IκB Kinase 1/α (IKK1/α CHUK) er en Ser/Thr protein kinase, der er involveret i et utal af cellulære aktiviteter primært gennem aktivering af NF-κB transkriptionsfaktorer. Her beskriver vi de vigtigste trin er nødvendige for produktionen og Krystalstrukturbestemmelse af dette protein.
En klasse af ekstracellulære stimuli kræver aktivering af IKK1/α at fremkalde generation af en NF-κB subunit, p52, gennem behandlingen af sin forløber p100. P52 fungerer som en homodimer eller heterodimer med en anden NF-κB subunit, RelB. Disse dimerer regulere igen udtryk for hundredvis af gener involveret i inflammation, celle overlevelse og celle cyklus. IKK1/α forbliver primært tilknyttet IKK2/β og NEMO som en ternær kompleks. En lille pulje af det ses også som en lavmolekylære complex(es). Det er uvist, om p100 behandlingsaktivitet udløses ved aktivering af IKK1/α inden for den større eller mindre komplekse poolen. Konstituerende aktivitet af IKK1/α er blevet opdaget i flere kræftformer og inflammatoriske sygdomme. For at forstå mekanismen for aktivering af IKK1/α, og aktivere dets anvendelse som en drug target, vi udtrykt rekombinante IKK1/α i forskellige værtssystemer, såsom E. coli, insekt, og pattedyrsceller. Det lykkedes os at give udtryk for opløselige IKK1/α i baculovirus inficeret insekt celler, at opnå mg mængder af meget ren protein, krystalliserede det i overværelse af hæmmere, og fastlægge dens X-ray krystalstruktur. Her beskriver vi de detaljerede trin til at producere det rekombinante protein, dets krystallisation og dens X-ray Krystalstrukturbestemmelse.
Transkriptionel aktiviteter af NF-κB familien af dimerisk transkriptionsfaktorer er påkrævet for forskellige cellulære funktioner lige fra betændelse og immunitet til overlevelse og død. Disse aktiviteter er nøje kontrolleret i celler og et tab af forordning fører til forskellige patologiske tilstande, herunder autoimmune sygdomme og kræft1,2,3. I mangel af en stimulus holdes NF-κB aktiviteter hæmmet af IκB (hæmmer af – κB) proteiner4. Fosforylering af specifikke Ser rester på IκB proteiner markerer dem for ubiquitination og efterfølgende proteasomal nedbrydning eller selektiv behandling5. To meget homologe Ser/Thr kinaser, IKK2/β og IKK1/α, fungere som central regulatorer af NF-κB aktiviteter ved at gennemføre disse fosforylering begivenheder6,7.
Interaktioner mellem en ligand og en receptor transduces et signal gennem en række mæglere fører til aktivering af NF-κB faktorer. NF-κB signal processen kan groft inddeles i to forskellige veje – kanoniske og ikke-kanoniske (alternative)8. Aktiviteten af IKK2/β regulerer primært NF-κB signalering af de kanoniske pathway, som er afgørende for inflammatoriske og medfødte immunrespons9. En særskilt funktion i denne sti er en hurtig og kortvarig aktivering af IKK2/β10 inden for et hidtil biokemisk uncharacterized IKK komplekse — formodes at være sammensat af IKK1 og IKK2, samt en regulerende komponent, NEMO (NF-κB væsentlige Modulator )11,12,13. Mellem de to katalytiske IKK underenheder af IKK kompleks, IKK2 er primært ansvarlig14 for fosforylering af specifikke rester af prototypiske IκBs (α, – β, & -γ) bundet til NF-κB, og også en atypisk IκB protein, NF-κB1/p105, som er en forløberen for NF-κB p50 subunit5. Fosforylering induceret ubiquitination og proteasomal nedbrydning af IκB (eller forarbejdning af p105) fører til frigivelse og aktivering af et bestemt sæt af NF-κB dimerer15. Afvigende NF-κB aktivitet på grund af mis regulerede funktion af IKK2 er blevet observeret i mange kræftformer såvel som i autoimmune sygdomme2,3,16.
I modsætning til IKK2/β regulerer aktiviteten af IKK1/α NF-κB signalering af den ikke-kanoniske pathway, som er afgørende for udvikling og immunitet. IKK1 phosphorylates specifikke rester af NF-κB2/p100 på sine C-terminal IκBδ segment, som fører til forarbejdningen og generation af p52. Dannelsen af transcriptionally aktive p52:RelB heterodimer indleder en langsom og vedvarende reaktion på udviklingsmæssige signaler7,17,18,19,20. Interessant, er generation af den centrale NF-κB faktor p52 af denne vej helt afhængig af en anden faktor, NF-κB inducerende Kinase (NIK)21,22, men ikke på IKK2 eller NEMO. I resting celler stadig NIK lav på grund af sin konstante proteasom-afhængige nedbrydning23,24,25. Ved stimulation af celler af ikke-kanoniske ligander, og i visse maligne celler, NIK bliver stabiliseret for at rekruttere og aktivere IKK1 / α. Kinase aktiviteter både NIK og IKK1 er afgørende for effektiv behandling af p100 i p527. IKK1 og NIK phosphorylate tre serines (Ser866, 870 og 872) af NF-κB2/p100 på sine C-terminal IκBδ segment fører til forarbejdningen og generation af p52. Afvigende aktivering af de ikke-kanoniske pathway har været impliceret i mange maligniteter herunder myelomatose26,27,28.
Flere højeffektive og specifikke hæmmere for IKK2/β er kendt, selv om ingen hidtil har vist sig for at være en effektiv stof. Derimod er IKK1/α-specifikke hæmmere sparsomme. Dette kan dels skyldes vores manglende strukturelle og biokemiske oplysninger om IKK1/α, som begrænser vores forståelse af det mekanistiske grundlaget for aktivering af NF-κB af IKK1 i celler og rationel stof design. X-ray strukturer af IKK2/β forsynet os med indblik i aktivering mekanisme i IKK2/β29; men disse strukturer kan ikke afsløre hvordan forskellige opstrøms stimuli udløser aktivering af IKK1/α eller IKK2/β at regulere forskellige sæt af NF-κB aktiviteter 30,31. At forstå den mekanistiske grundlag bag de forskellige signalsystemer funktion af IKK1/α, og at etablere en platform for rationel drug design, fokuseret vi på at bestemme strukturen af IKK1/α.
Produktion, krystallisering og struktur løsning af to relaterede IKK proteiner
Vi satte sig for at bestemme X-ray krystalstruktur af IKK1/α med forestillingen om, at det ville være en relativt enkel øvelse givet vores erfaring med IKK2/β protein produktion, krystallisering og struktur beslutsomhed. Men vi var meget overrasket over, at disse to relaterede proteiner opførte sig meget anderledes med hensyn til lethed af krystallisering. Trods indsats fra flere højt profilerede laboratorier tog bes…
The authors have nothing to disclose.
Vi takke personalet på beamlines 19ID, 24ID og 13ID på avanceret Photon kilde, Lemont, IL, for støtte under dataindsamling på forskellige krystaller. Vi er taknemmelige for Dmitry Lyumkis, Salk Institute til at hente os lav opløsning cryo-EM kort på tidlige stadier af EM kort/model bygning, som blev brugt til at bygge den første IKK1 molekylære udskiftning søgemodel. Forskning fører til disse resultater har modtaget midler fra NIH tilskud AI064326, CA141722 og GM071862 til GG. SP er i øjeblikket en Wellcome Trust DBT Indien mellemliggende fyr.
Cellfectin/Cellfectin II | Thermo Fisher Scientific | 10362100 | Cellfectin is now discontinued, replaced by Cellfectin II |
Sf900 III Insect cell medium | Thermo Fisher Scientific | 12658-027 | |
SF9 cells | Thermo Fisher Scientific | 12659017 | |
anti-IKK1 antibody | Novus Biologicals | NB100-56704 | Previously sold by Imgenex |
anti-PentaHis antibody | Qiagen | 34460 | |
PVDF membrane | Millipore | IPVH00010 | Nitrocellulose can also be used |
Ni-NTA agarose | Qiagen | 30210 | |
Bradford assay reagent | BioRad | 500001 | |
Superdex 200 column | GE Healthcare | 28989335 | |
Amicon concentrator | Millipore | UFC801008, UFC803008, UFC201024, UFC203024 | |
Compound A | Bayer | ||
Calbiochem IKK-inhibitor XII | Calbiochem | 401491 | |
Staurosporine | SIGMA | S4400 | |
MLN120B | Millenium | Gift item | |
AMPPNP | SIGMA | A2647 | |
Dextran sulfate | SIGMA | 51227, 42867, 31404, | |
Dextran sulfate | Alfa Aesar | J62101 | |
PEG | SIGMA | 93593, 81210, 88276, 95904, 81255, 89510, 92897, 81285, 95172 | Some of them are new Cat # on SIGMA catalogue. What we had was originally from Fluka that had different Cat #. |
Crystallization Screens | |||
Crystal Screen I and II (Crystal Screen HT) | Hampton Research | HR2-130 | |
Index HT | Hampton Research | HR2-134 | |
PEG/Ion and PEG/Ion2 (PEG/Ion HT) | Hampton Research | HR2-139 | |
PEGRX 1 and PEGRx 2 (PEGRx HT) | Hampton Research | HR2-086 | |
SaltRx 1 and SaltRx 2 (SaltRx HT) | Hampton Research | HR2-136 | |
Crystal mounts | Hampton Research | HR8-188, 190, 192, 194 | |
Synchrotron | The Advanced Photon Source (APS) at the U.S. Department of Energy’s Argonne National Laboratory | Beamline 19 ID | The Advanced Photon Source (APS) at the U.S. Department of Energy’s Argonne National Laboratory provides ultra-bright, high-energy storage ring-generated X-ray beams for research in almost all scientific disciplines. |