この方法の構造決定ワークフローにおいて、クライオ電子顕微鏡(cryo-EM)のサンプル調製は重要なボトルネックとなっている。ここでは、透過EM試験用サンプルを安定化させる支持膜の作製に使いやすい3次元印刷ブロックを用いた詳細な方法を提供する。
クライオ電子顕微鏡(クライオ-EM)による構造決定は、この10年間で急速に成長しています。ただし、サンプルの準備は依然として重大なボトルネックです。高分子サンプルは、氷の薄い層のランダムな配向から直接画像化することが理想的です。しかし、多くのサンプルはこれに耐え難く、空気と水の界面でのタンパク質変性が一般的な問題である。このような問題を克服するために、アモルファスカーボン、グラフェン、酸化グラフェンを含む支持膜をグリッドに適用して、サンプルが入り込むことができる表面を提供し、空気と水の界面の有害な影響を経験する粒子の確率を低下させることができる。しかし、これらのデリケートなサポートをグリッドに適用するには、破損、空中汚染、または広範な洗浄および洗浄ステップを防ぐために慎重な取り扱いが必要です。最近のレポートでは、サンプルに直接サポートフィルムの濡れた移動を容易にする使いやすい浮遊ブロックの開発について説明しています。ブロックの使用は、必要な手動処理ステップの数を最小限に抑え、支持体の物理的完全性を維持し、疎水性汚染が発生する時間を超え、氷の薄膜を生成できることを保証します。本論文では、EM研究のための炭素、グラフェン、酸化グラフェン支持体の作成に関するステップバイステップのプロトコルを提供する。
過去10年間で、主に検出器技術だけでなく、他の技術分野でもブレークスルーは、生物学的に関連するシステムを透過電子顕微鏡(TEM)1,2によって画像化できる分解能の大幅な増加を促進してきました。cryo-EMは、単粒子分析(SPA)を通じてタンパク質の50μgから高解像度の分解能を既に可能にしているにもかかわらず、クライオEMサンプルおよびグリッド調製は依然として主要なボトルネックである3,4,5です。SPAサンプルは、ビトリアス氷の層内にほぼランダムに分布する高分子で構成されています。粒子と溶媒のコントラスト差を最大化するには、氷をできるだけ薄くする必要があります。生物学的高分子は、より安定している(すなわち、天然構造を失う可能性が低い)、より厚い氷の中では、より良い溶媒和のままであるからである。さらに、粒子は、粒子サイズ6よりもはるかに厚い氷の視野に分布することがしばしば見られ、炭素膜の穴の中に全く見つからない場合が多い。
さらに、氷の層が厚いほど、表面対体積比が高いため、分子が空気界面に近い確率が低下し、クライオEM研究に標準的なプランジ凍結法を用いると、空気水界面への粒子の90%の吸着が生じると推定されています。より厚い氷は、溶媒内の散乱事象の増加とシグナル6,7の付随的減衰のために望ましくない高いバックグラウンドをもたらす。したがって、可能な限り薄い氷の層を達成する必要があります。理想的には、この層は粒子よりもわずかに厚いだけです。グリッドに適用されるあらゆる異なるサンプルに対して克服しなければならない研究者の課題は、サンプル内の粒子の構造的完全性を維持しながら、高コントラストイメージングに十分な薄い標本を調製することです。空気と水の界面へのタンパク質吸着は、いくつかの、通常は有害な、効果を伴う。
まず、この疎水性界面へのタンパク質の結合は、タンパク質の変性を誘発することが多く、これは急速に進行し、典型的には不可逆的である8,9である。酵母脂肪酸合成酵素を用いて行われた研究では、吸着粒子の最大90%が変性10であることを示した。第二に、非晶質炭素11または支持なしのいずれかで収集された80Sリボソームデータセットの配向分布を比較する研究からの証拠は、空気水界面が容積13の3D再構成を損なう重度の優先配向性を引き起こす可能性があることを示した。空気水界面との粒子相互作用を低減する方法には、界面活性剤(洗剤など)による凍結緩衝液の補充、支持膜の使用、基材のアフィニティー捕捉または足場、および加速された急激な時間が含まれる。界面活性剤の使用は、いくつかのタンパク質サンプルが存在下で理想的に動作しない可能性があるため、独自の問題に関連していますが、アフィニティーキャプチャングおよび足場基板は一般的にエンジニアリングオーダーメイドのグリッド表面とキャプチャ戦略を必要とします。最後に、急速突っ込み装置14,15,16の開発に関する研究は多いが、これらは一般に広く利用できない装置を必要とする。
生物学的クライオEMの標準TEMグリッドは既に穿ファレンス非晶質炭素箔17を備えていますが、追加の支持フィルムの生成とTEMグリッドへの転送に利用可能なプロトコルが数多くあります。これらのフィルムの使用は、サンプル安定化18のための長い確立された方法である。アモルファス炭素支持体は、結晶性マイカシート19上の蒸発および堆積によって生成され、そこから層をグリッドに浮かべることができ、浮遊サポートの有用性を従来のレポート20で確立された有用なツールとして利用する。グラフェン酸化物フレークは、典型的にはハマース法21の改変バージョンを用いて調製され、それらの減少したバックグラウンド信号に対する非晶質炭素に好適な支持構造として、ならびに高分子を固定化し安定化させる能力22として使用されている。最近では、その機械的安定性、高い導電性、バックグラウンドノイズへの寄与度が極めて低いため、グラフェンをTEM支持フィルムとして使用することに対する関心が再び高まっており、単層グラフェン24のマクロ的に大きな領域を生成し、TEMグリッド25に転送する再生可能な方法の出現が行われています。.支持フィルム11,12,17を欠く氷よりも同様に、または悪いビーム誘発動きを受ける非晶質炭素と比較すると、グラフェンはクライオEM画像12のビーム誘発運動の有意な減少を示した。
しかし、親水化グラフェンは空気水界面変性から脂肪酸合成酵素を保護したが、この研究の著者らは、グラフェンが検体調製中に汚染され、大気炭化水素汚染とグリッドを親水化するために使用される試薬の組み合わせによる可能性が高いことを指摘した。確かに、グラフェンの優れた資質の多くにもかかわらず、その広範な使用は、最終的には化学的に困難であり、専門の機器を必要とするその疎水性12を減少させるために必要な誘導体化によって依然として妨げられています。この論文では、アモルファスカーボン、酸化グラフェン、グラフェンサンプルサポートの調製に関するプロトコルを、3次元(3D)プリントされたサンプル浮遊ブロック27 を用いて、それらが生成された基板からTEMグリッドに支持フィルムを直接移動する(図1)。。このような装置を使用する主な利点は、フィルムの濡れた移動、支持体の疎水性汚染を最小限に抑え、その結果、さらなる治療の必要性、および潜在的に損傷を与える手動処理ステップの数を減らすことである。これらのアプローチは実装に安価であり、サンプルサポートが必要なcryo-EM研究に広くアクセス可能で適用可能です。
本論文では、サンプル浮遊block27を用いたクライオEMサンプル調製用の非晶質炭素及びグラフェンフィルムの取り扱いに関するプロトコルを紹介する。サポートブロックのSTLファイルは、パブリックThingiverseリポジトリ[www.thingiverse.com/thing:3440684]から自由に入手でき、適切な樹脂から任意の適切なステレオリソグラフィプリンタで3Dプリントすることができます。TEMグリッドを覆う炭素フィルムの使用は、通常、サンプル28に炭素浮遊を伴う。負の染色グリッドを準備するこのアプローチは、サポートの取り扱い時の空気暴露を最小限に抑え、コンタミネーションとタンパク質の変性を低減します。小さな井戸に浮遊炭素を使用するグリッドの調製は、より大きな表面積、 すなわち、水浴またはペトリ皿に浮遊することに有利であり、その場合、炭素の機械的剪断がはるかに容易に起こる。
UAcは、公開時点での現在の安全衛生規制により購入が困難な場合があります。他にも多くの一般的に使用される、非放射性、陰性染色試薬が入手可能であり、それらの調製のためのプロトコルは、以前29に記載されている。このサポートフロートブロックでは代替染色は使用されていませんが、サンプルによるインキュベーション時間の最適化(ステップ3.5)以外に、これらのプロトコルに違いが生じそうにありません。このGrOxサポート調製プロトコルの重要なステップはステップ4.4で、水とGrOx溶液がグリッドエッジの周りに接触するのを防ぐためにノートで強調されています。水とGrOx溶液の不適切な混合は毛細管作用によるGrOxフレークの単方向の沈降を防ぐ。炭素箔の両側にGrOxフレークを持つことは厚い層をもたらし、GrOxをほぼ単一層支持として使用することや、フレーク間の水をトラップする利点を否定し、氷の追加層で使用可能な領域の汚染を引き起こす。グラフェン酸化物支持剤は、フレキシブルポリオレフィン膜上の溶液の液滴を用いて比較的容易に達成できる。しかし、そのように実行すると、誤った誤差を取り扱うことによって、誤ってグリッドの銅側を汚染する方が簡単です。浮動ブロックを使用すると、この不測の事態の可能性が減少します。
最後に、グラフェンで覆われたグリッドを準備するプロトコルを提示し、それを親水性にするためのグラフェン前処理を避け、コストを削減し、アクセシビリティを高めます。試料調製を通して湿ったフィルムを維持し、凍結直前 にブロック内のその場で 試料を塗布することで、均質なサンプル分布を有するcryo-EMに適した氷層を生成するのに十分である。全体として、ここで紹介するプロトコルは、空気と水の界面とのサンプル接触を最小限に抑え、従ってサンプルの変性および支持汚染を減らす。これらのアプローチで使用される3つの支持膜では、均質なサンプル分布をグリッド全体で達成し、無傷で保存状態の良い単一粒子のイメージングを行うことができました。
The authors have nothing to disclose.
著者らは、これらの技術のテストを支援してきたインペリアル・カレッジ・ロンドンの構造合成生物学セクションのメンバー、インペリアル・カレッジ・アドバンスト・ハックスペースのハリー・バーネット、構造生物学センターのポール・シンプソンに感謝したいと考えています。CHSAは、ウェルカム・トラストとロイヤル・ソサエティ(206212/Z/17/Z)が共同出資するヘンリー・デール・フェローシップ卿によって支援されています。
Basic Plasma Cleaner (230 V) | Harrick Plasma | PDC-32G-2 | |
Dumont tweezers N5A INOX. | Dumont Swissmade | 0302-N5A-PO | |
Dumont tweezers NGG INOX. | Dumont Swissmade | 0102-NGG-PO | |
Ehtylacetate | Sigma-Aldrich | 270989-250ML | |
Fishing Loops 10 μL | VWR | 612-9353 | |
Graphene Oxide 2 mg/mL | Sigma-Aldrich | 763705-25ML | |
Iron (III) chloride | Sigma-Aldrich | 31232-250MG | |
Mica Sheets 75 mm x 25 mm x 0.15 mm | Agar Scientific | AGG250-1 | We usually coat mica with a target carbon film thickness of 2 nm |
Monolayer Graphene on Cu | Graphenea | N/A | 10 mm x 10 mm, pack of 4 |
n-dodecyl β-D-maltoside (DDM) | GLYCON Biochemicals GmbH | D97002-C | |
Quantifoil R1.2/1.3 300 mesh copper grids | Enzo Life Sciences | JBS-X-101-Cu300 | |
Quantifoil R2/1 300 mesh copper grids | Enzo Life Sciences | JBS-X-102-Cu300 | |
Quantifoil R2/1 300 mesh gold grids | Electron Microscopy Sciences | Q350AR1 | |
Scissors | Agar Scientific | AGT577 | |
Uranyl Acetate | TAAB Laboratories Equipment | U001 | |
Vitrobot Mark IV | FEI | N/A | |
Whatman filter paper 55 mm | GE Healthcare Life Sciences | 1441-055 | |
Whatman filter paper 70 mm | GE Healthcare Life Sciences | 1441-070 |