إدارة مختبر بعد: تشخيص الفيروس التنفسي
Summary
مختبر للانتشار السريع، وخارج الشبكة تم تصميمها وبناؤها للإعدادات العمومية البعيدة، ذات الموارد المحدودة. يتم استكشاف الميزات والجوانب الحرجة من وحدات المختبر لوجستيا محسنة، وقابلة للتوسيع، ومتعددة الوظائف. وضع قائمة مرجعية لسير عمل مختبرات أساسية ووضع بروتوكول لاختبار تشخيص فيروسية تنفسية وقدم.
Abstract
Uptick في الأخيرة الأوبئة (الإيبولا، زكى، أسعار الصرف السوقية، الإنفلونزا، إلخ) يؤكد الحاجة مزيد ‘ذكيا،’ تنسيق الاستجابة التي تتناول العديد من القضايا التي تتراوح بين النقل والوصول، المرافق، المعدات، والاتصال بموفر التدريب. ولتلبية هذه الحاجة، قمنا بتطوير مرفق مختبر مبتكرة، قابلة للتطوير، والمزودة بالخدمات اللوجستية، المتنقلة، لحالات الطوارئ والأوبئة في إعدادات عمومية ذات الموارد المحدودة. استخدام خلفية في العمليات السريرية كمركز أكاديمية طبية، صممنا على الانتشار السريع، ووحدات BSL-2 و BSL-3 مرفق مع البرمجيات سهلة الاستخدام لتتبع وإدارة الأدوية والإمدادات في المناطق النائية خلال الأوبئة و حالات التفشي. نقدم هنا، لدينا وحدات المختبر حاوية الشحن المتعدد الوسائط، ومتحركة، وقابلة للتوسيع. ويسهل تصميم المختبر الاستخدام خارج الشبكة بالتقليل من استهلاك الطاقة، والسماح لمصادر المياه البديلة. المعلومات الوحدة منصة لتكنولوجيا الاتصالات ويوفر الوثائق (ط) سهلة الاستخدام المستندة إلى الكمبيوتر اللوحي، (ثانيا) تعزيز تتبع للمرضى، واللوازم، و (ثالثا) إدماج الاتصالات في الموقع مع قدرات مضمنة الرعاية الصحية عن بعد. لضمان الجودة في بيئات نائية، قمنا بتطوير قائمة مرجعية لسير عمل مختبرات أساسية ووضع بروتوكول لتشخيص الفيروسية التنفسية باستخدام النسخ العكسي تفاعل البوليميراز المتسلسل (RT-PCR). كما هو موضح، يسمح هذا النهج المبتكرة والشاملة لتوفير قدرات المختبرات في بيئات عالمية ذات الموارد المحدودة.
Introduction
التشخيص السريع أداة بالغة الأهمية في مكافحة العدوى الفيروسية في الوقت المناسب، لا سيما إذا كانت الأعراض المبكرة يمكن تمييزها لمجموعة متنوعة من الأمراض المعدية. تفشي فيروس إيبولا مؤخرا (2014-2015) في غرب أفريقيا1،2، أوبئة فيروس Zika (2015-2016) في آسيا وأمريكا اللاتينية43،، وظهور الفيروس التاجي المتلازمة التنفسية الشرق الأوسط (الصرف) التهابات5،6، والأوبئة الفتاكة غير عادي الإنفلونزا (الإنفلونزا) (2017-2018) في7،الولايات المتحدة8 كشفت الحاجة إلى مرافق المختبرات السريعة-الانتشار، التي تتناول العديد من القضايا من وسائل النقل، والوصول، ومرافق ومعدات، والاتصالات.
القدرة خارج الشبكة (سلطة الحكم الذاتي، وإمدادات المياه، إلخ) أمر حاسم في إعدادات عمومية من المناطق الريفية، والمحدودة الموارد9،،من1011. أن تجربتنا في العمليات السريرية، والبرامج العالمية في “كلية طب بايلور” استخدمت لتصميم وبناء مختبر متنقل المستندة إلى الحاوية مع قدرات للنشر سهلة الإعداد والاستخدام المتعدد الوظائف (BSL-2 و BSL-3). صور لهذا المرفق مختبر تنوعاً، وعزز لوجستيا يرد في الشكل 1.
هذا–الانتشار السريع، يحتوي مرفق مختبر تصميم قابلة لتوسيع مماثلة إلى العيادة حاوية تم وصفه مسبقاً (‘”جراب الطوارئ الذكية”‘)12،13،14، وضعتها “كلية بايلور للطب” و تحت رعاية الوكالة الأمريكية للتنمية. وحدة وجبات واحدة (في وضع النقل) بإبعاد 9 أقدام 9 بوصات × 8 متر × 8 أقدام (الشكل 1 أ، ب)، ويوسع على مساحة 170 متر مربع (15.75 م2) (الشكل 1، د). يمكن نشر الوحدة من اثنين إلى أربعة أشخاص في أقل من عشر دقائق.
بنيت المختبر البعيد لإنشاء مرفق مختبر BSL-2 (الشكل 2A) مع منفصلة، وحدات، إلحاقه، BSL-3 وحدة (الشكل 2) مصممة للعمل مع العوامل المعدية التي قد تسبب أمراض خطيرة أو يمكن أن تكون مميتة عن طريق الاستنشاق 15-تمكن اتصال وحدات المختبر هما الأمثل لسير العمل التجريب، وتقاسم الموارد، وفورات (الشكل 2 ج-ه).
الوحدات النمطية يتم الغلق والمياه محكم لإنشاء ملجأ الطاقة متنقلة كفاءة مريحة،. يتم استخدام التدفئة والتهوية والتكييف (HVAC) نظام الهواء لوحدات مركزية والتحكم في درجة الحرارة. وبصفة عامة، تصميم وحدات المختبر تقلل استهلاك الطاقة باستخدام مصادر الطاقة البديلة الخاصة بهم مثل الألواح الشمسية و/أو مولد كهربائي مستقل. ويشمل كل وحدة بالوعة ومحطة ايوش والطاقة الكهربائية والمياه موصلات (الشكل 3 أ-ج). منهاج تكنولوجيا المعلومات والاتصالات توفر اختيارية، المستندة إلى الكمبيوتر اللوحي (الهاتف/حي الروبوت أو فون/باد) وثائق التطبيق لتتبع العرض ووثائق النتائج المختبرية (الشكل 3D) وضعت في شراكة مع تكنولوجيا المعلومات (IT بايلور) فريق البحث الذي لديه خبرة جيدة في العمل في بيئات نائية مع إمكانية اتصال محدودة. النظام يمكن أن تعمل باستخدام الإشارات الخلوية أو لاسلكية، وتسمح الوثائق دون اتصال، مع النسخ الاحتياطي الفوري أو الإرسال إلى ملقم يستند إلى تأمين سحابة عند إعادة تأسيس الاتصال.
المختبر لديها العديد من الميزات الرئيسية لمكافحة العدوى، بما في ذلك: (أ) ضغط التدفق، (ب) صندوق قفازات أو السلامة الأحيائية مجلس الوزراء، (ج) إدارة مخاطر صحية نظام الهواء السلبية: مبيد للجراثيم الأشعة فوق البنفسجية (الأشعة فوق البنفسجية-ج) نظام إضاءة استخدام التسلسلات الهرمية 4 الدفاع ثبت للقضاء على 99.7 في المائة من مسببات الأمراض التي تسبب العدوى المتعلقة بالرعاية الصحية. هو تطهيرها المرفق بسهولة باستخدام بيروكسيد الهيدروجين أو هيبوكلوريت الصوديوم (التبييض) نظم لتطهير كفؤة وفعالة. 16
ضمان جودة النتائج المختبرية يعتمد على التزام بتقييم جميع جوانب عملية اختبار التشخيص الكامل. وهنا، نقدم قائمة مرجعية لسير العمل المختبري BSL-2، و BSL 3، ووضع بروتوكول لاختبار التشخيص السريع فيروس الالتهاب الرئوي. تشخيص الأمراض الفيروسية المقترحة تعتمد على الكشف عن الحمض النووي الريبي أو الحمض النووي الفيروسي في العينة (غسل الآنف، والدم، والبراز، والبول، إلخ) من خلال الوقت الحقيقي عكس النسخ تفاعل البوليميراز المتسلسل (RT-PCR). القدرة على سرعة تقدير الأحمال الفيروسية في عينة يجعل PCR أداة فعالة للأمراض الفيروسية فحص17،18. تنفيذ الرواية، فحوصات التشخيص الجزيئي يتيح توسيع قدرات التشخيص للفيروسات مثل فيروس إيبولا19،،من2021والإنفلونزا8،22والدرن (السل )23.
والهدف من هذا العمل هو للتحقق من صحة منشأة رواية مختبرية معيارية والانتشار السريع وتقديم دليل تدريب لموظفي المختبرات العاملة في بيئات نائية، منخفضة الموارد أثناء وباء أو الكوارث الطبيعية أو غيرها الإغاثة في حالات الطوارئ الحالة. نقدم هنا، بروتوكولا لتشخيص الإنفلونزا الالتهاب الرئوي في هذا المختبر المبتكر، والمحمولة.
Protocol
Representative Results
Discussion
مرفق مختبر بعد المذكورة أعلاه لوجستيا المنحى وقابلة للتوسيع، وسرعة الانتشار، متعددة الوظائف، واستنادا إلى مفاهيم التصميم التي تتمحور حول الإنسان التي كانت موجهة لحماية كفاءة الموظفين ومساحة عمل المختبر. ووضع البروتوكول مفصلاً لإنشاء مختبر سريع وعزل الفيروس التنفسي آمنة والتشخيص وقدم.
يجب الحفاظ على الشروط التالية لتشغيل المعدات الأمثل، في وحدات المختبر: درجة الحرارة المحيطة 21 ± 2 درجة مئوية ودرجة الحرارة المسموح بها من 5 إلى 40 درجة مئوية والرطوبة من 14 ± 5% رطوبة نسبية، الرطوبة النسبية القصوى المسموح بها من رطوبة نسبية 80% (بدون تكاثف)، وارتفاع يتراوح بين 0 و 000 2 متر فوق مستوى سطح البحر.
استهلاك الطاقة واحدة من أهم البارامترات للإدارة للمختبرات خارج الشبكة. للمعدات المختبرية الأساسية، يمكن أن تختلف كفاءة الطاقة 15-40 ٪؛ ومع ذلك، يقدر متوسط استهلاك الطاقة هنا لتقديم خدمة مناسبة. أعلى معدل للطاقة (1,500-2,000 W) تتصل بأجهزة تكييف الهواء ونظام الدرج الأمامي وجهاز PCR ومعقم اﻷوتوكﻻف. النظر 8 ساعات عمل المكثف التي تقوم بتنفيذ البروتوكول و 16 ساعة لمراقبة البيئة مختبر، استهلاك الطاقة اليومي لوحدات المختبر ما يقرب 36 كيلووات ساعة/يوم ل BSL-2 وحوالي 43 كيلووات ساعة/يوم ل BSL-3 73 كيلوواط ساعة/يوم بالنسبة متصل BSL-2/BSL-3 + مرافق. لوحدة واحدة، نوصي بتوفير مصدر للطاقة الكهربائية مع قدرة إيه إيت طاقة التشغيل/مستمر/ابتداء من ارتفاع الطاقة كيلوواط، إيه وان زيرو كيلو واط؛ مرفق متصلة، طاقة التشغيل/المستمر إيه وان تو كيلو واط، وبدءا من الطفرة/السلطة إيه وان فور كيلو واط. ملاحظة، في مرفق مختبر BSL-3، ينصح بشدة مصدر طاقة احتياطية لتجنب انقطاع الكهرباء عرضي وضمان العمل المطرد لنظام الضغط السلبي وصندوق قفازات أثناء اختبار تشخيصي.
مولد بنزين بالطاقة كهربائية حل فعالة من حيث التكلفة لإمدادات الطاقة في حالات الطوارئ. نفترض أن كفاءة الوقود للمولدات البنزين حوالي 1.5 غالون في مدار في حمولة 100%. ثم، إذا كان متوسط استهلاك الطاقة اليومي تحميل 8 ساعات من 40% 16 ساعة تحميل 10%، وحدة المختبر BSL-2 أو BSL 3 تتطلب 7-9 غالون من الوقود يوميا، في المقابل، ومرفق متصلة احتياجات غال ~ 15/يوم.
الوحدات مختبر بعد مصممة لتناسب قدرات أنظمة شمسية خارج الشبكة. الألواح الشمسية لا تحتاج إلى وقود إضافي، ويمكن أن تعمل بإنتاجية عالية في المناطق الاستوائية وشبه الاستوائية في أفريقيا وآسيا وأمريكا اللاتينية بسبب الإشعاع الشمسي العالي. في الوقت الراهن، وحدة واحدة من نظام الألواح الشمسية المتاحة تجارياً يسمح استخدام طاقة يومية لتصل إلى 44 كيلوواط ساعة/يوم.
بغض النظر عن النوع المحدد من مصدر بديل للطاقة الكهربائية، أوصى بشدة مرشحات الكهرباء القذرة ومسبقا في مرافق مختبرية لتحسين نوعية الطاقة وحماية المعدات المختبرية. الحفاظ على نظام PCR بعيداً عن مصادر الإشعاع الكهرومغناطيسي القوى ودون رادع لأن الإشعاع الكهرومغناطيسي قوية قد تتداخل مع الأداء السليم للجهاز. كما أنها تفعل المهم عدم استخدام مصادر النظام PCR بالقرب من الاهتزاز القوى، مثل أجهزة الطرد المركزي أو مضخة للاهتزاز المفرط سوف يؤثر على أداء الصك. قد يمكن تثبيت معدات المختبرات فقط في بيئة له نونكوندوكتيفي الملوثات، مثل ذرات الغبار أو رقائق الخشب. ضمان الغرفة بعيداً عن أي فتحات يمكن أن تطرد المواد الجسيمية على مكونات الصك.
استخدام مختبر المياه يتوقف على عدد من الاختبارات التشخيصية التي تعمل يوميا وعدد من فنيي المختبرات العاملة في المنشأة. مطلوب من أجل إعداد خلاطات أثناء إجراء التشخيص بما في ذلك استخراج واختبار PCR نوكلاس المياه مجاناً ويجب أن يتم تسليم اللوازم مقدما عن الأخرى، والمواد الكيميائية. هناك حاجة إلى مالا يقل عن 50 مل مياه مجاناً نوكلاس لتشغيل اختبار تشخيص واحد؛ حجم المطلوب من المياه مجاناً نوكلاس يعتمد على حجم العمل (أي، على عدد من العينات). الماء المقطر هو المطلوب لتشغيل معقم اﻷوتوكﻻف. استهلاك المياه اﻷوتوكﻻف في دورة واحدة 160-180 مل؛ ويوصي في اﻷوتوكﻻف للاستخدام اليومي. معظم المواد البلاستيكية (أنابيب، ونصائح ماصة، إلخ) المتاح، ولكن بعضها يمكن إعادة استخدامها وتحتاج إلى غسلها (حاويات كبيرة، رفوف، إلخ.). يتم استخدام المياه الجارية العادية لغسل اليدين بين الإجراءات ويقدر حجمه الحد الأدنى لتكون 15-20 لتر يوميا. الماء يحتاج إلى ضخ للضغط؛ يوصي بالرواسب قبل تصفية نظام لحماية أجهزة المياه من التأثير الضار للرواسب وتحسين نوعية المياه الجارية.
للتخزين البارد، ثلاجة 5.1 قدم مكعب واحد على الأقل (+ 4 درجة مئوية) وواحد 4.9 قدم مكعب (-20 درجة مئوية إلى-30 درجة مئوية) المجمد مطلوبة في كل وحدة المختبر لتخزين العينات/الجيش الملكي النيبالي.
مختبر التلوث تشمل عدة مستويات: تنظيف > مراجعتان > التطهير > التعقيم. تنظيف بسيطة يمكن أن يؤديها باستخدام الماء والصابون أثناء الغسل مع القفاز اليد أو الفرشاة. ويشمل مراجعتان الغسيل مع مضادات الميكروبات السائلة الكيميائية كي تمنع نمو وتكاثر الجراثيم. حلول الكحول (70%) يمكن استخدامها كسائل مطهر. التعقيم هو تطبيق مادة كيميائية سائلة للقضاء على ما يقرب من جميع الأحياء المجهرية الممرضة (باستثناء الجراثيم البكتيرية) على أسطح العمل والمعدات. وقت التعرض للمواد الكيميائية ودرجات الحرارة، وتركيز المطهرات هامة. محلول هيبوكلوريت الصوديوم (0.5%)، أو التبييض، مطهر فعال على نطاق واسع لتنقية المياه وتنقية السطحية. البنفسجية مبيد للجراثيم طريقة أخرى للتطهير. مصباح مبيد للجراثيم تنتج ضوء الأشعة فوق البنفسجية-C، ويؤدي إلى المنظمة من البكتيريا والفيروسات. التعقيم يستخدم إجراء الفيزيائية أو الكيميائية لتدمير الحياة الجرثومية كافة-بما في ذلك الجراثيم البكتيرية شديدة المقاومة. يمكن إجراء التعقيم مع معقم اﻷوتوكﻻف.
يجب فصل كل مختبر النفايات عند نقطة الجيل. مكان النفايات الصلبة، غير حادة، والمعدية في أكياس النفايات مانعة للتسرب علامة واقية. إذا كانت النفايات المنتجة حادة، فإنه يجب أن توضع في حاويات مقاومة للثقب. جمع النفايات السائلة يحتمل أن تكون معدية في حاويات واقية المسماة بشكل صحيح للسوائل. حاويات وأكياس ينبغي عدم شغل أكثر من 2/3 وحدة التخزين. يجب أن يتم فرز التخلص من جميع منتجات التبييض إلى بن النفايات المعينة الخاصة بهم. يجب معالجة النفايات المخبرية برفق لتجنب توليد الهباء الجوي والكسر من أكياس/الحاويات. يجب أن تكون أكياس/صناديق جمع النفايات واقية مع الأسطح الخارجية ومختومة تطهير بعد الاستخدام مع محلول هيبوكلوريت الصوديوم 0.5%. تعقيم كل معمل النفايات في اﻷوتوكﻻف على 121 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة قبل الحرق. الرجوع إلى دليل عمل للاستخدام السليم اﻷوتوكﻻف. إذا كان ذلك ممكناً، إضافة مؤشر كيماوية أو بيولوجية إلى اﻷوتوكﻻف لضمان التعقيم السليم. يجب أن تكون جميع النفايات الصلبة والسائلة يعقم المسمى بوضوح كتعقيم مع الإعداد والتاريخ، والوقت، والمشغل. ثم يجب أن توضع النفايات المسمى في منطقة آمنة منفصلة قبل الحرق.
كما هو متوقع، يتوقف سير العمل للاختبار التشخيصي على المرض والعينة. إذا كان من المستحسن لتحديد هوية الفيروس لجمع عينات الدم (مثل فيروس إيبولا19)، يمكن تخزين العينة مختبرين في-20 درجة مئوية بدلاً من-80 درجة مئوية (اللازمة للبحث عن فيروسات الجهاز التنفسي). من الأفضل دائماً أن عينة واحدة أو أكثر عند أخذ العينات من مريض من تقسيم العينات في وقت لاحق. إذا كان ذلك ممكناً، يجب اتخاذ العينات اثنين على الأقل لكل نوع من العينات في أنابيب عينات منفصلة. يجب أن تكون العينات الفرعية المقسمة إذا لم يكن ممكناً أخذ العينات الإضافية.
إذا كان لا يمكن تخزين العينات البديلة في درجات الحرارة المناسبة (مثلاً، لا المجمدات متاحة)، يجب تخزين مسحات النقي (100%) الإيثانول أو 99% ميثليته روح (إضافات الميثانول فقط). وفي هذه الحالة، يجب أن يوضع طرف مسحه في قنينة مع 1-2 مل إيثانول. علما بأن هذه العينات مناسبة فقط لبكر. أيضا، علما بأن مقايسة راسخة ضروري لكل8،تشخيص الفيروس خاصة23، ويجب أن ترسل عينات الفيروس غير معروف إلى المختبرات المخصصة لمواصلة التحقيقات19،20، 21.
يجب الاعتراف بالمتطلبات الإلزامية والموصى به إلى القائمة المعدات المختبرية لاختبارات PCR تشخيص الفيروس التنفسي. ويؤكد الجدول 3 المعدات الأساسية والمتقدمة الحد الأدنى (مستحسن) ومتطلبات الاختبار التشخيصي RT-PCR. للممارسة BSL-3، حماية الضغط السلبي إضافية (مثلاً، صندوق قفازات) موظفي حاسمة وضرورية.
وحدات المختبر متصلة الأفضل زيادة عدد الأفراد المشاركين في التجارب المختبرية وتسريع الوقت اللازم لاختبار واحد. الاستعاضة عن استخراج الحمض النووي الريبي اليدوية تستغرق وقتاً طويلاً من الممكن مع qPCR الآلي (مثلاً، قياكوبي). بينما هذا الصك مرهقة (عرض 65 سم، الطول 62 سم، ارتفاع 86 سم)، يمكن أن يصلح مساحة المختبر المتنقل بعد إعادة ترتيب الأثاث في وحدات BSL-2 أو BSL 3.
سوف تركز العمل في المستقبل على تطوير واقع زيادة (ع) ودورات تدريبية في الواقع الافتراضي (VR). نظارات ع/VR ستستخدم لتوفير منصة تفاعلية لتعليم المهارات المطلوبة اللازمة لكي تصبح عامل مختبر المدربين تدريبا جيدا. نصائح مفيدة لتنفيذ بعض الإجراءات صعبة ومتعددة الخطوات في اختبارات التشخيص المختبري ستدرج في دليل البرامج. هذا النهج لتدريب الأفراد ينبغي تحسين نوعية أداء الاختبار التشخيصي وإدارتها في مرافق مختبرية البعيد، لا سيما بعد والمناطق المحدودة الموارد.
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
محتوى هذه المقالة لا تعكس بالضرورة وجهات نظر أو سياسات “لنا وزارة للصحة والخدمات الإنسانية” أو المؤسسات المنتسبة المؤلفين. وأيد هذا البحث بول غ. ألن الأسرة مؤسسة “المحسن صفر-الأثر، جراب الذكية في حالات الطوارئ”. ونحن نقدر جميع المناقشات المثمرة والتعاون مع الزملاء من كلية بايلور للطب والصحة دائرة الأمن العام ومركز جونسون الفضائي التابع لناسا. ونحن ممتنون صدق “سسينتيفيكس فيشر الحرارية” وممثليها للحصول على قرض لالة RT-PCR وأجهزة الطرد المركزي، والماصات الآلي إجراء اختبار تشخيص فيروس تنفسي في مرفق مختبر بعد. الكتاب ممتنون لمارتا ستورل-ديزموند وسيدني ستيفن سوريل لمساعدتها في إعداد المخطوطات والفيديو.
Materials
| Autoclave Sterilizer 'BioClave' | Benchmark Scientific, Edison, NJ, USA | B4000-16 | 16 liter, Benchtop, Dims: 22×17.5×15.7 in, Fully automatic, Extremely Compact |
| Barcode Scanner | Zebra Technologies ZIH Corp., Lincolnshire, IL, USA | Symbol LS2208 | Handheld, lightweight |
| Breaker Box Panelboard Enclosure | Square D (Schneider Electric), France | MH62WP | NEMA 3R/5/12, Dims: 20 W x 62 H x 6-1/2 in. D, Electrical distribution board |
| Centrifuge – Microcentrifuge 17,000 x g | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 75002440 | Holds 24 x1.5 or 2 ml tubes, Dims: 8.9×9.6×13.8 in |
| Class II Biological Safety Cabinet | NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA | NU-602-400 | 4 Ft. Class II Type A2 Cage Changing Biological Safety Cabinet, 12" Access Opening, HEPEX Pressure Duct |
| Class III Biological Safety Cabinet (Glove box) | Germfree Laboratories, Ormond Beach, FL, USA | Model #PGB-36, Serial #C-2937 | Glove box, Portable, 36", Class III BSC. Dims: 36x20x23.75 in, Includes 2 interior outlets |
| Cryo Coolers | VWR, Radnor, PA, USA | 414004-286 | 0.5 or 1.5 ml tube benchtop coolers |
| Freezer (30°C freezer) | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | Model ULT430A | To occupy 4.9 Cubic feet |
| Laminar Flow Cabinet | NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA | NU-126-300 | 3 Ft. Vertical Laminar Airflow Cabinet, 8" Access Opening, HEPA filter supply, 99.99% |
| Mini Centrifuge | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 75004061 | Dims: 4.1×5.0x6.0 in |
| Pipettes automated | VWR, Radnor, PA, USA | 05-403-151 | Pipet 4-pack (2.5,10, 100 and 1,000μL volume) |
| Pipettes automated 'Finnpipette' | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 4700880 | Pipet 4-pack (2, 20, 200 and 1,000μL volume), Advanced Volume Gearing(AVG), Ultra durable |
| Power Generator | Cummins Power Generation, Minneapolis, MN, USA | C60 D6 | 60 kW, 60 Hz, 1 Phase, 120/240V, Diesel |
| Refrigerator | BioMedical Solutions, Inc., Stafford, TX, USA | BSI-HC-UCFS-0504W | Standard Undercounter Refrigerators & Freezers |
| Refrigerator | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 05LRAETSA | To occupy 5.1 Cubic feet |
| RT-PCR machine 'Step-one plus' | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 4376598 | Holds 96 samples, Dims: 9.7×16.8×20.2 in |
| Vortex Mix | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 88880017TS | Dims: 6.1×8.3×3.3 in |
| Chemicals | |||
| AgPath-ID One-Step RT-PCR Reagents | Applied Biosystems, Foster City, CA, USA | 4387391 | |
| Ethanol Koptec Pure 200 Proof | Decon Labs, Inc., King of Prussia, PA, USA | V1001 | |
| Nuclease-free Water | Ambion, Inc., Carlsbad, CA, USA | AM9906 | |
| QIAamp Viral RNA Mini Kit | Qiagen, Hilden, Germany | 52906 | |
| SuperScript III Platinum One-Step qRT- PCR Kit | Invitrogen, Carlsbad, CA, USA | 11732-088 | |
| Disposable | |||
| 1 mL cryogenic tubes | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 03-337-7X | |
| 1.5 mL tubes | VWR, Radnor, PA, USA | 10025-726 | |
| 10 µL Filter Tips | Neptune, VWR, Radnor, PA, USA | Neptune, BT10XLS3 | |
| 20 µL Filter Tips | Multimax, BioExpress, VWR, Radnor, PA, USA | MultiMax, P-3243-30X | |
| 200 µL Filter Tips | ART, Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | ART, 2770 | |
| 1000 µL Filter Tips | Phenix Research Products, Candler, NC, USA | TS-059BR | |
| AB custom probes | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | N/A | Custom probes |
| Combitips | Eppendorf, Hauppauge, NY, USA | 89232-972 | |
| Integrated DNA Technology (IDT) custom probes and primer | IDT | N/A | Custom probes |
| MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 490003-978 CS | |
| MicroAmp Fast Reaction Tubes (8 tubes/strip) | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 4358293 | |
| MicroAmp Optical 8-Cap Strip | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 4323032 | |
| MicroAmp Optical Adhesive Film | Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA | 4311971 | |
| Supplies | |||
| Biohazard waste bags | VWR, Radnor, PA, USA | 14220-046 | 20.3 x 30.5 cm Biohazard bags |
| Gloves | Denville Scientific, Holliston, MA, USA | G4162-250 | Small, meduim or large Nitrile or latex gloves |
| Lab coat | N/A | N/A | Customizable |
| Masks | VWR, Radnor, PA, USA | 414004-663 | Advanced protection mask |
| Protective shoes | N/A | N/A | Customizable |
Referências
- World Health Organization (WHO) Ebola Response Team. Ebola virus disease in West Africa – the first 9 months of the epidemic and forward projections. New England Journal of Medicine. 371 (2), 1481-1495 (2014).
- World Health Organization (WHO). . Media Center: Ebola Virus Disease Fact Sheet No. 103. , (2014).
- Fauci, A. S., Morens, D. M. Zika Virus in the Americas – yet another arbovirus threat. New England Journal of Medicine. 374 (7), 601-604 (2016).
- Campos, G. S., Bandeira, A. C., Sardi, S. I. Zika virus outbreak, Bahia, Brazil. Emerging Infectious Diseases. 21 (10), 1885-1886 (2015).
- Aly, M., Elrobh, M., Alzayer, M., Aljuhani, S., Balkhy, H. Occurrence of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) across the Gulf Corporation Council countries: Four years update. PLoS ONE. 12 (10), e0183850 (2017).
- World Health Organization (WHO). Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) – Oman. Media Center: Disease outbreak news. Mar 18. , (2018).
- Ducharme, J., Johnson, D. This flu map shows how the biggest influenza outbreak in years spread across the U.S. Time, Time Health: Public Health. , (2018).
- Gaglani, M., et al. Influenza vaccine effectiveness against 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus differed by vaccine type during 2013-2014 in the United States. Journal of Infectious Diseases. 213 (10), 1546-1556 (2016).
- Gates, B. The next epidemic – lessons from Ebola. New England Journal of Medicine. 372 (15), 1381-1384 (2015).
- Mills, A. Health care systems in low- and middle-income countries. New England Journal of Medicine. 370 (15), 552-557 (2014).
- Wölfel, R., et al. Mobile diagnostics in outbreak response, not only for Ebola: a blueprint for a modular and robust field laboratory. Euro Surveillance. 20 (44), 30055 (2015).
- Connelly, S. Through innovation, education and collaboration, Baylor Global Initiatives seeks to transform health and patient care worldwide. TMC Pulse, Global Perspective. , (2015).
- Hersh, D. USAID funds Ebola ‘smart pod’ project. Federal Times. , (2015).
- Waite, A. Emergency Smart Pods – Transforming Containers into Modern Medical Clinics. DipNote, U.S. Department of State Official Blog. , (2018).
- . . Guide to US Department of Health and Human Services Regulations. , (2015).
- Center for Disease Control and Prevention (CDC). . Website: Clean up after a Disaster. , (2017).
- Flannery, B., et al. Enhanced genetic characterization of influenza A(H3N2) viruses and vaccine effectiveness by genetic group, 2014-2015. Journal of Infectious Diseases. 214 (7), 1010-1019 (2016).
- Spencer, S., et al. Factors associated with real-time RT-PCR cycle threshold values among medically attended influenza episodes. Journal of Medical Virology. 88 (4), 719-723 (2016).
- Cherpillod, P., et al. Ebola virus disease diagnosis by real-time RT-PCR: A comparative study of 11 different procedures. Journal of Clinical Virology. 77, 9-14 (2016).
- Dedkov, V. G., et al. Development and evaluation of a real-time RT-PCR assay for the detection of Ebola virus (Zaire) during an Ebola outbreak in Guinea in 2014-2015. Journal of Virological Methods. 228, 26-30 (2016).
- Cnops, L., et al. Developement, integration of a quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction diagnostic test for Ebola virus on a molecular diagnostics platform. Journal of Infectious Diseases. 214 (3), S192 (2016).
- Keitel, W. A., et al. Rapid research response to the 2009 A(H1N1)pdm09 influenza pandemic (Revised). BMC Research Notes. 6, 177 (2013).
- Parsons, L. M., et al. Laboratory diagnosis of tuberculosis in resource-poor countries: challenges and opportunities. Clinical Microbiology Reviews. 24 (6), 314-350 (2011).
- . . Expandable Bicon Shelter. Commercial Manual. Sea Box. , (2019).
- . Lab Safety. Operating the Glovebox. JoVE Science Education Database. , (2018).
- World Health Organization (WHO). . Collecting, preserving and shipping specimens for the diagnosis of avian influenza A(H5N1) virus infection. , (2006).
- Lorenz, T. C. Polymerase Chain Reaction: Basic Protocol Plus Troubleshooting and Optimization Strategies. Journal of Visualized Experiments. (63), e3998 (2012).
