For at studere cellulær sammensætning og morfologiske funktioner af pattedyr æggestokke, afhængige forskere ofte i vivo eksperimenter efterfulgt af immunohistological farvning af paraffin indlejret æggestokke. Mere for nylig om hele æggestokken orgel kultur har vist sig for at være et effektivt alternativ til at studere ovarie funktion^1,2,3,4 , fordi teknikken kan være kombineret med bedre visualisering og kvantificering værktøjer. Traditionelt, afhænger analyse af æggestokkene morfologi voldsomme tredimensionale æggestokkene arkitektur fra indlejret serie paraffinsnit, men ud over at være besværlige og tidskrævende, seriefremstillede skæring paraffin indlejret væv ikke garanti for korrekt rekonstruktion af orglet, og sektionerne er ofte tabt eller mis bestilt i processen.

Ud over de tekniske udfordringer forbundet med seriel skæring, er der også forskelle i de metoder, der rutinemæssigt anvendes til at kvantificere follikel numre pr. æggestokken^5,6. Den metodologiske variabilitet i øjeblikket anvendes forringer meta-analyse af ovariereserven på tværs af undersøgelser^5,7. For eksempel, kan follikel tal fra forskellige forskningsartikler variere ved 10-fold eller mere mellem lignende udviklingsmæssige aldre inden for en bestemt stamme⁶. Disse store forskelle i rapporterede follikel kvantificering kan føre til forvirring og har hindret cross-undersøgelse sammenligninger. Eksperimentelt, traditionelle tilgange til hårsækken kvantificering fra seriel sektioner er udført ved at tælle follikler af et foruddefineret antal sektioner (fx hver femte, tiende, eller andre afsnit). Variation i hårsækken tæller ved hjælp af denne fremgangsmåde opstår ikke kun fra hyppighed i hvilke afsnit tælles, men også fra variationer i snittykkelse og teknisk erfaring til at generere serielle afsnit^5,6. Ud over sin variation er en anden ulempe ved traditionelt væv skæring, skæring af små æggestokke fra unge dyr er især udfordrende og meget afhængige af væv orientering⁸.

Protokollen nedenfor beskriver et rutinemæssigt anvendes æggestokken kultur teknik¹ men i høj grad forbedrer efter traditionelle follikel kvantificering ved at erstatte fysisk skæring med væv clearing og optisk kontinuerlig skæring ved hjælp af Konfokal mikroskopi^{8 ,9}. Clearing ved hjælp af væv nedsænkning (uden brug af transkranial perfusion eller elektroforese) i en urea – og sorbitol-baseret løsning (f.eks. ScaleS(0)¹⁰) viste sig at være forenelig med immunfarvning og tilladt til reduktion af clearing tid uden at kompromittere dybde af billedbehandling. Andre rapporterede metoder (fx, ScaleA2^8,10, SeeDB¹¹, ClearT¹², og ClearT2¹²) er enten mere tid forbruge eller Tillad ikke dybdegående optisk opløsning af prøven. Optisk skæring er fordelagtig, fordi det er mindre arbejdsintensive og vedligeholder orglet tredimensionale arkitektur^7,8. En anden fordel ved denne tilgang er, at forberedelsen af prøverne ikke kræver dyre reagenser til at klare væv og kan udføres med relativ lethed.

Specifikt, protokollen beskrevet er blevet optimeret til kulturperler mus æggestokkene på postnatal dag fem men er blevet gennemført på æggestokkene spænder fra postnatal dag 0 – 10. Metoden gør brug af en æggestok kultur system som vævet naturligvis tillægger membranen som, det er kulturperler, lette orgel håndtering og manipulation. Kultur-systemet beskrevet kan bruges til at opretholde eksplanterede æggestokkene i op til 10 dage og at vurdere, hvordan forskellige eksperimentelle betingelser kan forstyrre oocyt overlevelse¹³. Kvantificering proceduren udføres ved hjælp af den ikke-kommercielle billedbehandling pakke FIJI-ImageJ¹⁴ og kan udføres på de fleste pc’er. Desuden kan billeder, der bruges til kvantificering gøres alment tilgængelig for det videnskabelige samfund, således at fremtidige meta-analyse.