Alors que le tissu adipeux blanc (WAT) spécialisé dans le stockage de l’énergie, tissu adipeux brun (TAB) dissipe l’énergie sous forme de chaleur en raison de sa capacité à convertir les glucides et lipides en énergie thermique via mitochondriales découplantes¹. En raison de cette fonction spécialisée, le dépôt de chauve-souris est nécessaire pour le maintien de la température du corps dans les conditions physiologiques et en réponse à l’exposition au froid. Tandis que les modifications de l’expression génique au cours de la différenciation de la chauve-souris et sur stress thermogène ont été intensivement étudiées in vivo et in vitro, les mécanismes moléculaires qui sous-tendent ces changements ont surtout été disséqué en lignées cellulaires immortalisées et primaire pré-adipocytes, à l’exception de plusieurs études in vivo^2,3,4,5.

Réglementation des programmes d’expression de gènes spécifiques par le biais de régulation transcriptionnelle est obtenue par changements coordonnés dans la chromatine structure via transcription divers facteurs et facteurs conjointement des actions. Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) est une approche de la biologie moléculaire précieux pour enquêter sur le recrutement de ces facteurs à l’ADN et les modifications connexes dans le paysage de la chromatine par profilage. Les facteurs clés du succès des expériences de puce incluent optimisations des conditions de réticulation et la chromatine cisaillement cohérence tout au long des échantillons différents, disponibilité du matériel de départ adéquat et, surtout, la qualité des anticorps. Si la puce de tissus entiers, il est également important de tenir compte de l’hétérogénéité des échantillons et d’optimiser le protocole pour améliorer l’efficacité de l’isolement des noyaux, ce dernier étant une étape particulièrement sensible lorsque vous travaillez avec le tissu adipeux due à la teneur en lipides élevés. En fait, les techniques d’isolation moléculaire de dépôts adipeux ensemble sont compliquées par la présence de niveaux élevés de triglycérides, et les protocoles doivent être optimisés pour augmenter la quantité d’isolement de la chromatine. Enfin, lorsque le séquençage haut-débit est effectué après l’isolement de l’ADN-ChIP, la profondeur de séquençage est essentielle pour déterminer le nombre de pics qui sont détectés en toute confiance.

Ici, nous nous référons aux étalons de travail et des orientations générales pour les expériences de ChIP-seq recommandés par le consortium ENCODE et modENCODE⁶ pour les meilleures pratiques, et nous nous concentrons sur une description étape par étape d’un protocole optimisé pour ChIP-seq de BAT. Le protocole décrit permet une isolation efficace de la chromatine du tissu adipeux pour effectuer le séquençage du génome pour facteurs de liaison à l’ADN avec des pics bien définies ainsi que histone marques avec les signaux plus diffus.