Summary

En Guide til produktion, krystallisering og struktur bestemmelse af menneskelige IKK1/α

Published: November 02, 2018
doi:

Summary

IκB Kinase 1/α (IKK1/α CHUK) er en Ser/Thr protein kinase, der er involveret i et utal af cellulære aktiviteter primært gennem aktivering af NF-κB transkriptionsfaktorer. Her beskriver vi de vigtigste trin er nødvendige for produktionen og Krystalstrukturbestemmelse af dette protein.

Abstract

En klasse af ekstracellulære stimuli kræver aktivering af IKK1/α at fremkalde generation af en NF-κB subunit, p52, gennem behandlingen af sin forløber p100. P52 fungerer som en homodimer eller heterodimer med en anden NF-κB subunit, RelB. Disse dimerer regulere igen udtryk for hundredvis af gener involveret i inflammation, celle overlevelse og celle cyklus. IKK1/α forbliver primært tilknyttet IKK2/β og NEMO som en ternær kompleks. En lille pulje af det ses også som en lavmolekylære complex(es). Det er uvist, om p100 behandlingsaktivitet udløses ved aktivering af IKK1/α inden for den større eller mindre komplekse poolen. Konstituerende aktivitet af IKK1/α er blevet opdaget i flere kræftformer og inflammatoriske sygdomme. For at forstå mekanismen for aktivering af IKK1/α, og aktivere dets anvendelse som en drug target, vi udtrykt rekombinante IKK1/α i forskellige værtssystemer, såsom E. coli, insekt, og pattedyrsceller. Det lykkedes os at give udtryk for opløselige IKK1/α i baculovirus inficeret insekt celler, at opnå mg mængder af meget ren protein, krystalliserede det i overværelse af hæmmere, og fastlægge dens X-ray krystalstruktur. Her beskriver vi de detaljerede trin til at producere det rekombinante protein, dets krystallisation og dens X-ray Krystalstrukturbestemmelse.

Introduction

Transkriptionel aktiviteter af NF-κB familien af dimerisk transkriptionsfaktorer er påkrævet for forskellige cellulære funktioner lige fra betændelse og immunitet til overlevelse og død. Disse aktiviteter er nøje kontrolleret i celler og et tab af forordning fører til forskellige patologiske tilstande, herunder autoimmune sygdomme og kræft1,2,3. I mangel af en stimulus holdes NF-κB aktiviteter hæmmet af IκB (hæmmer af – κB) proteiner4. Fosforylering af specifikke Ser rester på IκB proteiner markerer dem for ubiquitination og efterfølgende proteasomal nedbrydning eller selektiv behandling5. To meget homologe Ser/Thr kinaser, IKK2/β og IKK1/α, fungere som central regulatorer af NF-κB aktiviteter ved at gennemføre disse fosforylering begivenheder6,7.

Interaktioner mellem en ligand og en receptor transduces et signal gennem en række mæglere fører til aktivering af NF-κB faktorer. NF-κB signal processen kan groft inddeles i to forskellige veje – kanoniske og ikke-kanoniske (alternative)8. Aktiviteten af IKK2/β regulerer primært NF-κB signalering af de kanoniske pathway, som er afgørende for inflammatoriske og medfødte immunrespons9. En særskilt funktion i denne sti er en hurtig og kortvarig aktivering af IKK2/β10 inden for et hidtil biokemisk uncharacterized IKK komplekse — formodes at være sammensat af IKK1 og IKK2, samt en regulerende komponent, NEMO (NF-κB væsentlige Modulator )11,12,13. Mellem de to katalytiske IKK underenheder af IKK kompleks, IKK2 er primært ansvarlig14 for fosforylering af specifikke rester af prototypiske IκBs (α, – β, & -γ) bundet til NF-κB, og også en atypisk IκB protein, NF-κB1/p105, som er en forløberen for NF-κB p50 subunit5. Fosforylering induceret ubiquitination og proteasomal nedbrydning af IκB (eller forarbejdning af p105) fører til frigivelse og aktivering af et bestemt sæt af NF-κB dimerer15. Afvigende NF-κB aktivitet på grund af mis regulerede funktion af IKK2 er blevet observeret i mange kræftformer såvel som i autoimmune sygdomme2,3,16.

I modsætning til IKK2/β regulerer aktiviteten af IKK1/α NF-κB signalering af den ikke-kanoniske pathway, som er afgørende for udvikling og immunitet. IKK1 phosphorylates specifikke rester af NF-κB2/p100 på sine C-terminal IκBδ segment, som fører til forarbejdningen og generation af p52. Dannelsen af transcriptionally aktive p52:RelB heterodimer indleder en langsom og vedvarende reaktion på udviklingsmæssige signaler7,17,18,19,20. Interessant, er generation af den centrale NF-κB faktor p52 af denne vej helt afhængig af en anden faktor, NF-κB inducerende Kinase (NIK)21,22, men ikke på IKK2 eller NEMO. I resting celler stadig NIK lav på grund af sin konstante proteasom-afhængige nedbrydning23,24,25. Ved stimulation af celler af ikke-kanoniske ligander, og i visse maligne celler, NIK bliver stabiliseret for at rekruttere og aktivere IKK1 / α. Kinase aktiviteter både NIK og IKK1 er afgørende for effektiv behandling af p100 i p527. IKK1 og NIK phosphorylate tre serines (Ser866, 870 og 872) af NF-κB2/p100 på sine C-terminal IκBδ segment fører til forarbejdningen og generation af p52. Afvigende aktivering af de ikke-kanoniske pathway har været impliceret i mange maligniteter herunder myelomatose26,27,28.

Flere højeffektive og specifikke hæmmere for IKK2/β er kendt, selv om ingen hidtil har vist sig for at være en effektiv stof. Derimod er IKK1/α-specifikke hæmmere sparsomme. Dette kan dels skyldes vores manglende strukturelle og biokemiske oplysninger om IKK1/α, som begrænser vores forståelse af det mekanistiske grundlaget for aktivering af NF-κB af IKK1 i celler og rationel stof design. X-ray strukturer af IKK2/β forsynet os med indblik i aktivering mekanisme i IKK2/β29; men disse strukturer kan ikke afsløre hvordan forskellige opstrøms stimuli udløser aktivering af IKK1/α eller IKK2/β at regulere forskellige sæt af NF-κB aktiviteter 30,31. At forstå den mekanistiske grundlag bag de forskellige signalsystemer funktion af IKK1/α, og at etablere en platform for rationel drug design, fokuseret vi på at bestemme strukturen af IKK1/α.

Protocol

1. forberedelse af rekombinant Virus egnet til storstilet udtryk for IKK1/α P1 virus forberedelse 32 Dag 1: Plade Sf9 celler (~ 6 X 105) (passage nummer mindre end 10) i 2 mL af Sf900 III insekt celle medium i hver godt af en 6-godt plade og inkuberes ved 27 ° C. Passage celler, når de når en massefylde på 2 til 3 X 106 celler pr. mL i suspension ved fortynding i friske medier med en tæthed på ~ 6 X 105. Dag 2: …

Representative Results

Kloning og udtryk for forskellige konstruktioner af IKK1/αFuld længde menneskelige IKK1/α er klonet i baculovirus udtryk vektor pFastBacHTa inden for dens EcoRI og opdag begrænsning steder at få en N-terminale hexa-histidin markeret IKK1. Tag kunne fjernes ved TEV protease fordøjelsen. Da fuld længde IKK1/α indeholder fleksible regioner i begge ender, og fleksible regioner normalt gøre et protein vanskeligt at krystallisere, klonet vi forskellige afkortet fra…

Discussion

Produktion, krystallisering og struktur løsning af to relaterede IKK proteiner
Vi satte sig for at bestemme X-ray krystalstruktur af IKK1/α med forestillingen om, at det ville være en relativt enkel øvelse givet vores erfaring med IKK2/β protein produktion, krystallisering og struktur beslutsomhed. Men vi var meget overrasket over, at disse to relaterede proteiner opførte sig meget anderledes med hensyn til lethed af krystallisering. Trods indsats fra flere højt profilerede laboratorier tog bes…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Vi takke personalet på beamlines 19ID, 24ID og 13ID på avanceret Photon kilde, Lemont, IL, for støtte under dataindsamling på forskellige krystaller. Vi er taknemmelige for Dmitry Lyumkis, Salk Institute til at hente os lav opløsning cryo-EM kort på tidlige stadier af EM kort/model bygning, som blev brugt til at bygge den første IKK1 molekylære udskiftning søgemodel. Forskning fører til disse resultater har modtaget midler fra NIH tilskud AI064326, CA141722 og GM071862 til GG. SP er i øjeblikket en Wellcome Trust DBT Indien mellemliggende fyr.

Materials

Cellfectin/Cellfectin II Thermo Fisher Scientific 10362100 Cellfectin is now discontinued, replaced by Cellfectin II
Sf900 III Insect cell medium Thermo Fisher Scientific 12658-027
SF9 cells Thermo Fisher Scientific 12659017
anti-IKK1 antibody Novus Biologicals NB100-56704 Previously sold by Imgenex
anti-PentaHis antibody Qiagen 34460
PVDF membrane Millipore IPVH00010 Nitrocellulose can also be used
Ni-NTA agarose Qiagen 30210
Bradford assay reagent BioRad 500001
Superdex 200 column GE Healthcare 28989335
Amicon concentrator Millipore UFC801008, UFC803008, UFC201024, UFC203024
Compound A Bayer
Calbiochem IKK-inhibitor XII Calbiochem 401491
Staurosporine SIGMA S4400
MLN120B Millenium Gift item
AMPPNP SIGMA A2647
Dextran sulfate SIGMA 51227, 42867, 31404,
Dextran sulfate Alfa Aesar J62101
PEG SIGMA 93593, 81210, 88276, 95904, 81255, 89510, 92897, 81285, 95172 Some of them are new Cat # on SIGMA catalogue. What we had was originally from Fluka that had different Cat #.
Crystallization Screens
Crystal Screen I and II (Crystal Screen HT) Hampton Research HR2-130
Index HT Hampton Research HR2-134
PEG/Ion and PEG/Ion2 (PEG/Ion HT) Hampton Research HR2-139
PEGRX 1 and PEGRx 2 (PEGRx HT) Hampton Research HR2-086
SaltRx 1 and SaltRx 2 (SaltRx HT) Hampton Research HR2-136
Crystal mounts Hampton Research HR8-188, 190, 192, 194
Synchrotron The Advanced Photon Source (APS) at the U.S. Department of Energy’s Argonne National Laboratory Beamline 19 ID The Advanced Photon Source (APS) at the U.S. Department of Energy’s Argonne National Laboratory provides ultra-bright, high-energy storage ring-generated X-ray beams for research in almost all scientific disciplines.

Referências

  1. Xia, Y., Shen, S., Verma, I. M. NF-kappaB, an active player in human cancers. Cancer immunology research. 2 (9), 823-830 (2014).
  2. Grivennikov, S. I., Greten, F. R., Karin, M. Immunity, inflammation, and cancer. Cell. 140 (6), 883-899 (2010).
  3. Ben-Neriah, Y., Karin, M. Inflammation meets cancer, with NF-kappaB as the matchmaker. Nature immunology. 12 (8), 715-723 (2011).
  4. Hinz, M., Scheidereit, C. The IkappaB kinase complex in NF-kappaB regulation and beyond. EMBO reports. 15 (1), 46-61 (2014).
  5. Karin, M., Ben-Neriah, Y. Phosphorylation meets ubiquitination: the control of NF-[kappa]B activity. Annu Rev Immunol. 18, 621-663 (2000).
  6. Ghosh, S., Karin, M. Missing pieces in the NF-kappaB puzzle. Cell. 109, S81-S96 (2002).
  7. Sun, S. C. The noncanonical NF-kappaB pathway. Immunol Rev. 246 (1), 125-140 (2012).
  8. Bonizzi, G., Karin, M. The two NF-kappaB activation pathways and their role in innate and adaptive immunity. Trends Immunol. 25 (6), 280-288 (2004).
  9. DiDonato, J. A., Hayakawa, M., Rothwarf, D. M., Zandi, E., Karin, M. A cytokine-responsive IkappaB kinase that activates the transcription factor NF-kappaB. Nature. 388 (6642), 548-554 (1997).
  10. Werner, S. L., Barken, D., Hoffmann, A. Stimulus specificity of gene expression programs determined by temporal control of IKK activity. Science. 309 (5742), 1857-1861 (2005).
  11. Zandi, E., Rothwarf, D. M., Delhase, M., Hayakawa, M., Karin, M. The IkappaB kinase complex (IKK) contains two kinase subunits, IKKalpha and IKKbeta, necessary for IkappaB phosphorylation and NF-kappaB activation. Cell. 91 (2), 243-252 (1997).
  12. Rothwarf, D. M., Zandi, E., Natoli, G., Karin, M. IKK-gamma is an essential regulatory subunit of the IkappaB kinase complex. Nature. 395 (6699), 297-300 (1998).
  13. Yamaoka, S., et al. Complementation cloning of NEMO, a component of the IkappaB kinase complex essential for NF-kappaB activation. Cell. 93 (7), 1231-1240 (1998).
  14. Li, Z. W., et al. The IKKbeta subunit of IkappaB kinase (IKK) is essential for nuclear factor kappaB activation and prevention of apoptosis. J Exp Med. 189 (11), 1839-1845 (1999).
  15. Hayden, M. S., Ghosh, S. Shared principles in NF-kappaB signaling. Cell. 132 (3), 344-362 (2008).
  16. Sun, S. C., Chang, J. H., Jin, J. Regulation of nuclear factor-kappaB in autoimmunity. Trends Immunol. 34 (6), 282-289 (2013).
  17. Claudio, E., Brown, K., Park, S., Wang, H., Siebenlist, U. BAFF-induced NEMO-independent processing of NF-kappa B2 in maturing B cells. Nat Immunol. 3 (10), 958-965 (2002).
  18. Senftleben, U., et al. Activation by IKKalpha of a second, evolutionary conserved, NF-kappa B signaling pathway. Science. 293 (5534), 1495-1499 (2001).
  19. Coope, H. J., et al. CD40 regulates the processing of NF-kappaB2 p100 to p52. EMBO J. 21 (20), 5375-5385 (2002).
  20. Dejardin, E., et al. The lymphotoxin-beta receptor induces different patterns of gene expression via two NF-kappaB pathways. Immunity. 17 (4), 525-535 (2002).
  21. Xiao, G., Fong, A., Sun, S. C. Induction of p100 processing by NF-kappaB-inducing kinase involves docking IkappaB kinase alpha (IKKalpha) to p100 and IKKalpha-mediated phosphorylation. The Journal of biological chemistry. 279 (29), 30099-30105 (2004).
  22. Xiao, G., Harhaj, E. W., Sun, S. C. NF-kappaB-inducing kinase regulates the processing of NF-kappaB2 p100. Molecular cell. 7 (2), 401-409 (2001).
  23. Qing, G., Qu, Z., Xiao, G. Stabilization of basally translated NF-kappaB-inducing kinase (NIK) protein functions as a molecular switch of processing of NF-kappaB2 p100. J Biol Chem. 280 (49), 40578-40582 (2005).
  24. Zarnegar, B. J., et al. Noncanonical NF-kappaB activation requires coordinated assembly of a regulatory complex of the adaptors cIAP1, cIAP2, TRAF2 and TRAF3 and the kinase NIK. Nat Immunol. 9 (12), 1371-1378 (2008).
  25. Vallabhapurapu, S., et al. Nonredundant and complementary functions of TRAF2 and TRAF3 in a ubiquitination cascade that activates NIK-dependent alternative NF-kappaB signaling. Nat Immunol. 9 (12), 1364-1370 (2008).
  26. Annunziata, C. M., et al. Frequent engagement of the classical and alternative NF-kappaB pathways by diverse genetic abnormalities in multiple myeloma. Cancer cell. 12 (2), 115-130 (2007).
  27. Keats, J. J., et al. Promiscuous mutations activate the noncanonical NF-kappaB pathway in multiple myeloma. Cancer cell. 12 (2), 131-144 (2007).
  28. Staudt, L. M. Oncogenic activation of NF-kappaB. Cold Spring Harbor perspectives in biology. 2 (6), a000109 (2010).
  29. Polley, S., et al. A structural basis for IkappaB kinase 2 activation via oligomerization-dependent trans auto-phosphorylation. PLoS Biol. 11 (6), e1001581 (2013).
  30. Hinz, M., Scheidereit, C. The IkappaB kinase complex in NF-kappaB regulation and beyond. EMBO Rep. 15 (1), 46-61 (2014).
  31. Scheidereit, C. IkappaB kinase complexes: gateways to NF-kappaB activation and transcription. Oncogene. 25 (51), 6685-6705 (2006).
  32. Luckow, V. A., Lee, S. C., Barry, G. F., Olins, P. O. Efficient generation of infectious recombinant baculoviruses by site-specific transposon-mediated insertion of foreign genes into a baculovirus genome propagated in Escherichia coli. J Virol. 67 (8), 4566-4579 (1993).
  33. Polley, S., et al. Structural Basis for the Activation of IKK1/alpha. Cell reports. 17 (8), 1907-1914 (2016).
  34. Otwinowski, Z. a. M., W, Processing of X-ray Diffraction Data Collected in Oscillation Mode. Methods in Enzymology. 276 (Macromolecular Crystallography, part A), 307-326 (1997).
  35. Liu, S., et al. Crystal structure of a human IkappaB kinase beta asymmetric dimer. J Biol Chem. 288 (31), 22758-22767 (2013).
  36. Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G., Cowtan, K. Features and development of Coot. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography. 66 (Pt 4), 486-501 (2010).
  37. McCoy, A. J., et al. Phaser crystallographic software. Journal of applied crystallography. 40 (Pt 4), 658-674 (2007).
  38. Vagin, A. T., Teplyakov, A. MOLREP: an automated program for molecular replacement. J. Appl. Cryst. 30, 1022-1025 (1997).
  39. Brunger, A. T. Version 1.2 of the Crystallography and NMR system. Nature protocols. 2 (11), 2728-2733 (2007).
  40. Brunger, A. T., et al. Crystallography & NMR system: A new software suite for macromolecular structure determination. Acta crystallographica. Section D, Biological. 54 (Pt 5), 905-921 (1998).
  41. McRee, D. E. XtalView: a visual protein crystallographic software system for X11/Xview. J. Mol Graph. 10, 44-47 (1992).
  42. Schroder, G. F., Levitt, M., Brunger, A. T. Super-resolution biomolecular crystallography with low-resolution data. Nature. 464 (7292), 1218-1222 (2010).
  43. Polley, S., et al. A structural basis for IkappaB kinase 2 activation via oligomerization-dependent trans auto-phosphorylation. PLoS biology. 11 (6), e1001581 (2013).
  44. Christopher, J. A., et al. The discovery of 2-amino-3,5-diarylbenzamide inhibitors of IKK-alpha and IKK-beta kinases. Bioorganic & medicinal chemistry letters. 17 (14), 3972-3977 (2007).
  45. Karplus, P. A., Diederichs, K. Linking crystallographic model and data quality. Science. 336 (6084), 1030-1033 (2012).
  46. Chen, V. B., et al. MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography. 66 (Pt 1), 12-21 (2010).
check_url/pt/56091?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Polley, S., Huang, D., Biswas, T., Ghosh, G. A Guide to Production, Crystallization, and Structure Determination of Human IKK1/α. J. Vis. Exp. (141), e56091, doi:10.3791/56091 (2018).

View Video