Siden begynnelsen av feltet, har det vært et førsteklasses mål i genetikk å forstå mekanistisk grunnlag av variasjon over ville individer. Som vi kart Loci underliggende en egenskap av interesse, den emergent gener kan være av umiddelbar bruk som mål for diagnostikk og narkotika, og kan belyse prinsippene om evolusjon. Bransjestandarden mot dette formålet er å teste for et forhold mellom genotype og fenotype over en populasjon via kobling eller forening¹. Kraftig som disse tilnærmingene er, de har en viktig begrensning-de er avhengige av store paneler av rekombinant avkom fra krysser mellom interfertile individer. De er ikke i bruk i studiet av arter som ikke kan mate å danne avkom i første omgang. Som sådan har feltet hatt liten kapasitet for objektiv Disseksjon av Personlighets forskjeller mellom reproductively isolerte arter².

I dette arbeidet rapporterer vi den tekniske grunnlaget av en ny metode, RH-SEQ³, for Genova-skala undersøkelser av genetisk grunnlag av egenskap variasjon mellom arter. Denne tilnærmingen er en massivt parallell versjon av den gjensidige hemizygote test^4,5, som først ble unnfanget som en måte å evaluere den fenotypiske effekten av allel forskjeller mellom to genetisk distinkt bakgrunn på en bestemt geometrisk (figur 1a). I denne ordningen, de to avvikende individer er først paret å danne en hybrid, halvparten av hvis Genova kommer fra hver av de respektive foreldre. I denne bakgrunnen, er flere stammer generert, hver med en avbrutt eller slettet kopi av hver av foreldrenes allel av geometriske. Disse stammer er hemizygous siden de forblir diploid overalt i Genova unntatt på geometriske steder av interesse, der de anses haploide, og er referert til som gjensidige siden hver mangler bare én foreldrenes allel, med sine resterende allel avledet fra andre forelderen. Ved å sammenligne fenotyper av disse gjensidige hemizygote stammer, kan man konkludere med om DNA-sekvens varianter ved manipulert geometrisk, bidrar til trekk av interesse, siden varianter på det geometriske er den eneste genetiske forskjellen mellom gjensidig hemizygote stammer. På denne måten er det mulig å knytte genetiske forskjeller mellom arter til en fenotypiske forskjell mellom dem i et godt kontrollert eksperiment oppsett. Hittil har søknader om denne testen vært i et kandidat-gen rammeverk-det vil si tilfeller der hypotesen er allerede i hånden som naturlig variasjon på et kandidat knutepunkt kan påvirke en egenskap.

I det følgende, legger vi ut protokollen for et Genova-skala gjensidige hemizygosity skjermen, ved hjelp av gjær som modell system. Vår metode skaper en genomisk komplement av hemizygote mutanter, ved å generere levedyktig, sterile F1 hybrider mellom arter og utsette dem for Transposon mutagenese. Vi Pool hemizygotes, måle deres fenotyper i sekvensering-baserte analyser, og test for forskjeller i frekvens mellom kloner av bassenget bærer de to foreldrenes alleler av et gitt gen. Resultatet er en katalog av Loci der varianter mellom arter påvirker trekk av interesse. Vi implementerer RH-SEQ arbeidsflyt for å belyse det genetiske grunnlaget for thermotolerance forskjeller mellom to spirende gjær arter, Saccharomyces cerevisiae og S. paradoxus, som skilt ~ 5 000 000 år siden⁶.