Wir beschreiben hier eine Methode für das Wachstum von Neisseria gonorrhoeae in metallbeschränkten flüssigen Medien, um die Expression von Genen für die Metallaufnahme zu erleichtern. Wir skizzieren auch nachgelagerte Experimente, um den Phänotyp von Gonokokken zu charakterisieren, die unter diesen Bedingungen angebaut werden. Diese Methoden können angepasst werden, um für die Charakterisierung von metallresponsiven Genen in anderen Bakterien geeignet zu sein.
Spurenmetalle wie Eisen und Zink sind lebenswichtige Nährstoffe, die bekanntermaßen eine Schlüsselrolle in prokaryotischen Prozessen spielen, einschließlich Genregulation, Katalyse und Proteinstruktur. Die Metallsequestrierung durch Wirte führt oft zu Metallbeschränkungen für das Bakterium. Diese Einschränkung induziert bakterielle Genexpression, deren Proteinprodukte es Bakterien ermöglichen, ihre metallbegrenzte Umgebung zu überwinden. Die Charakterisierung solcher Gene ist eine Herausforderung. Bakterien müssen in sorgfältig vorbereiteten Medien angebaut werden, die einen ausreichenden Zugang zu Nährmetallen ermöglichen, um das Bakterienwachstum zu ermöglichen und gleichzeitig ein Metallprofil beizubehalten, das der Expression der oben genannten Gene förderlich ist. Daher muss ein empfindliches Gleichgewicht für die Konzentrationen dieser Metalle hergestellt werden. Der Anbau eines ernährungsphysiologisch bemittellichen Organismus wie Neisseria gonorrhoeae, der sich entwickelt hat, um nur im menschlichen Wirt zu überleben, fügt eine zusätzliche Komplexität hinzu. Hier beschreiben wir die Herstellung eines definierten metallbegrenzten Mediums, das ausreicht, um Gonokokkenwachstum und die gewünschte Genexpression zu ermöglichen. Diese Methode ermöglicht es dem Prüfer, Eisen und Zink aus unerwünschten Quellen zu chelatieren und gleichzeitig die Medien mit definierten Quellen von Eisen oder Zink zu ergänzen, deren Zubereitung ebenfalls beschrieben wird. Schließlich skizzieren wir drei Experimente, die diese Medien nutzen, um die Proteinprodukte metallregulierter Gonokokkengene zu charakterisieren.
Neisseria gonorrhoeae verursacht die häufige sexuell übertragbare Infektion Gonorrhoe. Während der Infektion, pathogene Neisseria drücken ein Repertoire von metallreagierenden Genen, die die Bakterien ermöglichen, Metallrestriktionsbemühungen durch den menschlichen Wirt zu überwinden1,2,3. Spurenmetalle wie Eisen und Zink spielen eine Schlüsselrolle in vielen zellulären Prozessen, wie die Bindung an Enzyme an katalytischen Stellen, die Teilnahme an Redoxreaktionen und als strukturelle Faktoren in verschiedenen Proteinen4,5. Unter metallbegrenzten Bedingungen werden metallresponsive Loci ausgepresst und ihre resultierenden Proteine können den Erwerb dieser Nährstoffe unterstützen. Die Charakterisierung dieser Gene und Proteine stellt eine einzigartige technische Herausforderung für den Forscher dar. Metallionen müssen Bakterien vorenthalten werden, um die Transkription dieser Gene aus ihren nativen Loci zu induzieren, aber eine effektive Chelation dieser Ionen aus metallbeladenen Medien kann schwierig zu optimieren sein. Die verschiedenen Metallprofile von Quellwasser und inhärenten Los-zu-Los-Variation6 von pulverförmigen Zutaten bedeutet, dass die Menge an Chelat erforderlich, um ein bestimmtes Metall aus einem reichen Medium zu entfernen variiert zwischen verschiedenen Standorten, Zutaten Anbieter, und sogar im Laufe der Zeit innerhalb eines einzigen Labors als chemische Inventar ersetzt wird.
Um diese Herausforderung zu umgehen, beschreiben wir die Herstellung eines definierten Mediums, das während der Vorbereitung mit Chelex-100-Harz behandelt wird, um Spurenmetalle aus der Lösung zu entfernen. Dieses Medium ist ausreichend nährstoffreich, um das Wachstum von Gonokokken zu ermöglichen, die außerhalb des menschlichen Wirts schwer zu kultitochern ist, und ermöglicht es dem Prüfer, ein bestimmtes Metallprofil durch Addition eigener definierter Quellen und Konzentrationen von Metalle. Die Methode des kontrollierten Add-back von gewünschten Metallen zu erschöpftem Medium erhöht die experimentelle Konsistenz und ermöglicht robuste, reproduzierbare Experimente unabhängig von Faktoren wie Wasserquelle und chemischen Chargenzahlen. Darüber hinaus kann dieses Medium entweder als Flüssigkeit oder Feststoff mit nur geringfügigen Modifikationen eingesetzt werden, was es sehr vielseitig macht.
Um den Nutzen dieses Mediums zu demonstrieren, skizzieren wir ein Protokoll für seine Verwendung für gonokokken Wachstum und beschreiben drei erfolgreiche Experimente zur Charakterisierung metallempfindlicher Neisseria-Gene. Zunächst bereiten wir Gonokokken-Vollzelllysate aus metallenen oder ergänzten Kulturen vor und zeigen eine variable Proteinproduktion aus metallresponsiven Loci. Wir skizzieren dann einen zinkbeschränkten Wachstumstest, bei dem das Gonokokkenwachstum durch Supplementierung spezifischer, verwendbarer Zinkquellen gesteuert wird. Schließlich zeigen wir verbindliche Assays, die ganze Gonokokkenzellen zeigen, die metallresponsive Oberflächenrezeptoren exdrücken, die an ihre jeweiligen metallhaltigen Liganden binden. Eine erfolgreiche Oberflächendarstellung dieser Rezeptoren erfordert Wachstum in metallenen, erschöpften Medien.
Das vorliegende Protokoll wurde speziell für Neisseria gonorrhoeaeoptimiert, aber zahlreiche andere bakterielle Krankheitserreger verwenden Metallerfassungsstrategien während der Infektion7, so dass dieses Protokoll für die Untersuchung der Metallhomöostase bei anderen Bakterien angepasst werden kann. Die Optimierung dieser Medien und dieser experimentellen Protokolle für den Einsatz in anderen Bakterien erfordert wahrscheinlich eine leichte Änderung der Metallchelatorkonzentrationen und/oder Behandlungszeit mit Chelex-100, da andere Bakterien leicht andere Metallanforderungen als Gonococcus haben können. Eisen und Zink sind die Hauptmetalle, die für die beschriebenen Untersuchungen von Belang sind, aber andere Metalle (z. B. Mangan) wurden als kritisch für Bakterien nachgewiesen, einschließlich Neisseria8,9,10,11,12. Darüber hinaus wurden ähnliche Methoden für Metallcharakterisierungen in der eukaryotischen Zellkulturarbeit beschrieben, die ebenfalls in Betracht gezogen werden können. 13
Wachstumsmedien spielen eine Vielzahl von Rollen in der mikrobiologischen Forschung. Spezialisierte Medien werden für die Auswahl, Anreicherung und verschiedene andere Anwendungen für viele einzigartige Arten von Studien verwendet. Eine solche Anwendung ist die Induktion von metallresponsiven Genen, die in der Regel durch Zugabe eines bestimmten Chelators erreicht wird, der auf ein bestimmtes Metallion abzielt. Dieses Verfahren ist begrenzt, da die für verschiedene Spurenmetalle erforderliche Chelatmenge aufgrund unte…
The authors have nothing to disclose.
Diese Arbeit wurde durch die NIH-Stipendien R01 AI125421, R01 AI127793 und U19 AI144182 unterstützt. Der Autor des Schreibens möchte allen Labormitgliedern danken, die zum Korrekturlesen und Überprüfen dieser Methode beigetragen haben.
125 mL sidearm flasks | Bellco | 2578-S0030 | Must be custom ordered |
2-Mercaptoethanol | VWR | M131 | Open in fume hood |
3MM Paper | GE Health | 3030-6461 | Called "filter paper" in text |
Agarose | Biolone | BIO-41025 | Powder |
Ammonium chloride | Sigma-Aldrich | A9434 | Powder |
Biotin | Sigma-Aldrich | B4501 | Powder |
Blotting grade blocker | Bio-Rad | 170-6404 | Nonfat dry milk |
Bovine serum albumin | Roche | 3116964001 | Powder |
Bovine transferrin | Sigma-Aldrich | T1428 | Powder |
Calcium chloride dihydrate | Sigma-Aldrich | C5080 | Powder |
Calcium pantothenate | Sigma-Aldrich | C8731 | Powder |
Calprotectin | N/A | N/A | We are supplied with this by a collaborator |
Chelex-100 Resin | Bio-Rad | 142-2832 | Wash with deionized water prior to use |
Cotton-tipped sterile swab | Puritan | 25-806 | Cotton is better than polyester for this application |
Deferoxamine | Sigma-Aldrich | D9533 | Powder |
D-glucose | Sigma-Aldrich | G8270 | Powder |
Dialysis cassette | Thermo | 66380 | Presoak in buffer prior to use |
Dot blot apparatus | Schleicher & Schwell | 10484138 | Lock down lid as tightly as possible before sample loading |
Ethanol | Koptec | V1016 | Flammable liquid, store in flammables cabinet |
Ferric chloride | Sigma-Aldrich | F7134 | Irritant, do not inhale |
Ferric nitrate nonahydrate | Sigma-Aldrich | F1143 | Irritant, do not inhale |
GC medium base | Difco | 228950 | Powder, already contains agar |
Glycine | Sigma-Aldrich | G8898 | Powder |
HEPES | Fisher | L-15694 | Powder |
Human transferrin | Sigma-Aldrich | T2030 | Powder |
Hypoxanthine | Sigma-Aldrich | H9377 | Powder |
Klett colorimeter | Manostat | 37012-0000 | Uses color transmission to assess culture density |
L-alanine | Sigma-Aldrich | A7627 | Powder |
L-arginine | Sigma-Aldrich | A5006 | Powder |
L-asparagine monohydrate | Sigma-Aldrich | A8381 | Powder |
L-aspartate | Sigma-Aldrich | A9256 | Powder |
L-cysteine hydrochloride | Sigma-Aldrich | C1276 | Powder |
L-cystine | Sigma-Aldrich | C8755 | Powder |
L-glutamate | Sigma-Aldrich | G1251 | Powder |
L-glutamine | Sigma-Aldrich | G3126 | Powder |
L-histidine monohydrochloride | Sigma-Aldrich | H8125 | Powder |
L-isoleucine | Sigma-Aldrich | I2752 | Powder |
L-leucine | Sigma-Aldrich | L8000 | Powder |
L-lysine | Sigma-Aldrich | L5501 | Powder |
L-methionine | Sigma-Aldrich | M9625 | Powder |
L-phenylalanine | Sigma-Aldrich | P2126 | Powder |
L-proline | Sigma-Aldrich | P0380 | Powder |
L-serine | Sigma-Aldrich | S4500 | Powder |
L-threonine | Sigma-Aldrich | T8625 | Powder |
L-tryptophan | Sigma-Aldrich | T0254 | Powder |
L-tyrosine | Sigma-Aldrich | T3754 | Powder |
L-valine | Sigma-Aldrich | V0500 | Powder |
Magnesium sulfate | Sigma-Aldrich | M7506 | Powder |
Methanol | VWR | BDH1135-4LP | Flammable liquid, store in flammables cabinet |
Nitrocellulose | GE Health | 10600002 | Keep in protective sheath until use |
Potassium phosphate dibasic | Sigma-Aldrich | 60356 | Powder |
Potassium phosphate monobasic | Sigma-Aldrich | P9791 | Powder |
Potassium sulfate | Sigma-Aldrich | P0772 | Powder |
Potato starch | Sigma-Aldrich | S4251 | Powder |
Reduced glutathione | Sigma-Aldrich | G4251 | Handle carefully. Can oxidize easily. |
S100A7 | N/A | N/A | We are supplied with this by a collaborator |
Sodium bicarbonate | Sigma-Aldrich | S5761 | Powder |
Sodium chloride | VWR | 470302 | Powder |
Sodium citrate | Fisher | S279 | Powder |
Sodium hydroxide | Acros Organics | 383040010 | Highly hygroscopic |
Thiamine hydrochloride | Sigma-Aldrich | T4625 | Powder |
Thiamine pyrophosphate | Sigma-Aldrich | C8754 | Also called cocarboxylase |
TPEN | Sigma-Aldrich | P4413 | Powder |
Tris | VWR | 497 | Powder |
Uracil | Sigma-Aldrich | U0750 | Powder |
Zinc sulfte heptahydrate | Sigma-Aldrich | 204986 | Irritant, do not inhale |