Summary

Ion Mobility-massespektrometri teknikker til bestemmelse af strukturen og mekanismerne for metal Iongenkendelse og Redoxaktivitet af metal bindende oligopeptider

Published: September 07, 2019
doi:

Summary

Ion Mobility-massespektrometri og molekylære modelleringsteknikker kan karakterisere den selektive metal chelaterende ydeevne af designede metal bindende peptider og kobber bindende peptid methanobactin. Udvikling af nye klasser af metal Chelat peptider vil hjælpe med at føre til terapeutisk for sygdomme forbundet med metal ionfejl balance.

Abstract

Elektro spray ionisering (ESI) kan overføre en vandig fase peptid eller peptid kompleks til gas-fase samtidig bevare sin masse, samlede ladning, metal bindende interaktioner, og konformationel form. Kobling ESI med ion Mobility-massespektrometri (IM-MS) giver en instrumental teknik, der giver mulighed for samtidig måling af et peptid’s Mass-to-Charge (m/z) og kollision tværsnit (CCS), der relaterer til sin støkiometri, protonation tilstand, og konformationel form. Den samlede ladning af et peptidkompleks styres af protonation af 1) peptid’s sure og grundlæggende sites og 2) oxidations tilstanden af metal ion (s). Derfor er den samlede opladningstilstand for et kompleks en funktion af pH-værdien af opløsningen, som påvirker peptider metal ionbindende affinitet. For ESI-IM-MS-analyser fremstilles peptid-og metaliumiopløsninger ud fra vandige opløsninger med pH justeret med fortyndet vandig eddikesyre eller ammoniumhydroxid. Dette gør det muligt at fastgøre pH-afhængighed og metal ionselektiviteten for et specifikt peptid. Desuden kan m/z og CCS af et peptidkompleks anvendes med B3LYP/LanL2DZ Molekylær modellering til at skelne mellem bindingssteder af metal ionkoordineringen og den tertiære struktur i komplekset. Resultaterne viser, hvordan ESI-IM-MS kan karakterisere den selektive chelerende præstation af et sæt af alternative methanobactin peptider og sammenligne dem med kobber bindende peptid methanobactin.

Introduction

Kobber og zink ioner er afgørende for levende organismer og afgørende for processer, herunder oxidativ beskyttelse, vævsvækst, respiration, kolesterol, glukose metabolisme og genom læsning1. For at muliggøre disse funktioner inkorporerer grupper som cys, imidazol i2,3, (sjældnere) thioether af methionin og carboxylat af Glu og ASP selektivt metaller som cofaktorer i de aktive steder i metalloenzymer. Ligheden mellem disse koordinationsgrupper rejser et spændende spørgsmål om, hvordan hans og cys ligander selektivt indarbejde enten cu (I/II) eller Zn (II) for at sikre korrekt funktion.

Selektiv binding opnås ofte ved opkøb og handel med peptider, som kontrollerer Zn (II) eller cu (I/II) ionkoncentrationerne4. Cu (I/II) er meget reaktiv og forårsager oxidativ skader eller utilsigtet binding til enzymer, så dens frie koncentration er stramt reguleret af kobber chaperoner og kobber-regulerende proteiner, der transporterer det sikkert til forskellige steder i cellen og stramt styre sin homøostase5,6. Afbrydelse af kobber metabolisme eller homøostase er direkte impliceret i Menkes og Wilsons sygdom7 samt kræft7 og neurale lidelser, såsom prionsygdomme8 og Alzheimers sygdom9.

Wilsons sygdom er forbundet med øget kobber niveauer i øjnene, leveren og dele af hjernen, hvor redox reaktioner af cu (I/II) producerer reaktive ilt arter, forårsager hepatolloulære og neurologiske degeneration. Eksisterende chelationterapier er den lille thiol aminosyre penicillamin og triethylenetetramin. Alternativt udviser methanotrophic kobber-overtagelses peptider methanobactin (MB)10,11 terapeutisk potentiale på grund af deres høje bindingsaffinitet for cu (I)12. Når methanobactin (MB-OB3b) fra Methylosinus trichosporium OB3b blev undersøgt i en dyremodel af Wilsons sygdom, blev kobber effektivt fjernet fra leveren og udskilles gennem galde13. In vitro forsøg bekræftede, at MB-OB3b kunne Chelat kobber fra kobber metallothionein indeholdt i leveren cytosol13. Laser ablation induktions koblede plasma massespektrometri Imaging teknikker har undersøgt den rumlige fordeling af kobber i wilson’s sygdom leverprøver14,15,16 og vist, at MB-OB3b fjerner kobber med korte behandlingsperioder på kun 8 dage17.

MB-OB3b vil også binde med andre metalioner, herunder AG (I), AU (III), PB (II), MN (II), Co (II), fe (II), ni (II), og Zn (II)18,19. Konkurrence om den fysiologiske cu (I) binding site er udstillet af AG (I) fordi det kan fortrænge cu (I) fra MB-OB3b kompleks, med både AG (I) og ni (II) også viser irreversibel binding til MB, som ikke kan fordrevet af cu (I)19. For nylig er en række alternative methanobactin (Amb) oligopeptider med 2his-2cys bindende motiv blevet undersøgt20,21, og deres Zn (II) og cu (I/II) bindingsegenskaber karakteriseret. Deres primære aminosyresekvenser er ens, og de indeholder alle 2His-2Cys Motif, Pro og en acetyleret N-endestation. De adskiller sig hovedsageligt fra MB-OB3b, fordi 2His-2Cys Motif erstatter de to enethiol oxazolone bindingssteder af MB-OB3b.

Elektro spray ionisering kombineret med ion Mobility-massespektrometri (ESI-IM-MS) giver en kraftfuld instrumental teknik til bestemmelse af de metal bindende egenskaber af peptider, fordi det måler deres masse-til-ladning (m/z) og kollision tværsnit (CCS) og samtidig bevare deres masse, ladning og konformationsmæssige form fra løsnings fasen. M/z og CCS relaterer til peptider støkiometri, protonation tilstand, og konformationel form. Støkiometri bestemmes, fordi identiteten og antallet af hvert element, der er til stede i arterne, udtrykkeligt identificeres. Den samlede ladning af peptidkomplekset vedrører protonationtilstanden for de sure og grundlæggende steder og oxidations tilstanden for metal ionerne. CCS giver oplysninger om peptidkompleksets kropsbygnings form, fordi det måler den roterende gennemsnit størrelse, der vedrører kompleksets tertiære struktur. Den samlede opladningstilstand af komplekset er også en funktion af pH og påvirker peptid’s metal ion binding affinitet, fordi deprotonated grundlæggende eller sure steder som carboxyl, hans, cys og tyr er også de potentielle bindende steder for metal ion. Til analyserne tilberedes peptid og metal ion i vandige opløsninger med pH justeret ved fortyndet vandig eddikesyre eller ammoniumhydroxid. Dette gør det muligt at fastgøre pH-afhængigheden og metal ionselektiviteten for peptid. Desuden kan m/z og CCS bestemt af ESI-im-MS bruges sammen med B3LYP/LanL2DZ molecular modeling til at opdage typen af metal ion koordination og tertiær struktur af komplekset. Resultaterne vist i denne artikel afslører, hvordan ESI-IM-MS kan karakterisere den selektive chelerende præstation af et sæt Amb peptider og sammenligne dem med kobber bindende peptid MB-OB3b.

Protocol

1. klargøring af reagenser Kultur methylosinus trichosporium OB3b, Isoler cu (i)-fri MB-OB3b18,22,23, fryse-tør prøven og opbevar ved-80 °c indtil brug. Syntetisere Amb peptider (> 98% renhed for Amb1, Amb2, amb4; > 70% renhed for Amb7), fryse-tørre prøverne, og opbevar dem ved-80 °c indtil brug. Køb > 98% renhed mangan (II) chlorid, cobal…

Representative Results

Metal binding af Amb1IM-MS-studiet20 af Amb1 (figur 1A) viste, at både kobber og zink ioner bundet til Amb1 på en pH-afhængig måde (figur 2). Imidlertid er kobber og zink bundet til Amb1 gennem forskellige reaktionsmekanismer på forskellige koordinations steder. For eksempel resulterede tilsætning af cu (II) til Amb1 i oxidation af Amb1…

Discussion

Kritiske trin: bevaring af løsnings fase adfærd til undersøgelse via ESI-IM-MS
Native ESI instrumentale indstillinger skal anvendes, der bevarer peptider støkiometri, opladningstilstand, og konformationsmæssige struktur. For de indfødte forhold skal forholdene i ESI-kilden, såsom kegle spændinger, temperaturer og gasstrømme, optimeres. Også presset og spændinger i kilden, fælde, Ion mobilitet, og overføre rejser bølger (især DC Trap bias, der styrer injektion spænding i IM-cellen) skal…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dette materiale er baseret på arbejde støttet af National Science Foundation under 1764436, NSF instrument Support (MRI-0821247), Welch Foundation (T-0014), og computing ressourcer fra Department of Energy (TX-W-20090427-0004-50) og L3 Communications . Vi takker Bower ‘ s gruppe af University of California-Santa Barbara for at dele Sigma-programmet og Ayobami Ilesanmi for at demonstrere teknikken i videoen.

Materials

acetonitrile HPLC-grade Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A998SK-4
ammonium hydroxide (trace metal grade) Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A512-P500
cobalt(II) chloride hexahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 255599-5G
copper(II) chloride 99.999% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203149-10G
copper(II) nitrate hydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 229636-5G
designed amb1,2,3,4,5,6,7 peptides Neo BioLab (neobiolab.com) designed peptides were synthized by order
designed amb5B,C,D,E,F peptides PepmicCo (www.pepmic.com) designed peptides were synthized by order
Driftscope 2.1 software program Waters (www.waters.com) software analysis program
Freeze-dried, purified, Cu(I)-free mb-OB3b cultured and isolated in the lab of Dr. DongWon Choi (Biology Department, Texas A&M-Commerce)
glacial acetic acid (Optima grade) Fisher Scientific (www.Fishersci.com) A465-250
Iron(III) Chloride Anhydrous 98%+ Alfa Aesar (www.alfa.com) 12357-09
lead(II) nitrate ACS grade Avantor (www.avantormaterials.com) 128545-50G
manganese(II) chloride tetrahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203734-5G
MassLynx 4.1 Waters (www.waters.com) software analysis program
nickel chloride hexahydrate 99.99% Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) 203866-5G
poly-DL-alanine Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com) P9003-25MG
silver nitrate 99.9%+ Alfa Aesar (www.alfa.com) 11414-06
Waters Synapt G1 HDMS Waters (www.waters.com) quadrupole – ion mobility- time-of-flight mass spectrometer
zinc chloride anhydrous Alfa Aesar (www.alfa.com) A16281

Referências

  1. Dudev, T., Lim, C. Competition among Metal Ions for Protein Binding Sites: Determinants of Metal Ion Selectivity in Proteins. Chemical Reviews. 114 (1), 538-556 (2014).
  2. Sovago, I., Kallay, C., Varnagy, K. Peptides as complexing agents: Factors influencing the structure and thermodynamic stability of peptide complexes. Coordination Chemistry Reviews. 256 (19-20), 2225-2233 (2012).
  3. Sóvágó, I., Várnagy, K., Lihi, N., Grenács, &. #. 1. 9. 3. ;. Coordinating properties of peptides containing histidyl residues. Coordination Chemistry Reviews. 327, 43-54 (2016).
  4. Rubino, J. T., Franz, K. J. Coordination chemistry of copper proteins: How nature handles a toxic cargo for essential function. Journal of Inorganic Biochemistry. 107 (1), 129-143 (2012).
  5. Robinson, N. J., Winge, D. R. Copper Metallochaperones . Annual Review of Biochemistry. 79, 537-562 (2010).
  6. Scheiber, I. F., Mercer, J. F. B., Dringen, R. Metabolism and functions of copper in brain. Progress in Neurobiology. 116, 33-57 (2014).
  7. Tisato, F., Marzano, C., Porchia, M., Pellei, M., Santini, C. Copper in Diseases and Treatments, and Copper-Based Anticancer Strategies. Medicinal Research Reviews. 30 (4), 708-749 (2010).
  8. Millhauser, G. L. Copper and the prion protein: Methods, structures, function, and disease. Annual Review of Physical Chemistry. 58, 299-320 (2007).
  9. Arena, G., Pappalardo, G., Sovago, I., Rizzarelli, E. Copper(II) interaction with amyloid-beta: Affinity and speciation. Coordination Chemistry Reviews. 256 (1-2), 3-12 (2012).
  10. Kim, H. J., et al. Methanobactin, a copper-acquisition compound from methane-oxidizing bacteria. Science. 305 (5690), 1612-1615 (2004).
  11. Di Spirito, A. A., et al. Methanobactin and the link between copper and bacterial methane oxidation. Microbiology Molecular Biology Reviews. 80 (2), 387-409 (2016).
  12. Kenney, G. E., Rosenzweig, A. C. Chemistry and biology of the copper chelator methanobactin. ACS Chemical Biology. 7 (2), 260-268 (2012).
  13. Summer, K. H., et al. The biogenic methanobactin is an effective chelator for copper in a rat model for Wilson disease. Journal of Trace Elements in Medicine and Biology. 25 (1), 36-41 (2011).
  14. Hachmoeller, O., et al. Investigating the influence of standard staining procedures on the copper distribution and concentration in Wilson’s disease liver samples by laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry. Journal of Trace Elements in Medicine and Biology. 44, 71-75 (2017).
  15. Hachmoeller, O., et al. Spatial investigation of the elemental distribution in Wilson’s disease liver after D-penicillamine treatment by LA-ICP-MS. Journal of Trace Elements in Medicine and Biology. 44, 26-31 (2017).
  16. Hachmoeller, O., et al. Element bioimaging of liver needle biopsy specimens from patients with Wilson’s disease by laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry. Journal of Trace Elements in Medicine and Biology. 35, 97-102 (2016).
  17. Mueller, J. C., Lichtmannegger, J., Zischka, H., Sperling, M., Karst, U. High spatial resolution LA-ICP-MS demonstrates massive liver copper depletion in Wilson disease rats upon Methanobactin treatment. Journal of Trace Elements in Medicine and Biology. 49, 119-127 (2018).
  18. Choi, D. W., et al. Spectral and thermodynamic properties of Ag(I), Au(III), Cd(II), Co(II), Fe(III), Hg(II), Mn(II), Ni(II), Pb(II), U(IV), and Zn(II) binding by methanobactin from Methylosinus trichosporium OB3b. Journal of Inorganic Biochemistry. 100, 2150-2161 (2006).
  19. McCabe, J. W., Vangala, R., Angel, L. A. Binding Selectivity of Methanobactin from Methylosinus trichosporium OB3b for Copper(I), Silver(I), Zinc(II), Nickel(II), Cobalt(II), Manganese(II), Lead(II), and Iron(II). Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 28, 2588-2601 (2017).
  20. Sesham, R., et al. The pH dependent Cu(II) and Zn(II) binding behavior of an analog methanobactin peptide. European Journal of Mass Spectrometry. 19 (6), 463-473 (2013).
  21. Wagoner, S. M., et al. The multiple conformational charge states of zinc(II) coordination by 2His-2Cys oligopeptide investigated by ion mobility – mass spectrometry, density functional theory and theoretical collision cross sections. Journal of Mass Spectrom. 51 (12), 1120-1129 (2016).
  22. Bandow, N. L., et al. Isolation of methanobactin from the spent media of methane-oxidizing bacteria. Methods in Enzymology. 495, 259-269 (2011).
  23. Choi, D. W., et al. Spectral and thermodynamic properties of methanobactin from γ-proteobacterial methane oxidizing bacteria: a case for copper competition on a molecular level. Journal of Inorganic Biochemistry. 104 (12), 1240-1247 (2010).
  24. Pringle, S. D., et al. An investigation of the mobility separation of some peptide and protein ions using a new hybrid quadrupole/travelling wave IMS/oa-ToF instrument. International Journal of Mass Spectrometry. 261 (1), 1-12 (2007).
  25. Forsythe, J. G., et al. Collision cross section calibrants for negative ion mode traveling wave ion mobility-mass spectrometry. Analyst. 14 (20), 6853-6861 (2015).
  26. Allen, S. J., Giles, K., Gilbert, T., Bush, M. F. Ion mobility mass spectrometry of peptide, protein, and protein complex ions using a radio-frequency confining drift cell. Analyst. 141 (3), 884-891 (2016).
  27. Bush, M. F., Campuzano, I. D. G., Robinson, C. V. Ion Mobility Mass Spectrometry of Peptide Ions: Effects of Drift Gas and Calibration Strategies. Analytical Chemistry. 84 (16), 7124-7130 (2012).
  28. Salbo, R., et al. Traveling-wave ion mobility mass spectrometry of protein complexes: accurate calibrated collision cross-sections of human insulin oligomers. Rapid Communications in Mass Spectrometry. 26 (10), 1181-1193 (2012).
  29. Smith, D. P., et al. Deciphering drift time measurements from travelling wave ion mobility spectrometry-mass spectrometry studies. European Journal of Mass Spectrometry. 15 (2), 113-130 (2009).
  30. Becke, A. D. Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange. Journal of Chemical Physics. 98 (7), 5648-5652 (1993).
  31. Dunning, T. H., Hay, P. J. Gaussian basis sets for molecular calculations. Modern Theoretical Chemistry. 3, 1-27 (1977).
  32. Hay, P. J., Wadt, W. R. Ab initio effective core potentials for molecular calculations. Potentials for potassium to gold including the outermost core orbitals. Journal of Chemical Physics. 82 (1), 299-310 (1985).
  33. Hay, P. J., Wadt, W. R. Ab initio effective core potentials for molecular calculations. Potentials for the transition metal atoms scandium to mercury. Journal of Chemical Physics. 82 (1), 270-283 (1985).
  34. Wadt, W. R., Hay, P. J. Ab initio effective core potentials for molecular calculations. Potentials for main group elements sodium to bismuth. Journal of Chemical Physics. 82 (1), 284-298 (1985).
  35. . Gaussian 09, Revision C.01. Gaussian, Inc. , (2012).
  36. Wyttenbach, T., von Helden, G., Batka, J. J., Carlat, D., Bowers, M. T. Effect of the long-range potential on ion mobility measurements. Journal of the American Society of Mass Spectrometry. 8 (3), 275-282 (1997).
  37. Choi, D., et al. Redox activity and multiple copper(I) coordination of 2His-2Cys oligopeptide. Journal of Mass Spectrometry. 50 (2), 316-325 (2015).
  38. Rigo, A., et al. Interaction of copper with cysteine: stability of cuprous complexes and catalytic role of cupric ions in anaerobic thiol oxidation. Journal of Inorganic Biochemistry. 98 (9), 1495-1501 (2004).
  39. Vytla, Y., Angel, L. A. Applying Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Explicitly Identifying the Products of Cu(II) Reactions of 2His-2Cys Motif Peptides. Analytical Chemistry. 88 (22), 10925-10932 (2016).
  40. Choi, D., Sesham, R., Kim, Y., Angel, L. A. Analysis of methanobactin from Methylosinus trichosporium OB3b via ion mobility mass spectrometry. European Journal of Mass Spectrometry. 18 (6), 509-520 (2012).
  41. Martell, A. E., Motekaitis, R. J. NIST Standard Reference Database 46. Institute of Standards and Technology. , (2001).
  42. Pesch, M. L., Christl, I., Hoffmann, M., Kraemer, S. M., Kretzschmar, R. Copper complexation of methanobactin isolated from Methylosinus trichosporium OB3b: pH-dependent speciation and modeling. Journal of Inorganic Biochemistry. 116, 55-62 (2012).
  43. Amin, E. A., Truhlar, D. G. Zn Coordination Chemistry: Development of Benchmark Suites for Geometries, Dipole Moments, and Bond Dissociation Energies and Their Use To Test and Validate Density Functionals and Molecular Orbital Theory. Journal of Chemical Theory and Computation. 4 (1), 75-85 (2008).
  44. Sorkin, A., Truhlar, D. G., Amin, E. A. Energies, Geometries, and Charge Distributions of Zn Molecules, Clusters, and Biocenters from Coupled Cluster, Density Functional, and Neglect of Diatomic Differential Overlap Models. Journal of Chemical Theory and Computation. 5 (5), 1254-1265 (2009).
  45. Lillo, V., Galan-Mascaros, J. R. Transition metal complexes with oligopeptides: single crystals and crystal structures. Dalton Transactions. 43 (26), 9821-9833 (2014).
  46. Choutko, A., van Gunsteren, W. F. Conformational Preferences of a beta-Octapeptide as Function of Solvent and Force-Field Parameters. Helvetica Chimica Acta. 96 (2), 189-200 (2013).
  47. Angel, L. A. Study of metal ion labeling of the conformational and charge states of lysozyme by ion mobility mass spectrometry. European Journal of Mass Spectrometry. 17 (3), 207-215 (2011).
  48. Kelso, C., Rojas, J. D., Furlan, R. L. A., Padilla, G., Beck, J. L. Characterisation of anthracyclines from a cosmomycin D-producing species of Streptomyces by collisionally-activated dissociation and ion mobility mass spectrometry. European Journal of Mass Spectrometry. 15 (2), 73-81 (2009).
  49. El Ghazouani, A., et al. Copper-binding properties and structures of methanobactins from Methylosinus trichosporium OB3b. Inorganic Chemistry. 50 (4), 1378-1391 (2011).
check_url/pt/60102?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Yousef, E. N., Sesham, R., McCabe, J. W., Vangala, R., Angel, L. A. Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides. J. Vis. Exp. (151), e60102, doi:10.3791/60102 (2019).

View Video