Mesure automatique de Capsule de Polysaccharide cryptococcique espèces et corps cellulaire

Cryptococcus neoformans est une levure pathogène trouvée partout dans le monde entier qui est associé à des maladies humaines, principalement dans les populations immunodéprimées. C. neoformans représente surtout une cause importante de décès annuels totales en Afrique subsaharienne à cause de maladies infectieuses¹. La principale manifestation clinique infection cryptococcique est une méningo-encéphalite, qui suit l’invasion du système nerveux central par les transports dans les macrophages infectés (manière de cheval de Troie) ou traversée directe de la barrière hémato – encéphalique. C. neoformans exprime plusieurs facteurs de virulence, y compris la possibilité de répliquer à la température du corps humain, l’activité uréasique, mélanisation et formation d’une capsule polysaccharidique². La capsule de polysaccharide est composée de répéter des glucuronoxylomannan et des polymères glucoronoxylomannangalactan et des fonctions comme une barrière protectrice contre les facteurs tels que le stress environnemental et hôte des réponses immunitaires².

Bien que la taille de la taille de capsule polysaccharidique cryptococcique n’a pas toujours été associée avec virulence, il y a des preuves que c’est un facteur dans la pathogenèse^{2,3,4,5, 6,7}. Taille de la capsule est associé à la méningite pathologie⁶, peut affecter la capacité des macrophages pour contrôler l’ infection de Cryptococcus ⁵et peut causer une perte de virulence si absent⁸. Donc, Mensurations taille capsule sont communes dans la recherche de cryptocoque, mais il n’y a aucun fieldwide standard pour une méthode de mesure de la capsule.

Actuellement, c. neoformans polysaccharide capsule mesure repose sur des mesures manuelles d’images de microscopie, et les méthodes exactes des acquisitions d’image et de mesure varient selon les laboratoires^{9,10, 11}. Une préoccupation immédiate à cette méthode, c’est que certaines études nécessitent l’acquisition de milliers de mesures individuelles, ce qui rend difficile la maintien de précision et de fiabilité. En outre, même lorsque les résultats sont publiés, il y a souvent une description insuffisante de la méthode de mesure. Nombreuses publications n’expliquent pas comment leurs mesures ont été obtenues, quel plan focal a été utilisé, comment ils ont déterminé le seuil pour l’identification des capsule, si ils utilisaient rayon ou le diamètre, ils ont utilisé une mesure ou était en moyenne de plusieurs, ou d’autres Détails. Certaines publications seul État leur méthode dans le programme qui a été utilisée, par exemple, « Adobe Photoshop CS3 a été utilisé pour mesurer les cellules »¹¹. Ce manque de normalisation et des rapports de détail peut rendre reproductibilité difficile voire impossible. Différences de vue humaine, la luminosité de l’ordinateur, paramètres de microscope, faire glisser l’éclairage et autres facteurs peuvent varier non seulement entre les individus, mais entre les échantillons, alors que les calculs basés sur les rapports des valeurs d’intensité pixel reste constantes et Il y a lieu entre les échantillons. Cette technique a été générée dans le contexte de la fourniture d’une technique normalisée, précise, rapide et simple pour mesurer des tailles de capsules pour un champ dans lequel il n’y avait aucun avant.

Tel que mentionné précédemment, l’algorithme CHT est établie de longue date, et scripts pour détecter automatiquement les cercles ont été écrit avant. Cette méthode améliore dans deux domaines où les autres scripts tomberait courts. Tout d’abord, simplement détecter les cercles ne suffit pas, car avec les cellules cryptococciques deux cercles distincts doivent être constatées par rapport à l’autre. Cette méthode détecte spécifiquement corps cellulaires dans les capsules, établit une distinction entre les deux et effectue des calculs que sur les paires de corps-capsule pertinentes. En second lieu, même lorsque suivant le même protocole, les différents chercheurs finiront avec différents acquis des images. En permettant le contrôle de l’enquêteur sur chaque paramètre d’algorithme, cet outil peut être réglé pour correspondre à un large éventail de méthodes d’acquisition. Il n’y a pas besoin d’un cadre normalisé, objectif, filtre et ainsi de suite.

Cette technique peut être appliquée facilement à toute situation dans laquelle l’enquêteur doit détecter les cercles dans une image qui contraste avec leur fond. Les deux cercles plus légers et plus sombres que leur origine puisse être détectée, compté, mesuré à l’aide de cette technique.