Sido befolkningen analysen drar fördel av den förbättrade förmågan hos vissa celler inom en vävnad för att efflux den DNA-bindande färgämnet Hoechst 33342 på grund av höga nivåer av ATP-bindningskassett (ABC) transportproteiner på cellmembranet. De celler som efflux Hoechst 33342 färgämne kan identifieras med användning dubbla våglängder flödescytometrisk analys efter färgämnet exciteras av en UV-laser. Denna analys användes först för att identifiera murina hematopoietiska stamceller (HSCs) ^1, men det har sedan använts för att identifiera stam / ursprungscellpopulationer i många vävnader och cancrar (översikt i referens 2). Men inte alla populationer av celler har en sida befolkning, och inte alla sidopopulationer anrikas för stam / progenitorceller.

Zebrafisk är en kraftfull ryggradsdjur genetisk modellsystem för att studera human cancer ^{3, 4,} med ett antal fördelar jämfört med traditionella murin moDels av cancer. Zebrafish embryon befruktas externt och är optiskt tydliga, underlättar transgenes och in vivo observation av patologiska processer, inklusive cancerinitiering och progression. Hittills har sidopopulationen för att upptäcka potentiella stam- eller stamceller endast applicerats på njurmärgen i zebrafisk för att identifiera HSCs och inte till några sebrafiskcancermodeller ^{5 , 6} .

Zebrafish-modellen av T-cells akut lymfoblastisk leukemi (T-ALL) är morfologiskt och genetiskt lik human T-ALL ^{7 , 8 , 11} . T-ALL är en aggressiv malignitet som hos människor står för 10-15% av barn och 25% av vuxna ALL-fall ⁹ . Medan behandlingen av T-ALL har förbättrats är återfall fortfarande vanligt och förknippas med en dålig prognos. T-ALL tumörer är heterogenaous och innehålla många olika tumörcellunderpopulationer, inklusive leukemi initierande celler (LIC). LIC definieras genom sin förmåga att växa tillbaka hela tumören från en enda cell, och frekvensen hos låginkomstländer inom en tumörcellpopulation kan beräknas genom att transplantera olika celldoser in i mottagare via en begränsande utspädning transplantationsanalys (LDA). Medan LDA experiment har utförts i zebrafisk för att beräkna frekvensen av låginkomstländerna ^{8, 10, 11,} görs denna bestämning i efterhand och inte tillåter för den potentiella isoleringen av låginkomstländerna. Därför en metod för att prospektivt isolera en population anrikad för cancerstamcellsaktivitet saknas. Identifiering och isolering av sidopopulationsceller från zebrafisk T-alls är det första steget mot att avhjälpa denna brist.

Protokollet presenteras här beskriver hur effektivt att generera T-alla tumörer i zebrAvish med användning av tol2-medierad transgenes, skör T-ALL-tumörcellerna och fläckar dem med Hoechst 33342 för att identifiera sidopopulationen av celler. Framtida in vivo- experiment med zebrafisk T-ALL kan innefatta om sidopopulationcellerna är berikade för LICs eller har andra stam- eller stamcellerliknande egenskaper.