Summary

Détection de l’anticorps du domaine de liaison au récepteur du SARS-CoV-2 à l’aide d’un biorapporteur basé sur HiBiT

Published: August 12, 2021
doi:

Summary

Le protocole décrit la procédure de production du complexe protéique du domaine de liaison au récepteur HiBiT et son application pour la détection rapide et sensible des anticorps anti-SARS-CoV-2.

Abstract

L’émergence de la pandémie de COVID-19 a accru le besoin de meilleures méthodes de détection sérologique pour déterminer l’impact épidémiologique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Le nombre croissant d’infections par le SRAS-CoV-2 soulève la nécessité de meilleurs tests de détection des anticorps. Les méthodes actuelles de détection des anticorps compromettent la sensibilité pour la vitesse ou sont sensibles mais prennent beaucoup de temps. Une grande partie des anticorps neutralisant le SRAS-CoV-2 ciblent le domaine de liaison aux récepteurs (RBD), l’un des principaux compartiments immunogènes du SARS-CoV-2. Nous avons récemment conçu et développé un RBD (NanoLuc HiBiT-RBD) hautement sensible et marqué au bioluminescent pour détecter les anticorps du SRAS-CoV-2. Le texte suivant décrit la procédure à suivre pour produire le complexe HiBiT-RBD et un test rapide pour évaluer la présence d’anticorps ciblant rbD à l’aide de cet outil. En raison de la durabilité du produit protéique HiBiT-RBD sur une large plage de températures et de la procédure expérimentale plus courte qui peut être achevée en 1 h, le protocole peut être considéré comme une alternative plus efficace pour détecter les anticorps du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de sérum des patients.

Introduction

L’émergence récente d’un nouveau coronavirus, le SRAS-CoV21, a causé plus de 2 800 000 décès et 128 millions d’infections au 30 mars 20212. En raison de l’absence d’une procédure de traitement fiable et bien établie pour les thérapies cliniques du SRAS-CoV-2, de nombreux efforts ont été déployés pour limiter la transmission virale et, plus important encore, pour développer un traitement efficace et robuste ou un vaccin3. À ce jour, plus de 50 candidats vaccins contre la COVID-19 font l’objet d’essais rapportés par l’Organisation mondiale de la Santé4. La détection d’anticorps contre le SARS-CoV-2 est d’une importance capitale pour déterminer la stabilité à long terme de la réponse humorale lors de l’administration du vaccin ainsi que chez les patients guéris de la COVID-195. Certaines études ont démontré qu’il est possible que les patients guéris du SRAS-CoV-2 perdent la plupart des anticorps de liaison à la RBD après 1 an5,6,7,8,9. Des recherches plus approfondies sont nécessaires pour mieux comprendre l’immunité durable, et des plates-formes de détection d’anticorps plus sensibles peuvent aider à poursuivre ces travaux. Les rapports sur l’immunité soutenue des infections légères par le SRAS-CoV-2, qui suggèrent des réponses anticorps à long terme, constituent également un domaine d’étude intéressant et utile. Une méthode de détection rapide et précise est essentielle pour surveiller les anticorps dans le sérum des individus afin de fournir plus d’informations sur l’immunité dans la population.

Comme d’autres coronavirus, le SARS-CoV-2 utilise la glycoprotéine de pointe saillante pour se lier à l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE2) afin d’initier une cascade d’événements qui conduisent à la fusion des membranes virale et cellulaire6,7. Plusieurs études ont récemment prouvé que la RBD de la protéine Spike joue un rôle crucial dans l’obtention d’une réponse anticorps puissante et spécifique contre le SARS-CoV28,9,10,11. En particulier, les corrélations observées par Premkumar et coll. entre le titre d’anticorps liant la RBD et la puissance de neutralisation du plasma des patients par le SRAS-CoV-2 sont compatibles avec le fait que la RBD est un compartiment immunogène de la structure du virus9. Dans cet esprit, de nombreux tests diagnostiques disponibles pour la détection des anticorps sars-CoV-2 sont longs et coûteux, nécessitent une longue procédure d’incubation et de lavage (test immuno-enzymatique [ELISA]), ou manquent de sensibilité et de précision (test immunologique à flux latéral [LFIA])12. Par conséquent, une méthode sérologique complémentaire quantitative et rapide de détection des anticorps dérivés de la COVID-19 avec une sensibilité élevée, une réponse rapide et un coût relativement faible répondrait au besoin d’un test sérologique fiable pour la surveillance épidémiologique du SRAS-CoV-2.

Collectivement, les limites des essais sérologiques actuels ont incité à étudier le système de déclaration bioluminescente en tant qu’agent de diagnostic potentiel dans les futures enquêtes sérologiques. La bioluminescence est une réaction enzyme/substrat naturelle, avec émission de lumière. La nanoluc luciférase est la plus petite (19 kDa), mais le système le plus brillant par rapport à Renilla et à la luciole luciférase (36 kDa et 61 kDa, respectivement)13,14. En outre, Nanoluc a le rapport signal / bruit le plus élevé et la stabilité parmi les systèmes mentionnés précédemment. L’intensité de signal élevée de Nanoluc prend en charge la détection de très faibles quantités de fusions rapporteures15. Nanoluc Binary Technology (NanoBiT) est une version divisée du système Nanoluc, qui est composé de deux segments: petit BiT (11 acides aminés; SmBiT) et grand BiT (LgBiT) avec des interactions d’affinité relativement faible (KD = 190 μM) pour former un complexe luminescent16. NanoBiT est largement utilisé dans diverses études impliquant l’identification des interactions protéine-protéine15,17,18,19 et des voies de signalisation cellulaire11,20,21.

Récemment, un autre petit peptide avec une affinité nettement plus élevée pour LgBiT (KD = 0,7 nM) a été introduit, à savoir le système HiBiT Nano-Glo, à la place de SmBiT. La haute affinité et le signal fort du test Nano-Glo « add-mix-read » font de HiBiT une étiquette peptidique luminescente quantitative appropriée. Dans cette approche, la balise HiBiT est ajoutée à la protéine cible en développant une construction imposant une interférence structurelle minimale. La fusion de la protéine HiBiT se lierait activement à la contrepartie LgBiT, produisant une enzyme luciférase hautement active pour générer une bioluminescence détectable en présence de réactifs de détection (Figure 1). De même, nous avons développé un système basé sur HiBiT Nano-Glo pour mesurer facilement le titre d’anticorps neutralisants dans le sérum des individus guéris du SRAS-CoV-2 et avons récemment développé un RBD SARS-CoV-2 marqué HiBiT. Cet article décrit le protocole de production du biorapporteur HiBiT-RBD à l’aide de procédures et d’équipements de laboratoire standard, et montre comment ce biorapporteur peut être utilisé dans un test rapide et efficace pour détecter les anticorps ciblant le SARS-CoV-2 RBD.

Protocol

REMARQUE: Le protocole décrit ci-dessous adhère à toutes les directives d’éthique conformément au code de protocole 20200371-01H. 1. Production et évaluation du bioreporter HiBiT-RBD Produire une quantité suffisante de bioreporter HiBiT-RBD Se préparer à la culture cellulaire Préparer le milieu Eagle modifié (DMEM) complet de Dulbecco contenant 10 % de sérum fœtal bovin et 1 % de pénicilline/streptomycine. Ensuite, réchauffez le média dans un bain-ma…

Representative Results

Les signaux provenant à la fois du lysat cellulaire contenant du HiBit-RBD et du surnageant des cellules transfectées ont été enregistrés (Figure 2) pour évaluer la source de protéines appropriée. HiBiT-RBD et LgBit ont été utilisés séparément comme contrôles, et les données ont montré un faible arrière-plan par rapport à un signal fort lorsque les deux parties ont été combinées. Par conséquent, l’interaction HiBiT-RBD avec LgBiT est nécessaire pour générer une enz…

Discussion

Le nombre croissant de personnes infectées par le SARS-CoV-2 et les efforts continus pour la vaccination mondiale nécessitent des tests sérologiques sensibles et rapides qui peuvent être utilisés dans les enquêtes sérologiques à grande échelle. Des recherches récentes montrent que les biorapporteurs à base de nanoluciférase fractionnée peuvent être utilisés pour développer de tels tests. Nous avons récemment développé le biorapporteur HiBiT-RBD pour concevoir un test qui peut être utilisé pour détec…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Nous apprécions et remercions l’assistance technique de Xiaohong He, Ricardo Marius, Julia Petryk, Bradley Austin et Christiano Tanese De Souza. Nous remercions également Mina Ghahremani pour la conception graphique. Nous tenons également à remercier toutes les personnes qui ont participé et donné leurs échantillons de sang pour cette étude. DWC est soutenu en partie par la faculté et le département de médecine de l’Université d’Ottawa.

Materials

5x Passive Lysis Buffer Promega E194A 30 mL
Bio-Plex Handheld Magnetic Washer Bio-Rad 171020100
DMEM Sigma D6429-500ml
Dual-Glo luciferase Assay System Promega E2940 100 mL kit
Fetal Bovine Serum (FBS) Sigma F1051
HiBiT-RBD Plasmid gacggatcgggagatctcccgatcccctatggt gcactctcagtacaatctgctctgatgccgcata gttaagccagtatctgctccctgcttgtgtgttgg aggtcgctgagtagtgcgcgagcaaaattta agctacaacaaggcaaggcttgaccgacaa ttgcatgaagaatctgcttagggttaggcgttttg cgctgcttcgcgatgtacgggccagatatacgc gttgacattgattattgactagttattaatagt aatcaattacggggtcattagttcatagcccat atatggagttccgcgttacataacttacggtaa atggcccgcctggctgaccgcccaacgaccc ccgcccattgacgtcaataatgacgtatgttccc atagtaacgccaatagggactttccattgacgtc aatgggtggagtatttacggtaaactgcccact tggcagtacatcaagtgtatcatatgccaagta cgccccctattgacgtcaatgacggtaaatgg cccgcctggcattatgcccagtacatgaccttat gggactttcctacttggcagtacatctacgtat tagtcatcgctattaccatggtgatgcggtttt ggcagtacatcaatgggcgtggatagcggtttg actcacggggatttccaagtctccaccccattg acgtcaatgggagtttgttttggcaccaaaatc aacgggactttccaaaatgtcgtaacaactccg ccccattgacgcaaatgggcggtaggcgtgta cggtgggaggtctatataagcagagctctctgg ctaactagagaacccactgcttactggcttatcg aaattaatacgactcactatagggagacccaa gctggctagcgtttaaacttaagcttggtaccga gctcggatccgccaccATGGAGACAGA CACACTCCTGCTATGGGTACTGC TGCTCTGGGTTCCAGGTTCCAC TGGTGACtctggctctagcggctctggctct agcggcggcATGGTGAGCGGCTG GCGGCTGTTCAAGAAGATTAGC tctagcggcGACTACAAGGACC ACGACGGTGACTACAAGGACCA CGACATCGACTACAAGGACGAC GACGACAAGggcagcggctccggca gcagcggaggaggaggctctggaggagga ggctctagcggcggcaacatcacaaatctgtg cccattcggcgaggtgtttaacgccaccagat ttgccagcgtgtatgcctggaaccggaagaga atctctaattgcgtggccgactatagcgtgct gtacaatagcgcctccttctctacctttaagt gctatggcgtgtcccccacaaagctgaacgac ctgtgcttcaccaacgtgtacgccgactcttttgt gatcaggggcgatgaggtgcgccagatcgc acctggacagacaggcaagatcgccgactac aactataagctgccagacgatttcaccggct gcgtgatcgcctggaatagcaacaatctggatt ccaaagtgggcggcaactacaattatctgtac cggctgttcagaaagagcaacctgaagccctt tgagcgggatatcagcacagagatctaccag gcaggctccaccccttgcaacggagtggagg gcttcaattgttattttcccctgcagagctacggc ttccagcctacaaatggcgtgggctatcagcca tacagggtggtggtgctgtcctttgagctgctg cacgcacctgcaaccgtgtcctctggacacatc gagggccgccacatgctggagatgggccatc atcaccatcatcaccaccaccaccactgatag cggccgctcgagtctagagggcccgtttaaac ccgctgatcagcctcgactgtgccttctagtt gccagccatctgttgtttgcccctcccccgtg ccttccttgaccctggaaggtgccactcccac tgtcctttcctaataaaatgaggaaattgcat cgcattgtctgagtaggtgtcattctattctgggg ggtggggtggggcaggacagcaaggggga ggattgggaagacaatagcaggcatgctggg gatgcggtgggctctatggcttctgaggcggaa agaaccagctggggctctagggggtatcccca cgcgccctgtagcggcgcattaagcgcggcg ggtgtggtggttacgcgcagcgtgaccgctac acttgccagcgccctagcgcccgctcctttcg ctttcttcccttcctttctcgccacgttcgccggctt tccccgtcaagctctaaatcgggggctcccttta gggttccgatttagtgctttacggcacctcgacc ccaaaaaacttgattagggtgatggttcacgta gtgggccatcgccctgatagacggtttttcgcc ctttgacgttggagtccacgttctttaatagtg gactcttgttccaaactggaacaacactcaacc ctatctcggtctattcttttgatttataagggatttt gccgatttcggcctattggttaaaaaatgagctg atttaacaaaaatttaacgcgaattaattctgt ggaatgtgtgtcagttagggtgtggaaagtccc caggctccccagcaggcagaagtatgcaaag catgcatctcaattagtcagcaaccaggtgtgg aaagtccccaggctccccagcaggcagaagt atgcaaagcatgcatctcaattagtcagcaac catagtcccgcccctaactccgcccatcccgc ccctaactccgcccagttccgcccattctccgcc ccatggctgactaattttttttatttatgcagaggc cgaggccgcctctgcctctgagctattccagaa gtagtgaggaggcttttttggaggcctaggcttttg caaaaagctcccgggagcttgtatatccattttc ggatctgatcaagagacaggatgaggatcgttt cgcatgattgaacaagatggattgcacgcagg ttctccggccgcttgggtggagaggctattcggc tatgactgggcacaacagacaatcggctgctct gatgccgccgtgttccggctgtcagcgcagggg cgcccggttctttttgtcaagaccgacctgtccgg tgccctgaatgaactgcaggacgaggcagcg cggctatcgtggctggccacgacgggcgttcct tgcgcagctgtgctcgacgttgtcactgaagcg ggaagggactggctgctattgggcgaagtgcc ggggcaggatctcctgtcatctcaccttgctcctg ccgagaaagtatccatcatggctgatgcaatg cggcggctgcatacgcttgatccggctacctgc ccattcgaccaccaagcgaaacatcgcatcg agcgagcacgtactcggatggaagccggtct tgtcgatcaggatgatctggacgaagagcat caggggctcgcgccagccgaactgttcgcca ggctcaaggcgcgcatgcccgacggcgagg atctcgtcgtgacccatggcgatgcctgcttg ccgaatatcatggtggaaaatggccgctttt ctggattcatcgactgtggccggctgggtgt ggcggaccgctatcaggacatagcgttggct acccgtgatattgctgaagagcttggcggcg aatgggctgaccgcttcctcgtgctttacgg tatcgccgctcccgattcgcagcgcatcgcc ttctatcgccttcttgacgagttcttctgagcg ggactctggggttcgaaatgaccgaccaag cgacgcccaacctgccatcacgagatttcgat tccaccgccgccttctatgaaaggttgggctt cggaatcgttttccgggacgccggctggatga tcctccagcgcggggatctcatgctggagt tcttcgcccaccccaacttgtttattgcagctta taatggttacaaataaagcaatagcatcacaa atttcacaaataaagcatttttttcactgcatt ctagttgtggtttgtccaaactcatcaatgtat cttatcatgtctgtataccgtcgacctctagct agagcttggcgtaatcatggtcatagctgtttc ctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacac aacatacgagccggaagcataaagtgtaaag cctggggtgcctaatgagtgagctaactcacat taattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtc gggaaacctgtcgtgccagctgcattaatgaa tcggccaacgcgcggggagaggcggtttgcg tattgggcgctcttccgcttcctcgctcactgactc gctgcgctcggtcgttcggctgcggcgagcggt atcagctcactcaaaggcggtaatacggttatc cacagaatcaggggataacgcaggaaagaa catgtgagcaaaaggccagcaaaaggccag gaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttt tccataggctccgcccccctgacgagcatcac aaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaa acccgacaggactataaagataccaggcgtt tccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgtt ccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcc tttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcat agctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtag gtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaa ccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatcc ggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaag acacgacttatcgccactggcagcagccactg gtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggc ggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaact acggctacactagaagaacagtatttggtatc tgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaa aagagttggtagctcttgatccggcaaacaaa ccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgca agcagcagattacgcgcagaaaaaaaggat ctcaagaagatcctttgatcttttctacggggt ctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaa gggattttggtcatgagattatcaaaaaggatct tcacctagatccttttaaattaaaaatgaagtt ttaaatcaatctaaagtatatatgagtaaactt ggtctgacagttaccaatgcttaatcagtgagg cacctatctcagcgatctgtctatttcgttcatcca tagttgcctgactccccgtcgtgtagataactac gatacgggagggcttaccatctggccccagtg ctgcaatgataccgcgagacccacgctcacc ggctccagatttatcagcaataaaccagccag ccggaagggccgagcgcagaagtggtcctg caactttatccgcctccatccagtctattaattgtt gccgggaagctagagtaagtagttcgccagtt aatagtttgcgcaacgttgttgccattgctacag gcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatgg cttcattcagctccggttcccaacgatcaaggc gagttacatgatcccccatgttgtgcaaaaaag cggttagctccttcggtcctccgatcgttgtca gaagtaagttggccgcagtgttatcactcatggt tatggcagcactgcataattctcttactgtcatg ccatccgtaagatgcttttctgtgactggtgagta ctcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcg gcgaccgagttgctcttgcccggcgtcaatacg ggataataccgcgccacatagcagaactttaa aagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggc gaaaactctcaaggatcttaccgctgttgagat ccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaact gatcttcagcatcttttactttcaccagcgtttc tgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgc cgcaaaaaagggaataagggcgacacgga aatgttgaatactcatactcttcctttttcaat attattgaagcatttatcagggttattgtc tcatgagcggatacatatttgaatgtattt agaaaaataaacaaataggggttccgcgca catttccccgaaaagtgccacctgacgtc
LgBiT Promega N3030
penicillin Streptomycin Thermo Fisher Scientific 15140122
Pierce Protein G Magnetic Beads Thermo Fisher Scientific 88848
PolyJet In Vitro DNA Transfection Reagent Signagen SL100688.5
SARS-CoV-2 (2019-nCoV) Spike Neutralizing Antibody, Mouse Mab SinoBiological 40592-MM57
Synergy Mx Microplate Reader BioTek 96-well plate reader luminometer
Trypsin-EDTA Thermo Fisher Scientific 2520056 0.25%

Referências

  1. Ullah, H., Ullah, A., Gul, A., Mousavi, T., Khan, M. W. Novel coronavirus 2019 (COVID-19) pandemic outbreak: A comprehensive review of the current literature. Vacunas. , (2020).
  2. Coronavirus update (Live). Worldometer Available from: https://www.worldometers.info/coronavirus/ (2021)
  3. Cacciapaglia, G., Cot, C., Sannino, F. Second wave COVID-19 pandemics in Europe: a temporal playbook. Scientific Reports. 10 (1), 15514 (2020).
  4. COVID-19 vaccines. World Health Organization Available from: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/covid-19-vaccines (2021)
  5. Hueston, L., et al. The antibody response to SARS-CoV-2 infection. Open Forum Infectious Diseases. 7 (9), (2020).
  6. Lan, J., et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 581 (7807), 215-220 (2020).
  7. Azad, T., et al. Implications for SARS-CoV-2 vaccine design: fusion of Spike glycoprotein transmembrane domain to receptor-binding domain induces trimerization. Membranes. 10 (9), 215 (2020).
  8. Piccoli, L., et al. Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 Spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology. Cell. 183 (4), 1024-1042 (2020).
  9. Premkumar, L., et al. The receptor-binding domain of the viral spike protein is an immunodominant and highly specific target of antibodies in SARS-CoV-2 patients. Science Immunology. 5 (48), (2020).
  10. Walls, A. C., et al. Elicitation of potent neutralizing antibody responses by designed protein nanoparticle vaccines for SARS-CoV-2. Cell. 183 (5), 1367-1382 (2020).
  11. Azad, T. Nanoluciferase complementation-based biosensor reveals the importance of N- linked glycosylation of SARS-CoV-2 Spike for viral entry. Mol Ther. , 0074-0075 (2021).
  12. Bastos, M. L., et al. Diagnostic accuracy of serological tests for covid-19: systematic review and meta-analysis. BMJ. 370, 2516 (2020).
  13. Bioluminescent Reporters | Reporter Gene Applications | An Introduction to Reporter Genes. Promega Available from: https://www.promega.ca/resources/guides/cell-biology/bioluminescent-reporters/#references-6d127eb8-eeae-40b7-86e9-fe300545e8fa (2021)
  14. Fleiss, A., Sarkisyan, K. S. A brief review of bioluminescent systems. Current Genetics. 65 (4), 877-882 (2019).
  15. Nouri, K., et al. A kinome-wide screen using a NanoLuc LATS luminescent biosensor identifies ALK as a novel regulator of the Hippo pathway in tumorigenesis and immune evasion. The FASEB Journal. 33 (11), 12487-12499 (2019).
  16. Boute, N., et al. NanoLuc Luciferase – a multifunctional tool for high throughput antibody screening. Frontiers in Pharmacology. 7, 27 (2016).
  17. Nouri, K., et al. Identification of celastrol as a novel YAP-TEAD inhibitor for cancer therapy by high throughput screening with ultrasensitive YAP/TAZ-TEAD biosensors. Cancers. 11 (10), 1596 (2019).
  18. Azad, T., et al. SARS-CoV-2 S1 NanoBiT: A nanoluciferase complementation-based biosensor to rapidly probe SARS-CoV-2 receptor recognition. Biosensors and Bioelectronics. 180, 113122 (2021).
  19. Brown, E. E. F., et al. Characterization of critical determinants of ACE2-SARS CoV-2 RBD interaction. International Journal of Molecular Sciences. 22 (5), 2268 (2021).
  20. Azad, T., et al. A gain-of-functional screen identifies the Hippo pathway as a central mediator of receptor tyrosine kinases during tumorigenesis. Oncogene. 39 (2), 334-355 (2020).
  21. Schwinn, M. K., et al. CRISPR-Mediated tagging of endogenous proteins with a luminescent peptide. ACS Chemical Biology. 13 (2), 467-474 (2018).
  22. Azad, T., et al. A high-throughput NanoBiT-based serological assay detects SARS-CoV-2 seroconversion. Nanomaterials. 11 (3), 807 (2021).

Play Video

Citar este artigo
Rezaei, R., Surendran, A., Singaravelu, R., Jamieson, T. R., Taklifi, P., Poutou, J., Azad, T., Ilkow, C. S. Detection of SARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain Antibody using a HiBiT-Based Bioreporter. J. Vis. Exp. (174), e62488, doi:10.3791/62488 (2021).

View Video