Aquí presentamos un protocolo para la reparación de herida de imágenes en vivo y la respuesta inflamatoria asociada a alta resolución espacio-temporal en vivo. Este método utiliza la etapa pupal de Drosophila desarrollo para permitir la proyección de imagen a largo plazo y seguimiento de poblaciones celulares específicas en el tiempo y es compatible con la inactivación del gene de RNAi-mediada eficiente.
Durante la rápida respuesta inflamatoria al daño tisular, las células del sistema inmune innato son contratadas rápidamente al sitio de lesión. Una vez en la herida, las células inmunes innatas realizan una serie de funciones esenciales, tales como lucha contra la infección, claro ruina necrótica y estimular la deposición de la matriz. Para entender completamente los diversos eventos de señalización que regulan esta respuesta inmunitaria, es crucial observar comportamientos complejos de (y las interacciones que se producen entre) múltiples de la célula linajes en vivo y en tiempo real, con la alta resolución espacio-temporal. La transparencia óptica y la maleabilidad genética de embriones de Drosophila han establecido Drosophila como un modelo inestimable a imagen viva y diseccionan los aspectos fundamentales del comportamiento de células inflamatorias, incluyendo mecanismos de desarrollo dispersión, separación de cuerpos apoptóticos o patógenos microbianos y reclutamiento a las heridas. Sin embargo, el trabajo más reciente ha demostrado ahora que empleando una etapa mucho más adelante en el ciclo de vida de Drosophila , la Drosophila pupa – ofrece una serie de ventajas, incluyendo mayor eficiencia ARNi, larga períodos, la proyección de imagen y significativamente un mayor número de células inmunitarias. Aquí se describe un protocolo para la proyección de imagen reparación de herida y la respuesta inflamatoria asociada a la alta resolución espacio-temporal en vivo pupas de Drosophila . Para seguir la dinámica de la reepitelización y la inflamación, utilizamos un número de específico en vivo marcadores fluorescentes para el epitelio y las células inmunes innatas. También demostramos la eficacia de fluoróforos foto convertibles, como Kaede, para el seguimiento de los subconjuntos de la célula inmune específica, para el seguimiento de su comportamiento mientras migran y resolver, lesiones en el sitio de.
Una respuesta inflamatoria eficiente y eficaz es fundamental para cualquier organismo a combatir las infecciones, limpiar escombros y orquestan la reparación de tejidos lesionados1. Aunque esta respuesta es un resultado inevitable de la mayoría de daño tisular, inflamación requiere una reglamentación estricta debido a una respuesta inflamatoria inadecuada se ha relacionado con una variedad de diferentes enfermedades humanas (incluyendo las heridas no-curativas crónicas, marcar con una cicatriz excesivo y predisposición al cáncer)1,2,3. Dada esta relevancia clínica, es crucial para obtener una comprensión más detallada de los mecanismos moleculares y celulares, conducción de la respuesta inflamatoria con el fin de desarrollar nuevos indicadores pronósticos y estrategias para tratar una variedad de crónicos inflamatoria condiciones, que podrían proteger los tejidos de reparación de la inflamación prolongada e innecesaria.
En los últimos años, la Drosophila se ha convertido en un sistema bien establecido y valioso modelo para disecar rasgos fundamentales de la respuesta inflamatoria que se conservan de insectos para humanos4,5. En la actualidad, Drosophila ofrece maleabilidad genética mucho mayor que en la actualidad en otros modelos experimentales (como ratones o pez cebra), manipulación genética espacio-temporal exacta en vivo (para inactivar o sobre-expresar cualquier gen de interés dentro de los tipos específicos de la célula en un momento definido del desarrollo) y facilidad de genoma pantallas6,7. Tradicionalmente, la mayoría imágenes en vivo de la cicatrización de heridas y la inflamación en Drosophila se han realizado estudios en etapas embrionarias, como los embriones son inmóviles (a diferencia de Drosophila larvas o adultos) y ópticamente translúcido que permite una alta resolución en vivo imagen8. Esto ha permitido a los investigadores visualizar el reclutamiento de células inmunes innatas de Drosophila (hemocitos) rápido y robusto para el sitio de la herida en respuesta a la lesión mecánica o inducida por láser en el epitelio embrionario9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. mediante la combinación de estos estudios de imagen en vivo con la manipulación genética, estudios en embriones de Drosophila han descubierto muchas proteínas importantes células inmunitarias que controlan el comportamiento de célula inflamatoria in vivo. Por ejemplo, el homólogo del CED-1 Draper (una ITAM dominio-que contienen proteína) ha sido identificado como un importante «daños del receptor que interviene en las células inmunes del Drosophila del reclutamiento en un H2O2-forma dependiente a los sitios de daño15. Niveles de Draper dentro de las células inmunes a su vez son regulados por señalización de JNK inducida por calcio y elevadas aguas abajo de apoptotic cadáver absorción12. Aún más la motilidad hemocyte requiere cambios citoesqueléticas complejas para coordinar la migración dirigida hacia la herida y esto depende de la actividad del citoesqueleto reguladores como la agrupación de actina proteína Fascin16 y la familia de Rho pequeñas GTPasas de Rac y de Rho9.
Drosophila es un insectos holometábolos que pasa por las etapas larvarias y de pupas adicionales después de la embriogénesis, antes de alcanzar la edad adulta17. La Drosophila pupa se ha desarrollado como un modelo adicional para vivir no invasivo-imágenes de una variedad de eventos celulares dinámicos, incluyendo desarrollo celular migración18,19de la división de célula, célula crecimiento20y músculo contracción21. Más recientemente, se ha establecido como un modelo novedoso en el que estudiar la dinámica de herida inflamación y reparación en vivo22,23.
Al igual que en etapas embrionarias, Drosophila las pupas son inmóviles y ópticamente translúcido, después de la disección cuidadosa de su opaco pupal casos18. Aprovechando esta transparencia óptica, se puede seguir el comportamiento en vivo de las células inmunes innatas (hemocitos) en respuesta al daño del tejido dentro de los tejidos pupas de Drosophila , como el ala pupa22. El ala pupa existe como una estructura amfifílicas simple, que consta de dos grandes hojas planas epiteliales que se conectan alrededor de la periferia del ala; el espacio extracelular entre estas dos capas epiteliales está lleno de hemolinfa (sangre de insectos) y gran número de hemocitos móviles24. Al igual que en los embriones, lesión mecánica o inducida por láser en el epitelio del ala desencadena un rápido reclutamiento de hemocitos a la lesión sitio23. Sin embargo, esta etapa pupal ofrece algunas ventajas para la proyección de imagen en anteriores etapas embrionarias. Pupas de heridos pueden ser reflejadas sobre períodos mucho más largos (de al menos 5 horas), más área de tejido está disponible para la perturbación experimental (como la generación de múltiples heridas) y hay un número significativamente mayor de hemocitos presentes en esta etapa ( prever más trayectorias de la célula de otras distancias mayor poder estadístico en el análisis matemático). Además, la eficiencia de inactivación de silenciación de genes se mejora considerablemente en etapas de pupal, permitiendo que muchos genes ser ‘derribado’ en un tejido o en la forma específica de tiempo en comparación con el enfoque más tradicional de todo mutante de embriones.
Con el fin de seguir la dinámica de la reepitelización de la herida y la respuesta inflamatoria que acompaña en este nuevo modelo pupal, deben etiquetarse dos diferentes poblaciones celulares: el pupa epitelio y las células inmunes innatas (Drosophila hemocitos). Un número de diversos marcadores (Tabla de materiales) está disponible para etiquetar estas dos poblaciones celulares diferentes, la elección del marcador depende del proceso particular que se estudiará. Para marcar el epitelio pupal, líneas de Drosophila que contienen ya sea un ubicuo expresada GFP-tagged E-cadherin (que las etiquetas las uniones) se utilizan habitualmente para indicar las posiciones de los márgenes de celda, o alternativamente, un GFP con etiquetas Dominio de unión a actina de moesina (que etiquete el citoesqueleto de actina) para visualizar las protuberancias de anillo y el borde de ataque de borde de la herida contráctiles actina. Etiquetar los hemocitos de Drosophila , hemocyte específicos srp-Gal425 expresión de unidad de RFP nuclear (para seguimiento de nuclear), GFP citoplásmica o moesina GFP-etiquetado (etiqueta el citoesqueleto del citoplasma o actinia, respectivamente) o un se utilizan photoconvertible fluoróforo (como Kaede). De hecho, a menudo es ventajoso utilizar múltiples marcadores de células inmunitarias en combinación, para permitir el análisis simultáneo del movimiento nuclear y la morfología de la célula (véase resultados representativos). Sin embargo, puesto que este protocolo incluye el uso de pupas de Drosophila , sólo las combinaciones de marcadores genéticos son viables hasta mediados-pupal etapas pueden ser utilizadas. Además, las acciones letales embrionarias no será adecuadas. Esto es poco probable que sea un problema al control de la proyección de imagen (o wild type) pupas pero es importantes considerar cuando genes van a ser derribado o overexpressed, para evaluar su efecto sobre el encierro de la herida o inflamación. En el caso de la mortalidad temprana causada por la caída de gene (o sobreexpresión), un Gal80ts construcción se puede utilizar para inducir la caída Gal4-conducido más adelante en el desarrollo (ver discusión).
En nuestros últimos estudios, pasar a la etapa pupal nos ha permitido reunir suficientes datos de trayectoria de la célula inmune para analizar el comportamiento inflamatorio usando sofisticados modelos matemáticos, que a su vez nos ha permitido deducir nuevos detalles de la herida atrayente inflamatoria señales23. Por ejemplo, este acercamiento reveló que la chemoattractant herida se extiende lentamente por el tejido inflamado a 200 μm2/min, un índice mucho más lento que anteriormente moléculas pequeñas candidato como ATP o H2O2 se ha reportado que difuso de26,27,28,29; Estas moléculas pequeñas «daño» en cambio están probables que actúan como señales permisivas. Por otra parte, siguiendo el comportamiento a largo plazo de las células inmunes innatas que resolución de una herida inicial y están expuestos a un segundo (hecho en varios puntos de tiempo después de la primera), hemos descubierto un período temporal ‘desensibilización’ durante el cuales las células inmunes son ciegos a lesiones posteriores23. Explotando el potencial a largo plazo de la proyección de imagen del modelo pupal, junto con maleabilidad genética de Drosophila , uno puede seguir el comportamiento de las poblaciones de células inmunitarias específicas (por ejemplo, sólo las células inmunes reclutados en el sitio de la herida) en respuesta a los insultos posteriores, usando el photoconvertible fluoróforo30 que puede expresarse exclusivamente en el linaje de células inmunitarias23.
Aquí se describe un protocolo para visualizar la dinámica de la reparación de la herida y la respuesta inflamatoria asociada a alta resolución espacio-temporal mediante vida pupas de Drosophila . Ofrecemos una metodología detallada para cubrir los pasos necesarios para la preparación inicial de pupas (disección y montaje) y el posterior mediada por láser hiriendo a la proyección de imagen de Time-lapse. También describimos el uso de fluoróforos foto convertibles para permitir el etiquetado de los subconjuntos de la célula inmune específica en vivo. En el largo plazo, esperamos que este nuevo modelo pupal de Drosophila se abre interesantes posibilidades para disecar la compleja señalización dinámica subyacente a la respuesta inflamatoria al daño tisular. Mediante la aplicación de análisis estadísticos más sofisticados uno podría descubrir características de la respuesta que de lo contrario permanecerían experimentalmente inaccesibles, mientras que la mejora de la eficiencia ARNi podría prestarse a la aplicación de la detección de genoma en las células inmunes en vivo para identificar nuevos jugadores regular comportamiento de células inmunitarias.
La respuesta aguda inflamatoria al daño tisular es un proceso complejo y altamente dinámico que es esencial para coordinar la reparación de tejidos lesionados, incluyendo la remoción de restos necróticos y la lucha contra la infección. Para comprender y desentrañar los aspectos fundamentales de esta respuesta, es fundamental que los estudios son realizados en vivo sobre muestras de 3 dimensiones de la vida en orden para el comportamiento exacto y las interacciones de los diversos linajes involucrados a seguir de la célula exactamente en el tiempo. Análisis en tiempo real de la dinámica de estas células permiten una caracterización más detallada de los fenotipos mutantes que estática momentos solo de muestras fijadas mediante técnicas de inmunohistoquímica clásica. Tradicionalmente, la mayoría estudios de imágenes en vivo utilizando el modelo de Drosophila genéticamente manejable han utilizado la fase embrionaria del desarrollo de la mosca debido a su transparencia óptica y la inmovilidad en comparación con las posteriores etapas de desarrollo4 , 5. sin embargo, más recientemente nuestro grupo y otros han desarrollado la pupa de Drosophila como un modelo novedoso para realizar imágenes a largo plazo de reparación de la herida y la inflamación al mismo tiempo y de alta resolución en vivo8,22 ,23. Este nuevo enfoque ofrece un interesante potencial a largo plazo para la presidencial aspectos fundamentales del comportamiento de células inflamatorias y puede ser adaptado más para investigar el comportamiento dinámico de otros linajes celulares (como Drosophila adipocitos 38) después de lesión del tejido.
Hay una serie de factores críticos durante la preparación y proyección de imagen de heridos pupas de Drosophila que determinarán la calidad de las imagen los resultados descritos anteriormente. Sin duda el paso más difícil del protocolo descrito es la disección cuidadosa y colocación exacta de las pupas antes de la herida y la proyección de imagen. Pupas en esta etapa del desarrollo son extremadamente frágiles y daños accidentales incluso menores a las pupas durante etapas de preparación deterioran significativamente el experimento; cualquier pupas que pueden haber sufrido daño involuntario deben ser desechados del experimento ya que este daño puede activar su propia respuesta inflamatoria, que podría conducir a más extenso (o incluso sistémicos) efectos sobre el comportamiento de células inflamatorias en otros lugares en la pupa. Debido al continuo desarrollo de las pupas en estos experimentos (que están experimentando los cambios de tejido importante para preparar los tejidos para la edad adulta), ocasionalmente pupas se moverán durante el transcurso de la proyección de imagen. Pupa del balanceo es, sin embargo, es más probable que ocurra si las pupas no se han montado correctamente con la superficie más plana del reborde de la mariposa (u otro tejido para ser reflejada) en el contacto directo con el cubreobjetos; uso de pegamento de heptano para estabilizar las pupas en el vidrio de cubierta debe minimizar este movimiento indeseable. Por esta razón, gran debe también tener cuidado para evitar desalojar las pupas de sus posiciones cuidadosamente alineados al mover las muestras entre microscopios; Idealmente, el láser herido se adjuntará el mismo microscopio para posterior proyección de imagen de Time-lapse y foto-conversión.
Además de la competencia de la disección pupal y pasos para el montaje, el genotipo exacto de las pupas de Drosophila utilizado tendrá un efecto significativo sobre la calidad de las proyección de imagen los datos generados. Por ejemplo, el número de copias del conductor Gal4 y construcciones UAS (e.g. UAS-GFP o UAS-Kaede) dentro de un genotipo de pupa individual determinarán la relación señal a ruido durante proyección de imagen posterior. Como regla general, cuantas más copias de un Gal4 o UAS construyen presente, mayor será el nivel total de proteína fluorescente (e.g. GFP o Kaede) dentro del tejido. El nivel óptimo de proteína fluorescente será, sin embargo, un cuidadoso equilibrio entre la fluorescencia de tejidos elevando suficientemente para permitir que la alta calidad de imagen (que permite el uso de potencias de láser baja, reducción de fotoblanqueo y proyección de imagen en el tiempo extendido periodos) pero sin causar toxicidad celular inducida por el fluoróforo; el número óptimo de construcciones Gal4 y UAS en cada experimento variarán según los conductores particulares y fluoróforos se utiliza. Debe tener cuidado de levantar las pupas a 25 ° C (o por encima, hasta los 29 ° C) porque el sistema Gal4-UAS es sensibles a la temperatura y será ineficaz para baja temperaturas31. Para alcanzar niveles adicionales de control sobre el tejido o tiempo-especificidad de Gal4-impulsado por la expresión, el represor sistema de Gal4-UAS Gal80 también se puede incluir dentro de la pupa genotipo39. Gal80 puede ser utilizado para reprimir la actividad de Gal4 dentro de un tejido particular (utilizando un Gal80 de tejidos específicos) o en un momento determinado (utilizando una temperatura Gal80 sensible). El sistema Gal4-UAS puede combinarse además con otros sistemas binarios independientes (como los sistemas de QF –QUAS y LexA –lexAop ) para generar Drosophila que tiene varias construcciones (por ejemplo, fluoróforos, líneas RNAi u otras construcciones genéticas) expresada simultáneamente en una variedad de diferentes tejidos39.
Uso de este nuevo modelo pupal de Drosophila ofrece una serie de ventajas sobre el enfoque más tradicional del embrión. En comparación con la proyección de imagen a corto plazo (hasta 3 h) disponible en embriones en fase 15 (la fase más embrionaria hiriendo a estudios que se realizan), pupas pueden ser reflejadas sobre períodos mucho más largos de tiempo (en principio hasta la edad adulta después de 96 h de desarrollo pupal ). Además, un número mucho mayor de hemocitos (células inmunes innatas deDrosophila ) está presentes dentro de los tejidos pupas (y disponible para la proyección de imagen) en comparación con el número más limitado en el embrión y esto nos ha permitido reunir mucho más datos de imágenes en el comportamiento de hemocyte utilizando el mismo número total de ejemplares. Fundamentalmente, esto, a su vez, nos ha permitido aplicar modelos matemáticos más sofisticados para analizar comportamiento de hemocitos y extraer características novedosas de la herida atrayentes y la respuesta inflamatoria que de lo contrario hubiera seguido siendo experimental inaccesible23. Otra ventaja del modelo pupa es que caída de silenciación de genes es considerablemente más eficiente que en anteriores etapas embrionarias, lo que permite mejores análisis del tejido o inactivación de genes específicos mediante sistemas binarios como el sistema de Gal4-UAS 39. la eficacia de RNAi en esta etapa se abre así la posibilidad de realizar a gran escala (o incluso imparcial en todo el genoma) pantallas de RNAi para buscar nuevos actores involucrados en la reparación de la herida o comportamiento de la célula inflamatoria.
Sin embargo, pupas de Drosophila claramente no se puede utilizar para el estudio de los fenotipos resultantes de mutaciones genéticas que son embrionarias letal; estudios funcionales y de imagen en vivo de los genes que son esenciales para el desarrollo embrionario deben realizarse en embriones, por lo tanto todavía a menos que la caída de silenciación de genes en un momento o manera de tejidos específicos permite el desarrollo que se produzca a través de etapas de pupal. El embrión sigue siendo el modelo de elección para el estudio y vivir-imagen ciertas características de comportamiento de células inmunitarias, como la dispersión del desarrollo de las células inmunes de su origen, contacto-inhibición de la locomoción y la fagocitosis de cuerpos apoptóticos generados durante el desarrollo tejido esculpir5,8 que no se han observado en modelos pupas. Aunque los estudios en adultos y en larvas de Drosophila han proporcionado una penetración importante en los mecanismos subyacentes herida inflamación y reparación40,41,42,43, 44 estudios de imágenes en vivo en estas etapas han probado difíciles debido a la naturaleza inherentemente móvil de las muestras. Mientras que las larvas pueden anestesiar para permitir breves períodos de proyección de imagen en vivo, debido a la naturaleza temporal de la anestesia, solo corta las instantáneas de la herida en reparacion o respuesta inflamatoria puede ser visualizado45. Un reciente estudio ha desarrollado un protocolo mejorado que permite la proyección de imagen a largo plazo de larvas de cicatrización46, aunque la preparación y proyección de imagen todavía siguen siendo considerablemente más difícil que en embriones o pupas. En el largo plazo, visualizamos mediante la utilización de la etapa de desarrollo más adecuada para cada cuestión específica, estudios en los cuatro de estas diferentes etapas de Drosophila – de embriones a través de períodos larvales y de pupas a la edad adulta (cada uno con sus únicas ventajas y limitaciones) – proporcionará conocimientos complementarios en el mecanismo molecular y celular de conducción reparación de herida y la inflamación.
En el futuro, este protocolo para herir y la proyección de imagen a largo plazo de Drosophila pupa puede ser fácilmente adaptado para el estudio de una variedad de fenómenos relacionados con la inflamación y tiene un alcance potencial para descubrir nuevas características de la respuesta inflamatoria de la herida. La combinación de la proyección de imagen a largo plazo, junto con la solicitud de fluoróforos photoconvertible (como Kaede), son de gran valor para comprender la dinámica del comportamiento de células inmunitarias innatas y en particular, lejos menos entendido la fase de resolución de la respuesta inflamatoria de la herida. Por etiquetado específicamente individual o subpoblaciones de células inmunes (como ésos contratados a una herida) será posible analizar cómo afecta la exposición a una señal ambiental (como un cadáver o lesión) respuesta subsecuente de la célula inmune para un posterior CUE. El comportamiento inflamatorio de hemocitos de Drosophila puede ser modificado por las experiencias anteriores – por ejemplo, está preparados para responder a la lesión del tejido por previa fagocitosis de cuerpos apoptóticos durante desarrollo12 pero queda por ver Si otras señales ambientales inducen eventos similares de cebado. Aunque estudios de pupas heridas hasta el momento se han centrado en la respuesta inflamatoria innata, el modelo de ala pupa también proporciona una oportunidad ideal para ambos vivir-imagen y diseccionar los mecanismos subyacentes de la reparación epitelial de la herida. Además, este método de imagen pupa también podría adaptarse para investigar el comportamiento dinámico de otros linajes celulares en respuesta a tejido daño38, en el ala pupa sí mismo o en otros tejidos pupas fácilmente accesibles (como ojos, piernas o tórax). Finalmente, combinando la maleabilidad genética del Drosophila junto con la facilidad de proyección de imagen de pupa a largo plazo, novela reparación epitelial o reguladores inflamatorios podrían ser descubiertos mediante la aplicación de imparcial genoma-ancha de la precipitación se acerca.
The authors have nothing to disclose.
Nos gustaría agradecer a miembros de la Martin, Nobes, Richardson y madera labs para el debate útil. También agradecemos a la instalación de Bioimagen Wolfson (Universidad de Bristol, Reino Unido), centro de Stock de Bloomington (Universidad de Indiana, USA) y centro de recursos de Drosophila de Viena (para las poblaciones de Drosophila ) y Flybase (para hasta la fecha Drosophila anotación de genes). Este trabajo fue financiado por una subvención de proyecto de MRC a P.M. y W.W. (Señor/J002577/1), un Wellcome Trust Senior Fellowship a W.W. y un Wellcome Trust Award de investigador a la tarde.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |