Hier presenteren we een protocol voor live-imaging wond reparatie en de geassocieerde inflammatoire respons bij hoge spatio-temporele resolutie in vivo. Deze methode maakt gebruik van de popstadium van Drosophila ontwikkeling om op lange termijn beeldvormings- en na verloop van tijd het volgen van specifieke cel populaties en is compatibel met efficiënte RNAi-gemedieerde gene inactivatie.
Tijdens de snelle inflammatoire reactie op weefselbeschadiging, worden de cellen van het aangeboren immuunsysteem snel gerekruteerd voor de site van de schade. Eenmaal op de wond, ingeboren immune cellen een aantal essentiële functies, zoals de bestrijding van infectie, necrotisch puin clearing, en het stimuleren van matrix afzetting uitvoeren. Om volledig te begrijpen de uiteenlopende signalering gebeurtenissen die deze immuunrespons regelen, is het van cruciaal belang te observeren van de complexe gedrag van (en interacties die tussen plaatsvinden) meerdere cel lineages in vivo en in real time, met de hoge Spatio-temporele resolutie. De optische doorschijnendheid en de genetische werkwillig van Drosophila embryo’s Drosophila hebben opgericht als een onschatbare waarde model aan live-image en ontleden van fundamentele aspecten van inflammatoire cel gedrag, met inbegrip van mechanismen voor Developmental verspreiding, Goedkeuringvande apoptotic lijken en/of microbiële ziekteverwekkers, en werving voor wonden. Meer recente werk heeft echter nu aangetoond dat een veel later stadium in de levenscyclus van Drosophila – de Drosophila Verpopping-dienst een aantal onmiskenbare voordelen biedt, met inbegrip van verbeterde RNAi efficiëntie, langere periodes, imaging en aanzienlijk meer immuun cel nummers. Hier beschrijven we een protocol voor imaging reparatie van de wond en de geassocieerde inflammatoire respons in de hoge spatio-temporele resolutie in levende Drosophila poppen. Om te volgen de dynamiek van zowel opnieuw epithelialization en ontsteking, gebruiken we een aantal specifieke in vivo fluorescente markeringen voor zowel het epitheel en het aangeboren immuun cellen. We tonen ook de effectiviteit van foto-cabriolet fluorophores, zoals Kaede, voor het volgen van de specifieke immuun cel subsets, om bij te houden van hun gedrag als ze naar migreren, en vastberadenheid uit, de schade-site.
Een efficiënte en effectieve inflammatoire respons is cruciaal voor elk organisme te bestrijden van infecties, duidelijk puin en orkestreren van de reparatie van gewonde weefsels1. Hoewel deze reactie een onvermijdelijk resultaat van de meeste weefselschade is, vereist ontsteking strikte regelgeving, omdat een ongepaste inflammatoire respons is gekoppeld aan een verscheidenheid van verschillende ziekten bij de mens (met inbegrip van chronische niet-genezende wonden, overdreven littekenvorming, en aanleg voor kanker)1,2,3. Gezien deze klinische relevantie, is het van cruciaal belang voor een meer gedetailleerd inzicht in de moleculaire en cellulaire mechanismen rijden de ontstekingsreactie teneinde nieuwe voorspellende indicatoren en strategieën voor de behandeling van een aantal chronische inflammatoire voorwaarden op grond waarvan reparatie weefsels tegen langdurige en onnodige ontsteking beschermen kunnen.
In de afgelopen jaren is de Drosophila uitgegroeid tot een gevestigde en waardevolle modelsysteem om te ontleden van de fundamentele kenmerken van de ontstekingsreactie bewaard van insecten tot menselijke4,5. Op dit moment Drosophila biedt veel meer genetische werkwillig dan momenteel mogelijk is in andere experimentele modellen (zoals muizen of zebrafish), toelaat nauwkeurige spatio-temporele genetische manipulatie in vivo (naar de inactivering of over express een gen van belang binnen specifieke celtypes op een gedefinieerde ontwikkelings-tijdstip) en gemak van genoom-brede schermen6,7. Traditioneel, zijn meeste live-imaging studies van wondgenezing en ontstekingen bij Drosophila uitgevoerd in embryonale stadia, zoals embryo’s stilstaan (in tegenstelling tot de Drosophila larven of volwassenen) en zijn optisch doorschijnend waardoor ongekend hoge resolutie in vivo imaging8. Dit heeft toegestaan onderzoekers te visualiseren van de snelle en robuuste werving van Drosophila ingeboren immune cellen (hemocytes) naar de site van de wond in reactie op de mechanische of laser-veroorzaakte schade aan de embryonale epitheel9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. door deze live-imaging studies te combineren met de genetische manipulatie, studies in Drosophila embryo’s vele belangrijke immuun cel eiwitten waarmee inflammatoire cel gedrag in vivohebben ontdekt. Bijvoorbeeld, de CED-1 homolog Draper (een ITAM domein-bevattende eiwit) is geïdentificeerd als een belangrijke “schade receptor” die bemiddelt de aanwerving Drosophila immune cellen in een H2O2-afhankelijke wijze naar sites van 15beschadigen. Draper niveaus binnen immuuncellen worden op zijn beurt weer gereguleerd door calcium-geïnduceerde JNK signalering en verhoogde stroomafwaarts van apoptotic lijk opname12. Hemocyte motiliteit verder vereist complexe cytoskeletal veranderingen te coördineren gestuurde migratie naar de wond en dit is afhankelijk van de activiteit van cytoskeletal regelgevende instanties zoals de actine-bundeling eiwit Fascin16 en de kleine Rho-familie GTPases-Rac en Rho9.
Drosophila is een holometabolous insect dat door de extra larvale en pop stadia na embryogenese gaat, vóór het bereiken van volwassenheid17. De verpopping Drosophila is ontwikkeld als een extra model voor niet-invasieve live-imaging van een verscheidenheid van dynamische cellulaire gebeurtenissen, met inbegrip van ontwikkelingsstoornissen cel migratie18, celdeling19, cel groei20en spier Contractie21. Meer recentelijk is vastgesteld als een nieuwe model voor het bestuderen van de dynamiek van de wond reparatie en ontsteking in vivo22,23.
Net als in de embryonale stadia, Drosophila poppen stilstaan en zijn optisch doorschijnend, na zorgvuldige dissectie van hun ondoorzichtige pop gevallen18. Door te profiteren van deze optische transparantie, kan men de werking in vivo van aangeboren immuuncellen (hemocytes) volgen in reactie op de weefselschade in Drosophila pop weefsels, zoals de pop vleugel22. De pop vleugel bestaat als een eenvoudige bilayered structuur, bestaande uit twee grote platte epitheliale vellen die zijn aangesloten langs de rand van de vleugel; de extracellulaire ruimte tussen deze twee epitheliale lagen is gevuld met Hemolymfe (insect bloed) en grote aantallen motile hemocytes24. Net als in de embryo’s triggert mechanische of laser-veroorzaakte schade aan het epitheel van de vleugel een snelle aanwerving van hemocytes tot en met de schade site23. Deze popstadium biedt echter enkele duidelijke voordelen voor de beeldvorming over eerder embryonale stadia. Gewonde poppen kunnen worden beeld over veel langere perioden (voor ten minste 5 h), meer weefsel gebied is beschikbaar voor de experimentele perturbation (zoals generatie van meerdere wonden) en er zijn aanzienlijk grotere aantallen aanwezig zijn op deze fase (hemocytes voorziet meer cel trajecten van verdere afstanden verbeterde statistische macht tijdens de wiskundige analyse). Bovendien, de doeltreffendheid van de inactivatie van RNAi-gemedieerde gen is aanzienlijk verbeterd in pop fasen, waardoor vele genen te worden ‘geslagen-down’ in een weefsel of de tijd-specifieke wijze in vergelijking met de meer traditionele benadering van de hele mutant van embryo’s.
Om de dynamiek van de wond opnieuw epithelialization en de begeleidende inflammatoire respons binnen dit nieuwe pop model te volgen, moeten twee verschillende cel populaties worden weergegeven: de pop epitheel en het aangeboren immuun cellen (Drosophila hemocytes). Een aantal verschillende markeringen (Tabel of Materials) beschikbaar zijn voor deze twee verschillende cel populaties label – de keuze van de markeerdraad hangt af van het specifieke proces worden bestudeerd. Ter gelegenheid van de pop epitheel, Drosophila lijnen die een bevat worden een overal uitgedrukt GFP-gelabeld E-cadherine (die etiketten adherens kruispunten) routinematig gebruikt om aan te geven van de standpunten van de marges van de cellen, of u kunt ook een GFP-gelabeld Actin-bindend domein van Moesin (die etiketten het cytoskelet actine) te visualiseren van de wond-rand contractiele actine ring en leading-edge uitsteeksels. Op het etiket van de Drosophila hemocytes, een hemocyte-specifieke srp-Gal425 tot station uitdrukking van nucleaire RFP (voor nucleaire tracking), cytoplasmatische GFP of GFP-gelabeld Moesin (naar het cytoplasma of actine cytoskelet, respectievelijk label) of een photoconvertible fluorophore (zoals Kaede) worden gebruikt. In feite, is het vaak voordelig meerdere immuun cel markeringen in combinatie te gebruiken, om gelijktijdige analyse van de nucleaire beweging en de morfologie van de cel (Zie representatieve resultaten). Echter, aangezien dit protocol het gebruik van Drosophila poppen impliceert, alleen combinaties van genetische tellers die zijn levensvatbaar totdat mid-pop fasen kunnen worden gebruikt. Ook, embryonale dodelijke voorraden zullen niet geschikt. Dit is waarschijnlijk een probleem wanneer imaging controle (of wild-type) poppen maar is belangrijk om te overwegen wanneer genen moeten worden neergeslagen of overexpressie, voor de beoordeling van hun effect op de wond sluiting of ontsteking. In het geval van vroege letaliteit veroorzaakt door gen knockdown (of overexpressie), een Gal80ts construct kan worden gebruikt voor het opwekken van de Gal4-gedreven knockdown verderop in ontwikkeling (zie discussie).
In onze recente studies, verhuizen naar het popstadium heeft ons in staat om te verzamelen van voldoende immuun cel traject gegevens analyseren van inflammatoire gedrag met behulp van geavanceerde wiskundige modellering, waardoor op zijn beurt heeft ons afleiden van nieuwe details van de wond inflammatoire lokstof signalen23. Bijvoorbeeld, deze aanpak geopenbaard dat de wond chemoattractant verspreidt zich langzaam door de ontstoken weefsel op 200 μm2/min, een veel trager dan eerder voorgesteld kleine kandidaat-moleculen zoals ATP tarief of H2O2 worden gemeld diffuus26,27,28,29; deze kleine “schade” moleculen zijn in plaats daarvan kunnen fungeren als tolerante signalen. Bovendien, door na de langdurige werking van aangeboren immuuncellen ze lossen uit de buurt van een eerste wond en zijn blootgesteld aan een tweede (gemaakt op verschillende tijdstippen na de eerste), hebben we ontdekt een tijdelijke ‘desensitization’ periode tijdens welke immune cellen zijn blind voor latere verwondingen23. Door het benutten van de mogelijkheden op lange termijn beeldvorming van het pop model, samen met de Drosophila genetische werkwillig, kan men het gedrag van bepaalde immuun cel populaties (zoals alleen die immuuncellen gerekruteerd om de wond site) volgen in reactie op latere beledigingen, met behulp van de photoconvertible fluorophore30 die uitsluitend binnen de immuun cel lineage23kan worden uitgedrukt.
Hier beschrijven we een protocol om te visualiseren van de dynamiek van de reparatie van de wond en de geassocieerde inflammatoire respons op hoge spatio-temporele resolutie met behulp van levende Drosophila poppen. Wij bieden een gedetailleerde methodologie ter dekking van de stappen die nodig zijn voor de voorbereiding van de eerste poppen (dissectie en montage) en de daaropvolgende laser-gemedieerde verwonden en de time-lapse beeldvorming. Ook beschrijven we het gebruik van foto-cabriolet fluorophores toe te staan de etikettering van bepaalde immuun cel deelverzamelingen in vivo. Op de lange termijn voorzien wij dat dit nieuwe Drosophila pop model spannende mogelijkheden voor de ontrafeling van het complexe signalering dynamiek ten grondslag liggen aan de inflammatoire reactie op weefselschade zal openstellen. Door het toepassen van meer verfijnde statistische analyses kan een functies van de reactie die anders experimenteel ontoegankelijk zijn, blijven zou terwijl de verbeterde efficiëntie van RNAi kon leent voor de toepassing van genoom-brede screening binnen ontdekken immuuncellen in vivo te identificeren van nieuwe spelers immuun cel gedrag reguleren.
De acute inflammatoire reactie op weefselbeschadiging is een complex en zeer dynamisch proces, dat is essentieel om te orkestreren van de reparatie van de gewonde weefsel, met inbegrip van de goedkeuring van de necrotisch puin en de strijd tegen infecties. Om volledig te begrijpen en ontrafelen van de fundamentele aspecten van deze reactie, is het van cruciaal belang dat studies uitgevoerd in vivo op 3-dimensionale levende voorbeelden om de precieze gedrag zijn en interacties tussen de verschillende cel lineages betrokken moet worden gevolgd nauwkeurig na verloop van tijd. Real-time analyse van de dynamiek van deze cel kunt een meer gedetailleerde karakterisering van mutant fenotypen dan statische enkele tijd-punten van vaste monsters met behulp van klassieke immunohistochemistry technieken. Traditioneel, hebt meeste live-imaging studies met behulp van het genetisch hanteerbare Drosophila model de embryonale fase van fruitfly ontwikkeling vanwege de optische translucentie en immobiliteit ten opzichte van de latere ontwikkelingsstadia4 gebruikt , 5. echter meer recentelijk onze fractie en anderen hebben ontwikkeld de verpopping Drosophila als een nieuw model voor het uitvoeren van hoge resolutie en op lange termijn beeldvorming van de reparatie van de wond en ontsteking gelijktijdig in vivo8,22 ,23. Deze nieuwe benadering biedt een opwindend op lange termijn potentieel voor ontrafeling fundamentele aspecten van het gedrag van de inflammatoire cel en kan verder worden aangepast om te onderzoeken het dynamisch gedrag van andere geslachten van de cel (zoals Drosophila adipocytes 38) weefsel schade na.
Er zijn een aantal kritische factoren bij de voorbereiding en de beeldvorming van gewonde Drosophila poppen die bepalend zijn voor de kwaliteit van de beeldvorming resultaten zoals hierboven beschreven. Misschien wel is de moeilijkste stap van het beschreven protocol de zorgvuldige dissectie en nauwkeurige positionering van de poppen voorafgaand aan verwonding en beeldvorming. Poppen developmental vooralsnog zijn uiterst kwetsbaar en zelfs kleine accidentele schade aan de poppen tijdens voorbereiding stadia zal aanzienlijk afbreuk doen aan het experiment; alle poppen die onbedoelde schade kunnen hebben opgelopen moeten worden verwijderd uit het experiment, aangezien deze schade kon zijn eigen ontstekingsreactie, die kan leiden tot meer wijdverspreide (of zelfs systemische) effecten op gedrag van de inflammatoire cel elders in activeren de verpopping. Als gevolg van de verdere ontwikkeling van de poppen gebruikt in deze experimenten (die ondergaan belangrijke weefsel herschikkingen ter voorbereiding van weefsels van volwassenheid), af en toe de poppen gaan in de loop van de beeldvorming. Pop rollen is, echter, meer kans op het optreden als poppen hebben niet is correct gemonteerd met het platste oppervlak van de vleugel (of ander weefsel te worden beeld) in het directe contact met het dekglaasje; gebruik van heptaan lijm te stabiliseren van de poppen op de cover glas moet minimaliseren deze ongewenste beweging. Om deze reden, moet grote ook worden gezorgd om te voorkomen dat loskomt van de poppen uit hun zorgvuldig uitgelijnd posities bij het verplaatsen van de monsters tussen microscopen; Idealiter zal de verwonding laser worden gehecht aan de dezelfde Microscoop voor latere time-lapse beeldvorming en foto-conversie moet worden gebruikt.
Naast de vaardigheid van de pop dissectie en montage stappen, zal het exacte genotype van de poppen van de Drosophila gebruikt hebben een significant effect op de kwaliteit van de beeldvorming gegevens gegenereerd. Bijvoorbeeld, zal het aantal exemplaren van de Gal4 bestuurder en UAS constructies (bv UAS-GFP of UAS-Kaede) binnen een afzonderlijke pop genotype de signal-to-noise verhouding bepalen tijdens latere imaging. Als algemene regel, de meer exemplaren van een Gal4 of UAS construeren heden, des te groter het totale niveau van fluorescente proteïne (bijvoorbeeld GFP of Kaede) binnen het weefsel. Het optimale niveau van fluorescente proteïne zal echter een zorgvuldig evenwicht tussen verheffende weefsel fluorescentie voldoende om hoge kwaliteit imaging (waardoor het gebruik van lagere laser bevoegdheden, vermindering van photobleaching en beeldvorming over langere tijd periodes) maar zonder fluorophore-geïnduceerde cellulaire toxiciteit; het optimale aantal Gal4 en UAS constructies in elk experiment zal variëren naargelang het meer bepaald de locomotiefbemanningen en fluorophores wordt gebruikt. Zorg moet worden genomen om de poppen bij 25 ° C (of boven, tot 29 ° C) verhogen omdat het Gal4-UAS-systeem temperatuur gevoelig is en ineffectief bij lagere temperaturen31zal worden. Oog op extra niveaus van controle over het weefsel of tijd-specificiteit van Gal4 –gedreven van expressie, kan de Gal4-UAS systeem onderdrukker Gal80 ook worden opgenomen in de pop genotype39. Gal80 ofwel kan worden gebruikt om te onderdrukken Gal4 activiteit binnen een bepaald weefsel (met behulp van een weefsel-specifieke Gal80) of op een bepaald moment (met behulp van een temperatuur gevoelige Gal80). Het Gal4-UAS-systeem kan verder worden gecombineerd met andere onafhankelijke binaire systemen (zoals de LexA –lexAop en QF –QUAS systemen) voor het genereren van Drosophila heeft meerdere constructies (bv fluorophores, RNAi lijnen of andere genetische constructies) gelijktijdig uitgedrukt in een aantal verschillende weefsels en39.
Gebruik van dit nieuwe Drosophila pop model biedt een aantal voordelen ten opzichte van de meer traditionele benadering van het embryo. In vergelijking met de kortlopende beeldvorming (tot 3 h) beschikbaar in fase 15 embryo’s (het stadium waarin meest embryonale verwonden studies zijn uitgevoerd), poppen kunnen worden beeld over aanzienlijk langere periode van tijd (in principe tot volwassenheid na 96 h van pop ontwikkeling ). Bovendien, veel grotere aantallen hemocytes (Drosophila ingeboren immune cellen) zijn aanwezig in pop weefsels (en beschikbaar voor imaging) in vergelijking met de meer beperkt aantal aanwezig in het embryo en dit heeft ons toegestaan om te verzamelen aanzienlijk meer Imaging gegevens over hemocyte gedrag met behulp van de dezelfde totale aantal specimens. Cruciaal, dit, op zijn beurt, heeft ons in staat om toe te passen meer geavanceerde wiskundige modellering te analyseren hemocytes gedrag en uitpakken van de nieuwe functies van de wond lokstoffen en inflammatoire respons die experimenteel anders zou gebleven ontoegankelijke23. Een ander voordeel van de pop model is dat gene RNAi-gemedieerde knockdown is aanzienlijk efficiënter dan in eerder embryonale stadia, waardoor verbeterde analyse van weefsel of inactivering van de tijd-specifieke gen met behulp van binaire systemen zoals het Gal4-UAS-systeem 39. de efficiëntie van RNAi in dit stadium dus ontsluit het potentieel voor het uitvoeren van grootschalige (of zelfs onbevooroordeelde genoom-brede) RNAi schermen om te zoeken naar nieuwe spelers die betrokken zijn bij de reparatie van de wond of inflammatoire cel gedrag.
Nochtans, Drosophila poppen duidelijk niet worden gebruikt om te studeren de fenotypen als gevolg van genetische mutaties die embryonale dodelijke; functionele en live-imaging studies van genen die essentieel voor de ontwikkeling van het embryo zijn moeten dus nog in embryo’s worden uitgevoerd, tenzij RNAi-gemedieerde gene knockdown in een tijd of weefsel-specifieke wijze ontwikkeling toelaat plaatsvinden via pop stadia. Het embryo blijft ook het model van de keuze om te studeren en wonen-image bepaalde functies van immuun cel gedrag, met inbegrip van de ontwikkelingstoxiciteit versnippering van immuuncellen van hun oorsprong, contact-inhibitie van voortbewegen en fagocytose van apoptotic lijken gegenereerd tijdens developmental weefsel beeldhouwen5,8 , die nog niet zijn nagekomen in pop modellen. Hoewel studies in Drosophila larven en volwassenen hebben verstrekt een belangrijk inzicht verschaffen in de mechanismen die ten grondslag liggen aan de wond reparatie en ontsteking40,41,42,43, 44 live-imaging studies in deze stadia hebben bewezen moeilijk vanwege de inherent mobiele aard van de monsters. Terwijl larven kunnen worden verdoofd dat korte perioden voor live-imaging, wegens het tijdelijke karakter van de narcose, alleen korte momentopnamen van de levende wond herstellen of inflammatoire respons kunnen gevisualiseerde45. Een recente studie heeft nu een verbeterde protocol waarmee langerlopende beeldvorming van larvale wond genezing46, hoewel voorbereiding en imaging nog aanzienlijk meer uitdagend blijven dan in embryo’s of poppen ontwikkeld. Op de lange termijn voorzien wij dat door gebruik te maken van de meest geschikte ontwikkelingsstadium aan elke specifieke vraag, studies in alle vier van deze verschillende fasen van de Drosophila – van embryo’s door larven en pop perioden naar volwassenheid (elk met hun eigen unieke voordelen en beperkingen) – krijgt aanvullende inzichten in het mechanisme van het moleculaire en cellulaire reparatie van de wond en ontsteking te rijden.
In de toekomst dit protocol voor verwonden en op lange termijn beeldvorming van Drosophila poppen kan gemakkelijk aangepast worden aan een waaier van ontsteking-gerelateerde fenomenen te bestuderen en heeft verstrekkende potentieel blootleggen roman kenmerken van de wond van de inflammatoire reactie. De combinatie van langdurige imaging, samen met de toepassing van photoconvertible fluorophores (zoals Kaede), zijn van grote waarde voor het inzicht in de dynamiek van het aangeboren immuun cel gedrag en in het bijzonder de verre minder begrepen resolutie fase van de wond inflammatoire respons. Door labeling specifiek individu of subpopulaties van immune cellen (zoals die aangeworven op een wond) het mogelijk is om te analyseren hoe de blootstelling aan een milieu cue (zoals een lijk of letsel) beïnvloedt de immuun cel latere reactie op een later Cue. De inflammatoire werking van Drosophila hemocytes kan worden gewijzigd door eerdere ervaringen – bijvoorbeeld, zij zijn gereed gemaakt om te reageren op weefsel schade door voorafgaande fagocytose van apoptotic lijken tijdens ontwikkeling12 maar het valt nog te bezien andere milieu signalen veroorzaken of soortgelijke priming evenementen. Hoewel studies van pop wonden tot nu toe hebben gericht op de aangeboren ontstekingsreactie, de pop vleugel model ook biedt een ideale gelegenheid om zowel live-image en ontleden de mechanismen die ten grondslag liggen aan de epitheliale wond reparatie. Bovendien, deze pop beeldvorming methode kan ook worden aangepast om te onderzoeken het dynamisch gedrag van andere geslachten van de cel in reactie op weefsel schade38, hetzij in de pop vleugel zelf of andere gemakkelijk toegankelijke pop weefsels (zoals de ogen, benen of borstkas). Tot slot, door het combineren van de genetische werkwillig van Drosophila samen met het gemak van langdurige pop beeldvorming, nieuwe epitheliale reparatie of inflammatoire regelgevers zou ontdekt door de toepassing van onbevooroordeelde genoom-brede knock-down benaderingen.
The authors have nothing to disclose.
We zouden graag bedanken leden van Martin, Nobes, Richardson en hout labs voor nuttige discussie. Wij danken ook de Wolfson Bioimaging faciliteit (Universiteit van Bristol, UK), Bloomington voorraad centrum (Universiteit van Indiana, USA) en Vienna Drosophila Resource Centre (voor Drosophila voorraden) en Flybase (voor up-to-date Drosophila gen aantekening). Dit werk werd ondersteund door een projectsubsidie MRC tot uur en W.W. (heer/J002577/1), een Wellcome Trust Senior Fellowship aan W.W. en een Wellcome Trust Investigator Award tot uur.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |