هنا، نحن تصف طريقة مبتكرة لتحديد مستقبلات تكميلية 1 (CR1) طول الأشكال لاستخدامها في العديد من التطبيقات، ولا سيما تقييم قابلية الإصابة بأمراض مثل مرض الزهايمر (أد). هذه الطريقة يمكن أن تكون مفيدة لفهم أفضل لدور الأشكال الإسوية CR1 في التسبب في أد.
يتم التعبير عن مستقبلات تكملة 1 (CR1)، بروتين سكري عبر الغشاء الذي يلعب دورا رئيسيا في الجهاز المناعي الفطري، على العديد من أنواع الخلايا، ولكن خصوصا على خلايا الدم الحمراء (كرات الدم الحمراء). كمستقبل للمكونات التكميلية C3b و C4b، ينظم CR1 تفعيل السلسلة التكميلية ويعزز البلعمة من المجمعات المناعية والحطام الخلوي، وكذلك الببتيد اميلويد بيتا (Aβ) في مرض الزهايمر (أد). وقد أكدت العديد من الدراسات تعدد الأشكال النكليوتيدات واحد المرتبطة أد (سنبس)، فضلا عن الاختلاف رقم نسخة (نف) في الجين CR1 . هنا، نحن تصف طريقة مبتكرة لتحديد طول تعدد الأشكال لمستقبلات CR1. وتشمل المستقبلات ثلاثة مجالات تسمى تكرار طويل متماثل (لر) -LHR-A و لر-C و لهر-D و مجال n، لر-B، حيث n هو عدد صحيح بين 0 و 3. باستخدام زوج واحد من الاشعال محددة، وتستخدم المادة الوراثية لتضخيم الجزء الأول من المجال لر-B (ثe أمبليكون ب) وشريحة ثانية من المجال لر-C (أمبليكون ثابت). البديل أمبليكون B والاختلافات عرض أمبليكون ثابتة في خمسة النيوكليوتيدات خارج مناطق التهجين من الاشعال المذكورة. يتم استخلاص عدد من أمبليكونس المتغير B و أمبليكونس ثابتة باستخدام أداة الكمية (منحنيات ذوبان عالية (هرم))، ونسبة أمبليكون B البديل إلى أمبليكون ثابت يختلف وفقا ل تعدد الأشكال طول CR1. توفر هذه الطريقة العديد من المزايا على طريقة النمط الظاهري الكنسي، لأنها لا تتطلب مواد جديدة وأرخص وأسرع، وبالتالي تنطبق على أكبر عدد من السكان. وبالتالي، فإن استخدام هذه الطريقة يجب أن تكون مفيدة لفهم أفضل لدور الأشكال الإسوية CR1 في التسبب في أمراض مثل أد.
أد، وهو السبب الأكثر شيوعا من الخرف، ويؤثر على أكثر من 30 مليون شخص في جميع أنحاء العالم، وهو مشكلة صحية عامة رئيسية 1 . سريريا، يتميز أد الاضطرابات العصبية مما يؤدي إلى فقدان التدريجي للاستقلالية 2 . يتميز أد من قبل اثنين من العلامات العصبية المرضية، وهي ودائع اميلويد خارج الخلوية والتشابك الخلايا العصبية داخل الخلايا 3 .
تقليديا، وفقا لعمر بداية المرض، يصنف أد إلى شكلين. الأول هو بداية في وقت مبكر (إيواد)، حيث بداية غالبا ما يحدث قبل سن 65؛ وهذا النموذج يمثل أقل من 5٪ من الحالات أد. وهو نادر، وراثي جسمي المهيمن شكل من أد، مما يؤدي إلى طفرات اختراق كامل إما في بروتين السلائف اميلويد ( أب) 4 ، بريسينيلين 1 ( PSEN1 ) 5 ، أو بريسينيلين 2 ( PSEN2 )> 6 الجينات. ثانيا، الشكل الأكثر شيوعا من المرض (> 90٪ من حالات أد) يسمى "متفرقة" في وقت متأخر ظهور (لواد) وغالبا ما يحدث في الأفراد الذين تتراوح أعمارهم بين 65 سنة أو أكثر. وهو ينتج عن عوامل خطر وراثية وبيئية متعددة 7 . في لواد، أليل 4 من بروتين أبوليبوبروتين E ( أبو ) هو عامل الخطر الجيني الرئيسي 8 ، 9 . وعلاوة على ذلك، تم تحديد أكثر من 20 موقع الجينات من خلال دراسات الارتباط على نطاق الجينوم (غواس) على أنها مرتبطة مع خطر م، واحدة منها كونها المكون التكميلي (3B / 4B) مستقبلات 1 ( CR1 ) الجين 10 ، وتقع على كروموسوم 1q32 في مجموعة من البروتينات المرتبطة بالمكملات. يرمز الجين CR1 البروتينات المستقبلة من النوع 1 (CR1)، وهو مكون من منظمي النشاط التكميلي.
CR1 (C3b / C4b مستقبلات، CD35)، بروتين سكري غشائي من أبروكسيماتإلي 200 كيلو دالتون 11 ، ويرتبط C3b، C4b، C3bi، C1q، مانان ملزم ليتين (مبل)، والبكتيريا تكملة فيكولين 12 . الوظيفة البيولوجية ل CR1 تختلف مع أنواع الخلايا التي يتم التعبير عنها. في البشر، 90٪ من مجموع تعميم CR1 وجدت في خلايا الدم الحمراء (كرات الدم الحمراء) 13 . على سطح كرات الدم الحمراء، CR1 يربط C3b- أو C4b-أوبسونزد الكائنات الحية الدقيقة أو المجمعات المناعية، وتسهيل إزالتها من التداول. مجمعات ملزمة ل CR1 يتم نقلها في الواقع إلى البالعات عندما كرات الدم الحمراء تذهب من خلال الكبد والطحال 11 ، 14 . من خلال الحد من ترسب C3B و C4b، CR1 قد منع تكملة المفرط تفعيل. لذلك، يعتبر التعبير عن CR1 على كرات الدم الحمراء عنصرا أساسيا في حماية الأنسجة، مثل الجهاز العصبي الدماغي، ضد ترسب معقد المناعي والأمراض الناتجة. ومن المعروف أيضا CR1 على كرات الدم الحمراءتلعب دورا هاما في العدوى المسببة للأمراض 15 ، 16 . وبالإضافة إلى ذلك، CR1، باعتبارها لاعبا رئيسيا في الحصانة الفطرية، وتشارك في تنظيم شلال تكملة وفي نقل وإزالة المجمعات المناعية. CR1 يمارس هذا النشاط عن طريق ربط شظايا C3b و C4b وتفكيك التحولات الكلاسيكية والبديلة (تفكك C2a من مجمع C4b2a والتفكك من C3b من مجمع C3bBb). وباعتبارها عامل مساعد لعامل بروتين البلازما سيرين I (في)، فإن CR1 يثبط المسارات التكميلية الكلاسيكية والبديلة عن طريق زيادة انشقاق C4b و C3b بواسطة في، وهي خاصية تعرف باسم النشاط المساعد (كا)، ومن خلال تثبيط حلقة التضخيم C3 ، بدوره منع مزيد من تفعيل تكملة. يقدم روجرز وزملاؤه أدلة على أن الببتيد A can يمكن ربط وتفعيل المسار التكميلي في غياب الأجسام المضادة 17 وتشير إلى أن الببتيد A is هو كلمستمدة من الدورة الدموية عن طريق التمسك بالتماسك الذي يعتمد على CR1 المعبر عنه في كرات الدم الحمراء 18 .
ويعرض CR1 ثلاثة أنواع من تعدد الأشكال: الأشكال الهيكلية أو الطولية، تعدد الأشكال الكثافة، ويعتمد على تعدد أشكال الدم 11 ، 19 . ويرتبط تعدد الأشكال الهيكلي إلى الاختلاف في عدد تكرار متناظرة طويلة (لرس)، وبالتالي يحدد أربعة الأشكال الإسوية. في الواقع، فإن المجال خارج الخلية من البروتين CR1 يتكون من سلسلة من وحدات تكرار، ودعا يكرر توافق في الآراء قصيرة (سكر) أو يكمل يكرر السيطرة (كبس). وقد أثبتت هذه اللجان من تكملة حمض ديوكسيريبونوكليك (كدنا) CR1. يتم ترتيب لجان مراجعة الدستور في مجموعات جنبا إلى جنب من سبعة، والمعروفة باسم لرس. ويتم ترتيب CR1 في أربع محطات لهر، تسمى LR- A، -B، -C، و D-ناشئة عن ازدواجية وحدة سبع سر 19 ، 20 ،21-
وبترتيب متزايد من التردد، فإن هذه الأشكال الإسوية CR1 التي يحددها لطخة غربية (وب) هي CR1 * 1 (A / F) (الهجرة السريعة على هلام الكهربائي)، CR1 * 2 (B / S) (الهجرة البطيئة على الكهربائي هلام)، CR1 * 3 (C / F`)، و CR1 * 4 (D). ويتألف الشكلان السريان الأكثر شيوعا، وهما CR1 * 1 (A / F) و CR1 * 2 (B / S) من أربعة وخمس لهر، على التوالي، في حين أن CR1 * 3 (C / F`) و CR1 * 4 (D ) تتكون من 3 و 6 لرس، على التوالي. يحتوي الشكل الإسفري الأكثر شيوعا (CR1 * 1)، المكون من 30 سكر، على ثلاثة مواقع ملزم C4b (سكرز 1-3، 8-10، 15-17) ومواقع ملزمتين C3b (سكر 8-10 و 17-17) ، في حين أن سرس 22-28 ربط C1q، فيكولينز، و مبل 12 ، 20 ، 21 ، 22 ، 23 ، 24 ، 25 . وهكذا، CR1 * 2 يحتوي على واحد إضافي C3b / C4b موقع ملزم مقارنةd إلى CR1 * 1. الشكل 1 يوضح الهياكل، التسميات، والأوزان الجزيئية من الأشكال الإسوية الأربعة المختلفة من CR1.
كثافة تعدد الأشكال يتوافق مع النمط الظاهري مستقرة التي تمثل مستوى التعبير التأسيسي لل CR1 على كرات الدم الحمراء. في المواضيع القوقازية الصحية، وقد تبين أن عدد جزيئات CR1 لكل رك يمكن أن تختلف بما يصل إلى عامل من عشرة (يتراوح بين 150 إلى 1200 جزيء في الخلية) 26 . كرات الدم الحمراء من النمط الظاهري هيلجيسون لها كثافة CR1 منخفضة جدا، والتي تبين أن أقل من 150 جزيء لكل خلية 27 ، 28 . وترتبط كثافة CR1 على كرات الدم الحمراء وراثيا مع نظام بيليليك كودومينانت كودومينانت على الجين CR1 ، ترتبط مع هين دي تقييد تعدد الأشكال شظية طول (رفلب) 29 . طفرة نقطة واحدة في إنترون 27 من الجين CR1، بين إكسونس ترميز الثانيةسر في لر-D، يؤدي إلى توليد موقع هين دي متعدد الأشكال في هذه المنطقة 30 . شظايا الجينوم هين دي من 7.4 و 6.9 كيلو دالتون تحديد الأليلات المرتبطة عالية (H أليل) أو منخفضة (L أليل) CR1 كثافة على كرات الدم الحمراء، على التوالي. ومع ذلك، تم العثور على عدم وجود ارتباط بين كثافة CR1 على كرات الدم الحمراء والأشكال هين dIII في بعض السكان في غرب أفريقيا 31، 32. الآلية التي تربط تنظيم كثافة CR1 إلى تشفير متعدد الأشكال هين دي لا تزال غير معروفة. ومن بين تعدد الأشكال المتعددة، تم الإبلاغ عن ارتباط Q981H في SCR16 و P1786R في SCR28 بكثافة CR1 على كرات الدم الحمراء 30 و 33 .
إن تعدد الأشكال (كن)، وفقا للتسمية الدولية، هو نظام فصيلة الدم ال 22 التي سيتم فهرستها من قبل الجمعية الدولية لنقل الدم. أنه يحتوي على 9 مستضدات محددة(KN1 / KN2) و KN3 / KN6 و KN4 / KN7، فضلا عن 3 مستضدات معزولة، KN5، KN8، KN9. مستضدات KN1، KN3، KN4، KN5 هي مستضدات عالية التردد من نظام كن ( أي، أعرب في أكثر من 99٪ من عامة السكان). ومع ذلك، لا يزال دور هذا تعدد الأشكال في أد يحدد 13 .
تم تصميم البروتوكول الموصوف في هذا العمل لتحديد الأنماط الجينية متعددة الأشكال الطولية المتورطة في قابلية الإصابة بأمراض عديدة، مثل أد، الذئبة الحمامية الجهازية، والملاريا. طريقة لدينا لتحديد CR1 طول تعدد الأشكال يستفيد من عدد من لسر-بس تضم الأشكال الإسوية CR1 والتفاوتات التسلسل بين لار-B و لر-C ( الشكل 2 ).
هنا، نحن تصف منهجية يمكن الوصول إليها على نطاق واسع لدراسة تعدد الأشكال CR1 طول. لم تكن تقنيات البيولوجيا الجزيئية للتضخيم أو التهجين القطعي قادرة على إعطاء نتائج مرضية تسمح بتحديد تعدد أشكال طول CR1 في جميع الأفراد. ويرجع ذلك إلى الهيكل المتكرر للجين CR1 ( أي، سرعات متكررة للغاية من CR1). طريقة البيولوجيا الجزيئية الموصوفة هنا تستغل التوزيع الكمي ل لر-B في جزيء CR1. يتضمن جزيء CR1 نطاقات n لر-B، حيث n هو عدد بين 0 و 3، ومجال واحد لر-C فقط، كما هو موضح والموضح في الشكل 2 . ويسمح الكشف الكمي للنطاق B بالتمييز التام بين نطاق إضافي أو مفقود.
من المادة الوراثية المستخرجة، يتم تضخيم جزء أول من الحمض النووي من لر-B عن طريق ير باستخدام زوج واحد من الاشعال محددة، ريبريسنتينغ البديل مميزة من لر-B يسمى "البديل أمبليكون B." كما يتم تضخيم جزء من الحمض النووي الثاني، يسمى "أمبليكون ثابت" والانتماء إلى لر-C. هذا الجزء الثاني من الحمض النووي هو جزء من لر-C، ولكن يمكن أيضا أن تستخدم جزء ثابت آخر من لر-A أو -D.
يتم تضخيم شظايا الحمض النووي اثنين، أمبليكون B البديل والأمبليكون ثابتة، من قبل الاشعال نفسها وعرض خمسة الاختلافات في تسلسل النوكليوتيدات. هذه الخاصية تجعل من الممكن في الخطوة اللاحقة تحديد عدد أمبليكون B البديل وعدد من أمبليكونس ثابتة باستخدام أداة البيولوجيا الجزيئية الكمية، إدارة الموارد البشرية، والتي تم تكييفها لهذا الغرض. النسبة بين عدد أمبليكون B و أمبليكون ثابت (نسبة: أمبليكون B / أمبليكون ثابت) يختلف وفقا لطول جزيء CR1. في الواقع، يعرض CR1 * 4 3 أمبليكون ب وحدات إلى 1 أمبليكون ثابتة، CR1 * 2 يعرض 2 أمبليكون ب وحدات إلى 1 أمبليكون ثابتة، CR1 * 1 يعرض 1 أمبليكون B إلى 1 أمبليكون ثابت، و CR1 * 3 يعرض 0 أمبليكون ب وحدات إلى 1 أمبليكون ثابتة ( الشكل 2 ). وهكذا، فإن هذه الطريقة هر-ير تمكن التنميط الجيني من تعدد الأشكال طول CR1.
ومع ذلك، في بداية الدراسة، يتطلب هذا الأسلوب استخدام المواد المرجعية التي معروفة النمط الظاهري CR1 ( أي التي سبق إنشاؤها من قبل البنك الدولي) من أجل أن تكون قادرة على إنشاء التنميط الجيني لل CR1 وفقا لمرجع منحنيات الحصول عليها بواسطة هرم-ير. وهناك نوعان من التمثيل، وهما "منحنيات الانحلال المعتادة والمتحولة"، و "مؤامرة الفرق المؤلفة من درجة حرارة ثابتة ومتحولة". أنها تظهر مجموعات متميزة من ملامح منحنى الملونة وفقا ل CR1 طول فينوتيبينغ تعدد الأشكال التي حصل عليها وب ( الشكل 6 ). من "المنحنيات ذوبان تحولت ومتحول" خطوة، طريقة لدينا يجعل من الممكن التمييز ثe مجموعات متميزة من المنحنيات المقابلة ل إسوفورمز من CR1، مجمعة حسب اللون. ومع ذلك، فإن "مؤامرة و تيمب تحول الفرق المؤامرة"، والتي تتوافق مع تمثيل رياضي مختلف، ويسمح لتصور أسهل من مجموعات متميزة من المنحنيات. على الرغم من أن برامج الشركة المصنعة كانت تستخدم بشكل روتيني في هذه الدراسة، يمكن استخدام برامج أخرى (مثل واناليس) كبرنامج استخراج البيانات لتحليل المنحنى.
حتى الآن، تقنية التحليل وب هي التقنية الأصلية التي تمكن من تحديد مختلف الأشكال CR1 طول على مستوى البروتين. ومع ذلك، فإن هذه التقنية لديها عدد من العيوب. على وجه الخصوص، لا يمكن أن يتم تحليل البروتين من قبل البنك الدولي بعد استخراج أغشية الخلايا. ونتيجة لذلك، فإنه معقد ويستغرق وقتا طويلا جدا. وعلاوة على ذلك، تتطلب هذه التقنية الحصول على عينة دم جديدة في الظروف المناسبة في بداية الإجراء لتحقيق ريس مفيدةults. على العكس من ذلك، هرم-ير يؤدي على الحمض النووي يجعل من الممكن استخدام حتى البقع الدموية الجافة أو العينات بعد التخزين على المدى الطويل. همر-ير يتطلب أداة متخصصة تذوب الحمض النووي، إما أداة مخصصة أو ثيرمويكلر قدرة همر مع برنامج إدارة الموارد البشرية. ويتوقف اكتشاف سنب على عدة عوامل: (1) إن تعدد الأشكال المتضمنة في شظايا ير كبيرة يصعب اكتشافها من نفس الأشكال المتعددة في شظايا ير الصغيرة؛ (2) يصعب الكشف عن تعدد الأشكال التي تنتمي إلى الفئتين الثالثة والرابعة مقارنة بالطبقات الأولى والثانية 34 ؛ و 3) لا يمكن فرز الأشكال التي يحيط بها التماثل القاعدي الأقرب الأقرب (على سبيل المثال، 5'-G (G / C) C-3 'عن طريق الذوبان، بغض النظر عن قوة القرار من منصة همر. قد يكون من المفيد لاختبار شظايا ير المتوقعة التي تحتوي على سنب من الفائدة مع برنامج أوميلت 35 لتقييم صلاحية الفحص. وأخيرا، همر-ير هو طريقة أنالوجيك، وهذا يعني أن تشابه منحنيات ذوبان الرهانوين مرجعا ولا يعني القالب بالضرورة أن تسلسل القالب مطابق للمرجع، لأن تسلسل القالب قد يكون مختلفا عن المرجع ولكن المكافئ الحراري. ومع ذلك، فإن هذه القيود لا تنطبق على الطريقة الموصوفة هنا، والتي تقوم على ذوبان مزيج من أمبليكونس التي تختلف من حيث 5 متواليات النيوكليوتيدات.
وبالإضافة إلى ذلك، فإن تقنية وصفها هنا، استنادا إلى تحليل إدارة الموارد البشرية، لديها العديد من المزايا. أولا، يتم تحديد تعدد الأشكال طول CR1 بسرعة أكبر، حيث يتم الحصول على النتائج في حوالي 2 ساعة مرة واحدة وقد تم استخراج المواد الوراثية. على العكس من ذلك، وتقنيات الكيمياء الحيوية التقليدية على أساس تحليل البروتين وب تتطلب خطوات طويلة نسبيا: الكهربائي من مقتطفات غشاء الخلية من خلال هلام الأكريلاميد، وهي خطوة لنقل البروتينات إلى نيتروسليلوز أو فلوريد البولي فينيلين (بفدف) غشاء، وخطوة لتحديد إسوفورمز منCR1، الجزيء، بجانب، إمونوشيميلومينسانس. ثانيا، تقنية هرم-ير أيضا لديها ميزة عدم كونها مكلفة للغاية، وهو أمر مهم بشكل خاص لطريقة من المرجح أن تطبق على العديد من الأفراد ( أي لارجيسكيل) لتحديد قابليتهم لتطوير أمراض مثل مرض الزهايمر، الذئبة، أو الملاريا.
في الآونة الأخيرة، ونحن وغيرها أظهرت أن CR1 * 2 إسوفورم، الذي يحتوي على واحد إضافي C3b / C4b موقع ملزم، ارتبط مع 36 م ، 37 ، 38 . في دراستنا التي نشرت سابقا، فإن تعدد الأشكال طول CR1 على مستوى الجين والبروتين كانت متسقة في 98.9٪ من الموضوعات 38 . وكانت النتائج المتناقضة التي تم الحصول عليها عند مقارنة طول الأشكال المتعددة التي تم الحصول عليها من قبل هرم-ير مع تلك التي حصل عليها البنك الدولي مع الموضوعات التي تحتوي على (CR1 * 1، CR1 * 2) النمط الجيني الذي يحدده هرم (الجينات) ولكن السابقينوالضغط فقط على إسوفورم CR1 * 1 على سطح الكريات الحمراء وفقا لبروتين (وب). في دراستنا، كان عدم وجود التعبير الإسوي CR1 * 2 (الأفراد الذين يحملون أليل صامت) يمكن استنساخه عندما تم تنفيذ البنك الدولي مع وقت التعرض أطول ويمكن تفسيرها من خلال وجود أليل CR1 الصامت (CR1 * 2)، وصفها في الأدب من قبل هيلجيسون 39 . ومع ذلك، هناك حاجة إلى مزيد من الدراسات حول عدد أكبر من السكان لدعم هذه الفرضية.
وتجدر الإشارة إلى أن تعدد الأشكال الخاصة (سنبس فقط التي تحدث في مجموعة عائلية صغيرة أو حتى في فرد واحد) أدى إلى ملامح منحنى متميزة التي ينبغي فك رموزها باستخدام تحديد النمط الظاهري المرجعية (وب) ولكن لا يمكن الخلط بينه وبين الملف الشخصي المتعارف عليه لتجنب أي تفسير خاطئ من النمط الجيني تعدد الأشكال طول CR1.
The authors have nothing to disclose.
نشكر جميع أعضاء بلاتيفورم ريجيونال دي بيولوجي إنوفانتي، والموظفين من قسم علم المناعة، وموظفي قسم الطب الباطني وطب الشيخوخة، الذين ساهموا في تحسين والتحقق من صحة البروتوكول. وقد تم تمويل هذا العمل من قبل مستشفيات جامعة ريمس (منحة رقم AOL11UF9156). كما نشكر فيونا إيكارنوت (EEA3920، مستشفى جامعة بيسانكون، فرنسا) للمساعدة التحريرية.
Lab coat | protection | ||
SensiCareIce powder-free Nitrile Exam gloves | Medline Industries, Inc, Mundelein, IL 60060, USA | 486802 | sample protection |
Eppendorf Reference 2 pipette, 0,5-10µL | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 4920000024 | sample pipetting |
Eppendorf Reference 2 pipette, 20-100µL | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 4920000059 | sample pipetting |
Eppendorf Reference 2 pipette, 100-1000µL | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 4920000083 | sample pipetting |
TipOne 10µL Graduated, filter tip | Starlab GmbH, D-22926 Ahrenburg, Germany | S1121-3810 | sample pipetting |
TipOne 1-100µL bevelled, filter tip | Starlab GmbH, D-22926 Ahrenburg, Germany | S1120-1840 | sample pipetting |
ART 1000E Barrier Tip | Thermo Fischer Scientific , F-67403 Illkirch, France | 2079E | sample pipetting |
Eppendorf Safe-Lock Tubes, 1.5 mL, Eppendorf Quality | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 0030120086 | mix |
Vortex-Genie 2 | Scientific Industries, Inc, Bohemia, NY 111716, USA | SI-0236 | mix |
QIAamp DNA Mini Kit (250) | Qiagen SA, F-91974 Courtaboeuf, France | 51306 | DNA Extraction |
Buffer AL | Qiagen SA, F-91974 Courtaboeuf, France | 19075 | Lysis buffer |
QIAamp Mini Spin Column | Qiagen SA, F-91974 Courtaboeuf, France | 1011706 | DNA binding |
Buffer AW1 | Qiagen SA, F-91974 Courtaboeuf, France | 19081 | Wash buffer |
Buffer AW2 | Qiagen SA, F-91974 Courtaboeuf, France | 19072 | Wash buffer |
Biowave DNA spectrophotometer | Biochrom Ltd, Cambridge CB4 OFJ, England | 80-3004-70 | DNA concentration |
Mikro 200 centrifuge | Hettich Zentrifugen, D-78532, Germany | 0002020-02-00 | centrifugation |
Eppendorf Combitips advanced, 1.0 mL, Eppendorf Biopur | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 0030089642 | distribution |
Multipette E3 | Eppendorf France SAS, F-78360 Montesson, France | 4987000010 | distribution |
Light Cycler 480 multiwell plate 96, white | Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Germany | 04729692001 | reaction place |
Light Cycler 480 sealing foil | Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Germany | 04429757001 | coverage |
Heraeus Megafuge 11R centrifuge | Thermo Fischer Scientific , F-67403 Illkirch, France | 75004412 | centrifugation |
LightCycler 480 Instrument II, 96-well | Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Germany | 05015278001 | high resolution melting polymerase chain reaction |
LightCycler 480 High Resolution Melting Master | Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Germany | 04909631001 | reaction reagents |
light cycler 480 SW 1.5.1 software | Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Germany | software used for HRM PCR CR1 polymorphism data analysis | |
CN3 primer: 5'ggccttagacttctcctgc 3' | Eurogentec Biologics Division, B- 4102 Seraing, Belgium | reaction reagent | |
CN3re primer: 5'gttgacaaattggcggcttcg 3' | Eurogentec Biologics Division, B- 4102 Seraing, Belgium | reaction reagent |