מאמר זה מציג שיטות הכנה לדוגמה עבור שיטה אנליטית ייחודית בזמן אמת המבוססת על ספקטרומטר מסה סביבתי. שיטה זו מאפשרת לנו לבצע ניתוח בזמן אמת של המולקולות הביולוגית בvivo ללא כל טיפול מיוחד.
ספקטרומטר מסה (MS) הוא כלי רב עוצמה בכימיה אנליטית משום שהוא מספק מידע מדויק מאוד על מולקולות, כגון יחס מסה-לתשלום (m/z), אשר שימושיים להסיק משקולות ומבנים מולקולריים. בעוד שזוהי ביסודו שיטה אנליטית הרסנית, הפיתוחים האחרונים בטכניקת הסביבה הסביבתית אפשרו לנו לרכוש נתונים תוך השארת רקמות במצב שאינו שלם יחסית במונחים של יושרה. (PESI) הוא שיטה ישירה שנקראת כביכול, משום שהיא אינה דורשת טיפול מורכב וארוך-זמן של דגימות. מחט עדינה משמשת כבוחר לדוגמא, כמו גם פולט אינון. בהתבסס על המאפיין החריף והעדין של המכשיר, השמדת הדגימות היא מינימלית, המאפשרת לנו לרכוש מידע מולקולרי בזמן אמת מיצורים חיים באתרו. בזאת, אנו מציגים שלושה יישומים של טכניקת PESI-MS שיהיה שימושי עבור מחקר ופיתוח ביו-רפואי. אדם כרוך ביישום לרקמה מוצקה, שהיא היישום הבסיסי של טכניקה זו לאבחנה הרפואית. כמו טכניקה זו דורשת רק 10 מ”ג של המדגם, זה עשוי להיות מאוד שימושי הגדרות קליניות שגרתית. היישום השני הוא לאבחון רפואי מתורבת שבו סרום דם אנושי נמדד. היכולת למדוד דגימות נוזלים הוא גם בעל ערך בניסויים ביולוגיים שונים בהם נפח מספיק של מדגם עבור טכניקות אנליטיות קונבנציונאלי לא ניתן לספק. האפליקציה השלישית נשענת לעבר היישום הישיר של מחטי המחקר בבעלי חיים חיים, שם נוכל להשיג דינמיקה בזמן אמת של מטבוליטים או סמים באיברים ספציפיים. בכל יישום, אנו יכולים להסיק את המולקולות שזוהו על ידי MS או להשתמש באינטליגנציה מלאכותית כדי לקבל אבחנה רפואית.
ספקטרומטר מסה (MS) הוא מימוש טכנולוגי של הרדונות; היא מקטינה את מטרת הניתוח ליחידה שניתן לפרש על בסיס מינים מולקולריים או מפלים. לכן, זוהי שיטה ייצוגית לכימיה אנליטית. הוא מורכב מארבעה תהליכים: אינון, ניתוח, גילוי ורכישה ספקטרלית. מכיוון שיינון של המולקולה הוא התהליך הראשון בספקטרומטר מסה, הוא בדרך כלל מגביל את צורת האנליטים שיעובדו. רוב ההליכים האינון דורשים השמדת מבנה, מורפולוגיה ותהליכים ביולוגיים בזמן אמת של דגימות אורגניות. לדוגמה, בתרסיס אלקטרונון (ESI) MS דורש כי הדגימות יהיו במצב נוזלי עבור אינון יעיל1. לפיכך, יש לעבור דוגמאות להכנה ביוכימית מורכבת, המשנה את הרכב המולקולות. לחילופין, בעוד באמצעות מטריקס באמצעות לייזר באמצעות desorption (maldi) MS יכול לשחזר מפות מולקולריות דקה רקמות מנות2,3, יעילות יינון שלה הוא נמוך מדי כדי לזהות את כל המולקולות בדגימות, והוא עני במיוחד בניתוח חומצות שומן. בהתחשב מגבלות אלה, בדיקת אלקטרונון בדיקה (PESI)4 ניתן להשתמש כדי להתבונן בזמן אמת שינויים במערכות ביולוגיות באתרו מבלי להרוס את השלמות המבנית5, בעוד האורגניזם הביולוגי להיות נצפתה הוא מבחינה טכנית במצב חי. מחט נאה מאוד משמשת במקרה זה, המשמש בו זמנית כבוחר לדוגמה ופולט יונים. משמעות הדבר היא כי המדגם מורכבים רצפים טרום טיפול ניתן עקף כדי לקבל ספקטרום מסה המשקפים את הרכיבים המולקולריים של מערכת החיים באתרו.
ישנן מספר שיטות אינון אחרות היריבות PESI-MS. האחד הוא מהיר הסלע אינון ספקטרומטר המסה (ריימס)6. טכניקה זו פועלת היטב במהלך הניתוח משום שהוא מורכב עם סכין חשמלי אוספת את הפלומה יון שנוצר במהלך החיתוך. בעוד ריימס הוא מאוד שימושי עבור הניתוח, זה ביסודו שיטה הרסנית הדורשת אבלציה חשמלי של הרקמה. לפיכך, היא אינה שימושית לניתוח מפורט של תאים ורקמות במדגם מוכן או בניתוחי מעבדה. יתר על כן, משום שהיא אוספת כמות גדולה של פלומה המכילה פסולת רקמות, זה דורש תחזוקה ממושכת של המכשירים לאחר כל שימוש, ובכך להגביל את השימוש במכונה זו הליכים כירורגיים מיוחדים. שיטה דומה, הנקראת לייזר הספקטרומטר המסה (LDI-MS)7, היא טכניקה נוספת שאינה פולשנית ושימושית עבור ניתוח פני השטח. מכיוון שטכניקה זו טובה בסריקת פני השטח של הדגימה, היא משיגה ניתוח דו מימדי כולל כגון הדמיה מלדית מיסה מאסיבית8,9. עם זאת, מכיוון LDI-MS חל רק על ניתוח פני השטח, PESI-MS הוא יתרון עבור ניתוח דגימות למשל, בתוך הרקמה. טכניקה נוספת, מספרט עט10, דווחה כדי להשיג ספציפיות ורגישות באבחון סרטן בלוטת התריס, אבל קוטרו של החללית הוא בסדר mm והוא ספציפי עבור ניתוח פני השטח, כלומר זה לא יכול לזהות גושים קטנים של סרטן או נגעים מקומי עמוק. כמו-כן, מאחר ששיטה זו משתמשת בתעלת זרימה מיקרוקפילר המוטבעת בעט המקדח, הזיהום הצולב חייב להילקח בחשבון, בדומה ל-LDI-MS. טכניקות אחרות קיימות שהוחלו על הגדרות קליניות, כגון בדיקת זרימה וטופס יינון בספוגית11, אבל הם לא נפוצים.
PESI הוא המזעור הקיצוני של ESI, שבו הנימים של הננו-electrospray ממיר על מחט מוצק עם עקמומיות טיפ רדיוס של כמה מאות ננומטר. אינון מתרחש באזור המוגבל ביותר של קצה המחט על ידי יצירת חרוט טיילור, על אילו דגימות להישאר עד אינון של כל הנוזלים על הקצה הוא השלים12. אם האנליטה נשאר על קצה המחט מתכת, עודף מטען הוא שנוצר ברציפות בממשק בין מחט מתכת לבין האנליטים. לכן, אינון סדרתי של מולקולות מתרחשת בהתאם לפעילות המשטח שלהם. מאפיין זה הופך את המחט טיפ סוג של chromatogram, הפרדת האנליטים בהתאם לפעילות המשטח שלהם. יותר מבחינה טכנית, מולקולות עם פעילות המשטח חזקה לבוא אל פני השטח של החרוט טיילור והם מוהים מוקדם יותר מאשר אלה עם פעילות משטח חלש, אשר לדבוק פני השטח של המחט עד סוף תהליך יונן. כך, אינון מלאה של כל המולקולות שנאספו על ידי המחט מושגת13. יתר על כן, כי טכניקה זו אינה כרוכה בתוספת של הממס המיותר למדגם, כמה מאות של ליטרים של נשים מספיקות כדי לקבל ספקטרום מסה חזק מספיק לניתוח נוסף14. מאפיינים אלה הם יתרון לניתוח של דגימות ביולוגיות שלמות. עם זאת, החיסרון העיקרי של PESI-MS טמון הרציפות באינון בגלל התנועה המעברת של המחט לאורך הציר האנכי, דומה מכונת ניסור. היינון מתרחש רק כאשר קצה הגשוש מגיע לנקודה הגבוהה ביותר כאשר גובה פתח היונים מיושר על הציר האופקי. אינון מפסיק בזמן שהמחט מרימה דגימות, ולכן היציבות של אינון אינה שווה לזו ב-ESI המקובלת. לכן, PESI-MS אינה שיטה אידיאלית עבור פרוטאומניקס.
עד היום, PESI-MS הוחל בעיקר על ניתוח של מערכות ביולוגיות, כיסוי מגוון רחב של שדות ממחקר בסיסי הגדרות קליניות. לדוגמה, הניתוח הישיר של רקמת האדם שהוכנו במהלך הניתוח היה מסוגל לחשוף את הצטברות של triacylglycerol הן קרצינומה של תאי הכליה15 ו קרצינומה של הלוע הלבן16. שיטה זו יכולה גם למדוד דגימות נוזל, כגון דם, כדי להתמקד בפרופיל השומנים. לדוגמה, מולקולות מסוימות כללו במהלך שינויים תזונתיים בארנבים; זה דווח כי כמה מולקולות אלה ירדו בשלבים מוקדמים מאוד של הניסויים, המציין את רגישות גבוהה והתועלת של מערכת זו עבור אבחון קליני17. יתרה מזאת, בקשה ישירה לבעלי חיים חיה אפשרה גילוי של שינויים ביוכימיים של הכבד לאחר לילה אחד של צום5. Zaitsu et al.18 בקרה זה ניסוי5 וניתח את פרופילי חילוף החומרים של הכבד כמעט באותו האופן, עם תוצאות שחיזקו את היציבות והתוכעות של השיטה המקורית שלנו. יתר על כן, הצלחנו להפלות את רקמת סרטן מתוך הכבד שמסביב סרטניים בעכברים באמצעות טכניקה זו19. לכן, זוהי טכניקה מגוונת של ספקטרומטר המסה השימושית בקביעות שונות, הן בvivo והן במבחנה. מנקודת מבט אחרת, ניתן להכניס את מודול PESI להתאמת מספר גדול של ספקטרומטר מסה על-ידי התאמת הקובץ המצורף הגובר. במאמר קצר זה, אנו מציגים את היסודות ודוגמאות של יישומים (איור 1), כולל יישומים עם חיות חיים5.
על פי התקנות והחוקים בכל מדינה, יש לסדר חלקים מפרוטוקול זה כדי לעמוד בקריטריונים של כל מוסד. היישום לאורגניזם החי הוא המעניין והמאתגר ביותר משום שהוא יכול לספק שינויים ביוכימיים או מטבוליים ברקמות או באיברים בבעלי חיים באתרו. בעוד שיישום זה אושר על ידי הוועדה המוסדית לטיפול בבעלי חיים באוניברסיטת יאמאנאשי, בשנת 20135, סיבוב נוסף של אישור יהיה כעת הכרחי בגלל השינויים האחרונים בתקנות עבור ניסויים בבעלי חיים. לכן, מספר שינויים במזימה הניסיונית, מומלץ. לגבי הספקטרום ההמוני שהושג בניסויים, לקיחת תנודות של ספקטרום מסה בין כל מדידה לחשבון, אין מערכת שיתוף מידע ספקטרלי כי הוא משותף הקהילה הרצף נוקלאוטיד. הטיפול חייב להילקח כאשר המפעיל מטפל במחט כדי למנוע תאונות מקל המחט, במיוחד בעת הסרת המחט ממחזיק המחט. מכשיר מיוחד לניתוק המחט הוא מאוד שימושי למטרה זו. מאחר שהתא של מודול PESI הוא תא אטום, סגור, דליפה של הפלומה יון לא מתרחש אם ספקטרומטר המסה מופעל על פי ההוראות.
למרות pesi הוא נגזרת של ESI עבור ספקטרומטר המסה4, זה היתרון ביותר עבור ניטור טבולומיקס בזמן אמת, כמו גם לניתוח התגובות הביוכימי מבלי לבצע כל הטיפולים מורכבים או הזמן לצרוך מראש5,14,15,17. זוהי טכניקה פשוטה ומיידית ?…
The authors have nothing to disclose.
אנו מודים לאיימי איאיזוקא על הפעלת ה-PESI-MS וקזוקו סאווה-נובורי לקבלת סיוע במזכירות. אנו מודים לברוון גרדנר, Ph.D., מקבוצת אדז (www.edanzediting.com/ac) לעריכת טיוטה של כתב יד זה.
5-Fluoro-2'-deoxyuridine (5-FdU) | Sigma-Aldrich | F8791-25MG | 25mg |
disposable biposy punch (Trepan) | kai Europa GmbH | BP-30F | bore size 3mm |
ethanol | nacalai tesque | 14710-25 | extra pure reagent |
LabSolutions | Shimadzu | ver. 5.96, Data analyzer | |
micropestle | United Scientific Supplies | S13091 | |
microtube | Treff | 982855 | 0.5 mL clear |
PESI-MS (Direct Probe Ionization-MS) | Shimadzu | DPiMS-2020 | Mass spectrometer equipped with PESI |
PPGT solition | Shimadzu | ND | Attached to DPiMS-2020 |