Terwijl het witte vetweefsel (WAT) is gespecialiseerd voor energieopslag, verdrijft bruin vetweefsel (BAT) energie in de vorm van warmte vanwege zijn vermogen om te zetten van koolhydraten en lipiden in thermische energie via mitochondriaal ontkoppelingseiwit¹. Vanwege deze gespecialiseerde functie is het depot BAT vereist voor onderhoud van lichaamstemperatuur in fysiologische omstandigheden en in reactie op koude blootstelling. Terwijl gen expressie veranderingen tijdens BAT differentiatie en op thermogene stress zijn uitvoerig bestudeerd in vivo en in vitro, zijn de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan deze veranderingen meestal ontleed in vereeuwigd cellijnen en primaire pre-adipocytes, met uitzondering van verschillende in vivo onderzoek^2,3,4,5.

Regulering van de specifiek gen expressie programma’s via transcriptionele verordening wordt bereikt door gecoördineerde veranderingen in chromatine structuur via verschillende transcriptie factoren en factoren samen acties. Chromatine immunoprecipitation (ChIP) is een waardevolle moleculaire biologie-aanpak voor onderzoek naar de aanwerving van deze factoren tot DNA en profilering van de bijbehorende wijzigingen in de chromatine landschap. Sleutelfactoren voor het welslagen van ChIP experimenten omvatten optimalisaties van crosslinking voorwaarden en schuintrekken consistentie van de chromatine gedurende verschillende monsters, beschikbaarheid van voldoende grondstof, en, vooral, de kwaliteit van de antilichamen. Bij het uitvoeren van ChIP uit hele weefsels, het is ook belangrijk om te overwegen de heterogeniteit van de monsters en optimaliseren van het protocol ter verbetering van de efficiëntie van isolatie van de kernen, met de laatste wordt een bijzonder gevoelige stap bij het werken met vetweefsel moet het verhoogde vetgehalte. In feite, moleculaire isolatie technieken uit hele obesitas depots worden bemoeilijkt door de aanwezigheid van hoge niveaus van triglyceriden, en protocollen moeten worden geoptimaliseerd om de verhoging van het bedrag van de chromatine isolatie. Ten slotte, als high-throughput sequencing wordt uitgevoerd na ChIP-DNA isolatie, de sequencing diepte is van cruciaal belang voor het bepalen van het aantal pieken die vol vertrouwen worden gedetecteerd.

Hier verwijzen we naar de arbeidsvoorwaarden en de algemene richtsnoeren voor de ChIP-seq experimenten aanbevolen door de ENCODE en modENCODE consortia⁶ voor beste praktijken, en richten we ons op een stapsgewijze beschrijving van een protocol dat is geoptimaliseerd voor ChIP-seq van BAT. Het beschreven protocol zorgt voor efficiënte isolatie van de chromatine van vetweefsel sequentiebepaling van het genoom-brede uitvoeren voor DNA-bindende factoren met welomschreven pieken evenals Histon merken met meer diffuus signalen.