Informatic analyse van sequencedata van Batch gist 2-Hybrid schermen

Een benadering te ontdekken eiwitinteractie is de gist 2-hybrid (Y2H) test, welke exploits ontworpen gistcellen die groeien alleen wanneer een proteïne van belang aan een fragment van een interactie partner^{1 bindt}. Detectie van meerdere Y2H interacties kan nu worden gedaan met de hulp van massale parallelle high-throughput sequencing. Verschillende formaten zijn beschreven van^2,3,4,5 waaronder een die we ontwikkeld waar populaties worden geteeld in batch onder voorwaarden die selecteert voor gist plasmiden die produceren met een positieve Y2H interactie⁶. De werkstroom we ontwikkeld, genoemd DEEPN (dynamische verrijking voor evaluatie van de netwerken van de proteïne), differentiële interactomes uit de dezelfde prooi bibliotheken te identificeren van de eiwitten die in combinatie met een eiwit (of domein) vsidentificeert. een ander eiwit of een conformationally onderscheiden mutant domein. Een van de belangrijke stappen in deze werkstroom is goede verwerking en analyse van de gegevens van DNA sequencing. Sommige informatie kan worden opgedaan door te gewoon tellen het aantal leest voor elk gen zowel vóór als na de selectie van Y2H interacties op een wijze analoog aan een RNA-seq-experiment. Echter kan veel meer gedetailleerde informatie worden geëxtraheerd uit deze datasets met inbegrip van informatie over het subdomein van een bepaald eiwit dat is geschikt voor het produceren van een Y2H-interactie. Voorts overwegende dat de aanpak van de DEEPN waardevol is, kunnen analyseren van vele monster wordt gerepliceerd omslachtige en dure. Dit probleem is verlicht met behulp van een statistisch model dat werd ontwikkeld speciaal voor DEEPN datasets waar het aantal replicatieonderzoeken is beperkt⁶. Om verwerking en analyse van DNA sequencing datasets betrouwbare, volledige, robuuste en toegankelijk voor onderzoekers zonder bioinformatics deskundigheid, ontwikkelden we een suite van software programma’s die betrekking hebben op alle stappen van analyse.

Deze suite van stand-alone software programma’s die worden uitgevoerd op desktop computers omvat MAPster, DEEPN en Stat_Maker. MAPster is een grafische gebruikersinterface waarmee dat elk fastq-bestand in de wachtrij voor toewijzing aan het genoom met behulp van de HISAT2 programma⁷, produceren een standaard .sam bestand voor gebruik in downstream toepassingen. DEEPN heeft verschillende modules. Het wordt toegewezen en telt leest overeenkomt met een bepaald gen vergelijkbaar met een RNA-seq type kwantificering met behulp van de module ‘Gene Count’. Ook extracten van de reeksen overeenkomt met de kruising tussen de Gal4 transcriptionele domein en de volgorde van de prooi en gesorteerd van de positie van deze kruispunten toe hun inspectie door vergelijkende tabellen en grafieken (met behulp van de module ‘Junction_Make’) De module ‘Blast_Query’ laat gemakkelijk inspectie, kwantificatie en vergelijking van de kruising Gal4 junction sequenties. Stat_Maker evalueert de leest per gene verrijking gegevens statistisch gezien als een manier van het prioriteren van waarschijnlijk Y2H hits. Hier beschrijven we hoe deze software programma’s te gebruiken en volledig analyseren de gegevens uit een DEEPN Y2H experimenteren opeenvolging van DNA. Versies van DEEPN worden uitgevoerd op PC, Mac en Linux systemen. Andere programma’s, zoals het programma voor toewijzing MAPster en de DEEPN statistieken module Stat_Maker afhankelijk van subroutines die worden uitgevoerd onder Unix en zijn alleen beschikbaar op Mac en linux systemen.