Summary

El Canal de Excretory C. elegans como modelo de morfogénesis Lumen intracelular y En Vivo biogénesis de la membrana polarizada en una sola celda: etiquetado por fusiones de GFP, ARNi interacción pantalla e imagen

Published: October 03, 2017
doi:

Summary

El canal excretor de C. elegans es un modelo único de celular solo para el análisis visual en vivo de la biogénesis de la membrana de nuevo polarizado. Este protocolo describe una combinación de genético estándar/ARNi y enfoques, adaptables para la identificación y caracterización de moléculas dirección tubulogenesis unicelulares y biogénesis de la membrana y lumen apical la proyección de imagen.

Abstract

Los cuatro canales excretores de C. elegans son tubos estrechos que se extendió por la longitud del animal de una sola célula, con casi igual ahora extendido endotubes intracelular que construir y estabilizar la luz con una membrana y submembraneous citoesqueleto de carácter apical. La célula excretora amplía su longitud aproximadamente 2.000 veces para generar estos canales, haciendo este modelo único para la evaluación en vivo de de novo polarizado biogénesis de la membrana, morfogénesis lumen intracelular y unicelulares tubulogenesis. El protocolo que presentamos muestra cómo combinar la norma de etiquetado, ganancia y pérdida-de-función genética o ARN de interferencia (ARNi)-y métodos microscópicos para utilizar este modelo para diseccionar visualmente y funcionalmente analizar estos procesos a nivel molecular. Como un ejemplo de un enfoque de etiquetado, el protocolo describe la generación de animales transgénicos con proteínas fluorescentes de fusión para el análisis directo de tubulogenesis. Como un ejemplo de un enfoque genético, destaca puntos clave de una visual basada en RNAi interacción pantalla diseñada para modificar un fenotipo canal enquistada de ganancia de función. Los métodos específicos descritos son cómo: etiquetar y visualizar los canales de expresión de proteínas fluorescentes; construcción de una biblioteca específica de RNAi y estrategias ARNi de detección para el análisis molecular de la morfogénesis del canal; evaluar visualmente modificaciones de fenotipos de canal; puntuación por disección microscopía de fluorescencia; componentes subcelulares canal a resolución mayor se caracterizan por microscopía confocal; y cuantificar parámetros visuales. El enfoque es útil para el investigador que está interesado en aprovechar el canal excretor de C. elegans para la identificación y caracterización de genes implicados en los procesos filogenéticamente conservados del lumen intracelular y unicelulares morfogénesis del tubo.

Introduction

Todos los órganos internos están compuestos por tubos, cruciales para sus muchas funciones diferentes, tales como el transporte y el intercambio de gases, líquidos y nutrientes y la excreción de desechos metabólicos. Su carácter polarizado, con distintas membranas apicales lumenal, está adaptada a estas funciones específicas, y los defectos en la biogénesis de sus sistemas de endo – y de la membrana plasmática son una causa frecuente de enfermedad humana1,2. La mayoría de los tubos de la vasculatura y de órganos internos es multicelular y forma un lumen intracelular; sin embargo, tubos unicelulares, que forman el lumen intracelular, por ejemplo, pueden representar tanto como 30-50% de camas de tubo capilar humana2. Las membranas polarizadas de multi – y tubos unicelulares son similares en composición, aunque su microdominios pueden variar en base a la función específica del tubo (por ejemplo, canalículos excretores canal versus las microvellosidades intestinales en Caenorhabditis elegans de; Ver acompañando a papel en tubulogenesis intestinal C. elegans )3. Los principios de la biogénesis de la membrana polarizada y tubulogenesis se conservan entre los metazoos, y una maquinaria molecular similar dirige1,2,4.

El sistema excretor de C. elegans consiste en cinco células: la célula excretora (EC), célula del conducto (DC), poro (PC) de la célula y dos células de la glándula. Ablación de la CE, la DC o la PC causa acumulación de líquido en la cavidad del cuerpo y lo animales mueren a una temprana etapa larvaria5. Curiosamente, estos tres tubos unicelulares crean sus lúmenes de tres maneras diferentes: por célula de vaciamiento (CE); envoltura celular junto con la formación de la ensambladura de autocellular (PC); y por la envoltura de la célula junto con autofusion (DC); diferentes mecanismos de la morfogénesis de la luz que los filogenéticamente conservados6,7. La CE, situada en el lado lateral izquierdo del bulbo faríngeo posterior, envía dos extensiones laterales de que los cuatro canales se ramifican para ampliar anterior y posteriormente (en el lado derecho e izquierdo) a la punta de la nariz del gusano y cola , respectivamente (figura 1)5,6,8. La CE se extiende de aproximadamente 1 μm a 2 x 1.000 μm, lo que es la célula más grande en el animal. A nivel subcelular, el conducto excretor es un tubo simple, generado a partir de una membrana basal hacia el pseudocoelom y canalizado por una membrana lumenal (endotube). La membrana lumenal de canal se conecta a la membrana lumenal de conductos en su unión sólo intercelular; los canales son de otra manera junctionless a lo largo de su longitud (figura 1). La membrana lumenal de conducto excretor y su citoesqueleto de submembraneous son apicales, definidos por su composición molecular que se asemeja a la composición de la membrana apical y citoesqueleto de submembraneous de tubos pluricelulares, como el intestino, y de otros epitelios (por ejemplo, planos). Orgánulos citoplásmicos, incluyendo endosomal vesicular y otros (p. ej., Golgi) endomembranas se distribuyen a lo largo de la longitud del canal. Además, múltiples vesículas con canalículos – conectado a la membrana del lumenal, o interconectados o aislados – se roscan a través del canal citoplasma7,8,9,10 . Esta conexión con plasma-membrana/canalículos dinámica más amplía sistema de membrana del canal y contribuye a ambos lumen morfogénesis y osmoregulación10. El canal excretor así consiste casi enteramente de endo – y las membranas de plasma, proporcionando un excelente modelo para el análisis de la biogénesis de la membrana polarizada y la regulación de la endo-interfaz de la membrana plasmática. La dramática expansión de la membrana apical durante la morfogénesis de la canal – en este sistema unicelular coincidente con la extensión de la luz – también permite para analizar los problemas arquitectónicos que se presenta por la necesidad de estabilizar y una membrana intracelular del lumenal del centro . Este protocolo se centra en el análisis de la morfogénesis estructural canal tubo y del lumen y la dinámica de la membrana intracelular necesaria para este proceso en lugar de las señales que dirigen los movimientos celulares que generan posición de la CE en el sistema excretor y sus intrincadas conexiones con otros elementos celulares (revisados en6).

Otra ventaja del sistema de canal sola célula C. elegans para el análisis de membrana polarizada y biogénesis de lumen intracelular es su capacidad para separar, a través del tiempo del desarrollo, la generación de los diferentes componentes de sus membranas y uniones. La CE nace en el momento de cierre ventral y se instala ventro-lateral de la faringe durante mediados embriogénesis5,6,8, durante el cual tiempo canal lateral extensión y ramificación se producen. Esto es seguido por la extensión del canal antero-posterior durante la embriogénesis tardía, un proceso que continúa en la etapa larval L1 (figura 1). En una larva recién eclosionada, la punta posterior alcanza aproximadamente la mitad de la lombriz, completamente que se extiende hasta la cola al final de la fase L1, después el canal se alarga junto con el gusano8. Crecimiento activo de la canal a una velocidad superior a la del crecimiento del animal así termina en la primera etapa larval, sin embargo, más crecimiento se produce en paralelo con el crecimiento del animal entero durante las etapas larvales adicionales (L2-4). Esta configuración proporciona la oportunidad de analizar los diferentes pasos de biogénesis de membrana de novo polarizados independientes de la división de célula polarizada o migración. Además, permite la separación de este proceso desde el montaje de uniones (que ocurren en el embrión antes de la iniciación de lumen); su requisito exacto en la polarización de la membrana es todavía una cuestión abierta en el campo de la polaridad. Por último, únicamente separa apical de expansión de la membrana basal, este último proceso anterior a la anterior en los canales excretores10. El modelo del canal excretor de C. elegans , resulta un complemento especialmente informativo para el modelo intestinal que comparte un número de estas ventajas para el análisis de la biogénesis de la membrana polarizada pero se ejecuta en un entorno multicelular (véase el documento acompañante sobre intestinal tubulogenesis3).

Aunque canales de tipo salvaje son túbulos ultrafinos en este pequeño gusano, sus lúmenes pueden ser visualized directamente por la óptica Nomarski en este animal transparente. De hecho, morfologías del conducto enquistado mutante pueden ser caracterizados en animales sin etiqueta con ampliación baja disección microscopía, que se ha utilizado con gran efecto en adelantados pantallas genéticas para identificar genes implicados en la tubulogenesis11. Mejor visualización de la morfología de canales y distinción de sus membranas polarizados, componentes del citoesqueleto, organelos intracelulares diferentes y otras estructuras subcelulares, sin embargo, requiere de etiquetado y más alto de energía fluorescente microscopía confocal y disección. Aunque estructura fina de los canales plantea una serie de dificultades para el etiquetado y microscopía, membranas y componentes subcelulares pueden distinguirse a través de las moléculas específicas únicas para cada compartimiento, y animales se pueden montar con seguridad para microscopía si ciertas precauciones se toman para evitar la introducción de artefactos (ver Protocolo y discusión). Etiquetado puede hacerse mediante inmunohistoquímica en muestras fijas, o mediante la generación de gusanos transgénicos expresando proteínas fluorescentes de fusión bajo el control de su propia o excretores promotores de canal específicos para proyección de imagen en vivo . Este protocolo describe el etiquetado última técnica (consulte el documento adjunto en tubulogenesis intestinal para el anticuerpo de tinción3).

La capacidad de combinar estudios de pérdida o ganancia de función en vivo en vivo imágenes de análisis en la célula de nivel a lo largo del desarrollo hace el canal excretor de C. elegans un modelo particularmente fuerte para el molecular y Análisis celular de tubulogenesis unicelulares. Avanzar o retroceder pantallas genéticas pueden realizarse a partir de un animal transgénico tipo salvaje o con etiquetado para identificar fenotipos de morfogénesis de canal (por ejemplo, quistes) y sus defectos genéticos subyacentes. Alternativamente, estas pantallas pueden iniciar con un fenotipo mutante (por ejemplo, un conducto enquistado) e identificar supresores o potenciadores de este fenotipo para identificar genes que interactúan funcionalmente con el gene que causa el fenotipo mutante. El defecto genético que causa el fenotipo mutante puede inducir una pérdida (por ejemplo, a través de canceladura del gene) o un aumento (por ejemplo, a través de una mutación activante o a través de la introducción de copias del gen exceso) de la función investigada. Adelante mutagénesis o ARNi sistemática pantallas sin ideas preconcebidas sobre la función del gen y permitan la identificación objetiva de los genes implicados en la función de interés. Teniendo en cuenta la disponibilidad de genoma-ancha de RNAi alimentación bibliotecas, casi cada gen puede ser fácilmente derribado por RNAi en la C. elegans, tal que cualquier solo gen de interés o de cualquier grupo de genes (por ejemplo, en pantallas específicas) puede también ser rápidamente sondeado por su efecto en un enfoque de genética reversa. Para demostrar una posible combinación de enfoques, aquí describimos una pantalla específica de interacción ARNi, a partir de un mutante del canal excretor enquistada de ganancia de función, con proteína fluorescente citoplásmico canal verde (GFP). El fenotipo mutante se generó por la sobreexpresión de erm-1, un altamente conservados C. elegans ortholog de la familia de vinculador de membrana-actina Ezrin-Radixin-moesina (ERM), que ha sido implicada en la morfogénesis de la luz y la membrana organización en muchas especies12. C. elegans ERM-1 se localiza en membranas lumenal de órganos internos, como el canal excretor y el intestino y es necesario para la formación del lumen en ambos13. Sobreexpresión de ERM-1 recluta a actina exceso y vesículas a la membrana lumenal de canal, aumentar el flujo en el lumen y la generación de un corto canal enquistado y una membrana lumenal prensada con actina engrosada capa9. El protocolo describe cómo generar cepas transgénicas con expresa de canal excretor etiquetado como proteínas de fusión (u otras proteínas); Cómo hacer pantallas de ARNi dirigidas a partir de dichas cepas, para identificar los modificadores del fenotipo de un canal; y cómo analizar visualmente los resultados de tales pantallas por microscopía confocal y disección de fluorescencia, incluyendo formas sencillas de cuantificar los fenotipos tubulogenesis informativo. Alternativa etiquetado técnicas y los detalles de RNAi, ajustado a los genes tubulogenesis a menudo letal, puede encontrarse en el documento de acompañamiento en la tubulogenesis intestinal3. Todos los métodos se pueden utilizar en varias combinaciones para la investigación de otras preguntas en el canal tubulogenesis.

Protocol

1. etiquetado del C. elegans Excretory Canal por proteínas fluorescentes de fusión 14 Nota: Consulte el documento adjunto en tubulogenesis intestinal 3 para el etiquetado en situ anticuerpo procedimientos de tinción adaptable al canal excretor. Ver cuadro 1 para ejemplos de moléculas demostrado ser útiles para la visualización de C. elegans canal excretor endo – y las membranas de plasma, <stro…

Representative Results

Este protocolo describe cómo utilizar los canales excretores de C. elegans molecularmente y visualmente analizar tubulogenesis unicelulares y morfogénesis lumen intracelular en una sola celda. Durante su extensión desde el medio de la embriogénesis hasta la edad adulta, los cuatro canales excretores continúan expandiendo su basolateral y membranas apical/lumenal junto con su sistema de endomembrane con canalículos y endosomal, proporcionando un modelo único para el anális…

Discussion

Versatilidad genética de C. elegans , transparencia, plan de cuerpo simple y linaje de la célula de referencia hacen un excelente modelo para el análisis de la morfogénesis. Este protocolo describe cómo combinar manipulación genética estándar e imagen estudios para tomar ventaja de los 2 micrones delgado canales excretores C. elegans para estudiar la membrana polarizada y biogénesis de lumen intracelular en un tubo de la célula.

Etiquetado
Los ca…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos a M. Buechner (Universidad de Kansas, Kansas, EEUU), K. Nehrke (centro médico de la Universidad de Rochester, Rochester, Nueva York, Estados Unidos) y el centro de genética de Caenorhabditis , financiado por los institutos nacionales de salud, oficina de infraestructura de investigación Programas (P40 OD010440). Este trabajo fue financiado por subvenciones NIH GM078653, MGH es 224570 223809 SAA a V.G.

Materials

Cloning
Plasmid pPD95.75 Addgene Cat. No. 37464
PCR Kit Qiagen Cat. No. 27106
Ligation kit New England Biolabs Cat. No. E2611L
DNA marker Thermo Scientific Cat. No. SM1331
Agarose DNA grade Fisher Scientific Cat. No. BP164-100
Competent cells New England Biolabs Cat. No. C2987H
Tris Fisher Scientific Cat. No. BP154-1
EDTA Sigma Cat. No. ED-1KG
Acetic acid Fisher Scientific Cat. No. A38S-500
Ethidium bromide Fisher Scientific Cat. No. BP1302-10
Equipments
PCR machine  MJ Research Cat. No. PTG-200 
Centrifuge Eppendorf  Cat. No. 5415C
Water Bath Precision Scientific  Cat. No. 666A3 
Gel running instrument Fisher Scientific Cat. No. 09-528-165
Gel running power supply Fisher Scientific Cat. No. 45-000-465
Molecular Imager Gel Doc XR System Bio-Rad Cat. No. 1708195EDU
Nanodrop Spectrophotometer Thermo Scientific Cat. No. ND1000
C. elegans related1 1see reference27 for standard C. elegans culture and maintenance procedures.
LB Medium and plates2 2see reference24 for protocols.
Tryptone  Acros Organics Cat. no. 611845000
Yeast Extract BD Biosciences Cat. no. 212750
NaCl Sigma Cat. no. S7653
Bacto Agar  BD Biosciences Cat. no. 214040
Ampicillin Sigma Cat. no. A0116
Tetracycline Fisher Scientific Cat. no. BP912
M9 Medium2 2see reference24 for protocols.
NaCl Sigma Cat. no. S7653
KH2PO4 Sigma Cat. no. P0662
Na2HPO4 Sigma Cat. no. S7907
MgSO4 Sigma Cat. no. M2773
NGM plates 2 2see reference24 for protocols.
NaCl Sigma Cat. no. S7653
Peptone  BD Biosciences Cat. no. 211677
Tryptone  Acros Organics Cat. no. 611845000
Bacto Agar  BD Biosciences Cat. no. 214040
MgSO4 Sigma Cat. no. M2773
CaCl2 Sigma Cat. no. C3881
Cholesterol  Sigma Cat. no. C8667
K2HPO4  Sigma Cat. no. P3786
KH2PO4 Sigma Cat. no. P0662
RNAi plates3 3see reference60 for protocols.
NaCl Sigma Cat. no. S7653
Peptone  BD Biosciences Cat. no. 211677
Tryptone  Acros Organics Cat. no. 611845000
Bacto Agar  BD Biosciences Cat. no. 214040
MgSO4 Sigma Cat. no. M2773
CaCl2 Sigma Cat. no. C3881
Cholesterol  Sigma Cat. no. C8667
K2HPO4  Sigma Cat. no. P3786
KH2PO4 Sigma Cat. no. P0662
IPTG  US Biological Cat. no. I8500
Carbenicillin Fisher Scientific Cat. no. BP2648
NaOH Fisher Scientific Cat. no. SS266-1
Sodium hypochlorite Fisher Scientific Cat. no. 50371500
Bacteria
OP50 bacteria CGC
HT115 bacteria CGC
Genome-wide RNAi libraries
Ahringer genome-wide RNAi feeding library (ref29,49) Source BioScience
C. elegans ORF-RNAi feeding library (ref50) Source BioScience
Imaging related
Lidocaine MP Biomedicals,LLG Cat. no. 193917
Materials
Vacuum Grease Silicone Beckman Cat. no. 335148
Microscope slides  Fisher Scientific Cat. no. 4448
Microscope coverslips (22×22-1) Fisher Scientific Cat. no. 12-542-B
Tissue culture plate, 6 well  Corning Inc. Cat. no. 08-772-33
Equipment
SMZ-U dissecting microscope (Nikon)
SZX12 dissecting microscope (Olympus), equipped with a high-power stereo fluorescence attachment (Kramer Scientific), CCD camera with Q capture software and X-Cite fluorescent lamp (Photonic Solutions).
TCS SL Laser-scanning confocal microscope (Leica Microsystem)
C2 laser-scanning confocal mounted on an ECLIPSE Ti-E inverted microscope (Nikon)

Referências

  1. Lubarsky, B., Krasnow, M. A. Tube morphogenesis: making and shaping biological tubes. Cell. 112 (1), (2003).
  2. Sundaram, M. V., Cohen, J. D. Time to make the doughnuts: Building and shaping seamless tubes. Semin. Cell Dev. Biol. S1084-9521, 30130-30136 (2016).
  3. Zhang, N. The C. elegans intestine as a model for intercellular lumen morphogenesis and in vivo polarized membrane biogenesis at the single-cell level. JoVE. , (2017).
  4. Andrew, D. J., Ewald, A. J. Morphogenesis of epithelial tubes: Insights into tube formation, elongation, and elongation. Dev. Biol. 341 (1), 34-55 (2010).
  5. Nelson, F. K., Albert, P. S., Riddle, D. L. Fine structure of the Caenorhabditis elegans secretory-excretory system. J. Ultrastruct. Res. 82 (2), 156-171 (1983).
  6. Sundaram, M. V., Buechner, M. The Caenorhabditis elegans Excretory System: A Model for Tubulogenesis, Cell Fate Specification, and Plasticity. Genética. 203 (1), 35 (2016).
  7. Altun, Z. F., Hall, D. H. Excretory system. WormAtlas. , (2009).
  8. Buechner, M. Tubes and the single C. elegans excretory cell. Trends Cell Biol. 12 (10), 479-484 (2002).
  9. Khan, L. A. Intracellular lumen extension requires ERM-1-dependent apical membrane expansion and AQP-8-mediated flux. Nat. Cell Biol. 15 (2), 143-156 (2013).
  10. Kolotuev, I., Hyenne, V., Schwab, Y., Rodriguez, D., Labouesse, M. A pathway for unicellular tube extension depending on the lymphatic vessel determinant Prox1 and on osmoregulation. Nat. Cell Biol. 15 (2), 157-168 (2013).
  11. Buechner, M., Hall, D. H., Bhatt, H., Hedgecock, E. M. Cystic canal mutants in Caenorhabditis elegans are defective in the apical membrane domain of the renal (excretory) cell. Dev. Biol. 214 (1), 227-241 (1999).
  12. Fehon, R. G., McClatchey, A. I., Bretscher, A. Organizing the cell cortex: the role of ERM proteins. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 11 (4), 276-287 (2010).
  13. Gobel, V., Barrett, P. L., Hall, D. H., Fleming, J. T. Lumen morphogenesis in C. elegans requires the membrane-cytoskeleton linker erm-1. Dev. Cell. 6 (6), 865-873 (2004).
  14. Sambrook, J., Sambrook, J., DW, R. u. s. s. e. l. l. . Molecular cloning: a laboratory manual. , (2006).
  15. Fire, A., Harrison, S. W., Dixon, D. A modular set of lacZ fusion vectors for studying gene expression in Caenorhabditis elegans. Gene. 93 (2), 189-198 (1990).
  16. Kamath, R. S., Ahringer, J. Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans. Methods. 30 (4), 313-321 (2003).
  17. Timmons, L., Court, D. L., Fire, A. Ingestion of bacterially expressed dsRNAs can produce specific and potent genetic interference in Caenorhabditis elegans. Gene. 263 (1-2), 103-112 (2001).
  18. Pawley, J. B. . Handbook of Biological Confocal Microscopy. , (2006).
  19. Hibbs, A. R. . Confocal Microscopy for Biologists. , (2004).
  20. Bankhead, P. . Analyzing fluorescence microscopy images with ImageJ. , (2014).
  21. Praitis, V., Casey, E., Collar, D., Austin, J. Creation of low-copy integrated transgenic lines in Caenorhabditis elegans. Genética. 157 (3), 1217-1226 (2001).
  22. Frøkjaer-Jensen, C. Single-copy insertion of transgenes in Caenorhabditis elegans. Nat. Genet. 40 (11), 1375-1383 (2008).
  23. Mello, C. C., Kramer, J. M., Stinchcomb, D., Ambros, V. Efficient gene transfer in C. elegans: extrachromosomal maintenance and integration of transforming sequences. EMBO J. 10 (12), 3959-3970 (1991).
  24. Barrangou, R. Cas9 Targeting and the CRISPR Revolution. Science. 344 (6185), 707-708 (2014).
  25. Dickinson, D. J., Goldstein, B. CRISPR-Based Methods for Caenorhabditis elegans Genome Engineering. Genética. 202 (3), 885-901 (2016).
  26. Esposito, D., Garvey, L. A., Chakiath, C. S. Gateway cloning for protein expression. Methods Mol. Biol. 498, 31-54 (2009).
  27. Gibson, D. G. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nat. Methods. 6 (5), 343-345 (2009).
  28. Hobert, O. PCR fusion-based approach to create reporter gene constructs for expression analysis in transgenic C. elegans. Biotechniques. 32 (4), 728-730 (2002).
  29. Jorgensen, E. M., Mango, S. E. The art and design of genetic screens: caenorhabditis elegans. Nat. Rev. Genet. 3 (5), 356-369 (2002).
  30. Berry, K. L., Bulow, H. E., Hall, D. H., Hobert, O. A. C. elegans CLIC-like protein required for intracellular tube formation and maintenance. Science. 302 (5653), 2134-2137 (2003).
  31. Mattingly, B. C., Buechner, M. The FGD homologue EXC-5 regulates apical trafficking in C. elegans tubules. Dev. Biol. 359 (1), 59-72 (2011).
  32. Shaye, D. D., Greenwald, I. The disease-associated formin INF2/EXC-6 organizes lumen and cell outgrowth during tubulogenesis by regulating F-actin and microtubule cytoskeletons. Dev. Cell. 32 (6), 743-755 (2015).
  33. Lant, B. CCM-3/STRIPAK promotes seamless tube extension through endocytic recycling. Nat. Commun. 6 (6), 6449 (2015).
  34. Paupard, M. C., Miller, A., Grant, B., Hirsh, D., Hall, D. H. Immuno-EM localization of GFP-tagged yolk proteins in C. elegans using microwave fixation. J. Histochem. Cytochem. 49 (8), 949-956 (2001).
  35. Lukyanov, K. A., Chudakov, D. M., Lukyanov, S., Verkhusha, V. V. Photoactivatable fluorescent proteins. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6 (11), 885-891 (2005).
  36. Bates, M., Huang, B., Dempsey, G. T., Zhuang, X. Multicolor super-resolution imaging with photo-switchable fluorescent probes. Science. 317 (5845), 1749-1753 (2007).
  37. Sherman, T. The abts and sulp families of anion transporters from Caenorhabditis elegans. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 289 (2), C341-C351 (2005).
  38. . Transgeneome website Available from: https://transgeneome.mpi-cbg.de/transgeneomics/index.html (2017)
  39. . National BioResource Project (NBRP)::C. elegans Available from: https://shigen.nig.ac.jp/c.elegans/ (2017)
  40. Heppert, J. K. Comparative assessment of fluorescent proteins for in vivo imaging in an animal model system. Mol. Biol. Cell. 27 (22), 3385-3394 (2016).
  41. Shaner, N. C., Steinbach, P. A., Tsien, R. Y. A guide to choosing fluorescent proteins. Nat Methods. 2 (12), 905-909 (2005).
  42. . BLAST Available from: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (2017)
  43. Kamath, R. S., Martinezcampos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Genome Biol. 2 (1), RESEARCH0002 (2001).
  44. Kamath, R. S. Systematic functional analysis of the Caenorhabditis elegans genome using RNAi. Nature. 421 (6920), 231-237 (2003).
  45. Rual, J. F. Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library. Genome research. 14 (10B), 2162-2168 (2004).

Play Video

Citar este artigo
Zhang, N., Membreno, E., Raj, S., Zhang, H., Khan, L. A., Gobel, V. The C. elegans Excretory Canal as a Model for Intracellular Lumen Morphogenesis and In Vivo Polarized Membrane Biogenesis in a Single Cell: labeling by GFP-fusions, RNAi Interaction Screen and Imaging. J. Vis. Exp. (128), e56101, doi:10.3791/56101 (2017).

View Video