globais uma biomolécula de cada vez.

Introduction

Nas últimas duas décadas, os métodos baseados em fluorescência de moléculas únicas tornaram-se uma poderosa ferramenta para medir biomoléculas1,2, sondando como diferentes parâmetros biomoleculares se distribuem, bem como como eles interconvertem dinamicamente entre diferentes subpopulgências desses parâmetros na resolução sub-milissegundo3,4,5. Os parâmetros nestas técnicas incluem a eficiência da transferência de energia nas medições de FRET 6,7, anisotropia de fluorescência8,9, rendimentos quânticos de fluorescência e vidas10,11, em função de diferentes mecanismos de fluorescência que saciem12 ou aprimoramento13 mecanismos. Um desses mecanismos, mais conhecido como aumento da fluorescência induzida por proteínas (PIFE)14 introduz o aprimoramento do rendimento quântico da fluorescência e da vida como uma função da obstrução estérica à isomerização livre do fluorohore quando em estado animado, causado por superfícies proteicas nas proximidades do corante14,15,16,17,18,19 . Tanto o FRET quanto o PIFE são considerados governantes espectroscópicos ou sensores de proximidade, uma vez que seu parâmetro medido está diretamente ligado a uma medida espacial dentro da biomolécula rotulada sob medição. Enquanto a eficiência do FRET está relacionada à distância entre um par de corantes dentro de uma faixa de 3-10 nm20,o PIFE rastreia aumentos nos rendimentos quânticos da fluorescência ou vidas relacionadas à distância entre o corante e uma superfície de uma proteína próxima na faixa de 0-3 nm19.

O FRET de molécula única tem sido amplamente utilizado para fornecer insights estruturais em muitos sistemas proteicos diferentes, incluindo proteínas intrinsecamente desordenadas (IDPs)21, como α-Synuclein (α-Syn)22. α-Syn pode formar estruturas ordenadas seguindo a ligação a diferentes biomoléculas e em diferentes condições23,24,25,26,27,28,29,30. No entanto, quando desvinculado, o monômero α-Syn é caracterizado por alta heterogeneidade conformacional com conformações rapidamente interconversas31,32.

As conformações de α-Syn têm sido estudadas anteriormente utilizando-se de diversas técnicas diferentes que ajudam na identificação da dinâmica conformacional de sistemas tão heterogêneos e dinâmicos33,34,35,36,37,38,39. Curiosamente, as medições de FRET (smFRET) de molécula única de α-Syn no buffer relataram uma única população de FRET39,40 que é um resultado da média de tempo de conformações interconvertidas dinamicamente às vezes muito mais rápido do que o tempo típico de difusão de α-Syn através do ponto confocal (vezes tão rápido quanto poucos microssegundos e ainda mais rápido do que isso, em relação aos tempos típicos de difusão de milissegundos)40, 41. No entanto, o uso de uma régua espectroscópica FRET com a sensibilidade à distância de 3-10 nm às vezes relata apenas mudanças estruturais globais em uma pequena proteína, como α-Syn. Medições de molécula única utilizando sensores de proximidade espectroscópicos com sensibilidades de distância mais curta têm o potencial de relatar a dinâmica das estruturas locais. Aqui realizamos medições pife de molécula única de α-Syn e identificamos diferentes subsu populações de vida fluorescência mapeando para diferentes estruturas locais com transições entre elas tão lentas quanto 100 ms. Este trabalho resume as medidas smPIFE resolvidas pelo tempo de moléculas α-Syn livremente difundidas uma de cada vez, em buffer e quando ligadas a membranas baseadas em SDS como um sensor de proximidade espectroscópico de molécula única de curto alcance.

Protocol

1. Transformação plasmida Preparação de 0,5 L de meio SOC Pesar 10 g de triptona, 2,5 g de extrato de levedura, 0,25 g de cloreto de sódio (NaCl), 0,1 g de cloreto de potássio (CTI). Adicione água duplamente destilada (DDW) até o volume total de 0,5 L. Ajuste ao pH 7 adicionando hidróxido de sódio (NaOH). Prepare alíquotas de estoque de 100 mL e autoclave. Antes de usar, adicione 0,5 mL de cloreto de magnésio estéril (TM2) e 1,8 mL de g…

Representative Results

Como IDP, quando não está vinculado a outra biomolécula, α-Syn exibe dinâmicas estruturais entre múltiplas conformações, com transições em poucos microssegundos40 e até mesmo em centenas de nanossegundos41. Quando α-Syn cruza o ponto confocal, ele pode passar por milhares de transições entre as conformações. De fato, este foi o caso quando o smFRET foi usado39,40. Aqui realizamos medições smPIFE pa…

Discussion

Foram realizados extensos estudos bioquímicos e biofísicos para o estudo das características estruturais de α-Syn e sua natureza desordenada33,34,35,36,37,38. Vários trabalhos já utilizaram o smFRET de difusão livre para investigar a dinâmica intra-molecular do monômero α-Syn livre de vinculação. Esses trabalhos r…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

O pT-t7 codificando o mutante A56C α-Syn foi dado a nós como presente do Dr. Asaf Grupi, Dr. Dan Amir e Dr. Elisha Haas. Este artigo foi apoiado pelos Institutos Nacionais de Saúde (NIH, conceder R01 GM130942 à E.L. como subaward), pela Israel Science Foundation (conceder 3565/20 dentro do KillCorona – Curbing Coronavirus Research Program), o Milner Fund e a Universidade Hebraica de Jerusalém (fundos de startup).

Materials

Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units Merc C7715 cutoff: 100 kDa
ammonium sulfate Sigma-Aldrich A4418
BSA Sigma-Aldrich A9647
cysteamine Sigma-Aldrich 30070
dialysis bags – MEGA GeBaFlex-tube Gene Bio-Application MEGA320
dithiothreitol (DTT) Sigma-Aldrich 43815
ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) Sigma-Aldrich E5134
Fast SeeBand staining solution Gene Bio-Application SB050
Glycine Sigma-Aldrich 50046
D-Glucose Sigma-Aldrich G7021
HEPES Sigma-Aldrich 54457
HiTrap Desalting 5 mL Sigma-Aldrich GE17-1408
6-hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2-carboxylic acid (TROLOX) Sigma-Aldrich 238813
isopropyl β-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG) Sigma-Aldrich I5502
LB broth Sigma-Aldrich L3152
Magnesium chloride Sigma-Aldrich 63068
MonoQ column Sigma-Aldrich 54807
protein LoBind tube Sigma-Aldrich EP0030108094 0.5 mL
Rinse a µ-slide 18 Ibidi 81816
SDS Sigma-Aldrich 75746
Sodium acetate Sigma-Aldrich S2889
Sodium hydroxide Sigma-Aldrich S8045
Sodium phosphate monobasic monohydrate Sigma-Aldrich 71507
Sterile Cell spreaders, Drigalski spatulas mini-plast 815-004-05-001
streptomycin sulfate Sigma-Aldrich S9137
sulfo-Cy3 maleimide abcam ab146493
Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP) Sigma-Aldrich 75259
Tris-HCl Sigma-Aldrich 93363
Tryptone Sigma-Aldrich T7293
Yeast Extract Sigma-Aldrich Y1625

Referências

  1. Gust, A., et al. A starting point for fluorescence-based single-molecule measurements in biomolecular research. Molecules. 19 (10), 15824-15865 (2014).
  2. Weiss, S. Fluorescence spectroscopy of single biomolecules. Science. 283 (5408), 1676-1683 (1999).
  3. Haran, G. Single-molecule fluorescence spectroscopy of biomolecular folding. Journal of Physics Condensed Matter. 15 (32), R1291 (2003).
  4. Schuler, B., Lipman, E. A., Eaton, W. A. Probing the free-energy surface for protein folding with single-molecule fluorescence spectroscopy. Nature. 419 (6908), 743-747 (2002).
  5. Michalet, X., Weiss, S., Jäger, M. Single-molecule fluorescence studies of protein folding and conformational dynamics. Chemical Reviews. 106 (5), 1785-1813 (2006).
  6. Ha, T., Enderle, T., Ogletree, D. F., Chemla, D. S., Selvin, P. R., Weiss, S. Probing the interaction between two single molecules: Fluorescence resonance energy transfer between a single donor and a single acceptor. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (13), 6264-6268 (1996).
  7. Deniz, A. A., et al. Single-molecule protein folding: Diffusion fluorescence resonance energy transfer studies of the denaturation of chymotrypsin inhibitor 2. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (10), 5179-5184 (2000).
  8. Bialik, C. N., Wolf, B., Rachofsky, E. L., Ross, J. B. A., Laws, W. R. Dynamics of biomolecules: Assignment of local motions by fluorescence anisotropy decay. Biophysical Journal. 75 (5), 2564-2573 (1998).
  9. Jameson, D. M., Sawyer, W. H. Fluorescence anisotropy applied to biomolecular interactions. Methods in Enzymology. 246, 283-300 (1995).
  10. Kempe, D., Schöne, A., Fitter, J., Gabba, M. Accurate Fluorescence Quantum Yield Determination by Fluorescence Correlation Spectroscopy. Journal of Physical Chemistry B. 119 (13), 4668-4672 (2015).
  11. Callis, P. R., Liu, T. Quantitative Prediction of Fluorescence Quantum Yields for Tryptophan in Proteins. Journal of Physical Chemistry B. 108, 4248-4259 (2004).
  12. Lehrer, S. S. Solute Perturbation of Protein Fluorescence. The Quenching of the Tryptophyl Fluorescence of Model Compounds and of Lysozyme by Iodide Ion. Bioquímica. 10 (17), 3254-3263 (1971).
  13. Xie, K. X., Liu, Q., Jia, S. S., Xiao, X. X. Fluorescence enhancement by hollow plasmonic assembly and its biosensing application. Analytica Chimica Acta. 1144, 96-101 (2021).
  14. Stennett, E. M. S., Ciuba, M. A., Lin, S., Levitus, M. Demystifying PIFE: The Photophysics behind the Protein-Induced Fluorescence Enhancement Phenomenon in Cy3. Journal of Physical Chemistry Letters. 6 (10), 1819-1823 (2015).
  15. Nguyen, B., Ciuba, M. A., Kozlov, A. G., Levitus, M., Lohman, T. M. Protein Environment and DNA Orientation Affect Protein-Induced Cy3 Fluorescence Enhancement. Biophysical Journal. 117 (1), 66-73 (2019).
  16. Song, D., Graham, T. G. W., Loparo, J. J. A general approach to visualize protein binding and DNA conformation without protein labelling. Nature Communications. 7, 10976 (2016).
  17. Ploetz, E., et al. Förster resonance energy transfer and protein-induced fluorescence enhancement as synergetic multi-scale molecular rulers. Scientific Reports. 6, 33257 (2016).
  18. Hwang, H., Myong, S. Protein induced fluorescence enhancement (PIFE) for probing protein-nucleic acid interactions. Chemical Society Reviews. 43 (4), 1221-1229 (2014).
  19. Hwang, H., Kim, H., Myong, S. Protein induced fluorescence enhancement as a single molecule assay with short distance sensitivity. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (18), 7414-7418 (2011).
  20. Ray, P. C., Fan, Z., Crouch, R. A., Sinha, S. S., Pramanik, A. Nanoscopic optical rulers beyond the FRET distance limit: Fundamentals and applications. Chemical Society Reviews. 43, 6370-6404 (2014).
  21. Chen, H., Rhoades, E. Fluorescence characterization of denatured proteins. Current Opinion in Structural Biology. 18 (4), 516-524 (2008).
  22. Alderson, T. R., Markley, J. L. Biophysical characterization of α-synuclein and its controversial structure. Intrinsically Disordered Proteins. 1 (1), 18-39 (2013).
  23. Mane, J. Y., Stepanova, M. Understanding the dynamics of monomeric, dimeric, and tetrameric α-synuclein structures in water. FEBS Open Bio. 6 (7), 666-686 (2016).
  24. Wang, W., et al. A soluble α-synuclein construct forms a dynamic tetramer. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (43), 17797-17802 (2011).
  25. Bartels, T., Choi, J. G., Selkoe, D. J. α-Synuclein occurs physiologically as a helically folded tetramer that resists aggregation. Nature. 477 (7362), 107-110 (2011).
  26. Ulmer, T. S., Bax, A., Cole, N. B., Nussbaum, R. L. Structure and dynamics of micelle-bound human α-synuclein. Journal of Biological Chemistry. 280 (10), 9595-9603 (2005).
  27. Georgieva, E. R., Ramlall, T. F., Borbat, P. P., Freed, J. H., Eliezer, D. Membrane-bound α-synuclein forms an extended helix: Long-distance pulsed ESR measurements using vesicles, bicelles, and rodlike micelles. Journal of the American Chemical Society. 130 (39), 12856-12857 (2008).
  28. Trexler, A. J., Rhoades, E. α-Synuclein binds large unilamellar vesicles as an extended helix. Bioquímica. 48 (11), 2304-2306 (2009).
  29. Stephens, A. D., Zacharopoulou, M., Kaminski Schierle, G. S. The Cellular Environment Affects Monomeric α-Synuclein Structure. Trends in Biochemical Sciences. 44 (5), 453-466 (2019).
  30. Illes-Toth, E., Dalton, C. F., Smith, D. P. Binding of dopamine to alpha-synuclein is mediated by specific conformational states. Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 24 (9), 1346-1354 (2013).
  31. Frimpong, A. K., Abzalimov, R. R., Uversky, V. N., Kaltashov, I. A. Characterization of intrinsically disordered proteins with electrospray inization mass spectrometry: Conformationl heterogeneity of α-synuciein. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 78 (3), 714-722 (2010).
  32. Sandal, M., et al. Conformational equilibria in monomeric α-synuclein at the single-molecule level. PLoS Biology. 6 (1), e6 (2008).
  33. Brodie, N. I., Popov, K. I., Petrotchenko, E. V., Dokholyan, N. V., Borchers, C. H. Conformational ensemble of native α-synuclein in solution as determined by short-distance crosslinking constraint-guided discrete molecular dynamics simulations. PLoS Computational Biology. 15 (3), e1006859 (2019).
  34. Ullman, O., Fisher, C. K., Stultz, C. M. Explaining the structural plasticity of α-synuclein. Journal of the American Chemical Society. 133 (48), 19536-19546 (2011).
  35. Binolfi, A., Theillet, F. X., Selenko, P. Bacterial in-cell NMR of human α-synuclein: A disordered monomer by nature?. Biochemical Society Transactions. 40 (5), 950-954 (2012).
  36. Waudby, C. A., et al. In-Cell NMR Characterization of the Secondary Structure Populations of a Disordered Conformation of α-Synuclein within E. coli Cells. PLoS ONE. 8 (8), e72286 (2013).
  37. Yu, J., Malkova, S., Lyubchenko, Y. L. α-Synuclein Misfolding: Single Molecule AFM Force Spectroscopy Study. Journal of Molecular Biology. 384 (4), 992-1001 (2008).
  38. Guerrero-Ferreira, R., Kovacik, L., Ni, D., Stahlberg, H. New insights on the structure of alpha-synuclein fibrils using cryo-electron microscopy. Current Opinion in Neurobiology. 61, 89-95 (2020).
  39. Trexler, A. J., Rhoades, E. Single molecule characterization of α-synuclein in aggregation-prone states. Biophysical Journal. 99 (9), 3048-3055 (2010).
  40. Ferreon, A. C. M., Gambin, Y., Lemke, E. A., Deniz, A. A. Interplay of α-synuclein binding and conformational switching probed by single-molecule fluorescence. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (14), 5645-5650 (2009).
  41. Rezaei-Ghaleh, N., et al. Local and Global Dynamics in Intrinsically Disordered Synuclein. Angewandte Chemie – International Edition. 57 (46), 15262-15266 (2018).
  42. Ingargiola, A., Laurence, T., Boutelle, R., Weiss, S., Michalet, X. Photon-HDF5: An Open File Format for Timestamp-Based Single-Molecule Fluorescence Experiments. Biophysical Journal. 110 (1), 26-33 (2016).
  43. Ingargiola, A., Lerner, E., Chung, S. Y., Weiss, S., Michalet, X. FRETBursts: An open source toolkit for analysis of freely-diffusing Single-molecule FRET. PLoS ONE. 11 (8), e0160716 (2016).
  44. Ingargiola, A., et al. Multispot single-molecule FRET: Highthroughput analysis of freely diffusing molecules. PLoS ONE. 12 (4), e0175766 (2017).
  45. Eggeling, C., Fries, J. R., Brand, L., Günther, R., Seidel, C. A. M. Monitoring conformational dynamics of a single molecule by selective fluorescence spectroscopy. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (4), 1556-1561 (1998).
  46. Fries, J. R., Brand, L., Eggeling, C., Köllner, M., Seidel, C. A. M. Quantitative identification of different single molecules by selective time-resolved confocal fluorescence spectroscopy. Journal of Physical Chemistry A. 102, 6601-6613 (1998).
  47. Hoffmann, A., et al. Quantifying heterogeneity and conformational dynamics from single molecule FRET of diffusing molecules: Recurrence analysis of single particles (RASP). Physical Chemistry Chemical Physics. 13 (5), 1857-1871 (2011).
  48. Eakin, C. M., Berman, A. J., Miranker, A. D. A native to amyloidogenic transition regulated by a backbone trigger. Nature Structural and Molecular Biology. 13 (3), 202-208 (2006).
  49. Jahn, T. R., Parker, M. J., Homans, S. W., Radford, S. E. Amyloid formation under physiological conditions proceeds via a native-like folding intermediate. Nature Structural and Molecular Biology. 13 (3), 195-201 (2006).
  50. Chen, D., et al. Tau local structure shields an amyloid-forming motif and controls aggregation propensity. Nature Communications. 10 (1), 2493 (2019).
  51. Lerner, E., Ploetz, E., Hohlbein, J., Cordes, T., Weiss, S. A Quantitative Theoretical Framework for Protein-Induced Fluorescence Enhancement-Förster-Type Resonance Energy Transfer (PIFE-FRET). Journal of Physical Chemistry. B. 120 (26), 6401-6410 (2016).
  52. Valuchova, S., Fulnecek, J., Petrov, A. P., Tripsianes, K., Riha, K. A rapid method for detecting protein-nucleic acid interactions by protein induced fluorescence enhancement. Scientific Reports. 6, 39653 (2016).
  53. Qiu, Y., Myong, S. Single-Molecule Imaging With One Color Fluorescence. Methods in Enzymology. 581, 33-51 (2016).
  54. Lerner, E., et al. Toward dynamic structural biology: Two decades of single-molecule Förster resonance energy transfer. Science. 359 (6373), eaan1133 (2018).
  55. Lerner, E., et al. FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices. Elife. 10, e60416 (2021).
  56. Wang, W., et al. A soluble α-synuclein construct forms a dynamic tetramer. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (43), 17797-17802 (2011).
  57. Bartels, T., Choi, J. G., Selkoe, D. J. α-Synuclein occurs physiologically as a helically folded tetramer that resists aggregation. Nature. 477 (7362), 107-110 (2011).
  58. Ulmer, T. S., Bax, A., Cole, N. B., Nussbaum, R. L. Structure and dynamics of micelle-bound human α-synuclein. Journal of Biological Chemistry. 280 (10), 9595-9603 (2005).
  59. Georgieva, E. R., Ramlall, T. F., Borbat, P. P., Freed, J. H., Eliezer, D. Membrane-bound α-synuclein forms an extended helix: Long-distance pulsed ESR measurements using vesicles, bicelles, and rodlike micelles. Journal of the American Chemical Society. 130 (39), 12856-12857 (2008).
  60. Chen, J., et al. The structural heterogeneity of α-synuclein is governed by several distinct subpopulations with interconversion times slower than milliseconds. Structure. 29 (9), (2021).
check_url/pt/62655?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Zaer, S., Lerner, E. Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One α-Synuclein Monomer at a Time. J. Vis. Exp. (171), e62655, doi:10.3791/62655 (2021).

View Video