Summary

Técnicas de espectrometria de massa de mobilidade de íons para determinação da estrutura e mecanismos de reconhecimento de íons metálicos e atividade redox de oligopeptídeos de ligação metálica

Published: September 07, 2019
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Summary

A mobilidade do íon-espectrometria maciça e as técnicas de modelagem molecular podem caracterizar o desempenho quelante do metal seletivo de peptídeos metal-obrigatórios projetados e do methanobactin Copper-Binding do peptide. O desenvolvimento de novas classes de peptídeos quelantes metálicos ajudará a levar a terapêutica para doenças associadas ao desbalanceamento de íons metálicos.

Abstract

A ionização por electrospray (ESI) pode transferir um peptídeo de fase aquosa ou peptídeo complexo para a fase gasosa, conservando sua massa, carga global, interações de ligação metálica e forma conformacional. O acoplamento ESI com a espectrometria de massa da mobilidade do íon (im-MS) fornece uma técnica instrumental que permita a medida simultânea da massa-à-carga de um peptide (m/z) e da seção transversal da colisão (CCS) que se relacionam a sua estequiometria, estado do protonação, e forma conformacional. A carga geral de um complexo peptídeo é controlada pela protonação de 1) os sítios ácidos e básicos do peptídeo e 2) o estado de oxidação do íon metálico (s). Portanto, o estado de carga geral de um complexo é uma função do pH da solução que afeta a afinidade de ligação de íons metálicos de peptídeos. Para as análises de ESI-IM-MS, as soluções de peptídeos e íons metálicos são preparadas a partir de soluções somente aquosas, com o pH ajustado com ácido acético aquoso diluído ou hidróxido de amônio. Isso permite que a dependência de pH e a seletividade de íons metálicos sejam determinadas para um peptídeo específico. Além disso, o m/z e o CCS de um complexo do peptide podem ser usados com modelagem molecular de B3LYP/LanL2DZ para discernir locais obrigatórios da coordenação do íon do metal e da estrutura terciária do complexo. Os resultados mostram como o ESI-IM-MS pode caracterizar o desempenho quelante seletivo de um conjunto de peptídeos de metanobacttina alternativos e compará-los com o peptídeo de ligação de cobre methanobactin.

Introduction

Os íons de cobre e zinco são essenciais para os organismos vivos e cruciais para os processos, incluindo proteção oxidativa, crescimento tecidual, respiração, colesterol, metabolismo da glicose e leitura do genoma1. Para habilitar essas funções, grupos como o tiolato de Cys, imidazol de his2,3, (mais raramente) thioether de metionina, e carboxilato de Glu e ASP seletivamente incorporar metais como cofatores para os locais ativos de metaloenzimas. A similaridade destes grupos de coordenação levanta uma pergunta intrigante a respeito de como os ligantes his e de Cys incorporam seletivamente tanto o UC (I/II) ou o Zn (II) para assegurar o funcionamento correto.

A ligação seletiva é muitas vezes realizada por peptídeos de aquisição e tráfico, que controlam as concentrações de íons Zn (II) ou UC (I/II)4. O UC (I/II) é altamente reactivo e causa dano oxidativo ou ligação adventícia às enzimas, assim que sua concentração livre é regulada firmemente por chaperonas de cobre e por proteínas de regulação de cobre que o transportam com segurança aos vários locais na pilha e firmemente controle sua homeostase5,6. O rompimento do metabolismo ou da homeostase de cobre é implicado diretamente em Menkes e Wilson ‘ doença de s7 assim como cancros7 e desordens neural, tais como do prião8 e doença de Alzheimer9.

A doença de Wilson está associada ao aumento dos níveis de cobre nos olhos, fígado e seções do cérebro, onde as reações redox do UC (I/II) produzem espécies reativas de oxigênio, causando degeneração hepatolenticular e neurológica. As terapias existentes da quelação são o aminoácido penicilamina pequeno do tiol e o triethylenetetramine. Alternativamente, os peptídeos de aquisição de cobre metanotróficos methanobactin (MB)10,11exibem potencial terapêutico por causa de sua alta afinidade de ligação para o UC (I)12. Quando o methanobactin (MB-OB3b) do Methylosinus trichosporium OB3b foi estudado em um modelo animal de Wilson ‘ a doença de s, cobre foi removida eficientemente do fígado e excretada através da bilis13. Experimentos in vitro confirmaram que o MB-OB3b poderia quelato o cobre da metalotionina de cobre contida no citosol do fígado13. A ablação por laser indutivamente acoplada a espectrometria de massas de massa plasmática investigou a distribuição espacial do cobre nas amostras de fígado da doença de Wilson14,15,16e demonstrou que a MB-OB3b Remove o cobre com curtos períodos de tratamento de apenas 8 dias17.

O MB-OB3b também se associará a outros íons metálicos, incluindo AG (I), au (III), PB (II), MN (II), co (II), FE (II), Ni (II) e Zn (II)18,19. O concurso para o sítio de ligação de UC (I) fisiológico é exibido pela AG (I) porque pode deslocar o UC (I) do complexo MB-OB3b, com AG (I) e Ni (II) também mostrando ligação irreversível a MB que não pode ser deslocada pelo UC (I)19. Recentemente, uma série de oligopeptídeos alternativos de methanobactin (AMB) com o motivo de ligação 2his-2cys foram estudados20,21, e suas propriedades de ligação Zn (II) e UC (I/II) caracterizadas. Suas seqüências de aminoácidos primários são semelhantes, e todos eles contêm o motivo 2His-2Cys, pro e um N-Terminus acetilado. Eles diferem principalmente de MB-OB3b porque o motivo 2His-2Cys substitui os dois locais de ligação de oxazolona enethiol de MB-OB3b.

A ionização de electrospray acoplada com a espectrometria da mobilidade-massa do íon (ESI-IM-MS) fornece para uma técnica instrumental poderosa para determinar as propriedades metal-obrigatórias dos peptídeos porque mede sua massa-à-carga (m/z) e colisão seção transversal (CCS) ao conservar sua massa, carga, e forma conformacional da solução-fase. O m/z e CCS referem-se à estequiometria de peptídeos, estado de protonação e forma conformacional. A estequiometria é determinada porque a identidade e o número de cada elemento presente na espécie são explicitamente identificados. A carga geral do complexo peptídeo relaciona-se com o estado de protonação dos sítios ácidos e básicos e o estado de oxidação do íon metálico (s). O CCS dá a informação da forma conformacional do complexo do peptide porque mede o tamanho médio rotatório que se relaciona à estrutura terciária do complexo. O estado de carga geral do complexo também é uma função do pH e afeta a afinidade de ligação de íons metálicos do peptídeo porque os locais de base ou ácidos desprotonados como o carboxilo, his, Cys e Tyr também são os locais de ligação potenciais para o íon metálico. Para as análises, o peptídeo e o íon metálico são preparados em soluções aquosas com o pH ajustado por diluir o ácido acético aquoso ou hidróxido de amônio. Isso permite que a dependência de pH e a seletividade de íons metálicos sejam determinadas para o peptídeo. Além disso, o m/z e o CCS determinados por ESI-im-MS podem ser usados com modelagem molecular de B3LYP/LanL2DZ para descobrir o tipo de coordenação do íon do metal e a estrutura terciária do complexo. Os resultados apresentados neste artigo revelam como o ESI-IM-MS pode caracterizar o desempenho quelante seletivo de um conjunto de peptídeos AMB e compará-los com o peptídeo de ligação de cobre MB-OB3b.

Protocol

1. preparação dos reagentes Cultura methylosinus trichosporium OB3b, isolar a UC (I)-livre MB-OB3b18,22,23, congelar-secar a amostra e armazenar em-80 ° c até o uso. Sintetizar os peptídeos AMB (> 98% de pureza para AMB1, AMB2, AMB4; > 70% de pureza para AMB7), congelar-secar as amostras, e armazená-los em-80 ° c até o uso. Comprar > 98% p…

Representative Results

Emperramento do metal de AMB1O estudo IM-MS20 da AMB1 (Figura 1a) mostrou que os íons cobre e zinco vinculados à AMB1 de forma dependente do pH (Figura 2). No entanto, cobre e zinco vinculados à AMB1 através de diferentes mecanismos de reação em diferentes locais de coordenação. Por exemplo, a adição de UC (II) a AMB1 resultou na oxidaç…

Discussion

Etapas críticas: conservando os comportamentos da solução-fase para o exame através de ESI-IM-MS
As configurações instrumentais do ESI nativo devem ser usadas para conservar os peptídeos estequiometria, estado de carga e estrutura conformacional. Para condições nativas, as condições da fonte ESI, como as tensões do cone, as temperaturas e os fluxos de gás, devem ser otimizadas. Além disso, as pressões e tensões na fonte, armadilha, mobilidade de íons e ondas de viagem de transferênci…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este material é baseado no trabalho apoiado pela Fundação Nacional da ciência 1764436, sustentação do instrumento do NSF (MRI-0821247), Fundação de Welch (T-0014), e recursos computando do departamento de energia (TX-W-20090427-0004-50) e comunicações L3 . Agradecemos ao grupo Bower da Universidade da Califórnia-Santa Barbara por compartilhar o programa Sigma e Ayobami Ilesanmi para demonstrar a técnica no vídeo.

Materials

acetonitrile HPLC-grade Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A998SK-4
ammonium hydroxide (trace metal grade) Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A512-P500
cobalt(II) chloride hexahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 255599-5G
copper(II) chloride 99.999% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203149-10G
copper(II) nitrate hydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 229636-5G
designed amb1,2,3,4,5,6,7 peptides Neo BioLab (neobiolab.com) designed peptides were synthized by order
designed amb5B,C,D,E,F peptides PepmicCo (www.pepmic.com) designed peptides were synthized by order
Driftscope 2.1 software program Waters (www.waters.com) software analysis program
Freeze-dried, purified, Cu(I)-free mb-OB3b cultured and isolated in the lab of Dr. DongWon Choi (Biology Department, Texas A&M-Commerce)
glacial acetic acid (Optima grade) Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A465-250
Iron(III) Chloride Anhydrous 98%+ Alfa Aesar (www.alfa.com) 12357-09
lead(II) nitrate ACS grade Avantor (www.avantormaterials.com) 128545-50G
manganese(II) chloride tetrahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203734-5G
MassLynx 4.1 Waters (www.waters.com) software analysis program
nickel chloride hexahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203866-5G
poly-DL-alanine Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) P9003-25MG
silver nitrate 99.9%+ Alfa Aesar (www.alfa.com) 11414-06
Waters Synapt G1 HDMS Waters (www.waters.com) quadrupole – ion mobility- time-of-flight mass spectrometer
zinc chloride anhydrous Alfa Aesar (www.alfa.com) A16281

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Yousef, E. N., Sesham, R., McCabe, J. W., Vangala, R., Angel, L. A. Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides. J. Vis. Exp. (151), e60102, doi:10.3791/60102 (2019).

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